# TARGET T0352 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.4528 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.204 0.140 0.304 0.115 0.066 0.056 0.050 0.013 0.041 0.009 0.001 2 T 0.274 0.158 0.338 0.107 0.046 0.036 0.014 0.006 0.010 0.010 0.002 3 T 0.420 0.164 0.123 0.216 0.024 0.019 0.007 0.004 0.013 0.010 0.001 4 H 0.544 0.068 0.250 0.036 0.040 0.016 0.010 0.005 0.012 0.019 0.001 5 D 0.931 0.002 0.012 0.020 0.001 0.015 0.011 0.007 0.001 0.001 0.001 6 R 0.988 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 V 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 Q 0.992 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 L 0.987 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 R 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.962 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 H 0.451 0.006 0.011 0.522 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 22 Q 0.128 0.005 0.016 0.043 0.004 0.017 0.718 0.054 0.013 0.001 0.001 23 H 0.496 0.109 0.095 0.237 0.022 0.023 0.009 0.002 0.007 0.001 0.001 24 W 0.435 0.116 0.189 0.151 0.048 0.031 0.009 0.005 0.012 0.004 0.001 25 R 0.418 0.171 0.147 0.161 0.029 0.035 0.011 0.002 0.023 0.002 0.001 26 N 0.270 0.184 0.131 0.268 0.038 0.034 0.035 0.009 0.029 0.001 0.001 27 D 0.106 0.291 0.353 0.073 0.044 0.045 0.029 0.004 0.050 0.004 0.001 28 E 0.045 0.132 0.687 0.004 0.012 0.031 0.009 0.001 0.074 0.002 0.004 29 P 0.101 0.006 0.806 0.008 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 30 Q 0.057 0.065 0.773 0.004 0.013 0.038 0.003 0.001 0.041 0.003 0.003 31 P 0.816 0.004 0.135 0.020 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 32 H 0.845 0.013 0.032 0.075 0.010 0.003 0.009 0.006 0.004 0.002 0.001 33 Q 0.618 0.022 0.054 0.272 0.008 0.012 0.006 0.002 0.004 0.001 0.001 34 F 0.337 0.119 0.240 0.178 0.038 0.053 0.010 0.004 0.017 0.002 0.001 35 N 0.176 0.110 0.094 0.465 0.037 0.049 0.029 0.004 0.034 0.002 0.001 36 S 0.148 0.227 0.356 0.084 0.149 0.017 0.004 0.003 0.005 0.006 0.001 37 T 0.239 0.038 0.043 0.645 0.009 0.008 0.005 0.005 0.008 0.001 0.001 38 Q 0.004 0.456 0.259 0.001 0.039 0.012 0.011 0.001 0.217 0.001 0.001 39 P 0.052 0.016 0.796 0.003 0.001 0.054 0.001 0.001 0.002 0.001 0.077 40 F 0.094 0.402 0.235 0.053 0.079 0.053 0.024 0.012 0.044 0.003 0.001 41 F 0.087 0.433 0.272 0.025 0.061 0.077 0.011 0.003 0.025 0.004 0.001 42 M 0.199 0.354 0.172 0.120 0.068 0.047 0.006 0.001 0.030 0.002 0.001 43 D 0.181 0.097 0.178 0.121 0.052 0.211 0.082 0.004 0.066 0.007 0.001 44 T 0.307 0.124 0.093 0.405 0.020 0.030 0.007 0.002 0.010 0.001 0.001 45 M 0.340 0.091 0.269 0.058 0.072 0.015 0.062 0.033 0.021 0.039 0.001 46 E 0.270 0.040 0.570 0.010 0.012 0.042 0.009 0.002 0.033 0.006 0.007 47 P 0.959 0.001 0.025 0.008 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 L 0.958 0.001 0.004 0.034 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 E 0.968 0.005 0.009 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 W 0.992 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 L 0.994 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 Q 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 W 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 L 0.954 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 I 0.892 0.007 0.015 0.029 0.001 0.008 0.003 0.001 0.047 0.001 0.001 57 P 0.972 0.001 0.009 0.011 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 58 R 0.959 0.001 0.003 0.031 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 M 0.982 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 H 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 D 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 L 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 L 0.976 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 D 0.901 0.005 0.009 0.074 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 65 N 0.289 0.010 0.024 0.662 0.004 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 66 K 0.034 0.004 0.011 0.131 0.003 0.020 0.714 0.073 0.009 0.002 0.001 67 Q 0.007 0.432 0.348 0.001 0.015 0.027 0.007 0.001 0.162 0.001 0.001 68 P 0.076 0.005 0.765 0.010 0.001 0.080 0.001 0.001 0.002 0.001 0.061 69 L 0.036 0.204 0.578 0.003 0.011 0.050 0.007 0.001 0.109 0.001 0.001 70 P 0.109 0.008 0.815 0.009 0.001 0.037 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 71 G 0.286 0.019 0.143 0.060 0.063 0.005 0.037 0.242 0.002 0.144 0.001 72 A 0.501 0.106 0.122 0.149 0.056 0.018 0.018 0.015 0.007 0.005 0.001 73 F 0.262 0.225 0.210 0.186 0.060 0.022 0.010 0.004 0.015 0.004 0.001 74 A 0.362 0.204 0.206 0.047 0.063 0.066 0.013 0.005 0.025 0.007 0.001 75 V 0.470 0.225 0.155 0.068 0.011 0.044 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 76 A 0.706 0.053 0.142 0.004 0.017 0.012 0.009 0.003 0.036 0.016 0.001 77 P 0.938 0.002 0.035 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 78 Y 0.969 0.006 0.005 0.012 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 79 Y 0.980 0.005 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 E 0.993 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 M 0.987 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 A 0.981 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 L 0.934 0.005 0.009 0.046 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 A 0.814 0.017 0.027 0.117 0.004 0.009 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 85 T 0.625 0.032 0.073 0.229 0.018 0.005 0.009 0.003 0.002 0.002 0.001 86 D 0.203 0.022 0.059 0.507 0.009 0.075 0.089 0.011 0.023 0.002 0.001 87 H 0.073 0.157 0.341 0.009 0.020 0.050 0.009 0.001 0.339 0.002 0.001 88 P 0.919 0.001 0.047 0.021 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 89 Q 0.803 0.006 0.011 0.152 0.003 0.005 0.008 0.008 0.003 0.002 0.001 90 R 0.888 0.012 0.035 0.055 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 A 0.943 0.004 0.018 0.014 0.002 0.004 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 92 L 0.980 0.002 0.004 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 I 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 E 0.989 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 L 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 K 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 L 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 D 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.962 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 F 0.832 0.004 0.014 0.137 0.001 0.005 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 105 A 0.602 0.026 0.079 0.251 0.006 0.013 0.012 0.003 0.006 0.004 0.001 106 D 0.487 0.035 0.168 0.202 0.020 0.021 0.041 0.008 0.011 0.006 0.001 107 D 0.591 0.023 0.070 0.202 0.010 0.029 0.043 0.016 0.012 0.002 0.001 108 A 0.701 0.037 0.079 0.113 0.016 0.014 0.019 0.009 0.007 0.004 0.001 109 S 0.693 0.044 0.091 0.114 0.016 0.018 0.008 0.004 0.009 0.003 0.001 110 L 0.696 0.054 0.066 0.138 0.011 0.015 0.009 0.002 0.008 0.001 0.001 111 E 0.672 0.082 0.089 0.098 0.017 0.014 0.014 0.003 0.008 0.002 0.001 112 H 0.533 0.094 0.112 0.178 0.025 0.018 0.019 0.004 0.014 0.002 0.001 113 H 0.364 0.092 0.148 0.222 0.023 0.040 0.071 0.009 0.027 0.003 0.001 114 H 0.424 0.146 0.136 0.176 0.029 0.029 0.031 0.006 0.019 0.004 0.001 115 H 0.324 0.148 0.152 0.236 0.029 0.038 0.038 0.006 0.025 0.004 0.001 116 H 0.223 0.148 0.197 0.252 0.038 0.038 0.055 0.015 0.028 0.006 0.001 117 H 0.198 0.210 0.271 0.127 0.066 0.031 0.044 0.017 0.022 0.014 0.001