# TARGET T0351 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.070 0.035 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.015 0.100 0.751 2 I 0.053 0.041 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.011 0.182 0.640 3 L 0.041 0.056 0.010 0.002 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.007 0.099 0.686 4 Y 0.027 0.132 0.001 0.001 0.008 0.007 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.222 0.006 0.080 0.501 5 D 0.028 0.260 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.112 0.006 0.099 0.483 6 A 0.078 0.555 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.009 0.033 0.223 7 I 0.033 0.686 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.169 0.006 0.008 0.091 8 M 0.031 0.587 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.233 0.010 0.008 0.118 9 Y 0.053 0.523 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.002 0.178 0.024 0.014 0.178 10 K 0.098 0.308 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.213 0.054 0.021 0.252 11 Y 0.092 0.156 0.049 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.132 0.023 0.036 0.487 12 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 13 N 0.018 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.006 0.007 0.005 0.002 0.105 0.009 0.127 0.693 14 A 0.424 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.017 0.038 0.450 15 V 0.177 0.057 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.132 0.005 0.125 0.466 16 S 0.043 0.022 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.005 0.080 0.784 17 R 0.072 0.041 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.196 0.008 0.126 0.533 18 K 0.232 0.021 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 0.021 0.141 0.447 19 D 0.109 0.023 0.006 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.256 0.013 0.148 0.434 20 F 0.068 0.021 0.006 0.003 0.015 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.007 0.585 0.011 0.029 0.230 21 E 0.028 0.015 0.002 0.001 0.005 0.009 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.024 0.012 0.561 0.005 0.077 0.225 22 L 0.010 0.009 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.004 0.031 0.059 0.061 0.029 0.471 0.003 0.045 0.257 23 R 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.008 0.023 0.239 0.197 0.034 0.007 0.340 0.002 0.020 0.100 24 N 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.061 0.066 0.012 0.010 0.003 0.001 0.001 0.266 0.005 0.060 0.476 25 D 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.271 0.130 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.125 0.010 0.084 0.345 26 G 0.025 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.012 0.166 0.717 27 N 0.100 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.015 0.259 0.577 28 G 0.210 0.007 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.035 0.138 0.526 29 S 0.027 0.004 0.015 0.015 0.040 0.032 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.228 0.005 0.270 0.353 30 Y 0.010 0.002 0.002 0.001 0.222 0.057 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.002 0.105 0.454 31 I 0.013 0.006 0.001 0.001 0.013 0.133 0.059 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.505 0.001 0.045 0.196 32 E 0.010 0.014 0.001 0.001 0.002 0.003 0.035 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.596 0.003 0.050 0.251 33 K 0.020 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.432 0.010 0.062 0.431 34 W 0.011 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.003 0.719 0.006 0.023 0.194 35 N 0.045 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.419 0.013 0.069 0.422 36 L 0.050 0.022 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.419 0.009 0.048 0.430 37 R 0.008 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.341 0.005 0.101 0.522 38 A 0.063 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.111 0.007 0.064 0.739 39 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 40 L 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.002 0.047 0.841 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 42 T 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.002 0.312 0.624 43 Q 0.023 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.003 0.049 0.800 44 A 0.005 0.062 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.012 0.237 0.670 45 E 0.020 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.783 0.154 46 L 0.011 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.047 47 E 0.002 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.035 48 T 0.003 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.052 49 W 0.007 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.020 50 W 0.003 0.977 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 51 E 0.005 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 52 E 0.011 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.023 53 L 0.036 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.024 54 Q 0.030 0.905 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.047 55 K 0.072 0.784 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.002 0.083 56 N 0.336 0.402 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.109 0.005 0.144 57 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 58 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 59 Y 0.130 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.004 0.091 0.729 60 E 0.209 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.006 0.076 0.662 61 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.994 62 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 63 D 0.017 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.003 0.124 0.818 64 Q 0.226 0.089 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.006 0.115 0.532 65 V 0.129 0.396 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.004 0.032 0.380 66 E 0.032 0.498 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.003 0.053 0.358 67 L 0.034 0.652 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.004 0.040 0.210 68 L 0.031 0.738 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.004 0.031 0.163 69 A 0.019 0.769 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.004 0.006 0.148 70 Q 0.017 0.771 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 0.013 0.177 71 E 0.107 0.659 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.025 0.170 72 L 0.062 0.837 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.080 73 S 0.050 0.788 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.014 0.129 74 Q 0.053 0.650 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.011 0.267 75 E 0.089 0.595 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.014 0.277 76 K 0.024 0.676 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.020 0.263 77 L 0.006 0.792 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.188 78 A 0.008 0.891 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.086 79 R 0.004 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.036 80 K 0.006 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.033 81 Q 0.009 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.022 82 L 0.010 0.954 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.028 83 E 0.015 0.918 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.047 84 E 0.033 0.859 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.005 0.078 85 L 0.085 0.809 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.004 0.074 86 N 0.024 0.890 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.003 0.067 87 K 0.027 0.792 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.005 0.139 88 T 0.053 0.768 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.031 0.116 89 L 0.087 0.680 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.044 0.030 0.142 90 G 0.107 0.466 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.042 0.026 0.320 91 N 0.129 0.193 0.139 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.022 0.096 0.405 92 E 0.041 0.201 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.012 0.114 0.586 93 L 0.078 0.360 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.011 0.089 0.372 94 S 0.097 0.447 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.013 0.082 0.286 95 D 0.191 0.333 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.028 0.050 0.307 96 I 0.341 0.301 0.039 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.026 0.031 0.206 97 K 0.025 0.376 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.254 0.005 0.090 0.235 98 L 0.014 0.368 0.012 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.256 0.005 0.030 0.303 99 S 0.021 0.422 0.005 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.276 0.007 0.061 0.196 100 L 0.048 0.353 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.234 0.015 0.045 0.298 101 L 0.074 0.518 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.165 0.014 0.025 0.186 102 S 0.106 0.456 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.118 0.020 0.044 0.241 103 L 0.097 0.429 0.055 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.015 0.015 0.290 104 K 0.045 0.362 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.181 0.011 0.038 0.338 105 G 0.054 0.293 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.143 0.014 0.040 0.436 106 D 0.057 0.252 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.009 0.080 0.525 107 Y 0.066 0.378 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.011 0.053 0.427 108 A 0.045 0.450 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.013 0.106 0.347 109 E 0.159 0.357 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.026 0.114 0.318 110 L 0.182 0.502 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.015 0.014 0.256 111 E 0.066 0.545 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.011 0.029 0.309 112 H 0.073 0.483 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.022 0.024 0.354 113 H 0.131 0.414 0.015 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.026 0.027 0.328 114 H 0.164 0.246 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.039 0.032 0.468 115 H 0.123 0.145 0.051 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.022 0.039 0.588 116 H 0.087 0.084 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.017 0.084 0.653 117 H 0.105 0.069 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.017 0.073 0.663