# TARGET T0351 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.174 0.118 0.019 0.022 0.015 0.020 0.051 0.005 0.001 0.006 0.570 2 I 0.065 0.111 0.016 0.036 0.035 0.043 0.158 0.004 0.001 0.005 0.526 3 L 0.078 0.129 0.014 0.039 0.039 0.073 0.093 0.003 0.001 0.006 0.526 4 Y 0.024 0.275 0.003 0.103 0.060 0.171 0.086 0.002 0.001 0.003 0.272 5 D 0.031 0.292 0.002 0.023 0.025 0.045 0.050 0.003 0.001 0.002 0.527 6 A 0.081 0.533 0.002 0.043 0.064 0.088 0.035 0.005 0.001 0.003 0.146 7 I 0.035 0.604 0.003 0.056 0.056 0.100 0.020 0.006 0.001 0.002 0.119 8 M 0.074 0.512 0.005 0.034 0.056 0.075 0.019 0.014 0.001 0.001 0.208 9 Y 0.097 0.458 0.008 0.051 0.057 0.138 0.020 0.031 0.001 0.002 0.138 10 K 0.202 0.209 0.031 0.029 0.023 0.040 0.023 0.049 0.001 0.003 0.390 11 Y 0.099 0.067 0.110 0.055 0.051 0.070 0.061 0.013 0.001 0.003 0.471 12 P 0.002 0.001 0.003 0.007 0.002 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.974 13 N 0.029 0.003 0.002 0.028 0.019 0.023 0.126 0.001 0.001 0.002 0.767 14 A 0.466 0.016 0.003 0.023 0.009 0.018 0.046 0.001 0.001 0.011 0.408 15 V 0.100 0.062 0.002 0.060 0.055 0.063 0.163 0.002 0.001 0.004 0.489 16 S 0.109 0.031 0.002 0.031 0.024 0.039 0.097 0.001 0.001 0.005 0.660 17 R 0.150 0.055 0.003 0.046 0.042 0.081 0.106 0.003 0.001 0.010 0.504 18 K 0.132 0.038 0.008 0.027 0.061 0.081 0.180 0.005 0.001 0.020 0.448 19 D 0.145 0.028 0.014 0.041 0.080 0.121 0.127 0.005 0.001 0.015 0.425 20 F 0.067 0.022 0.017 0.104 0.180 0.205 0.062 0.003 0.001 0.008 0.332 21 E 0.023 0.011 0.006 0.099 0.247 0.292 0.090 0.001 0.001 0.004 0.226 22 L 0.012 0.006 0.004 0.067 0.219 0.312 0.033 0.001 0.001 0.002 0.344 23 R 0.005 0.004 0.001 0.090 0.312 0.445 0.033 0.001 0.001 0.001 0.107 24 N 0.015 0.005 0.001 0.046 0.168 0.266 0.094 0.001 0.001 0.005 0.399 25 D 0.028 0.009 0.001 0.065 0.116 0.167 0.167 0.002 0.001 0.013 0.431 26 G 0.061 0.007 0.002 0.027 0.046 0.057 0.351 0.002 0.001 0.037 0.409 27 N 0.119 0.011 0.003 0.011 0.018 0.018 0.425 0.002 0.001 0.045 0.348 28 G 0.185 0.019 0.010 0.014 0.018 0.023 0.215 0.002 0.001 0.043 0.470 29 S 0.145 0.022 0.022 0.017 0.050 0.055 0.303 0.001 0.001 0.028 0.356 30 Y 0.023 0.011 0.007 0.018 0.092 0.120 0.193 0.001 0.001 0.006 0.530 31 I 0.010 0.013 0.002 0.035 0.184 0.441 0.073 0.001 0.001 0.003 0.239 32 E 0.010 0.020 0.001 0.044 0.249 0.456 0.056 0.001 0.001 0.002 0.161 33 K 0.021 0.036 0.001 0.026 0.130 0.281 0.072 0.002 0.001 0.005 0.426 34 W 0.091 0.056 0.004 0.116 0.207 0.274 0.055 0.004 0.001 0.006 0.187 35 N 0.061 0.044 0.006 0.082 0.135 0.185 0.098 0.007 0.001 0.007 0.375 36 L 0.034 0.023 0.010 0.122 0.171 0.219 0.055 0.004 0.001 0.005 0.357 37 R 0.040 0.014 0.009 0.067 0.078 0.153 0.077 0.004 0.001 0.005 0.552 38 A 0.057 0.009 0.015 0.092 0.111 0.196 0.059 0.002 0.001 0.004 0.456 39 P 0.002 0.001 0.001 0.009 0.005 0.010 0.008 0.001 0.001 0.001 0.963 40 L 0.030 0.002 0.002 0.080 0.041 0.146 0.099 0.001 0.001 0.004 0.596 41 P 0.015 0.001 0.001 0.012 0.004 0.009 0.015 0.001 0.001 0.001 0.942 42 T 0.052 0.010 0.001 0.036 0.029 0.048 0.142 0.001 0.001 0.004 0.680 43 Q 0.096 0.020 0.001 0.018 0.006 0.016 0.078 0.001 0.001 0.004 0.759 44 A 0.065 0.104 0.001 0.018 0.016 0.017 0.145 0.001 0.001 0.004 0.631 45 E 0.119 0.194 0.003 0.009 0.012 0.034 0.287 0.001 0.001 0.010 0.332 46 L 0.071 0.648 0.004 0.013 0.017 0.035 0.034 0.003 0.001 0.002 0.173 47 E 0.030 0.806 0.002 0.004 0.003 0.012 0.016 0.002 0.001 0.002 0.123 48 T 0.028 0.691 0.002 0.001 0.004 0.006 0.026 0.004 0.001 0.001 0.238 49 W 0.036 0.848 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.004 0.001 0.001 0.098 50 W 0.007 0.957 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.024 51 E 0.003 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.037 52 E 0.019 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.021 53 L 0.026 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.022 54 Q 0.099 0.846 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.033 55 K 0.153 0.672 0.087 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.075 56 N 0.119 0.240 0.005 0.006 0.004 0.003 0.002 0.269 0.001 0.001 0.351 57 P 0.178 0.019 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.779 58 P 0.006 0.001 0.014 0.005 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.963 59 Y 0.080 0.003 0.007 0.061 0.006 0.024 0.167 0.002 0.001 0.002 0.648 60 E 0.271 0.005 0.003 0.073 0.003 0.009 0.050 0.001 0.001 0.002 0.584 61 P 0.027 0.003 0.001 0.038 0.004 0.007 0.041 0.001 0.001 0.001 0.878 62 P 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.980 63 D 0.035 0.003 0.001 0.052 0.007 0.022 0.264 0.001 0.001 0.007 0.609 64 Q 0.292 0.029 0.001 0.020 0.007 0.014 0.139 0.001 0.001 0.010 0.488 65 V 0.127 0.366 0.002 0.052 0.016 0.027 0.075 0.001 0.001 0.003 0.333 66 E 0.070 0.419 0.002 0.022 0.012 0.024 0.086 0.002 0.001 0.003 0.359 67 L 0.055 0.642 0.002 0.011 0.011 0.020 0.036 0.002 0.001 0.002 0.218 68 L 0.035 0.815 0.003 0.004 0.007 0.012 0.016 0.003 0.001 0.001 0.103 69 A 0.024 0.810 0.003 0.005 0.011 0.026 0.017 0.007 0.001 0.001 0.096 70 Q 0.039 0.795 0.004 0.003 0.004 0.010 0.013 0.009 0.001 0.001 0.124 71 E 0.134 0.722 0.008 0.002 0.002 0.002 0.012 0.026 0.001 0.001 0.092 72 L 0.121 0.744 0.021 0.006 0.003 0.003 0.009 0.025 0.001 0.002 0.066 73 S 0.084 0.498 0.029 0.002 0.001 0.002 0.091 0.013 0.001 0.003 0.277 74 Q 0.023 0.482 0.037 0.003 0.001 0.002 0.053 0.006 0.001 0.002 0.393 75 E 0.015 0.566 0.002 0.002 0.001 0.001 0.076 0.003 0.001 0.002 0.331 76 K 0.026 0.427 0.001 0.001 0.001 0.002 0.440 0.011 0.001 0.011 0.080 77 L 0.027 0.928 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.036 78 A 0.008 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 79 R 0.011 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.016 80 K 0.032 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.040 81 Q 0.025 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.020 82 L 0.027 0.931 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.029 83 E 0.007 0.901 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.079 84 E 0.044 0.890 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.052 85 L 0.057 0.902 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.031 86 N 0.030 0.897 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.027 0.001 0.001 0.032 87 K 0.084 0.772 0.020 0.002 0.001 0.002 0.009 0.029 0.001 0.002 0.080 88 T 0.161 0.613 0.026 0.002 0.002 0.002 0.029 0.040 0.001 0.002 0.124 89 L 0.105 0.464 0.052 0.010 0.005 0.006 0.054 0.053 0.001 0.005 0.247 90 G 0.078 0.299 0.031 0.019 0.011 0.011 0.087 0.040 0.001 0.010 0.414 91 N 0.159 0.254 0.036 0.004 0.003 0.004 0.159 0.009 0.001 0.015 0.356 92 E 0.091 0.393 0.007 0.008 0.005 0.008 0.087 0.014 0.001 0.005 0.380 93 L 0.178 0.422 0.007 0.027 0.019 0.025 0.090 0.030 0.001 0.020 0.183 94 S 0.121 0.641 0.010 0.007 0.007 0.011 0.062 0.007 0.001 0.005 0.130 95 D 0.098 0.555 0.005 0.009 0.007 0.013 0.016 0.036 0.001 0.003 0.259 96 I 0.290 0.442 0.026 0.005 0.012 0.009 0.022 0.009 0.001 0.004 0.180 97 K 0.054 0.363 0.025 0.039 0.064 0.113 0.169 0.022 0.001 0.012 0.138 98 L 0.023 0.441 0.052 0.062 0.101 0.162 0.026 0.007 0.001 0.002 0.124 99 S 0.009 0.361 0.002 0.180 0.141 0.232 0.024 0.005 0.001 0.002 0.045 100 L 0.024 0.381 0.004 0.069 0.110 0.159 0.024 0.012 0.001 0.002 0.215 101 L 0.024 0.293 0.006 0.315 0.150 0.147 0.010 0.010 0.001 0.001 0.044 102 S 0.024 0.299 0.008 0.146 0.097 0.158 0.062 0.021 0.001 0.004 0.181 103 L 0.086 0.168 0.017 0.133 0.135 0.173 0.065 0.021 0.001 0.008 0.194 104 K 0.064 0.091 0.025 0.086 0.050 0.102 0.161 0.020 0.001 0.010 0.390 105 G 0.082 0.025 0.031 0.055 0.029 0.041 0.141 0.012 0.001 0.025 0.559 106 D 0.103 0.019 0.055 0.025 0.019 0.020 0.274 0.002 0.001 0.014 0.467 107 Y 0.042 0.027 0.012 0.042 0.019 0.033 0.129 0.002 0.001 0.011 0.683 108 A 0.045 0.051 0.005 0.086 0.076 0.103 0.185 0.001 0.001 0.010 0.438 109 E 0.066 0.080 0.002 0.033 0.041 0.060 0.156 0.002 0.001 0.009 0.551 110 L 0.117 0.251 0.004 0.058 0.085 0.143 0.058 0.004 0.001 0.006 0.273 111 E 0.070 0.247 0.004 0.043 0.071 0.127 0.088 0.006 0.001 0.007 0.335 112 H 0.097 0.205 0.006 0.029 0.067 0.108 0.088 0.014 0.001 0.007 0.380 113 H 0.186 0.186 0.011 0.031 0.046 0.061 0.058 0.021 0.001 0.006 0.394 114 H 0.137 0.140 0.019 0.021 0.028 0.038 0.108 0.013 0.001 0.008 0.488 115 H 0.098 0.071 0.019 0.018 0.025 0.043 0.110 0.008 0.001 0.008 0.601 116 H 0.131 0.053 0.012 0.018 0.023 0.034 0.110 0.005 0.001 0.007 0.606 117 H 0.094 0.038 0.008 0.015 0.015 0.024 0.092 0.003 0.001 0.006 0.707