# TARGET T0351 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.995 2 I 0.054 0.060 0.002 0.190 0.003 0.015 0.676 3 L 0.016 0.004 0.017 0.799 0.029 0.035 0.100 4 Y 0.025 0.004 0.035 0.803 0.021 0.041 0.070 5 D 0.040 0.002 0.053 0.795 0.034 0.028 0.048 6 A 0.069 0.002 0.052 0.773 0.027 0.040 0.037 7 I 0.096 0.005 0.034 0.746 0.021 0.040 0.058 8 M 0.120 0.005 0.045 0.676 0.033 0.068 0.052 9 Y 0.145 0.008 0.043 0.521 0.064 0.115 0.104 10 K 0.095 0.036 0.049 0.460 0.066 0.147 0.148 11 Y 0.047 0.030 0.023 0.062 0.198 0.055 0.584 12 P 0.007 0.004 0.050 0.022 0.106 0.662 0.150 13 N 0.007 0.003 0.059 0.008 0.123 0.650 0.150 14 A 0.035 0.032 0.045 0.008 0.144 0.070 0.665 15 V 0.072 0.032 0.028 0.011 0.109 0.086 0.662 16 S 0.107 0.032 0.046 0.014 0.193 0.126 0.481 17 R 0.134 0.025 0.156 0.014 0.163 0.199 0.308 18 K 0.194 0.017 0.087 0.008 0.282 0.139 0.271 19 D 0.442 0.010 0.030 0.003 0.145 0.038 0.332 20 F 0.820 0.010 0.004 0.002 0.020 0.007 0.137 21 E 0.926 0.012 0.001 0.002 0.007 0.003 0.049 22 L 0.921 0.010 0.001 0.002 0.010 0.002 0.053 23 R 0.821 0.018 0.002 0.003 0.022 0.008 0.126 24 N 0.489 0.028 0.008 0.003 0.071 0.068 0.333 25 D 0.090 0.005 0.012 0.002 0.169 0.521 0.201 26 G 0.038 0.010 0.010 0.002 0.323 0.488 0.129 27 N 0.018 0.010 0.010 0.001 0.582 0.200 0.178 28 G 0.042 0.013 0.006 0.002 0.539 0.062 0.334 29 S 0.271 0.050 0.020 0.014 0.137 0.052 0.455 30 Y 0.667 0.056 0.016 0.013 0.042 0.029 0.177 31 I 0.725 0.034 0.027 0.020 0.033 0.010 0.151 32 E 0.637 0.028 0.058 0.031 0.032 0.013 0.201 33 K 0.651 0.013 0.056 0.030 0.047 0.024 0.177 34 W 0.799 0.009 0.024 0.016 0.035 0.012 0.105 35 N 0.856 0.012 0.007 0.009 0.017 0.005 0.094 36 L 0.764 0.022 0.005 0.009 0.021 0.007 0.172 37 R 0.447 0.018 0.010 0.017 0.090 0.041 0.377 38 A 0.109 0.009 0.004 0.008 0.423 0.030 0.417 39 P 0.064 0.016 0.003 0.004 0.225 0.028 0.660 40 L 0.078 0.046 0.004 0.007 0.196 0.024 0.645 41 P 0.034 0.041 0.003 0.007 0.118 0.019 0.778 42 T 0.009 0.009 0.001 0.011 0.069 0.009 0.893 43 Q 0.001 0.001 0.026 0.905 0.021 0.029 0.017 44 A 0.001 0.001 0.019 0.940 0.011 0.022 0.007 45 E 0.001 0.001 0.020 0.947 0.004 0.022 0.006 46 L 0.001 0.001 0.005 0.978 0.003 0.008 0.005 47 E 0.001 0.001 0.002 0.980 0.003 0.010 0.003 48 T 0.001 0.001 0.002 0.977 0.003 0.015 0.003 49 W 0.001 0.001 0.002 0.972 0.004 0.015 0.006 50 W 0.001 0.001 0.006 0.963 0.004 0.017 0.008 51 E 0.001 0.001 0.014 0.940 0.004 0.037 0.004 52 E 0.001 0.001 0.014 0.894 0.007 0.079 0.005 53 L 0.001 0.002 0.026 0.828 0.016 0.110 0.017 54 Q 0.004 0.005 0.040 0.588 0.066 0.225 0.071 55 K 0.005 0.007 0.049 0.334 0.176 0.285 0.144 56 N 0.005 0.009 0.019 0.076 0.371 0.075 0.446 57 P 0.005 0.010 0.065 0.053 0.116 0.226 0.526 58 P 0.004 0.006 0.084 0.046 0.110 0.317 0.432 59 Y 0.008 0.020 0.102 0.050 0.158 0.212 0.450 60 E 0.008 0.024 0.017 0.050 0.450 0.042 0.408 61 P 0.007 0.008 0.007 0.048 0.131 0.025 0.773 62 P 0.003 0.004 0.111 0.464 0.064 0.187 0.167 63 D 0.006 0.006 0.116 0.570 0.052 0.149 0.101 64 Q 0.009 0.008 0.110 0.684 0.036 0.051 0.103 65 V 0.011 0.005 0.033 0.789 0.026 0.036 0.100 66 E 0.017 0.005 0.030 0.786 0.028 0.061 0.074 67 L 0.018 0.005 0.034 0.804 0.034 0.048 0.059 68 L 0.013 0.003 0.029 0.823 0.027 0.049 0.056 69 A 0.013 0.003 0.051 0.776 0.033 0.071 0.053 70 Q 0.013 0.002 0.054 0.699 0.046 0.109 0.077 71 E 0.008 0.007 0.047 0.668 0.046 0.133 0.091 72 L 0.006 0.005 0.023 0.523 0.130 0.105 0.208 73 S 0.005 0.005 0.014 0.542 0.076 0.147 0.212 74 Q 0.002 0.002 0.018 0.703 0.065 0.076 0.136 75 E 0.001 0.001 0.015 0.813 0.056 0.039 0.076 76 K 0.002 0.001 0.010 0.856 0.037 0.047 0.047 77 L 0.002 0.002 0.008 0.862 0.030 0.043 0.053 78 A 0.001 0.001 0.006 0.886 0.012 0.057 0.038 79 R 0.001 0.001 0.005 0.878 0.020 0.071 0.025 80 K 0.003 0.001 0.006 0.881 0.019 0.053 0.038 81 Q 0.001 0.002 0.007 0.905 0.011 0.037 0.037 82 L 0.001 0.001 0.006 0.948 0.011 0.018 0.016 83 E 0.001 0.001 0.006 0.967 0.005 0.016 0.005 84 E 0.001 0.001 0.005 0.963 0.003 0.024 0.004 85 L 0.001 0.001 0.005 0.936 0.009 0.039 0.010 86 N 0.001 0.001 0.013 0.872 0.016 0.077 0.020 87 K 0.001 0.001 0.021 0.891 0.018 0.057 0.012 88 T 0.001 0.001 0.023 0.853 0.015 0.093 0.015 89 L 0.001 0.001 0.022 0.818 0.018 0.116 0.024 90 G 0.001 0.001 0.042 0.732 0.028 0.157 0.039 91 N 0.001 0.001 0.066 0.743 0.037 0.129 0.024 92 E 0.002 0.002 0.053 0.758 0.024 0.132 0.030 93 L 0.003 0.005 0.057 0.803 0.019 0.076 0.038 94 S 0.006 0.001 0.079 0.751 0.022 0.100 0.041 95 D 0.012 0.001 0.060 0.710 0.027 0.159 0.032 96 I 0.067 0.006 0.021 0.690 0.049 0.069 0.099 97 K 0.301 0.018 0.008 0.396 0.047 0.042 0.189 98 L 0.516 0.014 0.015 0.294 0.019 0.020 0.122 99 S 0.587 0.006 0.037 0.254 0.026 0.020 0.070 100 L 0.636 0.003 0.058 0.216 0.022 0.017 0.047 101 L 0.636 0.005 0.037 0.222 0.024 0.022 0.055 102 S 0.668 0.007 0.027 0.172 0.027 0.040 0.059 103 L 0.610 0.007 0.017 0.172 0.043 0.060 0.091 104 K 0.350 0.008 0.015 0.173 0.127 0.156 0.170 105 G 0.168 0.008 0.021 0.158 0.228 0.233 0.184 106 D 0.177 0.014 0.030 0.173 0.193 0.153 0.260 107 Y 0.288 0.022 0.050 0.280 0.091 0.097 0.172 108 A 0.241 0.015 0.047 0.363 0.075 0.076 0.182 109 E 0.194 0.017 0.049 0.424 0.063 0.088 0.164 110 L 0.151 0.013 0.061 0.459 0.068 0.088 0.160 111 E 0.125 0.010 0.087 0.387 0.089 0.091 0.212 112 H 0.101 0.012 0.084 0.368 0.113 0.120 0.203 113 H 0.097 0.012 0.064 0.282 0.124 0.137 0.283 114 H 0.081 0.013 0.049 0.214 0.167 0.180 0.297 115 H 0.063 0.016 0.028 0.145 0.192 0.179 0.377 116 H 0.026 0.013 0.013 0.069 0.012 0.124 0.744 117 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998