# TARGET T0352 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.4528 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.079 0.363 0.121 0.009 0.225 0.007 0.013 0.064 0.034 0.046 0.039 2 T 0.032 0.473 0.245 0.007 0.121 0.005 0.011 0.063 0.016 0.015 0.012 3 T 0.036 0.109 0.048 0.006 0.052 0.007 0.018 0.449 0.163 0.086 0.025 4 H 0.011 0.090 0.046 0.010 0.036 0.008 0.011 0.643 0.111 0.027 0.007 5 D 0.003 0.008 0.004 0.002 0.006 0.004 0.008 0.853 0.076 0.031 0.006 6 R 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.940 0.034 0.012 0.001 7 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.039 0.009 0.001 8 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.021 0.001 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.008 0.001 0.001 10 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.016 0.004 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.020 0.001 0.001 12 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.015 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.007 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.030 0.004 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.030 0.001 0.001 16 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.011 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.975 0.019 0.003 0.001 18 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.928 0.066 0.004 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.883 0.104 0.003 0.001 20 E 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.084 0.794 0.081 0.031 0.001 21 H 0.015 0.433 0.097 0.007 0.111 0.005 0.024 0.193 0.058 0.049 0.009 22 Q 0.048 0.022 0.010 0.009 0.024 0.017 0.049 0.299 0.204 0.232 0.087 23 H 0.043 0.059 0.026 0.014 0.064 0.018 0.063 0.330 0.171 0.180 0.031 24 W 0.095 0.111 0.037 0.014 0.167 0.018 0.033 0.213 0.136 0.111 0.064 25 R 0.048 0.189 0.081 0.030 0.152 0.026 0.059 0.215 0.113 0.064 0.021 26 N 0.083 0.111 0.070 0.022 0.135 0.017 0.050 0.187 0.108 0.173 0.043 27 D 0.037 0.245 0.251 0.048 0.140 0.022 0.049 0.060 0.042 0.078 0.028 28 E 0.046 0.394 0.305 0.012 0.151 0.006 0.018 0.029 0.011 0.011 0.017 29 P 0.016 0.557 0.271 0.004 0.114 0.001 0.006 0.014 0.008 0.004 0.004 30 Q 0.012 0.636 0.235 0.002 0.071 0.001 0.002 0.018 0.014 0.005 0.004 31 P 0.005 0.008 0.002 0.001 0.007 0.003 0.014 0.315 0.628 0.013 0.005 32 H 0.006 0.012 0.004 0.002 0.008 0.004 0.021 0.316 0.485 0.132 0.009 33 Q 0.012 0.019 0.003 0.001 0.020 0.002 0.019 0.247 0.311 0.361 0.005 34 F 0.162 0.057 0.011 0.005 0.122 0.011 0.027 0.227 0.171 0.119 0.088 35 N 0.057 0.029 0.023 0.020 0.058 0.032 0.052 0.053 0.120 0.431 0.126 36 S 0.137 0.172 0.055 0.004 0.352 0.002 0.015 0.065 0.076 0.085 0.035 37 T 0.133 0.044 0.020 0.005 0.098 0.008 0.025 0.082 0.196 0.291 0.099 38 Q 0.021 0.378 0.246 0.033 0.163 0.012 0.030 0.072 0.031 0.011 0.005 39 P 0.260 0.128 0.028 0.006 0.382 0.008 0.035 0.057 0.027 0.016 0.053 40 F 0.175 0.131 0.039 0.033 0.387 0.048 0.034 0.040 0.033 0.038 0.041 41 F 0.233 0.108 0.009 0.004 0.519 0.006 0.009 0.030 0.013 0.017 0.052 42 M 0.165 0.157 0.039 0.023 0.342 0.022 0.020 0.050 0.034 0.081 0.068 43 D 0.208 0.077 0.019 0.009 0.296 0.011 0.064 0.060 0.039 0.114 0.104 44 T 0.093 0.147 0.082 0.010 0.129 0.008 0.017 0.082 0.131 0.227 0.073 45 M 0.038 0.293 0.192 0.041 0.113 0.014 0.025 0.115 0.092 0.054 0.023 46 E 0.011 0.414 0.318 0.013 0.056 0.005 0.013 0.121 0.037 0.008 0.003 47 P 0.008 0.010 0.004 0.001 0.011 0.003 0.017 0.546 0.378 0.016 0.006 48 L 0.006 0.012 0.003 0.003 0.009 0.004 0.017 0.655 0.249 0.037 0.005 49 E 0.008 0.010 0.003 0.003 0.013 0.009 0.043 0.690 0.177 0.042 0.003 50 W 0.022 0.020 0.004 0.002 0.048 0.006 0.027 0.724 0.120 0.020 0.008 51 L 0.050 0.027 0.005 0.003 0.094 0.005 0.017 0.596 0.159 0.028 0.016 52 Q 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.015 0.913 0.057 0.003 0.001 53 W 0.003 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.011 0.913 0.054 0.003 0.004 54 V 0.004 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.009 0.913 0.061 0.002 0.001 55 L 0.004 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.748 0.216 0.014 0.002 56 I 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.894 0.091 0.001 0.001 57 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.043 0.926 0.023 0.001 0.001 58 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.888 0.051 0.043 0.001 59 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.844 0.148 0.004 0.001 60 H 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.904 0.088 0.001 0.001 61 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.965 0.028 0.002 0.001 62 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.923 0.052 0.004 0.001 63 L 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.829 0.134 0.013 0.001 64 D 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.003 0.041 0.716 0.174 0.051 0.003 65 N 0.003 0.608 0.142 0.006 0.089 0.005 0.029 0.083 0.021 0.013 0.002 66 K 0.056 0.005 0.003 0.002 0.013 0.002 0.008 0.025 0.043 0.596 0.246 67 Q 0.037 0.411 0.282 0.016 0.169 0.007 0.021 0.031 0.010 0.007 0.009 68 P 0.041 0.386 0.200 0.019 0.193 0.012 0.028 0.049 0.026 0.026 0.020 69 L 0.052 0.395 0.319 0.022 0.122 0.006 0.017 0.021 0.014 0.013 0.020 70 P 0.031 0.312 0.140 0.045 0.093 0.061 0.054 0.119 0.086 0.035 0.024 71 G 0.012 0.040 0.028 0.030 0.025 0.052 0.079 0.215 0.317 0.183 0.020 72 A 0.066 0.077 0.027 0.018 0.098 0.024 0.073 0.282 0.169 0.130 0.037 73 F 0.061 0.108 0.036 0.010 0.122 0.027 0.034 0.198 0.154 0.177 0.072 74 A 0.077 0.095 0.033 0.007 0.122 0.005 0.030 0.339 0.131 0.108 0.053 75 V 0.077 0.100 0.026 0.006 0.082 0.006 0.013 0.263 0.206 0.168 0.055 76 A 0.009 0.072 0.034 0.008 0.039 0.006 0.015 0.738 0.072 0.003 0.004 77 P 0.007 0.016 0.007 0.002 0.015 0.006 0.027 0.878 0.038 0.003 0.003 78 Y 0.007 0.012 0.006 0.004 0.008 0.003 0.013 0.853 0.055 0.035 0.003 79 Y 0.006 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.892 0.081 0.010 0.002 80 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.006 0.920 0.060 0.002 0.001 81 M 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 0.936 0.033 0.005 0.001 82 A 0.003 0.003 0.003 0.001 0.007 0.006 0.032 0.878 0.056 0.009 0.001 83 L 0.015 0.019 0.005 0.002 0.017 0.003 0.018 0.736 0.121 0.055 0.009 84 A 0.014 0.036 0.014 0.005 0.023 0.019 0.070 0.586 0.144 0.080 0.010 85 T 0.015 0.212 0.086 0.024 0.075 0.030 0.112 0.269 0.079 0.084 0.013 86 D 0.123 0.044 0.033 0.012 0.080 0.011 0.037 0.075 0.067 0.372 0.146 87 H 0.038 0.326 0.207 0.024 0.128 0.007 0.014 0.160 0.054 0.026 0.015 88 P 0.012 0.076 0.027 0.006 0.036 0.012 0.027 0.579 0.170 0.042 0.012 89 Q 0.012 0.035 0.011 0.003 0.018 0.006 0.026 0.636 0.160 0.085 0.009 90 R 0.007 0.019 0.009 0.003 0.013 0.003 0.007 0.778 0.109 0.050 0.003 91 A 0.001 0.012 0.007 0.001 0.006 0.004 0.006 0.896 0.055 0.010 0.002 92 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.959 0.031 0.003 0.001 93 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.043 0.008 0.001 94 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.037 0.001 0.001 95 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.982 0.013 0.001 0.001 96 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.963 0.026 0.006 0.001 97 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.946 0.048 0.003 0.001 98 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.934 0.048 0.001 0.001 99 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.940 0.033 0.021 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.925 0.060 0.008 0.001 101 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.889 0.098 0.003 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.912 0.071 0.004 0.001 103 L 0.001 0.003 0.003 0.001 0.003 0.006 0.050 0.859 0.062 0.011 0.001 104 F 0.014 0.019 0.006 0.002 0.015 0.003 0.022 0.629 0.108 0.166 0.017 105 A 0.023 0.084 0.037 0.011 0.038 0.027 0.058 0.445 0.104 0.151 0.023 106 D 0.030 0.209 0.097 0.018 0.120 0.019 0.040 0.231 0.075 0.129 0.032 107 D 0.095 0.054 0.025 0.005 0.108 0.004 0.013 0.278 0.135 0.190 0.093 108 A 0.019 0.039 0.013 0.004 0.037 0.005 0.021 0.582 0.185 0.084 0.013 109 S 0.021 0.055 0.021 0.005 0.046 0.006 0.025 0.630 0.108 0.074 0.011 110 L 0.031 0.038 0.014 0.005 0.044 0.005 0.013 0.619 0.147 0.067 0.016 111 E 0.019 0.036 0.016 0.008 0.038 0.016 0.037 0.667 0.119 0.034 0.010 112 H 0.039 0.061 0.027 0.012 0.064 0.015 0.054 0.524 0.105 0.079 0.020 113 H 0.064 0.062 0.033 0.015 0.082 0.017 0.041 0.378 0.116 0.152 0.038 114 H 0.073 0.088 0.028 0.017 0.094 0.018 0.037 0.314 0.144 0.145 0.041 115 H 0.064 0.082 0.037 0.023 0.093 0.024 0.056 0.291 0.155 0.138 0.037 116 H 0.072 0.110 0.054 0.025 0.119 0.025 0.056 0.251 0.127 0.122 0.040 117 H 0.108 0.141 0.059 0.022 0.162 0.018 0.036 0.194 0.099 0.111 0.050