# TARGET T0351 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.176 0.028 0.059 0.074 0.096 0.129 0.422 2 I 0.021 0.445 0.023 0.052 0.072 0.073 0.091 0.223 3 L 0.048 0.596 0.019 0.023 0.034 0.044 0.101 0.136 4 Y 0.035 0.600 0.029 0.034 0.044 0.031 0.120 0.107 5 D 0.041 0.486 0.044 0.044 0.094 0.032 0.135 0.123 6 A 0.069 0.140 0.146 0.056 0.127 0.069 0.164 0.228 7 I 0.058 0.058 0.141 0.219 0.216 0.058 0.095 0.156 8 M 0.046 0.020 0.079 0.049 0.089 0.087 0.058 0.571 9 Y 0.008 0.009 0.104 0.109 0.150 0.132 0.059 0.430 10 K 0.031 0.010 0.041 0.048 0.070 0.134 0.034 0.632 11 Y 0.412 0.016 0.023 0.033 0.032 0.088 0.072 0.323 12 P 0.071 0.015 0.014 0.020 0.028 0.099 0.043 0.710 13 N 0.032 0.015 0.025 0.016 0.039 0.113 0.053 0.706 14 A 0.043 0.012 0.020 0.023 0.029 0.132 0.045 0.696 15 V 0.161 0.030 0.037 0.047 0.036 0.115 0.086 0.488 16 S 0.089 0.029 0.019 0.013 0.027 0.101 0.032 0.692 17 R 0.100 0.030 0.028 0.018 0.045 0.110 0.049 0.621 18 K 0.038 0.024 0.032 0.071 0.100 0.112 0.053 0.568 19 D 0.016 0.011 0.050 0.069 0.201 0.113 0.055 0.485 20 F 0.008 0.007 0.064 0.214 0.344 0.052 0.076 0.234 21 E 0.008 0.003 0.082 0.265 0.364 0.052 0.046 0.179 22 L 0.017 0.002 0.077 0.236 0.274 0.058 0.039 0.298 23 R 0.083 0.002 0.047 0.155 0.177 0.095 0.051 0.388 24 N 0.103 0.003 0.019 0.031 0.061 0.113 0.031 0.639 25 D 0.041 0.002 0.005 0.008 0.017 0.115 0.009 0.802 26 G 0.095 0.012 0.011 0.018 0.028 0.118 0.035 0.683 27 N 0.076 0.054 0.011 0.030 0.062 0.124 0.031 0.612 28 G 0.036 0.045 0.025 0.056 0.127 0.085 0.035 0.591 29 S 0.012 0.060 0.035 0.276 0.310 0.051 0.033 0.224 30 Y 0.019 0.085 0.044 0.143 0.265 0.052 0.058 0.336 31 I 0.018 0.055 0.076 0.316 0.266 0.029 0.117 0.123 32 E 0.057 0.071 0.047 0.234 0.299 0.035 0.085 0.171 33 K 0.082 0.030 0.068 0.139 0.227 0.055 0.111 0.287 34 W 0.056 0.012 0.038 0.125 0.208 0.080 0.036 0.444 35 N 0.096 0.006 0.024 0.066 0.101 0.080 0.054 0.574 36 L 0.017 0.002 0.009 0.027 0.043 0.114 0.024 0.765 37 R 0.051 0.002 0.016 0.022 0.037 0.108 0.023 0.741 38 A 0.038 0.003 0.011 0.034 0.039 0.137 0.041 0.697 39 P 0.023 0.014 0.018 0.009 0.018 0.110 0.028 0.781 40 L 0.063 0.073 0.021 0.025 0.029 0.166 0.027 0.596 41 P 0.022 0.158 0.018 0.008 0.006 0.072 0.025 0.692 42 T 0.031 0.931 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.017 43 Q 0.054 0.914 0.002 0.001 0.001 0.004 0.011 0.014 44 A 0.013 0.248 0.005 0.003 0.003 0.013 0.661 0.054 45 E 0.005 0.782 0.001 0.001 0.001 0.005 0.190 0.016 46 L 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 47 E 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 48 T 0.007 0.963 0.002 0.001 0.001 0.002 0.018 0.007 49 W 0.011 0.969 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 50 W 0.046 0.877 0.015 0.001 0.001 0.003 0.041 0.016 51 E 0.066 0.641 0.021 0.002 0.001 0.019 0.052 0.198 52 E 0.179 0.113 0.092 0.004 0.004 0.048 0.250 0.310 53 L 0.327 0.038 0.054 0.005 0.003 0.072 0.171 0.331 54 Q 0.050 0.005 0.005 0.002 0.002 0.057 0.017 0.861 55 K 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.052 0.005 0.931 56 N 0.118 0.007 0.008 0.005 0.005 0.126 0.035 0.695 57 P 0.194 0.007 0.007 0.005 0.005 0.121 0.025 0.635 58 P 0.041 0.006 0.009 0.004 0.007 0.108 0.019 0.807 59 Y 0.024 0.008 0.011 0.006 0.010 0.128 0.019 0.794 60 E 0.048 0.027 0.018 0.012 0.011 0.134 0.035 0.715 61 P 0.165 0.167 0.012 0.007 0.008 0.087 0.045 0.510 62 P 0.132 0.350 0.013 0.007 0.010 0.065 0.046 0.378 63 D 0.039 0.557 0.014 0.010 0.016 0.057 0.033 0.273 64 Q 0.031 0.730 0.012 0.008 0.013 0.026 0.047 0.133 65 V 0.021 0.897 0.006 0.006 0.006 0.009 0.019 0.037 66 E 0.027 0.856 0.008 0.006 0.008 0.010 0.027 0.057 67 L 0.027 0.800 0.019 0.009 0.009 0.016 0.048 0.073 68 L 0.045 0.820 0.006 0.005 0.006 0.010 0.049 0.059 69 A 0.111 0.371 0.021 0.006 0.007 0.027 0.304 0.152 70 Q 0.024 0.468 0.009 0.012 0.009 0.039 0.190 0.249 71 E 0.045 0.684 0.005 0.002 0.003 0.025 0.029 0.208 72 L 0.055 0.635 0.005 0.005 0.005 0.039 0.042 0.215 73 S 0.026 0.758 0.005 0.003 0.003 0.022 0.048 0.134 74 Q 0.015 0.936 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.031 75 E 0.015 0.908 0.006 0.001 0.001 0.008 0.032 0.029 76 K 0.019 0.887 0.005 0.003 0.002 0.009 0.035 0.040 77 L 0.029 0.802 0.013 0.002 0.002 0.013 0.069 0.071 78 A 0.012 0.923 0.003 0.001 0.001 0.004 0.030 0.025 79 R 0.031 0.897 0.004 0.001 0.001 0.006 0.023 0.038 80 K 0.011 0.806 0.010 0.006 0.003 0.015 0.041 0.108 81 Q 0.019 0.901 0.004 0.001 0.001 0.009 0.016 0.050 82 L 0.106 0.602 0.015 0.003 0.002 0.016 0.194 0.062 83 E 0.048 0.682 0.008 0.003 0.003 0.027 0.080 0.149 84 E 0.114 0.316 0.016 0.003 0.004 0.033 0.225 0.290 85 L 0.052 0.287 0.019 0.007 0.006 0.089 0.283 0.257 86 N 0.079 0.272 0.027 0.006 0.008 0.052 0.131 0.425 87 K 0.118 0.113 0.010 0.004 0.005 0.100 0.027 0.622 88 T 0.161 0.131 0.025 0.008 0.007 0.115 0.107 0.445 89 L 0.082 0.220 0.009 0.003 0.006 0.094 0.050 0.535 90 G 0.081 0.150 0.015 0.004 0.009 0.068 0.162 0.511 91 N 0.023 0.321 0.032 0.025 0.013 0.075 0.149 0.362 92 E 0.071 0.489 0.023 0.012 0.019 0.061 0.039 0.285 93 L 0.160 0.418 0.035 0.014 0.016 0.048 0.074 0.235 94 S 0.040 0.517 0.017 0.015 0.027 0.047 0.066 0.270 95 D 0.024 0.351 0.021 0.009 0.020 0.050 0.217 0.307 96 I 0.007 0.737 0.018 0.031 0.023 0.025 0.070 0.089 97 K 0.051 0.715 0.029 0.015 0.037 0.020 0.053 0.081 98 L 0.063 0.306 0.066 0.048 0.044 0.046 0.243 0.185 99 S 0.032 0.408 0.053 0.048 0.066 0.048 0.166 0.178 100 L 0.089 0.340 0.041 0.021 0.044 0.049 0.081 0.335 101 L 0.032 0.198 0.065 0.111 0.106 0.094 0.083 0.311 102 S 0.033 0.148 0.064 0.047 0.072 0.079 0.115 0.442 103 L 0.087 0.320 0.042 0.037 0.038 0.072 0.089 0.314 104 K 0.120 0.356 0.038 0.033 0.034 0.063 0.056 0.300 105 G 0.075 0.268 0.028 0.014 0.016 0.066 0.048 0.485 106 D 0.067 0.537 0.017 0.012 0.014 0.045 0.047 0.261 107 Y 0.149 0.519 0.018 0.008 0.008 0.035 0.050 0.214 108 A 0.062 0.410 0.017 0.020 0.018 0.053 0.067 0.353 109 E 0.076 0.254 0.020 0.014 0.019 0.062 0.106 0.449 110 L 0.159 0.220 0.023 0.024 0.025 0.075 0.153 0.320 111 E 0.127 0.101 0.021 0.028 0.036 0.092 0.082 0.513 112 H 0.082 0.038 0.012 0.015 0.024 0.087 0.058 0.685 113 H 0.073 0.030 0.014 0.023 0.032 0.118 0.056 0.654 114 H 0.105 0.017 0.012 0.019 0.030 0.101 0.054 0.661 115 H 0.070 0.013 0.012 0.025 0.032 0.119 0.046 0.684 116 H 0.033 0.010 0.015 0.022 0.041 0.114 0.040 0.725 117 H 0.040 0.012 0.020 0.033 0.054 0.111 0.046 0.685