# TARGET T0351 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.005 0.713 0.001 0.006 0.117 0.001 0.001 0.004 0.085 0.024 0.034 0.010 2 I 0.002 0.034 0.559 0.001 0.006 0.273 0.002 0.001 0.013 0.023 0.015 0.012 0.060 3 L 0.007 0.009 0.161 0.003 0.010 0.712 0.002 0.001 0.006 0.029 0.019 0.013 0.028 4 Y 0.005 0.001 0.045 0.002 0.009 0.892 0.001 0.001 0.002 0.012 0.008 0.012 0.011 5 D 0.006 0.001 0.023 0.002 0.008 0.927 0.001 0.001 0.002 0.008 0.007 0.007 0.009 6 A 0.008 0.001 0.012 0.001 0.006 0.942 0.002 0.001 0.002 0.004 0.005 0.006 0.013 7 I 0.005 0.001 0.008 0.001 0.004 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.002 0.006 8 M 0.005 0.001 0.002 0.001 0.006 0.951 0.002 0.003 0.002 0.002 0.023 0.002 0.002 9 Y 0.003 0.001 0.009 0.001 0.010 0.851 0.001 0.002 0.002 0.012 0.105 0.001 0.002 10 K 0.003 0.005 0.053 0.001 0.014 0.700 0.001 0.002 0.005 0.046 0.163 0.002 0.006 11 Y 0.001 0.016 0.494 0.003 0.007 0.072 0.001 0.001 0.009 0.337 0.047 0.009 0.006 12 P 0.001 0.005 0.210 0.003 0.054 0.068 0.001 0.001 0.001 0.111 0.542 0.001 0.006 13 N 0.002 0.007 0.113 0.004 0.087 0.044 0.001 0.001 0.002 0.192 0.536 0.006 0.006 14 A 0.004 0.024 0.323 0.005 0.124 0.045 0.001 0.001 0.007 0.227 0.197 0.012 0.031 15 V 0.006 0.025 0.466 0.010 0.043 0.036 0.002 0.001 0.006 0.226 0.099 0.039 0.041 16 S 0.007 0.029 0.480 0.014 0.049 0.025 0.002 0.001 0.007 0.151 0.112 0.029 0.094 17 R 0.014 0.014 0.318 0.014 0.131 0.031 0.003 0.001 0.007 0.142 0.205 0.041 0.079 18 K 0.033 0.017 0.215 0.043 0.083 0.024 0.004 0.001 0.012 0.201 0.156 0.128 0.084 19 D 0.083 0.007 0.252 0.061 0.030 0.009 0.006 0.001 0.009 0.080 0.047 0.083 0.332 20 F 0.263 0.003 0.110 0.048 0.004 0.002 0.009 0.001 0.005 0.020 0.006 0.246 0.283 21 E 0.420 0.003 0.027 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.004 0.002 0.001 0.328 0.200 22 L 0.359 0.005 0.026 0.003 0.001 0.002 0.016 0.001 0.005 0.003 0.001 0.085 0.494 23 R 0.319 0.005 0.087 0.054 0.002 0.002 0.017 0.001 0.004 0.017 0.014 0.262 0.216 24 N 0.159 0.011 0.083 0.004 0.004 0.002 0.008 0.001 0.004 0.110 0.100 0.131 0.385 25 D 0.013 0.003 0.101 0.004 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.205 0.556 0.047 0.056 26 G 0.003 0.001 0.058 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.209 0.697 0.012 0.011 27 N 0.011 0.004 0.127 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.298 0.493 0.021 0.033 28 G 0.067 0.012 0.259 0.001 0.008 0.015 0.005 0.001 0.001 0.287 0.091 0.130 0.123 29 S 0.146 0.021 0.301 0.013 0.006 0.044 0.022 0.002 0.002 0.062 0.016 0.109 0.257 30 Y 0.270 0.031 0.082 0.024 0.004 0.043 0.052 0.002 0.005 0.012 0.005 0.117 0.354 31 I 0.275 0.007 0.057 0.151 0.014 0.093 0.034 0.002 0.005 0.008 0.010 0.165 0.179 32 E 0.361 0.006 0.055 0.071 0.022 0.104 0.030 0.002 0.009 0.014 0.012 0.144 0.170 33 K 0.202 0.010 0.110 0.026 0.043 0.112 0.032 0.003 0.015 0.031 0.020 0.134 0.263 34 W 0.115 0.014 0.162 0.025 0.047 0.146 0.023 0.003 0.013 0.064 0.114 0.141 0.134 35 N 0.039 0.033 0.301 0.035 0.036 0.075 0.009 0.001 0.005 0.104 0.222 0.051 0.090 36 L 0.012 0.025 0.451 0.008 0.023 0.049 0.004 0.001 0.004 0.191 0.115 0.051 0.066 37 R 0.002 0.019 0.478 0.005 0.018 0.037 0.001 0.001 0.004 0.220 0.182 0.008 0.026 38 A 0.001 0.004 0.593 0.001 0.007 0.013 0.001 0.001 0.004 0.311 0.054 0.008 0.004 39 P 0.001 0.017 0.734 0.002 0.009 0.011 0.001 0.001 0.004 0.147 0.055 0.001 0.022 40 L 0.001 0.022 0.685 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.009 0.207 0.019 0.044 0.002 41 P 0.001 0.045 0.869 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.007 0.050 0.006 0.001 0.016 42 T 0.001 0.020 0.935 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.003 0.024 0.002 0.001 0.003 43 Q 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 44 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 45 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 46 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 49 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 50 W 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 51 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 52 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 53 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.955 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.001 0.001 54 Q 0.001 0.002 0.011 0.001 0.010 0.818 0.001 0.001 0.001 0.008 0.150 0.001 0.001 55 K 0.001 0.002 0.036 0.001 0.010 0.417 0.001 0.001 0.001 0.035 0.500 0.001 0.001 56 N 0.001 0.002 0.480 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 0.001 0.454 0.044 0.001 0.001 57 P 0.001 0.006 0.835 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.107 0.043 0.001 0.001 58 P 0.001 0.010 0.533 0.001 0.031 0.005 0.001 0.001 0.001 0.186 0.231 0.001 0.002 59 Y 0.001 0.022 0.448 0.001 0.040 0.008 0.001 0.001 0.002 0.283 0.188 0.002 0.004 60 E 0.001 0.018 0.630 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.316 0.017 0.005 0.002 61 P 0.001 0.011 0.936 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.038 0.003 0.001 0.005 62 P 0.001 0.006 0.183 0.001 0.097 0.510 0.001 0.001 0.001 0.042 0.159 0.001 0.002 63 D 0.001 0.004 0.068 0.001 0.093 0.659 0.001 0.001 0.002 0.045 0.124 0.003 0.001 64 Q 0.001 0.003 0.043 0.001 0.092 0.804 0.001 0.001 0.005 0.014 0.029 0.001 0.008 65 V 0.002 0.003 0.059 0.003 0.015 0.869 0.001 0.002 0.012 0.011 0.008 0.008 0.006 66 E 0.009 0.005 0.059 0.003 0.014 0.816 0.004 0.003 0.022 0.011 0.015 0.016 0.022 67 L 0.016 0.005 0.042 0.002 0.014 0.809 0.007 0.002 0.018 0.017 0.020 0.014 0.035 68 L 0.014 0.005 0.090 0.006 0.013 0.756 0.005 0.001 0.011 0.021 0.031 0.025 0.021 69 A 0.004 0.002 0.068 0.001 0.019 0.830 0.001 0.001 0.003 0.017 0.034 0.004 0.015 70 Q 0.003 0.001 0.041 0.001 0.021 0.845 0.001 0.001 0.001 0.024 0.050 0.010 0.003 71 E 0.001 0.001 0.040 0.001 0.024 0.861 0.001 0.001 0.001 0.008 0.060 0.001 0.004 72 L 0.001 0.001 0.046 0.001 0.010 0.842 0.001 0.001 0.001 0.023 0.074 0.001 0.002 73 S 0.001 0.003 0.166 0.001 0.013 0.588 0.001 0.001 0.001 0.041 0.180 0.003 0.003 74 Q 0.001 0.001 0.116 0.001 0.023 0.736 0.001 0.001 0.001 0.040 0.076 0.001 0.005 75 E 0.001 0.001 0.071 0.001 0.012 0.863 0.001 0.001 0.001 0.020 0.026 0.002 0.002 76 K 0.001 0.001 0.023 0.001 0.009 0.936 0.001 0.001 0.001 0.012 0.015 0.001 0.002 77 L 0.001 0.001 0.016 0.001 0.008 0.951 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.001 0.002 78 A 0.001 0.001 0.016 0.001 0.006 0.953 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 79 R 0.001 0.001 0.013 0.001 0.004 0.965 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 0.001 0.001 80 K 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 81 Q 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 82 L 0.001 0.001 0.009 0.001 0.004 0.973 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 83 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.961 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.001 0.001 84 E 0.001 0.001 0.007 0.001 0.006 0.942 0.001 0.001 0.001 0.006 0.037 0.001 0.001 85 L 0.001 0.001 0.018 0.001 0.010 0.915 0.001 0.001 0.001 0.012 0.042 0.001 0.001 86 N 0.001 0.004 0.043 0.001 0.022 0.817 0.001 0.001 0.001 0.035 0.072 0.002 0.002 87 K 0.001 0.003 0.070 0.001 0.040 0.697 0.001 0.001 0.004 0.052 0.116 0.005 0.009 88 T 0.002 0.006 0.084 0.001 0.040 0.627 0.001 0.001 0.005 0.057 0.162 0.006 0.009 89 L 0.001 0.009 0.078 0.001 0.022 0.491 0.001 0.001 0.002 0.086 0.302 0.003 0.004 90 G 0.001 0.004 0.221 0.002 0.027 0.333 0.001 0.001 0.001 0.154 0.248 0.003 0.007 91 N 0.001 0.002 0.143 0.001 0.030 0.635 0.001 0.001 0.001 0.081 0.098 0.004 0.004 92 E 0.003 0.012 0.113 0.001 0.036 0.694 0.001 0.001 0.002 0.047 0.072 0.005 0.015 93 L 0.002 0.003 0.072 0.001 0.046 0.792 0.001 0.001 0.002 0.021 0.045 0.002 0.011 94 S 0.003 0.002 0.058 0.012 0.043 0.772 0.001 0.001 0.003 0.031 0.059 0.012 0.005 95 D 0.007 0.001 0.056 0.003 0.032 0.784 0.002 0.001 0.004 0.029 0.052 0.007 0.024 96 I 0.019 0.001 0.061 0.001 0.006 0.831 0.004 0.002 0.006 0.016 0.013 0.021 0.018 97 K 0.022 0.004 0.051 0.001 0.003 0.845 0.006 0.004 0.007 0.006 0.007 0.015 0.030 98 L 0.020 0.001 0.019 0.001 0.005 0.902 0.005 0.002 0.004 0.006 0.010 0.009 0.015 99 S 0.019 0.001 0.027 0.004 0.012 0.870 0.003 0.001 0.003 0.013 0.019 0.018 0.012 100 L 0.011 0.001 0.021 0.001 0.025 0.870 0.002 0.001 0.004 0.009 0.029 0.004 0.022 101 L 0.009 0.001 0.036 0.006 0.030 0.801 0.002 0.001 0.005 0.020 0.068 0.011 0.011 102 S 0.017 0.003 0.065 0.001 0.046 0.649 0.004 0.002 0.010 0.026 0.130 0.020 0.027 103 L 0.022 0.008 0.084 0.002 0.046 0.606 0.005 0.002 0.009 0.049 0.118 0.014 0.036 104 K 0.010 0.010 0.248 0.004 0.030 0.409 0.003 0.002 0.012 0.087 0.134 0.018 0.034 105 G 0.008 0.006 0.213 0.002 0.044 0.298 0.001 0.001 0.005 0.176 0.193 0.025 0.028 106 D 0.003 0.007 0.396 0.001 0.049 0.291 0.001 0.001 0.005 0.091 0.114 0.011 0.032 107 Y 0.002 0.004 0.119 0.001 0.194 0.561 0.001 0.001 0.002 0.032 0.069 0.003 0.013 108 A 0.001 0.004 0.061 0.003 0.132 0.666 0.001 0.001 0.002 0.035 0.083 0.006 0.006 109 E 0.002 0.003 0.059 0.003 0.187 0.607 0.001 0.001 0.002 0.031 0.090 0.004 0.011 110 L 0.002 0.008 0.119 0.002 0.108 0.627 0.001 0.001 0.006 0.045 0.053 0.008 0.021 111 E 0.003 0.011 0.134 0.005 0.068 0.560 0.001 0.001 0.005 0.045 0.132 0.012 0.021 112 H 0.006 0.011 0.106 0.002 0.058 0.453 0.002 0.001 0.005 0.076 0.246 0.012 0.022 113 H 0.005 0.011 0.221 0.002 0.048 0.294 0.001 0.001 0.003 0.153 0.234 0.011 0.017 114 H 0.002 0.016 0.400 0.002 0.047 0.127 0.001 0.001 0.002 0.178 0.199 0.009 0.018 115 H 0.002 0.012 0.426 0.002 0.039 0.087 0.001 0.001 0.002 0.182 0.213 0.013 0.022 116 H 0.002 0.014 0.618 0.001 0.026 0.060 0.001 0.001 0.002 0.117 0.129 0.010 0.021 117 H 0.001 0.004 0.937 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.033 0.005 0.003 0.006