# TARGET T0351 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.298 0.218 0.201 0.077 0.099 0.023 0.038 0.019 0.014 0.012 0.001 2 I 0.388 0.200 0.250 0.037 0.030 0.056 0.009 0.003 0.023 0.004 0.001 3 L 0.800 0.056 0.055 0.032 0.005 0.034 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 4 Y 0.924 0.023 0.022 0.017 0.003 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 5 D 0.922 0.019 0.021 0.020 0.005 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 6 A 0.929 0.034 0.012 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 I 0.907 0.057 0.012 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 8 M 0.820 0.086 0.038 0.033 0.007 0.008 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 9 Y 0.661 0.108 0.047 0.135 0.019 0.013 0.005 0.003 0.008 0.001 0.001 10 K 0.581 0.099 0.082 0.179 0.009 0.025 0.009 0.002 0.013 0.001 0.001 11 Y 0.046 0.138 0.208 0.006 0.021 0.032 0.038 0.001 0.508 0.002 0.001 12 P 0.488 0.002 0.406 0.022 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 13 N 0.317 0.058 0.136 0.299 0.039 0.048 0.035 0.039 0.021 0.009 0.001 14 A 0.224 0.192 0.303 0.121 0.048 0.042 0.023 0.015 0.023 0.007 0.001 15 V 0.263 0.313 0.201 0.064 0.039 0.037 0.019 0.002 0.060 0.002 0.001 16 S 0.224 0.089 0.527 0.054 0.028 0.040 0.007 0.007 0.008 0.012 0.005 17 R 0.268 0.236 0.178 0.134 0.074 0.036 0.031 0.010 0.027 0.004 0.003 18 K 0.168 0.386 0.211 0.081 0.076 0.028 0.021 0.003 0.020 0.004 0.001 19 D 0.116 0.338 0.257 0.109 0.046 0.066 0.027 0.002 0.036 0.001 0.002 20 F 0.021 0.613 0.133 0.020 0.149 0.019 0.005 0.001 0.036 0.002 0.001 21 E 0.010 0.713 0.202 0.004 0.028 0.024 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 22 L 0.030 0.657 0.228 0.015 0.014 0.038 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 23 R 0.045 0.605 0.205 0.016 0.050 0.039 0.003 0.001 0.031 0.003 0.001 24 N 0.121 0.372 0.112 0.088 0.063 0.071 0.050 0.004 0.114 0.005 0.001 25 D 0.101 0.034 0.087 0.317 0.020 0.024 0.346 0.009 0.053 0.007 0.001 26 G 0.023 0.002 0.017 0.012 0.019 0.001 0.045 0.659 0.001 0.220 0.001 27 N 0.111 0.067 0.179 0.376 0.033 0.027 0.155 0.022 0.016 0.014 0.001 28 G 0.071 0.079 0.242 0.024 0.117 0.005 0.051 0.232 0.003 0.176 0.001 29 S 0.203 0.420 0.222 0.039 0.085 0.012 0.005 0.002 0.009 0.003 0.001 30 Y 0.144 0.437 0.309 0.017 0.037 0.032 0.002 0.001 0.017 0.003 0.001 31 I 0.250 0.475 0.157 0.014 0.031 0.036 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 32 E 0.563 0.243 0.119 0.024 0.026 0.016 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 33 K 0.263 0.423 0.145 0.058 0.042 0.026 0.009 0.001 0.032 0.001 0.002 34 W 0.165 0.326 0.195 0.195 0.055 0.016 0.010 0.003 0.030 0.005 0.001 35 N 0.049 0.116 0.130 0.050 0.027 0.199 0.329 0.006 0.093 0.002 0.001 36 L 0.171 0.430 0.235 0.074 0.038 0.027 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 37 R 0.198 0.136 0.404 0.144 0.020 0.050 0.013 0.004 0.025 0.004 0.001 38 A 0.025 0.270 0.487 0.002 0.049 0.016 0.022 0.001 0.126 0.002 0.001 39 P 0.074 0.003 0.757 0.006 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 40 L 0.043 0.104 0.748 0.002 0.015 0.020 0.005 0.002 0.053 0.006 0.002 41 P 0.083 0.003 0.852 0.006 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 42 T 0.061 0.147 0.522 0.030 0.112 0.073 0.004 0.005 0.038 0.008 0.001 43 Q 0.983 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 A 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 E 0.978 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 L 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 T 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 W 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 W 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 E 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 L 0.951 0.002 0.005 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 Q 0.896 0.018 0.019 0.052 0.002 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 55 K 0.725 0.036 0.053 0.158 0.004 0.012 0.005 0.002 0.005 0.001 0.001 56 N 0.049 0.135 0.260 0.011 0.010 0.019 0.005 0.001 0.509 0.001 0.001 57 P 0.119 0.004 0.801 0.002 0.001 0.028 0.004 0.001 0.009 0.001 0.032 58 P 0.504 0.009 0.296 0.143 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 59 Y 0.126 0.257 0.380 0.109 0.036 0.046 0.012 0.005 0.028 0.002 0.001 60 E 0.022 0.207 0.642 0.002 0.010 0.029 0.005 0.001 0.082 0.001 0.001 61 P 0.011 0.002 0.952 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.004 0.001 0.011 62 P 0.759 0.001 0.210 0.009 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 63 D 0.864 0.010 0.044 0.042 0.005 0.011 0.008 0.010 0.002 0.002 0.001 64 Q 0.834 0.028 0.031 0.087 0.005 0.007 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 65 V 0.913 0.030 0.029 0.016 0.003 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 66 E 0.944 0.016 0.017 0.012 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 67 L 0.960 0.011 0.010 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 68 L 0.950 0.009 0.012 0.023 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.966 0.005 0.008 0.013 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 Q 0.967 0.005 0.008 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 E 0.943 0.002 0.005 0.046 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 L 0.913 0.007 0.015 0.056 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 73 S 0.932 0.004 0.012 0.037 0.003 0.002 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 74 Q 0.838 0.011 0.014 0.115 0.005 0.005 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 75 E 0.861 0.023 0.041 0.060 0.003 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 76 K 0.867 0.028 0.039 0.027 0.006 0.010 0.010 0.003 0.007 0.002 0.001 77 L 0.935 0.007 0.024 0.015 0.002 0.008 0.003 0.001 0.003 0.002 0.001 78 A 0.959 0.004 0.006 0.025 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 R 0.980 0.002 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 K 0.972 0.002 0.003 0.018 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 81 Q 0.950 0.001 0.003 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 L 0.848 0.017 0.030 0.076 0.002 0.013 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 83 E 0.917 0.016 0.022 0.030 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 84 E 0.932 0.008 0.011 0.023 0.011 0.002 0.004 0.005 0.001 0.003 0.001 85 L 0.843 0.012 0.015 0.120 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 86 N 0.621 0.025 0.046 0.152 0.009 0.056 0.054 0.010 0.025 0.002 0.001 87 K 0.766 0.051 0.054 0.093 0.008 0.012 0.008 0.002 0.004 0.001 0.001 88 T 0.659 0.062 0.079 0.150 0.017 0.011 0.008 0.003 0.010 0.002 0.001 89 L 0.562 0.018 0.094 0.277 0.003 0.011 0.022 0.001 0.011 0.001 0.001 90 G 0.198 0.002 0.024 0.037 0.013 0.003 0.072 0.548 0.002 0.102 0.001 91 N 0.593 0.054 0.178 0.094 0.011 0.032 0.013 0.006 0.015 0.003 0.001 92 E 0.574 0.092 0.200 0.074 0.006 0.036 0.005 0.002 0.009 0.001 0.001 93 L 0.638 0.104 0.119 0.076 0.006 0.031 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 94 S 0.762 0.057 0.077 0.049 0.030 0.006 0.008 0.004 0.003 0.005 0.001 95 D 0.472 0.076 0.061 0.227 0.028 0.055 0.046 0.005 0.026 0.001 0.001 96 I 0.194 0.482 0.227 0.029 0.028 0.019 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 97 K 0.328 0.204 0.338 0.014 0.010 0.080 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 98 L 0.770 0.117 0.046 0.024 0.015 0.013 0.002 0.002 0.010 0.001 0.001 99 S 0.822 0.072 0.045 0.032 0.010 0.011 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 100 L 0.779 0.039 0.036 0.100 0.006 0.019 0.007 0.001 0.013 0.001 0.001 101 L 0.531 0.165 0.170 0.067 0.017 0.025 0.011 0.002 0.010 0.001 0.001 102 S 0.598 0.116 0.098 0.081 0.037 0.026 0.019 0.005 0.016 0.004 0.001 103 L 0.565 0.110 0.112 0.155 0.017 0.018 0.004 0.002 0.014 0.001 0.001 104 K 0.367 0.132 0.139 0.188 0.028 0.045 0.047 0.008 0.040 0.004 0.001 105 G 0.345 0.042 0.154 0.042 0.117 0.010 0.023 0.065 0.005 0.197 0.001 106 D 0.402 0.062 0.195 0.138 0.033 0.113 0.018 0.006 0.026 0.005 0.003 107 Y 0.709 0.031 0.046 0.172 0.005 0.017 0.007 0.002 0.009 0.001 0.001 108 A 0.824 0.027 0.061 0.053 0.009 0.006 0.010 0.003 0.003 0.003 0.001 109 E 0.678 0.036 0.052 0.165 0.014 0.019 0.018 0.004 0.011 0.001 0.001 110 L 0.627 0.074 0.109 0.125 0.014 0.018 0.014 0.004 0.011 0.002 0.001 111 E 0.586 0.123 0.106 0.109 0.019 0.023 0.014 0.003 0.014 0.003 0.001 112 H 0.450 0.112 0.133 0.181 0.027 0.029 0.035 0.007 0.020 0.004 0.001 113 H 0.350 0.082 0.130 0.246 0.030 0.034 0.077 0.015 0.026 0.008 0.001 114 H 0.289 0.103 0.134 0.238 0.037 0.056 0.090 0.012 0.036 0.005 0.001 115 H 0.329 0.132 0.155 0.224 0.044 0.036 0.041 0.011 0.022 0.006 0.001 116 H 0.279 0.151 0.187 0.225 0.031 0.043 0.036 0.009 0.033 0.005 0.001 117 H 0.224 0.177 0.267 0.138 0.044 0.052 0.045 0.008 0.037 0.008 0.001