# TARGET T0351 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.031 0.502 0.008 0.026 0.034 0.036 0.050 0.005 0.002 0.081 0.227 2 I 0.044 0.595 0.005 0.020 0.027 0.041 0.041 0.006 0.002 0.072 0.147 3 L 0.026 0.790 0.004 0.012 0.014 0.017 0.017 0.005 0.001 0.027 0.087 4 Y 0.059 0.644 0.007 0.020 0.030 0.049 0.032 0.008 0.002 0.037 0.111 5 D 0.041 0.524 0.004 0.044 0.042 0.078 0.040 0.008 0.002 0.064 0.153 6 A 0.047 0.154 0.022 0.059 0.056 0.094 0.089 0.013 0.007 0.190 0.269 7 I 0.074 0.110 0.007 0.121 0.090 0.160 0.089 0.015 0.002 0.131 0.201 8 M 0.047 0.012 0.002 0.114 0.064 0.136 0.089 0.002 0.001 0.106 0.425 9 Y 0.005 0.003 0.002 0.123 0.097 0.124 0.110 0.001 0.001 0.036 0.500 10 K 0.013 0.007 0.004 0.106 0.060 0.120 0.121 0.003 0.003 0.052 0.511 11 Y 0.422 0.025 0.004 0.021 0.021 0.024 0.081 0.026 0.003 0.090 0.282 12 P 0.184 0.026 0.002 0.018 0.005 0.009 0.084 0.006 0.002 0.080 0.583 13 N 0.043 0.018 0.003 0.020 0.008 0.029 0.121 0.004 0.001 0.051 0.702 14 A 0.071 0.010 0.004 0.037 0.044 0.075 0.116 0.004 0.002 0.055 0.581 15 V 0.080 0.004 0.004 0.038 0.086 0.100 0.113 0.004 0.002 0.083 0.485 16 S 0.077 0.004 0.001 0.029 0.051 0.108 0.121 0.004 0.001 0.056 0.549 17 R 0.031 0.003 0.001 0.030 0.037 0.096 0.159 0.002 0.001 0.038 0.602 18 K 0.003 0.003 0.001 0.047 0.119 0.322 0.129 0.002 0.001 0.049 0.326 19 D 0.002 0.003 0.001 0.059 0.128 0.414 0.059 0.001 0.001 0.082 0.252 20 F 0.001 0.001 0.001 0.064 0.361 0.417 0.018 0.001 0.001 0.049 0.089 21 E 0.001 0.001 0.001 0.084 0.261 0.499 0.017 0.001 0.001 0.048 0.088 22 L 0.003 0.001 0.001 0.116 0.294 0.402 0.020 0.001 0.001 0.073 0.091 23 R 0.014 0.001 0.001 0.094 0.254 0.390 0.037 0.001 0.001 0.087 0.120 24 N 0.036 0.001 0.004 0.038 0.057 0.124 0.106 0.002 0.006 0.054 0.573 25 D 0.143 0.001 0.001 0.009 0.021 0.030 0.076 0.008 0.002 0.033 0.675 26 G 0.083 0.001 0.001 0.005 0.005 0.007 0.085 0.002 0.001 0.041 0.769 27 N 0.009 0.006 0.001 0.008 0.015 0.032 0.122 0.003 0.001 0.026 0.779 28 G 0.022 0.012 0.001 0.013 0.080 0.107 0.098 0.004 0.001 0.049 0.612 29 S 0.006 0.039 0.001 0.023 0.272 0.246 0.060 0.002 0.001 0.023 0.327 30 Y 0.015 0.059 0.002 0.029 0.175 0.305 0.051 0.003 0.001 0.048 0.313 31 I 0.045 0.044 0.005 0.032 0.272 0.214 0.051 0.004 0.002 0.082 0.248 32 E 0.069 0.054 0.003 0.049 0.154 0.270 0.069 0.007 0.002 0.083 0.240 33 K 0.066 0.022 0.009 0.059 0.118 0.239 0.075 0.005 0.004 0.066 0.337 34 W 0.021 0.004 0.003 0.069 0.174 0.276 0.064 0.004 0.001 0.040 0.343 35 N 0.041 0.004 0.002 0.049 0.148 0.213 0.081 0.003 0.001 0.070 0.388 36 L 0.010 0.001 0.001 0.057 0.100 0.161 0.089 0.002 0.001 0.036 0.543 37 R 0.020 0.001 0.001 0.046 0.036 0.050 0.108 0.001 0.001 0.034 0.702 38 A 0.012 0.001 0.001 0.031 0.067 0.067 0.133 0.004 0.001 0.045 0.640 39 P 0.014 0.003 0.001 0.019 0.012 0.015 0.122 0.001 0.001 0.019 0.794 40 L 0.059 0.010 0.001 0.017 0.026 0.028 0.145 0.011 0.001 0.037 0.665 41 P 0.046 0.106 0.001 0.013 0.005 0.006 0.112 0.005 0.001 0.044 0.662 42 T 0.049 0.700 0.001 0.003 0.002 0.004 0.030 0.009 0.001 0.023 0.179 43 Q 0.059 0.827 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.030 0.067 44 A 0.013 0.230 0.002 0.005 0.002 0.003 0.022 0.001 0.001 0.656 0.065 45 E 0.004 0.791 0.001 0.002 0.003 0.003 0.013 0.002 0.001 0.131 0.050 46 L 0.006 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.004 0.017 47 E 0.008 0.894 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.062 0.026 48 T 0.004 0.926 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.030 0.032 49 W 0.014 0.925 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.002 0.011 0.016 50 W 0.030 0.812 0.037 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 0.027 0.028 0.042 51 E 0.135 0.291 0.029 0.001 0.001 0.001 0.062 0.006 0.028 0.096 0.350 52 E 0.189 0.171 0.016 0.004 0.001 0.002 0.070 0.034 0.008 0.126 0.378 53 L 0.229 0.012 0.007 0.012 0.001 0.003 0.106 0.011 0.004 0.113 0.503 54 Q 0.034 0.004 0.002 0.022 0.003 0.011 0.078 0.001 0.001 0.029 0.814 55 K 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.064 0.001 0.001 0.005 0.921 56 N 0.086 0.002 0.001 0.005 0.015 0.012 0.150 0.072 0.001 0.071 0.586 57 P 0.318 0.008 0.001 0.014 0.001 0.003 0.083 0.004 0.001 0.073 0.495 58 P 0.017 0.001 0.001 0.009 0.004 0.013 0.103 0.001 0.001 0.020 0.832 59 Y 0.010 0.003 0.001 0.040 0.009 0.022 0.126 0.001 0.001 0.024 0.766 60 E 0.057 0.035 0.001 0.025 0.019 0.017 0.139 0.005 0.001 0.040 0.661 61 P 0.183 0.114 0.001 0.009 0.009 0.009 0.102 0.020 0.001 0.055 0.498 62 P 0.067 0.302 0.001 0.008 0.003 0.005 0.074 0.005 0.001 0.034 0.499 63 D 0.042 0.745 0.002 0.007 0.003 0.005 0.030 0.004 0.001 0.018 0.145 64 Q 0.014 0.886 0.001 0.004 0.004 0.004 0.011 0.003 0.001 0.010 0.063 65 V 0.017 0.923 0.001 0.002 0.004 0.004 0.006 0.004 0.001 0.006 0.034 66 E 0.012 0.920 0.001 0.003 0.002 0.002 0.006 0.002 0.001 0.014 0.037 67 L 0.019 0.812 0.010 0.004 0.003 0.003 0.016 0.008 0.003 0.058 0.064 68 L 0.078 0.785 0.005 0.003 0.001 0.001 0.014 0.013 0.001 0.049 0.050 69 A 0.035 0.213 0.011 0.007 0.002 0.003 0.029 0.006 0.004 0.526 0.165 70 Q 0.017 0.544 0.007 0.003 0.001 0.002 0.037 0.004 0.002 0.158 0.225 71 E 0.028 0.765 0.003 0.002 0.001 0.001 0.013 0.006 0.001 0.044 0.137 72 L 0.012 0.735 0.007 0.003 0.001 0.001 0.017 0.004 0.002 0.082 0.135 73 S 0.007 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.005 0.024 74 Q 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.011 75 E 0.015 0.934 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.024 0.019 76 K 0.012 0.842 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.090 0.040 77 L 0.019 0.703 0.027 0.001 0.001 0.001 0.017 0.011 0.006 0.165 0.051 78 A 0.031 0.890 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 0.001 0.019 0.037 79 R 0.018 0.760 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 0.002 0.001 0.050 0.152 80 K 0.004 0.893 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.020 0.068 81 Q 0.016 0.906 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.001 0.023 0.034 82 L 0.088 0.566 0.015 0.002 0.001 0.001 0.012 0.017 0.005 0.208 0.085 83 E 0.082 0.573 0.006 0.002 0.001 0.001 0.025 0.005 0.004 0.123 0.178 84 E 0.118 0.120 0.035 0.005 0.001 0.002 0.059 0.010 0.013 0.317 0.322 85 L 0.102 0.310 0.017 0.012 0.001 0.003 0.086 0.021 0.007 0.108 0.331 86 N 0.185 0.080 0.006 0.006 0.001 0.003 0.071 0.006 0.005 0.033 0.604 87 K 0.115 0.034 0.004 0.015 0.003 0.005 0.104 0.008 0.002 0.062 0.648 88 T 0.061 0.076 0.001 0.009 0.003 0.007 0.128 0.004 0.001 0.049 0.662 89 L 0.093 0.219 0.008 0.016 0.003 0.007 0.092 0.020 0.002 0.024 0.515 90 G 0.139 0.199 0.004 0.021 0.007 0.009 0.085 0.011 0.002 0.074 0.450 91 N 0.061 0.160 0.010 0.025 0.012 0.020 0.114 0.006 0.005 0.150 0.437 92 E 0.114 0.479 0.004 0.017 0.007 0.012 0.062 0.011 0.001 0.051 0.241 93 L 0.142 0.318 0.014 0.023 0.013 0.020 0.070 0.014 0.007 0.070 0.310 94 S 0.044 0.397 0.001 0.026 0.022 0.042 0.081 0.006 0.001 0.038 0.342 95 D 0.021 0.175 0.007 0.045 0.018 0.047 0.073 0.002 0.002 0.199 0.412 96 I 0.016 0.268 0.008 0.049 0.108 0.110 0.079 0.006 0.001 0.143 0.210 97 K 0.036 0.279 0.004 0.063 0.059 0.147 0.044 0.004 0.001 0.182 0.180 98 L 0.018 0.224 0.007 0.089 0.108 0.095 0.049 0.003 0.001 0.099 0.307 99 S 0.017 0.188 0.003 0.139 0.138 0.223 0.044 0.010 0.001 0.102 0.135 100 L 0.053 0.109 0.007 0.081 0.117 0.159 0.057 0.006 0.002 0.132 0.277 101 L 0.026 0.033 0.015 0.171 0.174 0.176 0.080 0.004 0.007 0.081 0.234 102 S 0.095 0.025 0.008 0.058 0.055 0.114 0.103 0.006 0.006 0.073 0.459 103 L 0.183 0.034 0.005 0.056 0.058 0.064 0.090 0.010 0.004 0.058 0.439 104 K 0.086 0.056 0.003 0.033 0.023 0.044 0.119 0.006 0.002 0.031 0.596 105 G 0.044 0.062 0.005 0.029 0.028 0.055 0.112 0.006 0.002 0.030 0.628 106 D 0.066 0.158 0.003 0.026 0.088 0.101 0.093 0.018 0.001 0.046 0.400 107 Y 0.137 0.240 0.005 0.022 0.041 0.059 0.066 0.009 0.002 0.039 0.381 108 A 0.064 0.237 0.006 0.036 0.086 0.128 0.076 0.008 0.002 0.040 0.315 109 E 0.066 0.176 0.010 0.025 0.057 0.122 0.085 0.009 0.005 0.046 0.400 110 L 0.182 0.125 0.011 0.023 0.077 0.090 0.068 0.012 0.005 0.051 0.356 111 E 0.133 0.092 0.006 0.019 0.058 0.104 0.077 0.008 0.003 0.043 0.458 112 H 0.053 0.035 0.007 0.015 0.027 0.060 0.077 0.005 0.003 0.030 0.688 113 H 0.098 0.024 0.006 0.016 0.038 0.060 0.073 0.009 0.002 0.056 0.619 114 H 0.084 0.008 0.002 0.009 0.021 0.027 0.076 0.003 0.001 0.046 0.723 115 H 0.035 0.005 0.001 0.012 0.017 0.024 0.085 0.002 0.001 0.030 0.788 116 H 0.024 0.007 0.001 0.011 0.016 0.019 0.109 0.002 0.001 0.027 0.783 117 H 0.037 0.009 0.001 0.012 0.027 0.028 0.146 0.008 0.001 0.040 0.692