# TARGET T0352 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0352.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.4528 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.685 0.209 0.067 0.028 0.009 0.002 0.001 2 T 0.701 0.191 0.061 0.030 0.013 0.004 0.001 3 T 0.418 0.325 0.158 0.077 0.019 0.003 0.001 4 H 0.162 0.284 0.269 0.201 0.072 0.012 0.001 5 D 0.579 0.275 0.102 0.034 0.009 0.002 0.001 6 R 0.149 0.407 0.313 0.106 0.022 0.003 0.001 7 V 0.014 0.017 0.048 0.241 0.477 0.198 0.007 8 R 0.031 0.156 0.294 0.336 0.151 0.030 0.001 9 L 0.113 0.469 0.304 0.094 0.017 0.002 0.001 10 Q 0.009 0.037 0.158 0.349 0.335 0.109 0.004 11 L 0.003 0.003 0.007 0.040 0.264 0.628 0.055 12 Q 0.053 0.215 0.373 0.281 0.067 0.010 0.001 13 A 0.054 0.228 0.358 0.271 0.080 0.009 0.001 14 L 0.017 0.017 0.035 0.135 0.398 0.380 0.018 15 E 0.054 0.103 0.207 0.345 0.234 0.056 0.001 16 A 0.416 0.408 0.124 0.040 0.011 0.002 0.001 17 L 0.150 0.219 0.304 0.259 0.061 0.008 0.001 18 L 0.194 0.096 0.112 0.226 0.273 0.096 0.003 19 R 0.469 0.336 0.137 0.046 0.010 0.001 0.001 20 E 0.673 0.249 0.057 0.016 0.004 0.001 0.001 21 H 0.504 0.216 0.174 0.080 0.023 0.003 0.001 22 Q 0.780 0.166 0.038 0.013 0.003 0.001 0.001 23 H 0.615 0.234 0.094 0.041 0.013 0.002 0.001 24 W 0.434 0.190 0.165 0.138 0.063 0.010 0.001 25 R 0.499 0.231 0.144 0.095 0.028 0.004 0.001 26 N 0.684 0.215 0.068 0.026 0.007 0.001 0.001 27 D 0.550 0.247 0.132 0.055 0.014 0.002 0.001 28 E 0.670 0.237 0.065 0.023 0.004 0.001 0.001 29 P 0.599 0.212 0.101 0.064 0.021 0.003 0.001 30 Q 0.809 0.146 0.032 0.010 0.003 0.001 0.001 31 P 0.840 0.115 0.031 0.011 0.003 0.001 0.001 32 H 0.667 0.232 0.073 0.023 0.004 0.001 0.001 33 Q 0.478 0.281 0.143 0.071 0.021 0.006 0.001 34 F 0.285 0.190 0.192 0.191 0.115 0.025 0.002 35 N 0.471 0.289 0.150 0.066 0.019 0.004 0.001 36 S 0.328 0.211 0.191 0.167 0.082 0.019 0.002 37 T 0.395 0.326 0.178 0.068 0.023 0.008 0.002 38 Q 0.200 0.246 0.229 0.198 0.097 0.027 0.003 39 P 0.099 0.086 0.124 0.208 0.273 0.181 0.028 40 F 0.104 0.071 0.074 0.122 0.190 0.319 0.120 41 F 0.169 0.105 0.080 0.130 0.169 0.245 0.100 42 M 0.078 0.080 0.086 0.136 0.207 0.265 0.148 43 D 0.044 0.057 0.088 0.189 0.238 0.264 0.119 44 T 0.106 0.094 0.099 0.135 0.198 0.260 0.108 45 M 0.233 0.170 0.154 0.179 0.151 0.094 0.019 46 E 0.356 0.236 0.196 0.120 0.050 0.031 0.010 47 P 0.342 0.152 0.147 0.146 0.117 0.078 0.017 48 L 0.410 0.194 0.134 0.111 0.085 0.053 0.014 49 E 0.375 0.256 0.149 0.116 0.061 0.037 0.007 50 W 0.324 0.158 0.155 0.156 0.126 0.068 0.013 51 L 0.197 0.129 0.124 0.162 0.182 0.179 0.027 52 Q 0.126 0.159 0.193 0.239 0.152 0.107 0.024 53 W 0.190 0.137 0.132 0.146 0.164 0.176 0.054 54 V 0.203 0.108 0.130 0.178 0.163 0.156 0.061 55 L 0.189 0.090 0.070 0.112 0.157 0.288 0.094 56 I 0.145 0.173 0.169 0.198 0.153 0.120 0.043 57 P 0.098 0.142 0.220 0.253 0.175 0.094 0.018 58 R 0.046 0.065 0.127 0.246 0.282 0.206 0.028 59 M 0.090 0.055 0.050 0.128 0.282 0.351 0.044 60 H 0.170 0.292 0.243 0.190 0.082 0.022 0.001 61 D 0.103 0.245 0.301 0.272 0.071 0.009 0.001 62 L 0.037 0.038 0.057 0.177 0.365 0.301 0.026 63 L 0.035 0.087 0.157 0.325 0.302 0.090 0.004 64 D 0.283 0.404 0.206 0.078 0.023 0.005 0.001 65 N 0.267 0.309 0.245 0.132 0.040 0.007 0.001 66 K 0.391 0.282 0.162 0.103 0.046 0.014 0.002 67 Q 0.248 0.266 0.206 0.149 0.091 0.035 0.004 68 P 0.304 0.247 0.180 0.138 0.083 0.039 0.009 69 L 0.139 0.139 0.167 0.249 0.200 0.091 0.014 70 P 0.146 0.200 0.220 0.227 0.137 0.057 0.012 71 G 0.249 0.313 0.214 0.134 0.057 0.025 0.007 72 A 0.142 0.217 0.206 0.182 0.145 0.087 0.021 73 F 0.034 0.054 0.110 0.227 0.308 0.218 0.049 74 A 0.063 0.087 0.137 0.199 0.220 0.213 0.081 75 V 0.025 0.025 0.025 0.052 0.127 0.400 0.348 76 A 0.036 0.057 0.082 0.150 0.204 0.260 0.211 77 P 0.039 0.073 0.118 0.156 0.170 0.243 0.201 78 Y 0.027 0.045 0.070 0.123 0.177 0.286 0.272 79 Y 0.015 0.023 0.038 0.088 0.183 0.410 0.242 80 E 0.025 0.082 0.137 0.249 0.266 0.185 0.056 81 M 0.078 0.177 0.194 0.209 0.178 0.131 0.032 82 A 0.025 0.108 0.207 0.292 0.237 0.117 0.013 83 L 0.021 0.039 0.100 0.286 0.386 0.160 0.008 84 A 0.200 0.358 0.274 0.126 0.036 0.006 0.001 85 T 0.495 0.334 0.116 0.042 0.010 0.002 0.001 86 D 0.466 0.296 0.151 0.066 0.017 0.004 0.001 87 H 0.420 0.277 0.172 0.098 0.029 0.004 0.001 88 P 0.741 0.183 0.045 0.019 0.009 0.002 0.001 89 Q 0.293 0.327 0.221 0.114 0.037 0.008 0.001 90 R 0.106 0.184 0.222 0.264 0.164 0.055 0.004 91 A 0.141 0.285 0.286 0.195 0.076 0.016 0.001 92 L 0.062 0.210 0.337 0.254 0.111 0.025 0.002 93 I 0.012 0.013 0.028 0.118 0.359 0.429 0.041 94 L 0.009 0.045 0.122 0.289 0.322 0.199 0.015 95 A 0.039 0.221 0.322 0.239 0.121 0.051 0.007 96 E 0.004 0.029 0.126 0.304 0.362 0.164 0.011 97 L 0.002 0.003 0.009 0.046 0.263 0.603 0.074 98 E 0.046 0.220 0.335 0.270 0.102 0.025 0.001 99 K 0.023 0.167 0.349 0.325 0.118 0.018 0.001 100 L 0.003 0.006 0.019 0.107 0.380 0.444 0.042 101 D 0.011 0.069 0.177 0.364 0.294 0.081 0.003 102 A 0.124 0.415 0.276 0.127 0.046 0.012 0.001 103 L 0.021 0.070 0.177 0.364 0.280 0.083 0.004 104 F 0.022 0.056 0.134 0.316 0.346 0.120 0.006 105 A 0.299 0.411 0.202 0.070 0.016 0.002 0.001 106 D 0.517 0.315 0.121 0.038 0.008 0.001 0.001 107 D 0.528 0.269 0.130 0.057 0.014 0.002 0.001 108 A 0.605 0.248 0.097 0.039 0.009 0.001 0.001 109 S 0.623 0.229 0.094 0.041 0.011 0.001 0.001 110 L 0.438 0.247 0.175 0.104 0.032 0.004 0.001 111 E 0.641 0.242 0.079 0.030 0.007 0.001 0.001 112 H 0.599 0.230 0.103 0.051 0.014 0.002 0.001 113 H 0.545 0.238 0.124 0.067 0.022 0.004 0.001 114 H 0.541 0.228 0.124 0.077 0.026 0.004 0.001 115 H 0.658 0.210 0.084 0.035 0.011 0.002 0.001 116 H 0.692 0.183 0.076 0.036 0.011 0.002 0.001 117 H 0.647 0.199 0.093 0.044 0.014 0.003 0.001