# TARGET T0351 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.102 0.199 0.081 0.040 0.244 0.027 0.030 0.121 0.058 0.062 0.036 2 I 0.189 0.213 0.067 0.006 0.274 0.004 0.010 0.126 0.033 0.033 0.044 3 L 0.050 0.046 0.020 0.014 0.052 0.015 0.014 0.492 0.185 0.078 0.032 4 Y 0.034 0.038 0.024 0.031 0.041 0.022 0.031 0.619 0.122 0.025 0.014 5 D 0.019 0.045 0.023 0.012 0.041 0.010 0.027 0.661 0.110 0.043 0.008 6 A 0.068 0.042 0.009 0.006 0.123 0.010 0.024 0.550 0.122 0.029 0.017 7 I 0.075 0.062 0.015 0.013 0.153 0.015 0.028 0.475 0.115 0.031 0.018 8 M 0.086 0.032 0.007 0.009 0.122 0.023 0.096 0.349 0.126 0.098 0.053 9 Y 0.097 0.110 0.021 0.015 0.187 0.011 0.063 0.248 0.098 0.107 0.044 10 K 0.060 0.156 0.061 0.021 0.203 0.031 0.108 0.153 0.081 0.099 0.028 11 Y 0.234 0.159 0.079 0.014 0.317 0.005 0.008 0.040 0.022 0.038 0.083 12 P 0.026 0.087 0.030 0.029 0.064 0.064 0.119 0.295 0.225 0.049 0.012 13 N 0.082 0.064 0.034 0.013 0.106 0.008 0.022 0.088 0.137 0.371 0.075 14 A 0.148 0.227 0.071 0.010 0.243 0.009 0.018 0.052 0.054 0.103 0.065 15 V 0.093 0.342 0.154 0.016 0.231 0.011 0.020 0.042 0.023 0.033 0.035 16 S 0.075 0.231 0.097 0.040 0.158 0.030 0.049 0.130 0.097 0.065 0.029 17 R 0.052 0.162 0.165 0.071 0.117 0.036 0.052 0.145 0.098 0.084 0.018 18 K 0.058 0.102 0.054 0.048 0.096 0.050 0.061 0.203 0.158 0.122 0.048 19 D 0.149 0.128 0.046 0.024 0.279 0.014 0.034 0.053 0.049 0.137 0.087 20 F 0.179 0.202 0.037 0.006 0.485 0.004 0.003 0.010 0.011 0.024 0.040 21 E 0.189 0.162 0.016 0.001 0.586 0.002 0.003 0.009 0.004 0.004 0.023 22 L 0.390 0.079 0.010 0.003 0.370 0.004 0.006 0.019 0.006 0.023 0.089 23 R 0.071 0.313 0.101 0.039 0.310 0.036 0.049 0.032 0.011 0.019 0.018 24 N 0.209 0.136 0.094 0.067 0.223 0.029 0.015 0.042 0.029 0.051 0.106 25 D 0.031 0.175 0.200 0.159 0.065 0.048 0.058 0.087 0.065 0.088 0.025 26 G 0.012 0.048 0.080 0.222 0.018 0.123 0.106 0.134 0.101 0.134 0.023 27 N 0.035 0.313 0.184 0.100 0.095 0.049 0.056 0.053 0.037 0.055 0.023 28 G 0.038 0.093 0.155 0.127 0.064 0.031 0.013 0.041 0.062 0.242 0.132 29 S 0.144 0.252 0.072 0.007 0.282 0.009 0.028 0.094 0.058 0.028 0.027 30 Y 0.168 0.160 0.058 0.015 0.237 0.012 0.017 0.111 0.085 0.082 0.054 31 I 0.217 0.129 0.030 0.012 0.317 0.009 0.019 0.097 0.066 0.037 0.068 32 E 0.093 0.101 0.053 0.032 0.141 0.053 0.094 0.240 0.132 0.045 0.017 33 K 0.171 0.090 0.034 0.013 0.257 0.010 0.043 0.150 0.074 0.098 0.061 34 W 0.120 0.296 0.046 0.019 0.342 0.018 0.018 0.040 0.028 0.041 0.031 35 N 0.172 0.186 0.085 0.016 0.325 0.005 0.005 0.023 0.023 0.076 0.083 36 L 0.145 0.201 0.052 0.012 0.249 0.013 0.036 0.143 0.063 0.035 0.051 37 R 0.073 0.160 0.099 0.041 0.117 0.019 0.038 0.067 0.081 0.232 0.072 38 A 0.029 0.360 0.370 0.059 0.092 0.011 0.010 0.026 0.017 0.017 0.009 39 P 0.039 0.335 0.323 0.019 0.133 0.012 0.020 0.041 0.022 0.038 0.018 40 L 0.036 0.402 0.333 0.022 0.106 0.009 0.011 0.037 0.013 0.014 0.017 41 P 0.059 0.324 0.099 0.009 0.171 0.014 0.041 0.204 0.033 0.025 0.020 42 T 0.020 0.371 0.173 0.013 0.044 0.008 0.010 0.251 0.055 0.043 0.011 43 Q 0.004 0.002 0.002 0.002 0.004 0.005 0.004 0.841 0.121 0.011 0.003 44 A 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.921 0.062 0.003 0.002 45 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.913 0.071 0.011 0.001 46 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.926 0.070 0.002 0.001 47 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.938 0.053 0.001 0.001 48 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.955 0.030 0.002 0.001 49 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.933 0.052 0.006 0.001 50 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.879 0.112 0.006 0.001 51 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.895 0.084 0.002 0.001 52 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.034 0.818 0.109 0.028 0.001 53 L 0.004 0.009 0.003 0.003 0.009 0.006 0.051 0.626 0.227 0.058 0.004 54 Q 0.015 0.027 0.005 0.005 0.028 0.007 0.047 0.554 0.215 0.089 0.009 55 K 0.013 0.037 0.018 0.019 0.035 0.050 0.127 0.329 0.135 0.223 0.012 56 N 0.084 0.234 0.188 0.027 0.201 0.011 0.024 0.056 0.032 0.085 0.057 57 P 0.078 0.305 0.162 0.016 0.177 0.007 0.016 0.086 0.069 0.048 0.037 58 P 0.041 0.148 0.048 0.008 0.139 0.016 0.060 0.273 0.181 0.066 0.019 59 Y 0.059 0.083 0.064 0.020 0.104 0.022 0.066 0.201 0.138 0.207 0.038 60 E 0.023 0.240 0.259 0.057 0.073 0.039 0.068 0.113 0.044 0.068 0.017 61 P 0.054 0.391 0.198 0.019 0.155 0.006 0.008 0.064 0.034 0.041 0.030 62 P 0.030 0.148 0.059 0.008 0.126 0.009 0.019 0.315 0.232 0.041 0.013 63 D 0.022 0.063 0.023 0.004 0.048 0.008 0.040 0.551 0.165 0.060 0.016 64 Q 0.068 0.039 0.007 0.003 0.078 0.005 0.024 0.492 0.128 0.120 0.035 65 V 0.020 0.070 0.020 0.006 0.042 0.008 0.021 0.622 0.141 0.041 0.011 66 E 0.015 0.020 0.009 0.004 0.024 0.004 0.012 0.755 0.121 0.028 0.009 67 L 0.007 0.018 0.007 0.005 0.012 0.009 0.021 0.814 0.085 0.017 0.005 68 L 0.013 0.017 0.007 0.003 0.019 0.004 0.012 0.802 0.088 0.025 0.010 69 A 0.006 0.008 0.005 0.005 0.008 0.005 0.007 0.755 0.150 0.046 0.005 70 Q 0.009 0.055 0.018 0.005 0.029 0.005 0.017 0.731 0.106 0.022 0.005 71 E 0.014 0.037 0.011 0.006 0.028 0.012 0.043 0.675 0.085 0.078 0.011 72 L 0.022 0.086 0.035 0.014 0.064 0.039 0.085 0.535 0.058 0.048 0.013 73 S 0.079 0.262 0.070 0.008 0.081 0.003 0.007 0.332 0.042 0.056 0.059 74 Q 0.003 0.006 0.004 0.003 0.006 0.009 0.005 0.807 0.123 0.030 0.004 75 E 0.008 0.040 0.013 0.003 0.016 0.003 0.006 0.851 0.051 0.005 0.004 76 K 0.001 0.005 0.004 0.003 0.004 0.007 0.011 0.866 0.062 0.035 0.003 77 L 0.005 0.007 0.003 0.002 0.007 0.003 0.007 0.883 0.052 0.026 0.005 78 A 0.005 0.019 0.005 0.002 0.007 0.001 0.004 0.850 0.075 0.028 0.004 79 R 0.001 0.007 0.003 0.002 0.003 0.007 0.011 0.901 0.053 0.013 0.001 80 K 0.008 0.018 0.006 0.003 0.015 0.003 0.015 0.870 0.044 0.010 0.008 81 Q 0.002 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.007 0.883 0.068 0.026 0.002 82 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.891 0.082 0.015 0.002 83 E 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.002 0.008 0.910 0.067 0.002 0.001 84 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 0.906 0.055 0.014 0.001 85 L 0.002 0.006 0.006 0.002 0.005 0.003 0.011 0.843 0.101 0.020 0.001 86 N 0.008 0.007 0.002 0.001 0.009 0.002 0.012 0.765 0.138 0.050 0.005 87 K 0.003 0.012 0.006 0.003 0.007 0.007 0.046 0.752 0.135 0.025 0.003 88 T 0.006 0.009 0.005 0.006 0.009 0.015 0.133 0.732 0.060 0.023 0.002 89 L 0.018 0.206 0.079 0.016 0.063 0.019 0.059 0.389 0.089 0.053 0.009 90 G 0.027 0.017 0.019 0.039 0.017 0.031 0.019 0.351 0.131 0.290 0.059 91 N 0.026 0.086 0.055 0.015 0.054 0.014 0.037 0.539 0.129 0.031 0.016 92 E 0.017 0.033 0.013 0.005 0.031 0.007 0.029 0.672 0.148 0.038 0.008 93 L 0.044 0.023 0.008 0.006 0.049 0.012 0.025 0.451 0.249 0.113 0.021 94 S 0.015 0.084 0.039 0.027 0.049 0.028 0.072 0.502 0.142 0.038 0.003 95 D 0.117 0.035 0.009 0.005 0.095 0.007 0.041 0.279 0.111 0.221 0.080 96 I 0.129 0.293 0.053 0.007 0.394 0.007 0.006 0.038 0.015 0.033 0.024 97 K 0.218 0.123 0.019 0.004 0.396 0.009 0.038 0.103 0.022 0.023 0.044 98 L 0.436 0.047 0.006 0.004 0.385 0.003 0.002 0.027 0.008 0.012 0.070 99 S 0.054 0.225 0.047 0.058 0.356 0.079 0.057 0.099 0.011 0.007 0.005 100 L 0.488 0.017 0.002 0.001 0.433 0.001 0.001 0.013 0.002 0.004 0.039 101 L 0.146 0.152 0.013 0.031 0.468 0.040 0.027 0.055 0.015 0.016 0.036 102 S 0.255 0.167 0.045 0.005 0.397 0.004 0.009 0.025 0.009 0.025 0.061 103 L 0.228 0.145 0.065 0.020 0.257 0.031 0.038 0.089 0.031 0.033 0.061 104 K 0.037 0.083 0.066 0.265 0.047 0.140 0.108 0.076 0.051 0.091 0.036 105 G 0.036 0.110 0.183 0.308 0.055 0.058 0.022 0.049 0.035 0.101 0.043 106 D 0.064 0.153 0.087 0.048 0.107 0.029 0.046 0.196 0.101 0.129 0.041 107 Y 0.186 0.102 0.036 0.013 0.184 0.012 0.017 0.177 0.101 0.093 0.080 108 A 0.067 0.174 0.062 0.035 0.148 0.031 0.036 0.297 0.088 0.038 0.022 109 E 0.191 0.095 0.032 0.009 0.228 0.009 0.018 0.241 0.072 0.054 0.052 110 L 0.125 0.091 0.032 0.019 0.170 0.020 0.024 0.308 0.119 0.050 0.041 111 E 0.089 0.092 0.038 0.020 0.151 0.021 0.049 0.325 0.122 0.055 0.038 112 H 0.098 0.091 0.038 0.024 0.134 0.024 0.054 0.274 0.124 0.094 0.046 113 H 0.074 0.103 0.045 0.036 0.125 0.031 0.068 0.249 0.121 0.104 0.044 114 H 0.089 0.103 0.048 0.034 0.142 0.036 0.068 0.204 0.116 0.109 0.050 115 H 0.094 0.106 0.062 0.041 0.150 0.032 0.061 0.164 0.100 0.134 0.054 116 H 0.085 0.126 0.065 0.042 0.148 0.036 0.057 0.149 0.099 0.137 0.056 117 H 0.090 0.131 0.079 0.040 0.157 0.025 0.037 0.130 0.095 0.157 0.059