# TARGET T0351 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.181 0.243 0.262 0.060 0.137 0.028 0.038 0.013 0.029 0.009 0.001 2 I 0.200 0.186 0.344 0.026 0.033 0.139 0.017 0.002 0.045 0.005 0.003 3 L 0.749 0.073 0.054 0.073 0.004 0.034 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 4 Y 0.863 0.042 0.035 0.036 0.008 0.005 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 5 D 0.775 0.034 0.049 0.074 0.013 0.019 0.026 0.004 0.005 0.001 0.001 6 A 0.741 0.103 0.053 0.051 0.032 0.007 0.005 0.004 0.004 0.001 0.001 7 I 0.485 0.358 0.062 0.044 0.032 0.008 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 8 M 0.421 0.281 0.166 0.064 0.019 0.026 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 9 Y 0.221 0.448 0.117 0.066 0.086 0.022 0.011 0.002 0.024 0.001 0.001 10 K 0.271 0.265 0.248 0.095 0.013 0.073 0.010 0.001 0.022 0.001 0.001 11 Y 0.016 0.245 0.218 0.004 0.033 0.030 0.017 0.001 0.436 0.001 0.001 12 P 0.451 0.004 0.459 0.016 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 13 N 0.271 0.062 0.160 0.334 0.039 0.046 0.043 0.022 0.018 0.005 0.001 14 A 0.231 0.182 0.282 0.116 0.085 0.029 0.022 0.020 0.018 0.013 0.001 15 V 0.231 0.314 0.271 0.081 0.031 0.025 0.009 0.001 0.034 0.002 0.001 16 S 0.142 0.102 0.614 0.044 0.021 0.049 0.007 0.005 0.009 0.004 0.002 17 R 0.313 0.204 0.197 0.118 0.074 0.032 0.023 0.012 0.021 0.005 0.001 18 K 0.306 0.283 0.178 0.075 0.088 0.018 0.019 0.005 0.019 0.008 0.001 19 D 0.175 0.206 0.165 0.296 0.033 0.053 0.030 0.003 0.036 0.001 0.002 20 F 0.051 0.395 0.230 0.046 0.187 0.025 0.023 0.007 0.031 0.006 0.001 21 E 0.024 0.657 0.224 0.007 0.033 0.028 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 22 L 0.043 0.485 0.360 0.015 0.013 0.057 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 23 R 0.072 0.540 0.217 0.032 0.050 0.047 0.004 0.001 0.035 0.002 0.001 24 N 0.089 0.261 0.135 0.103 0.095 0.127 0.080 0.006 0.094 0.010 0.001 25 D 0.124 0.057 0.137 0.395 0.038 0.035 0.154 0.013 0.038 0.006 0.002 26 G 0.068 0.011 0.065 0.033 0.071 0.003 0.040 0.361 0.001 0.346 0.001 27 N 0.177 0.078 0.192 0.382 0.024 0.033 0.074 0.007 0.028 0.005 0.002 28 G 0.140 0.028 0.138 0.037 0.087 0.003 0.043 0.287 0.001 0.235 0.001 29 S 0.362 0.178 0.254 0.100 0.064 0.013 0.010 0.008 0.006 0.004 0.001 30 Y 0.227 0.345 0.210 0.067 0.084 0.029 0.010 0.005 0.017 0.005 0.001 31 I 0.221 0.499 0.167 0.015 0.026 0.037 0.002 0.001 0.031 0.001 0.001 32 E 0.607 0.200 0.109 0.041 0.016 0.019 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 33 K 0.121 0.537 0.108 0.066 0.102 0.023 0.009 0.001 0.032 0.001 0.001 34 W 0.057 0.497 0.188 0.089 0.108 0.013 0.014 0.005 0.026 0.003 0.001 35 N 0.031 0.284 0.154 0.030 0.043 0.197 0.134 0.003 0.122 0.002 0.001 36 L 0.077 0.569 0.205 0.052 0.047 0.031 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 37 R 0.135 0.267 0.223 0.194 0.029 0.068 0.020 0.002 0.059 0.003 0.001 38 A 0.017 0.328 0.458 0.002 0.100 0.012 0.021 0.001 0.057 0.003 0.002 39 P 0.068 0.008 0.792 0.006 0.001 0.052 0.001 0.001 0.003 0.001 0.069 40 L 0.017 0.178 0.683 0.001 0.014 0.026 0.005 0.001 0.073 0.001 0.001 41 P 0.120 0.004 0.820 0.008 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 42 T 0.050 0.186 0.500 0.042 0.125 0.049 0.005 0.004 0.032 0.005 0.001 43 Q 0.948 0.007 0.019 0.014 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 44 A 0.980 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 E 0.974 0.001 0.003 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 L 0.966 0.001 0.005 0.024 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 E 0.984 0.002 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 T 0.963 0.004 0.004 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 W 0.964 0.002 0.006 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 W 0.984 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 E 0.990 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 E 0.983 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 L 0.896 0.004 0.011 0.084 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 54 Q 0.872 0.030 0.038 0.047 0.003 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 55 K 0.475 0.038 0.057 0.393 0.006 0.014 0.008 0.003 0.005 0.001 0.001 56 N 0.019 0.212 0.324 0.005 0.014 0.014 0.009 0.001 0.403 0.001 0.001 57 P 0.112 0.005 0.813 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.004 0.001 0.051 58 P 0.405 0.009 0.502 0.045 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 59 Y 0.131 0.184 0.349 0.187 0.051 0.046 0.017 0.008 0.024 0.002 0.001 60 E 0.016 0.219 0.599 0.001 0.015 0.013 0.005 0.001 0.129 0.001 0.001 61 P 0.024 0.002 0.914 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.046 62 P 0.571 0.002 0.381 0.007 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 63 D 0.787 0.016 0.083 0.062 0.008 0.017 0.009 0.013 0.003 0.002 0.001 64 Q 0.860 0.027 0.023 0.067 0.005 0.008 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 65 V 0.867 0.045 0.035 0.036 0.003 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 66 E 0.930 0.018 0.021 0.012 0.002 0.010 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 67 L 0.964 0.009 0.009 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 L 0.971 0.003 0.005 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.968 0.002 0.005 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 Q 0.954 0.004 0.010 0.026 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 71 E 0.943 0.003 0.009 0.038 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 72 L 0.914 0.008 0.025 0.042 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 73 S 0.922 0.005 0.018 0.037 0.004 0.004 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 74 Q 0.931 0.003 0.005 0.050 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 75 E 0.965 0.002 0.006 0.023 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 K 0.980 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 77 L 0.983 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 A 0.979 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 R 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 K 0.964 0.001 0.002 0.027 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 81 Q 0.956 0.001 0.002 0.036 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 82 L 0.965 0.002 0.004 0.025 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 E 0.993 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 E 0.985 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.932 0.001 0.003 0.062 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 N 0.814 0.004 0.013 0.093 0.001 0.015 0.046 0.007 0.006 0.001 0.001 87 K 0.870 0.024 0.035 0.052 0.002 0.009 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 88 T 0.851 0.027 0.043 0.060 0.005 0.005 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 89 L 0.392 0.015 0.060 0.503 0.002 0.009 0.009 0.001 0.008 0.001 0.001 90 G 0.198 0.009 0.078 0.037 0.032 0.006 0.099 0.402 0.005 0.136 0.001 91 N 0.657 0.036 0.148 0.099 0.010 0.027 0.008 0.004 0.007 0.004 0.001 92 E 0.829 0.023 0.079 0.047 0.003 0.012 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 93 L 0.785 0.022 0.057 0.113 0.002 0.013 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 94 S 0.691 0.051 0.135 0.077 0.027 0.005 0.006 0.002 0.003 0.004 0.001 95 D 0.433 0.024 0.057 0.342 0.018 0.035 0.049 0.026 0.011 0.003 0.001 96 I 0.056 0.543 0.309 0.019 0.021 0.024 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 97 K 0.177 0.321 0.370 0.017 0.009 0.084 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 98 L 0.285 0.492 0.139 0.013 0.037 0.018 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 99 S 0.421 0.375 0.098 0.015 0.031 0.036 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 100 L 0.475 0.274 0.142 0.041 0.010 0.035 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 101 L 0.419 0.301 0.134 0.065 0.033 0.023 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 102 S 0.252 0.329 0.187 0.057 0.077 0.046 0.018 0.004 0.026 0.003 0.001 103 L 0.240 0.262 0.230 0.143 0.031 0.051 0.009 0.002 0.030 0.001 0.001 104 K 0.132 0.200 0.313 0.169 0.033 0.060 0.042 0.004 0.040 0.005 0.001 105 G 0.084 0.020 0.073 0.015 0.192 0.003 0.043 0.183 0.002 0.384 0.001 106 D 0.384 0.062 0.180 0.206 0.048 0.066 0.022 0.007 0.012 0.007 0.005 107 Y 0.468 0.151 0.106 0.183 0.033 0.023 0.014 0.005 0.015 0.002 0.001 108 A 0.602 0.107 0.131 0.076 0.038 0.013 0.011 0.006 0.010 0.007 0.001 109 E 0.552 0.122 0.156 0.074 0.024 0.033 0.013 0.003 0.020 0.002 0.002 110 L 0.515 0.152 0.164 0.082 0.018 0.036 0.010 0.002 0.018 0.001 0.001 111 E 0.546 0.156 0.135 0.077 0.033 0.021 0.013 0.004 0.011 0.003 0.001 112 H 0.416 0.154 0.108 0.176 0.049 0.026 0.037 0.007 0.023 0.003 0.001 113 H 0.331 0.167 0.135 0.216 0.035 0.035 0.043 0.007 0.026 0.004 0.001 114 H 0.337 0.167 0.125 0.170 0.038 0.047 0.067 0.008 0.034 0.005 0.001 115 H 0.294 0.176 0.155 0.209 0.037 0.044 0.043 0.007 0.029 0.005 0.001 116 H 0.218 0.158 0.191 0.239 0.031 0.055 0.056 0.010 0.036 0.005 0.001 117 H 0.193 0.192 0.248 0.129 0.074 0.037 0.062 0.020 0.025 0.020 0.001