# TARGET T0351 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.384 0.145 0.105 0.125 0.068 0.047 0.049 0.027 0.025 0.015 0.011 2 I 0.101 0.221 0.079 0.164 0.145 0.121 0.098 0.036 0.020 0.010 0.005 3 L 0.024 0.023 0.015 0.055 0.063 0.085 0.159 0.147 0.195 0.145 0.090 4 Y 0.028 0.054 0.043 0.103 0.139 0.173 0.211 0.103 0.084 0.041 0.021 5 D 0.017 0.057 0.170 0.283 0.196 0.122 0.088 0.033 0.019 0.010 0.004 6 A 0.009 0.014 0.028 0.042 0.023 0.030 0.109 0.132 0.206 0.215 0.191 7 I 0.008 0.012 0.046 0.042 0.028 0.038 0.115 0.148 0.221 0.219 0.123 8 M 0.002 0.014 0.097 0.149 0.164 0.161 0.192 0.093 0.076 0.039 0.013 9 Y 0.003 0.010 0.055 0.042 0.053 0.079 0.173 0.162 0.180 0.145 0.099 10 K 0.009 0.021 0.031 0.114 0.133 0.156 0.240 0.135 0.101 0.047 0.015 11 Y 0.012 0.027 0.020 0.037 0.038 0.070 0.195 0.184 0.202 0.140 0.075 12 P 0.082 0.154 0.150 0.208 0.137 0.097 0.083 0.039 0.029 0.014 0.007 13 N 0.416 0.181 0.074 0.126 0.080 0.049 0.041 0.016 0.010 0.005 0.002 14 A 0.132 0.064 0.027 0.080 0.069 0.082 0.141 0.125 0.135 0.095 0.050 15 V 0.095 0.086 0.036 0.096 0.096 0.118 0.149 0.110 0.105 0.069 0.039 16 S 0.189 0.214 0.094 0.159 0.099 0.076 0.072 0.038 0.029 0.017 0.012 17 R 0.130 0.119 0.078 0.189 0.153 0.116 0.096 0.054 0.036 0.020 0.009 18 K 0.184 0.094 0.050 0.153 0.137 0.121 0.126 0.060 0.043 0.021 0.010 19 D 0.048 0.115 0.089 0.293 0.188 0.115 0.084 0.033 0.021 0.009 0.005 20 F 0.004 0.003 0.004 0.008 0.013 0.029 0.104 0.149 0.243 0.251 0.193 21 E 0.030 0.138 0.118 0.354 0.208 0.085 0.046 0.013 0.006 0.002 0.001 22 L 0.001 0.002 0.002 0.004 0.007 0.014 0.058 0.108 0.240 0.289 0.276 23 R 0.014 0.072 0.065 0.326 0.257 0.138 0.082 0.025 0.013 0.005 0.003 24 N 0.089 0.102 0.053 0.153 0.156 0.149 0.161 0.068 0.042 0.020 0.008 25 D 0.139 0.131 0.076 0.227 0.150 0.106 0.088 0.039 0.023 0.013 0.008 26 G 0.578 0.158 0.039 0.088 0.052 0.031 0.026 0.011 0.008 0.005 0.004 27 N 0.200 0.318 0.058 0.178 0.106 0.063 0.043 0.016 0.010 0.005 0.003 28 G 0.042 0.040 0.017 0.075 0.099 0.118 0.159 0.127 0.146 0.105 0.072 29 S 0.128 0.189 0.105 0.229 0.145 0.095 0.065 0.021 0.013 0.006 0.004 30 Y 0.003 0.012 0.012 0.078 0.127 0.167 0.256 0.158 0.108 0.055 0.022 31 I 0.002 0.002 0.004 0.010 0.014 0.023 0.067 0.119 0.222 0.261 0.276 32 E 0.033 0.050 0.087 0.272 0.240 0.142 0.105 0.038 0.020 0.009 0.004 33 K 0.035 0.099 0.199 0.287 0.187 0.100 0.058 0.020 0.010 0.004 0.002 34 W 0.003 0.004 0.004 0.017 0.032 0.076 0.220 0.209 0.214 0.144 0.076 35 N 0.119 0.229 0.107 0.232 0.139 0.079 0.057 0.019 0.011 0.005 0.002 36 L 0.013 0.015 0.016 0.025 0.030 0.047 0.126 0.150 0.223 0.198 0.156 37 R 0.277 0.269 0.106 0.172 0.085 0.046 0.028 0.008 0.005 0.002 0.001 38 A 0.159 0.107 0.029 0.116 0.120 0.126 0.140 0.080 0.066 0.038 0.019 39 P 0.363 0.145 0.041 0.098 0.082 0.075 0.075 0.042 0.038 0.025 0.016 40 L 0.291 0.119 0.040 0.108 0.098 0.097 0.114 0.066 0.039 0.019 0.008 41 P 0.115 0.098 0.032 0.093 0.101 0.113 0.167 0.113 0.087 0.054 0.029 42 T 0.043 0.457 0.081 0.165 0.083 0.053 0.045 0.027 0.023 0.014 0.009 43 Q 0.296 0.070 0.063 0.180 0.179 0.120 0.064 0.016 0.008 0.003 0.001 44 A 0.656 0.157 0.114 0.049 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 45 E 0.006 0.034 0.119 0.251 0.179 0.180 0.160 0.049 0.017 0.005 0.001 46 L 0.003 0.006 0.033 0.023 0.026 0.057 0.237 0.209 0.201 0.140 0.067 47 E 0.008 0.030 0.624 0.185 0.092 0.044 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 48 T 0.014 0.039 0.727 0.163 0.039 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 49 W 0.001 0.002 0.013 0.009 0.018 0.059 0.256 0.214 0.229 0.140 0.061 50 W 0.001 0.001 0.036 0.016 0.031 0.081 0.357 0.212 0.157 0.082 0.027 51 E 0.001 0.012 0.777 0.136 0.049 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 52 E 0.008 0.044 0.392 0.226 0.162 0.108 0.048 0.008 0.003 0.001 0.001 53 L 0.001 0.003 0.017 0.008 0.010 0.026 0.148 0.175 0.273 0.217 0.123 54 Q 0.008 0.028 0.112 0.119 0.179 0.203 0.243 0.070 0.028 0.008 0.002 55 K 0.049 0.111 0.705 0.096 0.027 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 56 N 0.072 0.120 0.145 0.157 0.150 0.157 0.140 0.035 0.017 0.006 0.002 57 P 0.319 0.208 0.048 0.087 0.067 0.067 0.085 0.048 0.040 0.022 0.009 58 P 0.532 0.124 0.035 0.080 0.070 0.058 0.053 0.024 0.015 0.007 0.003 59 Y 0.266 0.107 0.046 0.091 0.087 0.094 0.121 0.081 0.063 0.031 0.012 60 E 0.336 0.225 0.049 0.105 0.075 0.061 0.058 0.035 0.029 0.017 0.009 61 P 0.235 0.348 0.058 0.134 0.084 0.058 0.040 0.020 0.014 0.007 0.003 62 P 0.379 0.116 0.044 0.090 0.092 0.089 0.089 0.049 0.034 0.014 0.004 63 D 0.580 0.179 0.071 0.094 0.041 0.018 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 64 Q 0.063 0.160 0.113 0.235 0.140 0.110 0.097 0.044 0.025 0.010 0.003 65 V 0.050 0.025 0.043 0.059 0.092 0.166 0.250 0.146 0.101 0.050 0.018 66 E 0.121 0.104 0.419 0.201 0.080 0.041 0.025 0.006 0.003 0.001 0.001 67 L 0.015 0.049 0.322 0.219 0.138 0.108 0.091 0.032 0.018 0.007 0.002 68 L 0.018 0.033 0.085 0.068 0.071 0.114 0.212 0.140 0.130 0.082 0.045 69 A 0.016 0.033 0.189 0.123 0.141 0.158 0.210 0.073 0.039 0.016 0.005 70 Q 0.041 0.064 0.657 0.133 0.057 0.027 0.015 0.003 0.002 0.001 0.001 71 E 0.026 0.064 0.279 0.217 0.149 0.124 0.098 0.025 0.013 0.005 0.002 72 L 0.010 0.016 0.055 0.024 0.027 0.054 0.195 0.173 0.201 0.154 0.090 73 S 0.059 0.099 0.419 0.191 0.114 0.063 0.040 0.010 0.004 0.001 0.001 74 Q 0.069 0.139 0.446 0.194 0.081 0.040 0.021 0.005 0.003 0.001 0.001 75 E 0.038 0.060 0.138 0.115 0.132 0.169 0.199 0.072 0.048 0.021 0.008 76 K 0.194 0.092 0.272 0.175 0.098 0.071 0.066 0.019 0.009 0.003 0.001 77 L 0.050 0.090 0.351 0.141 0.107 0.097 0.096 0.037 0.021 0.008 0.003 78 A 0.004 0.013 0.048 0.029 0.046 0.103 0.232 0.162 0.176 0.122 0.064 79 R 0.006 0.020 0.092 0.162 0.225 0.221 0.182 0.050 0.027 0.011 0.003 80 K 0.086 0.078 0.661 0.111 0.038 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 81 Q 0.004 0.022 0.104 0.159 0.174 0.195 0.214 0.069 0.038 0.015 0.005 82 L 0.001 0.002 0.007 0.005 0.007 0.020 0.102 0.150 0.247 0.260 0.201 83 E 0.007 0.027 0.343 0.313 0.207 0.071 0.025 0.004 0.002 0.001 0.001 84 E 0.043 0.083 0.659 0.116 0.051 0.027 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 85 L 0.006 0.012 0.023 0.043 0.059 0.130 0.297 0.164 0.138 0.083 0.045 86 N 0.037 0.027 0.031 0.045 0.061 0.113 0.255 0.163 0.137 0.088 0.045 87 K 0.071 0.144 0.422 0.217 0.090 0.034 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 88 T 0.054 0.079 0.134 0.126 0.114 0.125 0.138 0.073 0.073 0.050 0.033 89 L 0.099 0.101 0.038 0.099 0.094 0.120 0.158 0.096 0.085 0.062 0.047 90 G 0.348 0.198 0.071 0.132 0.095 0.061 0.050 0.020 0.013 0.007 0.004 91 N 0.316 0.169 0.123 0.157 0.106 0.062 0.038 0.013 0.009 0.005 0.002 92 E 0.161 0.202 0.091 0.235 0.151 0.088 0.046 0.013 0.008 0.004 0.002 93 L 0.019 0.011 0.009 0.024 0.031 0.049 0.110 0.134 0.204 0.198 0.211 94 S 0.072 0.070 0.058 0.108 0.116 0.150 0.205 0.101 0.064 0.034 0.021 95 D 0.152 0.186 0.195 0.282 0.116 0.042 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 96 I 0.011 0.009 0.009 0.015 0.018 0.035 0.107 0.127 0.202 0.222 0.245 97 K 0.070 0.148 0.141 0.332 0.164 0.076 0.042 0.013 0.008 0.004 0.003 98 L 0.012 0.015 0.022 0.022 0.025 0.044 0.129 0.138 0.217 0.198 0.176 99 S 0.049 0.117 0.206 0.295 0.166 0.089 0.050 0.014 0.008 0.004 0.002 100 L 0.030 0.044 0.056 0.094 0.077 0.092 0.184 0.130 0.131 0.099 0.063 101 L 0.045 0.059 0.108 0.143 0.121 0.129 0.158 0.083 0.071 0.048 0.035 102 S 0.101 0.177 0.202 0.262 0.136 0.064 0.036 0.011 0.007 0.003 0.002 103 L 0.027 0.030 0.052 0.045 0.035 0.048 0.130 0.124 0.185 0.176 0.147 104 K 0.083 0.195 0.158 0.284 0.153 0.066 0.039 0.012 0.006 0.003 0.001 105 G 0.147 0.102 0.088 0.089 0.084 0.096 0.146 0.086 0.082 0.052 0.029 106 D 0.174 0.330 0.183 0.187 0.068 0.031 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 107 Y 0.130 0.089 0.075 0.114 0.119 0.133 0.154 0.079 0.059 0.033 0.015 108 A 0.404 0.184 0.119 0.112 0.063 0.044 0.039 0.015 0.012 0.005 0.003 109 E 0.190 0.233 0.214 0.238 0.079 0.028 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 110 L 0.170 0.075 0.060 0.069 0.064 0.094 0.152 0.103 0.102 0.069 0.041 111 E 0.171 0.187 0.196 0.201 0.115 0.066 0.039 0.013 0.007 0.003 0.001 112 H 0.148 0.158 0.321 0.162 0.086 0.056 0.039 0.014 0.010 0.005 0.002 113 H 0.180 0.157 0.147 0.154 0.114 0.093 0.079 0.035 0.024 0.013 0.006 114 H 0.244 0.152 0.102 0.116 0.091 0.084 0.092 0.050 0.038 0.022 0.010 115 H 0.291 0.170 0.113 0.127 0.091 0.071 0.066 0.031 0.023 0.012 0.005 116 H 0.355 0.208 0.108 0.122 0.074 0.049 0.039 0.019 0.015 0.008 0.004 117 H 0.403 0.142 0.055 0.100 0.074 0.065 0.064 0.038 0.032 0.019 0.009