# TARGET T0351 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.014 0.582 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.067 0.037 0.219 2 I 0.008 0.734 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.047 0.022 0.121 3 L 0.014 0.913 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.017 0.004 0.037 4 Y 0.012 0.832 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 0.042 0.012 0.073 5 D 0.027 0.670 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.066 0.027 0.155 6 A 0.046 0.387 0.108 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.191 0.034 0.150 7 I 0.119 0.217 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.148 0.059 0.326 8 M 0.094 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.177 0.071 0.083 0.552 9 Y 0.002 0.010 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.195 0.068 0.119 0.592 10 K 0.018 0.038 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.044 0.134 0.673 11 Y 0.423 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.058 0.080 0.328 12 P 0.106 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.032 0.131 0.688 13 N 0.034 0.030 0.002 0.001 0.002 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.048 0.135 0.625 14 A 0.073 0.032 0.002 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.035 0.129 0.656 15 V 0.092 0.011 0.016 0.001 0.030 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.094 0.114 0.521 16 S 0.081 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.086 0.041 0.096 0.676 17 R 0.289 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.065 0.044 0.091 0.495 18 K 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.140 0.040 0.152 0.635 19 D 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.331 0.054 0.073 0.520 20 F 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 0.022 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.461 0.053 0.059 0.364 21 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.020 0.022 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.782 0.050 0.010 0.082 22 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.184 0.068 0.176 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.168 0.053 0.027 0.261 23 R 0.026 0.003 0.001 0.010 0.100 0.146 0.024 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.342 0.052 0.031 0.249 24 N 0.231 0.007 0.003 0.002 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.054 0.068 0.565 25 D 0.059 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.036 0.092 0.775 26 G 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.022 0.096 0.835 27 N 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.139 0.033 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.031 0.099 0.617 28 G 0.010 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.043 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.028 0.108 0.660 29 S 0.006 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.085 0.127 0.036 0.234 0.050 0.030 0.007 0.158 0.040 0.032 0.137 30 Y 0.022 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.017 0.100 0.135 0.030 0.014 0.094 0.083 0.062 0.395 31 I 0.031 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.119 0.060 0.030 0.307 0.108 0.049 0.255 32 E 0.103 0.021 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.037 0.032 0.260 0.066 0.079 0.381 33 K 0.059 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.351 0.045 0.074 0.453 34 W 0.006 0.008 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.276 0.035 0.089 0.576 35 N 0.026 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.225 0.058 0.077 0.603 36 L 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.163 0.024 0.084 0.709 37 R 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.025 0.093 0.805 38 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.030 0.106 0.771 39 P 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.015 0.091 0.875 40 L 0.024 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.010 0.123 0.720 41 P 0.011 0.059 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.010 0.082 0.812 42 T 0.033 0.807 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.053 0.010 0.095 43 Q 0.015 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.016 44 A 0.004 0.283 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.664 0.006 0.042 45 E 0.002 0.897 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.003 0.022 46 L 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.019 47 E 0.005 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 0.056 48 T 0.002 0.923 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.004 0.052 49 W 0.009 0.912 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.004 0.030 50 W 0.025 0.911 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.003 0.027 51 E 0.049 0.752 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.013 0.152 52 E 0.073 0.238 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.275 0.049 0.333 53 L 0.487 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.166 0.082 0.257 54 Q 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.074 0.889 55 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.036 0.957 56 N 0.073 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.032 0.091 0.794 57 P 0.161 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.042 0.107 0.675 58 P 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.060 0.914 59 Y 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.013 0.093 0.867 60 E 0.012 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.020 0.127 0.802 61 P 0.089 0.143 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.040 0.083 0.626 62 P 0.097 0.264 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.017 0.065 0.547 63 D 0.030 0.535 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.032 0.043 0.324 64 Q 0.037 0.703 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.037 0.017 0.189 65 V 0.020 0.835 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.013 0.009 0.104 66 E 0.029 0.701 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.041 0.016 0.191 67 L 0.015 0.704 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.037 0.026 0.192 68 L 0.054 0.853 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.006 0.070 69 A 0.108 0.388 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.392 0.016 0.089 70 Q 0.016 0.467 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.248 0.056 0.203 71 E 0.044 0.653 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.039 0.041 0.216 72 L 0.036 0.793 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.054 0.018 0.094 73 S 0.027 0.705 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.022 0.185 74 Q 0.003 0.849 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.006 0.108 75 E 0.008 0.874 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.006 0.057 76 K 0.005 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.037 77 L 0.006 0.861 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.004 0.045 78 A 0.011 0.931 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.004 0.030 79 R 0.016 0.893 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.004 0.055 80 K 0.006 0.890 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.007 0.068 81 Q 0.012 0.886 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.009 0.070 82 L 0.046 0.504 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.320 0.014 0.061 83 E 0.054 0.694 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.026 0.159 84 E 0.050 0.132 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.546 0.046 0.212 85 L 0.024 0.352 0.031 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.282 0.063 0.233 86 N 0.121 0.269 0.056 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.131 0.063 0.346 87 K 0.137 0.164 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.083 0.072 0.518 88 T 0.080 0.170 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.054 0.095 0.577 89 L 0.059 0.318 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.045 0.072 0.492 90 G 0.062 0.230 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.274 0.052 0.372 91 N 0.030 0.499 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.193 0.053 0.202 92 E 0.030 0.732 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.028 0.026 0.173 93 L 0.043 0.816 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.026 0.013 0.088 94 S 0.024 0.784 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.030 0.021 0.126 95 D 0.010 0.455 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.398 0.025 0.100 96 I 0.009 0.789 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.088 0.026 0.069 97 K 0.019 0.887 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.008 0.061 98 L 0.027 0.555 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.281 0.020 0.094 99 S 0.032 0.617 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.101 0.051 0.167 100 L 0.057 0.576 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.055 0.038 0.240 101 L 0.096 0.426 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.079 0.060 0.292 102 S 0.077 0.201 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.062 0.100 0.496 103 L 0.057 0.232 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.053 0.082 0.511 104 K 0.087 0.302 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.052 0.079 0.425 105 G 0.048 0.201 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.045 0.100 0.541 106 D 0.165 0.410 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.050 0.041 0.304 107 Y 0.217 0.431 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.042 0.038 0.246 108 A 0.058 0.412 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.051 0.063 0.383 109 E 0.118 0.247 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.111 0.061 0.405 110 L 0.108 0.167 0.021 0.005 0.006 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.139 0.092 0.418 111 E 0.147 0.102 0.010 0.008 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.073 0.067 0.547 112 H 0.123 0.036 0.006 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.072 0.064 0.670 113 H 0.064 0.019 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.051 0.071 0.763 114 H 0.083 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.030 0.067 0.792 115 H 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.017 0.077 0.857 116 H 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.013 0.079 0.878 117 H 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 0.021 0.112 0.821