# TARGET T0351 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.005 0.891 0.001 0.003 0.031 0.001 0.001 0.002 0.040 0.007 0.012 0.009 2 I 0.001 0.060 0.769 0.001 0.005 0.087 0.001 0.001 0.006 0.019 0.014 0.003 0.037 3 L 0.003 0.015 0.165 0.002 0.027 0.654 0.001 0.001 0.004 0.058 0.051 0.008 0.012 4 Y 0.004 0.001 0.065 0.006 0.059 0.752 0.001 0.001 0.002 0.039 0.057 0.004 0.010 5 D 0.010 0.003 0.056 0.004 0.096 0.737 0.002 0.001 0.004 0.016 0.041 0.009 0.020 6 A 0.015 0.006 0.041 0.003 0.082 0.739 0.005 0.003 0.009 0.015 0.036 0.012 0.037 7 I 0.016 0.009 0.049 0.006 0.085 0.646 0.006 0.006 0.014 0.030 0.092 0.017 0.024 8 M 0.037 0.011 0.071 0.027 0.080 0.432 0.011 0.003 0.013 0.043 0.207 0.028 0.039 9 Y 0.030 0.013 0.216 0.009 0.052 0.262 0.015 0.004 0.018 0.113 0.152 0.039 0.078 10 K 0.032 0.070 0.245 0.010 0.024 0.090 0.014 0.005 0.025 0.162 0.128 0.045 0.149 11 Y 0.004 0.020 0.464 0.006 0.026 0.042 0.002 0.001 0.014 0.247 0.057 0.066 0.052 12 P 0.001 0.004 0.192 0.013 0.085 0.039 0.001 0.001 0.002 0.185 0.452 0.005 0.022 13 N 0.002 0.011 0.158 0.023 0.075 0.027 0.001 0.001 0.003 0.213 0.467 0.009 0.012 14 A 0.005 0.027 0.439 0.004 0.062 0.018 0.002 0.001 0.014 0.210 0.111 0.040 0.068 15 V 0.006 0.039 0.467 0.007 0.034 0.010 0.005 0.003 0.026 0.191 0.064 0.066 0.083 16 S 0.004 0.046 0.435 0.020 0.067 0.016 0.003 0.010 0.022 0.161 0.088 0.034 0.094 17 R 0.003 0.024 0.401 0.033 0.134 0.015 0.002 0.002 0.009 0.193 0.120 0.021 0.043 18 K 0.004 0.012 0.211 0.078 0.131 0.017 0.002 0.002 0.009 0.219 0.251 0.029 0.035 19 D 0.010 0.004 0.221 0.151 0.063 0.012 0.005 0.001 0.016 0.206 0.173 0.045 0.092 20 F 0.064 0.018 0.243 0.009 0.008 0.008 0.042 0.024 0.106 0.040 0.008 0.155 0.275 21 E 0.159 0.017 0.093 0.009 0.002 0.006 0.073 0.057 0.103 0.009 0.002 0.271 0.198 22 L 0.247 0.024 0.070 0.023 0.002 0.007 0.069 0.035 0.068 0.007 0.003 0.067 0.378 23 R 0.131 0.017 0.174 0.057 0.003 0.006 0.031 0.024 0.087 0.023 0.010 0.270 0.168 24 N 0.029 0.026 0.255 0.019 0.015 0.008 0.006 0.005 0.039 0.231 0.119 0.050 0.199 25 D 0.003 0.014 0.330 0.014 0.026 0.007 0.001 0.001 0.008 0.284 0.245 0.023 0.046 26 G 0.001 0.011 0.186 0.006 0.022 0.006 0.001 0.001 0.002 0.352 0.376 0.021 0.017 27 N 0.002 0.008 0.228 0.012 0.021 0.009 0.001 0.001 0.001 0.338 0.346 0.007 0.027 28 G 0.019 0.014 0.316 0.012 0.021 0.021 0.002 0.001 0.003 0.357 0.118 0.052 0.066 29 S 0.091 0.021 0.314 0.011 0.023 0.056 0.007 0.001 0.007 0.136 0.066 0.068 0.199 30 Y 0.218 0.029 0.146 0.006 0.015 0.055 0.022 0.005 0.015 0.050 0.030 0.214 0.195 31 I 0.180 0.019 0.137 0.031 0.018 0.060 0.019 0.004 0.013 0.026 0.018 0.048 0.426 32 E 0.190 0.012 0.095 0.093 0.019 0.045 0.012 0.001 0.006 0.046 0.023 0.377 0.080 33 K 0.168 0.009 0.089 0.040 0.030 0.037 0.011 0.001 0.006 0.040 0.024 0.059 0.485 34 W 0.145 0.012 0.163 0.036 0.057 0.047 0.015 0.001 0.009 0.083 0.060 0.191 0.182 35 N 0.171 0.018 0.192 0.014 0.018 0.017 0.015 0.001 0.010 0.048 0.039 0.160 0.299 36 L 0.090 0.022 0.275 0.005 0.016 0.019 0.012 0.001 0.017 0.064 0.032 0.156 0.291 37 R 0.069 0.030 0.471 0.013 0.010 0.012 0.006 0.001 0.015 0.078 0.044 0.088 0.164 38 A 0.008 0.027 0.668 0.004 0.007 0.006 0.001 0.001 0.011 0.116 0.032 0.059 0.061 39 P 0.001 0.015 0.658 0.003 0.007 0.005 0.001 0.001 0.004 0.184 0.076 0.006 0.040 40 L 0.001 0.022 0.618 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 0.004 0.271 0.046 0.018 0.010 41 P 0.001 0.025 0.795 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.002 0.129 0.019 0.006 0.016 42 T 0.001 0.029 0.763 0.001 0.003 0.028 0.001 0.001 0.002 0.148 0.011 0.001 0.017 43 Q 0.001 0.001 0.014 0.001 0.028 0.906 0.001 0.001 0.001 0.017 0.033 0.001 0.001 44 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 0.937 0.001 0.001 0.001 0.004 0.034 0.001 0.001 45 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.013 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.001 0.001 46 L 0.001 0.001 0.008 0.001 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 47 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 48 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 49 W 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 50 W 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 51 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 52 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.001 0.001 53 L 0.001 0.001 0.014 0.001 0.009 0.894 0.001 0.001 0.001 0.011 0.071 0.001 0.001 54 Q 0.001 0.003 0.046 0.001 0.021 0.662 0.001 0.001 0.001 0.033 0.232 0.001 0.001 55 K 0.001 0.004 0.119 0.001 0.019 0.437 0.001 0.001 0.001 0.096 0.321 0.001 0.002 56 N 0.001 0.005 0.545 0.001 0.007 0.054 0.001 0.001 0.001 0.334 0.050 0.002 0.002 57 P 0.001 0.011 0.780 0.001 0.024 0.027 0.001 0.001 0.001 0.080 0.072 0.001 0.003 58 P 0.001 0.008 0.315 0.001 0.084 0.047 0.001 0.001 0.001 0.153 0.385 0.002 0.003 59 Y 0.001 0.020 0.237 0.001 0.086 0.039 0.001 0.001 0.001 0.252 0.352 0.004 0.007 60 E 0.001 0.011 0.591 0.001 0.018 0.024 0.001 0.001 0.001 0.305 0.042 0.003 0.004 61 P 0.001 0.007 0.757 0.001 0.007 0.050 0.001 0.001 0.002 0.143 0.027 0.001 0.007 62 P 0.001 0.005 0.158 0.001 0.055 0.612 0.001 0.001 0.001 0.041 0.124 0.001 0.003 63 D 0.001 0.004 0.081 0.001 0.054 0.681 0.001 0.001 0.001 0.055 0.117 0.003 0.003 64 Q 0.001 0.003 0.079 0.001 0.050 0.790 0.001 0.001 0.001 0.028 0.040 0.002 0.006 65 V 0.001 0.003 0.064 0.001 0.020 0.868 0.001 0.001 0.002 0.016 0.020 0.002 0.004 66 E 0.001 0.002 0.035 0.001 0.017 0.905 0.001 0.001 0.001 0.012 0.021 0.003 0.003 67 L 0.002 0.002 0.022 0.001 0.021 0.909 0.001 0.001 0.001 0.009 0.029 0.001 0.002 68 L 0.001 0.001 0.014 0.001 0.014 0.932 0.001 0.001 0.001 0.008 0.027 0.001 0.001 69 A 0.001 0.001 0.017 0.001 0.027 0.902 0.001 0.001 0.001 0.010 0.039 0.001 0.001 70 Q 0.001 0.001 0.019 0.001 0.018 0.897 0.001 0.001 0.001 0.013 0.048 0.001 0.001 71 E 0.001 0.002 0.033 0.001 0.014 0.832 0.001 0.001 0.002 0.016 0.099 0.001 0.002 72 L 0.001 0.003 0.076 0.001 0.011 0.768 0.001 0.001 0.001 0.040 0.097 0.001 0.001 73 S 0.001 0.004 0.119 0.001 0.013 0.717 0.001 0.001 0.002 0.044 0.097 0.001 0.002 74 Q 0.001 0.001 0.078 0.001 0.018 0.826 0.001 0.001 0.001 0.028 0.048 0.001 0.001 75 E 0.001 0.001 0.031 0.001 0.013 0.916 0.001 0.001 0.001 0.013 0.025 0.001 0.001 76 K 0.001 0.001 0.013 0.001 0.012 0.934 0.001 0.001 0.001 0.005 0.034 0.001 0.001 77 L 0.001 0.001 0.015 0.001 0.008 0.937 0.001 0.001 0.001 0.007 0.032 0.001 0.001 78 A 0.001 0.001 0.015 0.001 0.003 0.948 0.001 0.001 0.001 0.010 0.023 0.001 0.001 79 R 0.001 0.001 0.009 0.001 0.004 0.951 0.001 0.001 0.001 0.006 0.028 0.001 0.001 80 K 0.001 0.001 0.017 0.001 0.006 0.939 0.001 0.001 0.001 0.011 0.025 0.001 0.001 81 Q 0.001 0.001 0.025 0.001 0.008 0.934 0.001 0.001 0.001 0.005 0.026 0.001 0.001 82 L 0.001 0.001 0.016 0.001 0.011 0.946 0.001 0.001 0.001 0.006 0.019 0.001 0.001 83 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.007 0.959 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 0.001 0.001 84 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.008 0.942 0.001 0.001 0.001 0.005 0.036 0.001 0.001 85 L 0.001 0.001 0.022 0.001 0.010 0.875 0.001 0.001 0.001 0.010 0.079 0.001 0.001 86 N 0.001 0.001 0.046 0.001 0.015 0.816 0.001 0.001 0.001 0.017 0.102 0.001 0.001 87 K 0.001 0.002 0.058 0.001 0.023 0.752 0.001 0.001 0.001 0.057 0.104 0.001 0.002 88 T 0.001 0.004 0.064 0.001 0.016 0.811 0.001 0.001 0.001 0.029 0.073 0.001 0.001 89 L 0.001 0.004 0.063 0.001 0.013 0.813 0.001 0.001 0.001 0.025 0.079 0.001 0.002 90 G 0.001 0.003 0.082 0.001 0.027 0.751 0.001 0.001 0.001 0.039 0.092 0.002 0.002 91 N 0.001 0.002 0.061 0.001 0.044 0.761 0.001 0.001 0.002 0.046 0.075 0.002 0.004 92 E 0.002 0.006 0.049 0.001 0.048 0.780 0.001 0.001 0.002 0.032 0.073 0.002 0.005 93 L 0.001 0.002 0.033 0.001 0.068 0.793 0.001 0.001 0.002 0.028 0.069 0.001 0.003 94 S 0.001 0.001 0.024 0.002 0.044 0.743 0.001 0.001 0.001 0.030 0.148 0.002 0.002 95 D 0.002 0.001 0.045 0.002 0.043 0.537 0.001 0.001 0.002 0.062 0.298 0.002 0.006 96 I 0.010 0.009 0.262 0.002 0.018 0.469 0.002 0.001 0.013 0.094 0.066 0.014 0.041 97 K 0.075 0.031 0.145 0.013 0.019 0.365 0.013 0.008 0.034 0.047 0.052 0.109 0.089 98 L 0.158 0.008 0.100 0.014 0.025 0.346 0.016 0.023 0.053 0.035 0.029 0.055 0.138 99 S 0.188 0.005 0.073 0.133 0.028 0.302 0.017 0.029 0.031 0.036 0.029 0.057 0.072 100 L 0.344 0.007 0.037 0.011 0.029 0.259 0.046 0.049 0.034 0.012 0.020 0.049 0.102 101 L 0.378 0.005 0.033 0.020 0.043 0.260 0.052 0.039 0.017 0.015 0.029 0.035 0.073 102 S 0.394 0.009 0.068 0.007 0.025 0.161 0.048 0.024 0.026 0.024 0.055 0.086 0.074 103 L 0.187 0.012 0.212 0.013 0.020 0.138 0.014 0.007 0.020 0.072 0.083 0.055 0.168 104 K 0.074 0.014 0.253 0.013 0.020 0.134 0.004 0.003 0.010 0.163 0.165 0.073 0.074 105 G 0.032 0.012 0.266 0.014 0.032 0.143 0.001 0.001 0.005 0.220 0.188 0.028 0.057 106 D 0.030 0.015 0.280 0.008 0.040 0.220 0.002 0.001 0.007 0.176 0.122 0.044 0.057 107 Y 0.041 0.016 0.202 0.008 0.054 0.401 0.004 0.003 0.010 0.065 0.077 0.019 0.102 108 A 0.042 0.012 0.153 0.011 0.046 0.501 0.004 0.003 0.012 0.065 0.053 0.066 0.034 109 E 0.032 0.014 0.114 0.006 0.051 0.544 0.005 0.004 0.012 0.055 0.065 0.024 0.073 110 L 0.022 0.009 0.094 0.007 0.066 0.622 0.003 0.003 0.007 0.051 0.062 0.018 0.036 111 E 0.022 0.010 0.125 0.010 0.072 0.560 0.003 0.001 0.004 0.059 0.077 0.023 0.034 112 H 0.027 0.012 0.136 0.005 0.090 0.449 0.003 0.001 0.005 0.070 0.126 0.028 0.047 113 H 0.020 0.009 0.183 0.003 0.068 0.389 0.002 0.001 0.004 0.112 0.146 0.026 0.038 114 H 0.013 0.019 0.233 0.004 0.041 0.255 0.002 0.001 0.005 0.192 0.167 0.030 0.038 115 H 0.005 0.025 0.373 0.001 0.026 0.180 0.002 0.001 0.005 0.145 0.189 0.017 0.033 116 H 0.001 0.016 0.747 0.001 0.010 0.074 0.001 0.001 0.007 0.035 0.083 0.007 0.019 117 H 0.001 0.001 0.976 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.003