# TARGET T0351 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0351/T0351.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.061 0.010 0.182 0.302 0.001 0.029 0.003 0.001 0.003 0.003 0.024 0.041 0.317 0.001 0.002 0.021 2 I 0.013 0.017 0.100 0.109 0.011 0.257 0.006 0.001 0.001 0.001 0.029 0.043 0.407 0.001 0.001 0.003 3 L 0.001 0.028 0.007 0.060 0.010 0.229 0.004 0.005 0.001 0.001 0.173 0.049 0.428 0.003 0.001 0.001 4 Y 0.001 0.068 0.009 0.049 0.001 0.033 0.003 0.008 0.003 0.001 0.044 0.235 0.534 0.002 0.007 0.003 5 D 0.002 0.010 0.006 0.041 0.001 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 0.033 0.854 0.001 0.004 0.011 6 A 0.013 0.007 0.046 0.033 0.001 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.014 0.030 0.802 0.006 0.002 0.027 7 I 0.004 0.017 0.065 0.049 0.001 0.020 0.010 0.001 0.001 0.001 0.007 0.019 0.792 0.004 0.005 0.005 8 M 0.002 0.053 0.078 0.226 0.004 0.015 0.015 0.003 0.001 0.001 0.007 0.009 0.520 0.018 0.011 0.036 9 Y 0.012 0.016 0.092 0.279 0.020 0.073 0.040 0.005 0.003 0.002 0.011 0.007 0.357 0.017 0.018 0.049 10 K 0.016 0.159 0.315 0.251 0.006 0.011 0.013 0.012 0.003 0.002 0.013 0.006 0.081 0.009 0.018 0.086 11 Y 0.035 0.027 0.098 0.247 0.062 0.310 0.054 0.005 0.007 0.009 0.009 0.019 0.071 0.016 0.006 0.022 12 P 0.032 0.191 0.148 0.131 0.011 0.112 0.015 0.072 0.003 0.004 0.173 0.012 0.061 0.006 0.018 0.012 13 N 0.016 0.207 0.029 0.198 0.004 0.138 0.005 0.015 0.053 0.015 0.055 0.199 0.032 0.002 0.007 0.025 14 A 0.101 0.084 0.230 0.238 0.010 0.030 0.017 0.005 0.016 0.004 0.095 0.053 0.074 0.003 0.006 0.036 15 V 0.028 0.086 0.440 0.243 0.013 0.049 0.020 0.007 0.003 0.002 0.009 0.047 0.031 0.005 0.005 0.013 16 S 0.011 0.024 0.093 0.144 0.025 0.504 0.011 0.032 0.003 0.008 0.038 0.013 0.072 0.002 0.009 0.009 17 R 0.009 0.187 0.031 0.088 0.023 0.129 0.011 0.018 0.015 0.008 0.369 0.033 0.049 0.009 0.004 0.016 18 K 0.056 0.174 0.057 0.157 0.005 0.060 0.017 0.035 0.027 0.006 0.057 0.253 0.051 0.009 0.025 0.011 19 D 0.020 0.162 0.455 0.147 0.001 0.014 0.007 0.004 0.025 0.003 0.005 0.028 0.053 0.001 0.020 0.056 20 F 0.053 0.010 0.427 0.412 0.001 0.009 0.002 0.001 0.004 0.001 0.013 0.003 0.027 0.001 0.001 0.036 21 E 0.023 0.009 0.398 0.534 0.008 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.002 22 L 0.002 0.008 0.023 0.573 0.262 0.098 0.014 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 23 R 0.001 0.061 0.011 0.293 0.285 0.178 0.006 0.112 0.004 0.002 0.023 0.004 0.011 0.002 0.005 0.002 24 N 0.002 0.022 0.003 0.026 0.588 0.043 0.069 0.040 0.030 0.048 0.057 0.012 0.005 0.050 0.002 0.004 25 D 0.018 0.052 0.010 0.016 0.008 0.019 0.003 0.486 0.018 0.010 0.042 0.042 0.008 0.001 0.264 0.003 26 G 0.015 0.017 0.022 0.008 0.030 0.010 0.050 0.007 0.206 0.199 0.062 0.038 0.015 0.057 0.006 0.258 27 N 0.439 0.076 0.057 0.030 0.001 0.014 0.007 0.065 0.007 0.003 0.015 0.072 0.020 0.001 0.183 0.009 28 G 0.037 0.039 0.377 0.074 0.002 0.039 0.005 0.004 0.117 0.061 0.014 0.020 0.031 0.001 0.004 0.176 29 S 0.472 0.052 0.116 0.194 0.002 0.060 0.003 0.002 0.003 0.003 0.019 0.043 0.024 0.001 0.001 0.005 30 Y 0.013 0.067 0.244 0.364 0.004 0.144 0.002 0.005 0.002 0.001 0.079 0.029 0.039 0.001 0.001 0.004 31 I 0.005 0.045 0.074 0.399 0.015 0.248 0.008 0.003 0.002 0.001 0.036 0.076 0.085 0.001 0.001 0.002 32 E 0.003 0.289 0.056 0.355 0.004 0.062 0.005 0.008 0.002 0.001 0.033 0.055 0.119 0.001 0.002 0.005 33 K 0.010 0.045 0.087 0.680 0.007 0.029 0.006 0.008 0.010 0.001 0.017 0.011 0.054 0.008 0.004 0.023 34 W 0.022 0.028 0.479 0.338 0.002 0.028 0.004 0.008 0.002 0.001 0.008 0.006 0.050 0.001 0.012 0.009 35 N 0.013 0.049 0.159 0.638 0.006 0.044 0.003 0.003 0.005 0.003 0.011 0.005 0.031 0.003 0.001 0.026 36 L 0.038 0.022 0.063 0.661 0.017 0.113 0.005 0.005 0.001 0.001 0.029 0.006 0.031 0.003 0.002 0.004 37 R 0.004 0.250 0.140 0.536 0.011 0.013 0.006 0.006 0.002 0.001 0.003 0.008 0.008 0.003 0.002 0.007 38 A 0.008 0.012 0.046 0.804 0.010 0.076 0.004 0.007 0.004 0.003 0.005 0.002 0.009 0.001 0.003 0.006 39 P 0.023 0.150 0.259 0.448 0.010 0.037 0.007 0.006 0.005 0.006 0.019 0.005 0.008 0.001 0.001 0.015 40 L 0.034 0.055 0.040 0.539 0.014 0.256 0.003 0.005 0.005 0.005 0.013 0.019 0.007 0.001 0.001 0.003 41 P 0.012 0.142 0.131 0.358 0.011 0.132 0.003 0.017 0.003 0.007 0.135 0.025 0.019 0.001 0.001 0.003 42 T 0.002 0.027 0.003 0.022 0.001 0.761 0.001 0.004 0.002 0.003 0.031 0.122 0.021 0.001 0.001 0.001 43 Q 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.874 0.032 0.059 0.001 0.001 0.001 44 A 0.001 0.008 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.842 0.116 0.001 0.001 0.001 45 E 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.027 0.950 0.001 0.001 0.004 46 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.982 0.001 0.001 0.001 47 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.980 0.001 0.001 0.001 48 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.986 0.001 0.001 0.001 49 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 50 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 51 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 0.001 52 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.986 0.006 0.001 0.003 53 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.013 0.015 0.009 54 Q 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.894 0.025 0.013 0.034 55 K 0.020 0.018 0.057 0.014 0.001 0.001 0.020 0.004 0.004 0.001 0.003 0.003 0.328 0.127 0.058 0.342 56 N 0.030 0.021 0.310 0.024 0.002 0.018 0.102 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.292 0.013 0.073 0.101 57 P 0.048 0.048 0.328 0.030 0.004 0.098 0.070 0.005 0.001 0.002 0.054 0.008 0.220 0.016 0.012 0.055 58 P 0.062 0.171 0.058 0.136 0.004 0.092 0.017 0.018 0.009 0.004 0.180 0.127 0.074 0.017 0.012 0.018 59 Y 0.025 0.297 0.184 0.265 0.002 0.011 0.009 0.003 0.026 0.002 0.014 0.057 0.045 0.002 0.012 0.046 60 E 0.036 0.035 0.429 0.406 0.002 0.010 0.012 0.001 0.002 0.002 0.002 0.008 0.026 0.001 0.003 0.026 61 P 0.012 0.006 0.161 0.097 0.016 0.651 0.005 0.003 0.001 0.003 0.010 0.004 0.028 0.001 0.001 0.002 62 P 0.003 0.047 0.010 0.062 0.005 0.114 0.001 0.013 0.001 0.002 0.704 0.014 0.024 0.001 0.001 0.001 63 D 0.002 0.067 0.003 0.048 0.001 0.040 0.001 0.004 0.007 0.002 0.033 0.765 0.026 0.001 0.001 0.001 64 Q 0.007 0.009 0.037 0.038 0.002 0.043 0.003 0.002 0.003 0.001 0.185 0.071 0.588 0.001 0.002 0.008 65 V 0.002 0.017 0.036 0.019 0.001 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.046 0.187 0.662 0.001 0.001 0.001 66 E 0.001 0.007 0.005 0.032 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.044 0.868 0.001 0.001 0.002 67 L 0.001 0.003 0.004 0.023 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.029 0.910 0.001 0.001 0.001 68 L 0.001 0.004 0.003 0.009 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 0.939 0.001 0.001 0.001 69 A 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.006 0.954 0.003 0.002 0.002 70 Q 0.001 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.960 0.001 0.003 0.005 71 E 0.003 0.003 0.008 0.006 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.862 0.036 0.005 0.055 72 L 0.004 0.009 0.055 0.010 0.001 0.007 0.016 0.002 0.001 0.001 0.009 0.009 0.823 0.008 0.032 0.014 73 S 0.001 0.003 0.007 0.002 0.001 0.106 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.017 0.832 0.001 0.004 0.010 74 Q 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.351 0.022 0.602 0.003 0.001 0.004 75 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.374 0.594 0.001 0.003 0.001 76 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.985 0.001 0.001 0.002 77 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.984 0.001 0.001 0.001 78 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 79 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.985 0.002 0.001 0.001 80 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.974 0.001 0.004 0.004 81 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.977 0.004 0.001 0.004 82 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 83 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.980 0.001 0.001 0.001 84 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.910 0.060 0.002 0.016 85 L 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.869 0.022 0.054 0.007 86 N 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.926 0.002 0.020 0.021 87 K 0.012 0.003 0.005 0.003 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.056 0.013 0.864 0.005 0.002 0.030 88 T 0.020 0.010 0.011 0.003 0.003 0.008 0.036 0.001 0.001 0.001 0.012 0.046 0.286 0.542 0.004 0.019 89 L 0.001 0.016 0.110 0.005 0.001 0.005 0.022 0.008 0.001 0.001 0.009 0.010 0.373 0.003 0.429 0.010 90 G 0.003 0.008 0.052 0.017 0.001 0.031 0.010 0.003 0.011 0.013 0.024 0.020 0.640 0.003 0.005 0.160 91 N 0.199 0.025 0.020 0.026 0.001 0.025 0.004 0.002 0.002 0.001 0.080 0.064 0.540 0.001 0.002 0.008 92 E 0.010 0.042 0.039 0.021 0.004 0.064 0.012 0.002 0.002 0.001 0.089 0.158 0.519 0.017 0.004 0.014 93 L 0.003 0.018 0.076 0.026 0.004 0.048 0.039 0.005 0.001 0.001 0.046 0.065 0.627 0.011 0.024 0.007 94 S 0.003 0.092 0.043 0.059 0.001 0.024 0.007 0.008 0.004 0.001 0.029 0.069 0.612 0.001 0.022 0.026 95 D 0.059 0.071 0.112 0.242 0.001 0.008 0.005 0.001 0.023 0.001 0.009 0.021 0.272 0.003 0.004 0.169 96 I 0.087 0.015 0.508 0.188 0.001 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.151 0.001 0.002 0.007 97 K 0.002 0.097 0.325 0.527 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 0.004 98 L 0.002 0.002 0.016 0.951 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 99 S 0.001 0.077 0.076 0.781 0.003 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.001 0.001 0.001 100 L 0.001 0.004 0.003 0.751 0.016 0.164 0.001 0.002 0.001 0.001 0.034 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 101 L 0.001 0.332 0.081 0.492 0.010 0.015 0.002 0.010 0.001 0.001 0.006 0.019 0.027 0.001 0.003 0.002 102 S 0.004 0.014 0.016 0.760 0.034 0.070 0.004 0.006 0.008 0.006 0.007 0.004 0.045 0.003 0.001 0.018 103 L 0.019 0.033 0.142 0.110 0.402 0.078 0.090 0.017 0.002 0.003 0.033 0.005 0.028 0.029 0.003 0.007 104 K 0.005 0.166 0.049 0.196 0.024 0.054 0.007 0.356 0.009 0.007 0.026 0.015 0.019 0.005 0.053 0.009 105 G 0.021 0.038 0.041 0.176 0.014 0.112 0.007 0.036 0.153 0.199 0.059 0.037 0.045 0.002 0.007 0.054 106 D 0.185 0.120 0.033 0.066 0.005 0.185 0.004 0.014 0.012 0.011 0.137 0.126 0.087 0.002 0.003 0.010 107 Y 0.023 0.041 0.074 0.073 0.005 0.098 0.005 0.012 0.008 0.003 0.328 0.201 0.117 0.003 0.004 0.007 108 A 0.007 0.116 0.102 0.135 0.002 0.031 0.004 0.005 0.004 0.001 0.030 0.327 0.223 0.001 0.006 0.005 109 E 0.010 0.025 0.062 0.260 0.005 0.055 0.008 0.003 0.006 0.002 0.022 0.036 0.469 0.006 0.003 0.030 110 L 0.009 0.017 0.166 0.158 0.012 0.065 0.020 0.004 0.001 0.001 0.043 0.027 0.459 0.005 0.007 0.007 111 E 0.006 0.069 0.087 0.222 0.022 0.055 0.020 0.019 0.004 0.003 0.031 0.041 0.358 0.026 0.012 0.025 112 H 0.015 0.029 0.047 0.237 0.026 0.084 0.024 0.023 0.010 0.005 0.033 0.029 0.346 0.026 0.030 0.033 113 H 0.018 0.066 0.112 0.113 0.024 0.063 0.041 0.022 0.011 0.008 0.058 0.031 0.316 0.027 0.030 0.061 114 H 0.046 0.064 0.093 0.122 0.021 0.073 0.038 0.035 0.015 0.010 0.063 0.068 0.238 0.023 0.036 0.055 115 H 0.046 0.083 0.138 0.110 0.031 0.067 0.045 0.024 0.020 0.012 0.062 0.060 0.184 0.031 0.025 0.060 116 H 0.042 0.073 0.133 0.099 0.048 0.085 0.076 0.032 0.013 0.010 0.059 0.066 0.154 0.035 0.036 0.040 117 H 0.030 0.084 0.131 0.091 0.026 0.095 0.046 0.062 0.017 0.014 0.086 0.070 0.138 0.018 0.049 0.040