# TARGET T0351 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.557 0.257 0.117 0.047 0.017 0.005 0.001 2 I 0.197 0.192 0.229 0.214 0.120 0.043 0.005 3 L 0.154 0.104 0.081 0.119 0.217 0.268 0.057 4 Y 0.089 0.097 0.153 0.260 0.239 0.139 0.023 5 D 0.104 0.202 0.267 0.225 0.126 0.065 0.011 6 A 0.053 0.042 0.066 0.144 0.266 0.337 0.092 7 I 0.018 0.019 0.024 0.059 0.176 0.462 0.242 8 M 0.052 0.104 0.195 0.264 0.215 0.135 0.035 9 Y 0.083 0.132 0.168 0.237 0.209 0.134 0.038 10 K 0.051 0.088 0.166 0.278 0.234 0.155 0.027 11 Y 0.076 0.080 0.105 0.188 0.259 0.235 0.058 12 P 0.152 0.206 0.207 0.208 0.139 0.072 0.016 13 N 0.242 0.280 0.195 0.148 0.082 0.043 0.011 14 A 0.105 0.126 0.163 0.239 0.207 0.130 0.030 15 V 0.094 0.143 0.169 0.201 0.190 0.163 0.040 16 S 0.245 0.264 0.191 0.152 0.093 0.044 0.012 17 R 0.204 0.316 0.234 0.151 0.066 0.023 0.005 18 K 0.101 0.196 0.236 0.236 0.148 0.070 0.012 19 D 0.053 0.186 0.273 0.243 0.153 0.081 0.011 20 F 0.018 0.036 0.068 0.153 0.318 0.350 0.057 21 E 0.048 0.186 0.292 0.274 0.141 0.053 0.006 22 L 0.010 0.022 0.050 0.176 0.389 0.319 0.033 23 R 0.090 0.277 0.307 0.232 0.079 0.014 0.001 24 N 0.267 0.344 0.214 0.130 0.038 0.007 0.001 25 D 0.486 0.290 0.143 0.061 0.016 0.003 0.001 26 G 0.471 0.246 0.160 0.094 0.026 0.004 0.001 27 N 0.545 0.313 0.105 0.029 0.006 0.001 0.001 28 G 0.189 0.305 0.278 0.168 0.051 0.008 0.001 29 S 0.409 0.355 0.149 0.060 0.022 0.005 0.001 30 Y 0.038 0.102 0.221 0.349 0.233 0.057 0.002 31 I 0.028 0.053 0.128 0.311 0.356 0.120 0.004 32 E 0.178 0.400 0.271 0.120 0.027 0.003 0.001 33 K 0.251 0.410 0.232 0.089 0.016 0.002 0.001 34 W 0.021 0.051 0.127 0.321 0.350 0.126 0.004 35 N 0.062 0.186 0.284 0.298 0.136 0.033 0.001 36 L 0.170 0.225 0.248 0.233 0.103 0.020 0.001 37 R 0.487 0.323 0.122 0.052 0.014 0.003 0.001 38 A 0.308 0.285 0.222 0.129 0.044 0.010 0.001 39 P 0.477 0.248 0.135 0.085 0.040 0.014 0.001 40 L 0.487 0.262 0.132 0.073 0.032 0.012 0.001 41 P 0.420 0.196 0.159 0.128 0.070 0.025 0.003 42 T 0.364 0.308 0.188 0.102 0.031 0.006 0.001 43 Q 0.313 0.390 0.220 0.064 0.011 0.002 0.001 44 A 0.753 0.190 0.040 0.012 0.004 0.001 0.001 45 E 0.164 0.343 0.301 0.154 0.034 0.004 0.001 46 L 0.021 0.036 0.121 0.388 0.367 0.065 0.001 47 E 0.110 0.448 0.341 0.091 0.010 0.001 0.001 48 T 0.322 0.536 0.121 0.018 0.002 0.001 0.001 49 W 0.011 0.034 0.117 0.368 0.375 0.093 0.001 50 W 0.010 0.035 0.136 0.368 0.369 0.081 0.001 51 E 0.236 0.522 0.197 0.041 0.005 0.001 0.001 52 E 0.142 0.420 0.313 0.110 0.014 0.001 0.001 53 L 0.022 0.055 0.152 0.374 0.328 0.068 0.001 54 Q 0.259 0.381 0.237 0.098 0.023 0.003 0.001 55 K 0.768 0.182 0.037 0.011 0.002 0.001 0.001 56 N 0.597 0.251 0.103 0.040 0.008 0.001 0.001 57 P 0.536 0.280 0.130 0.045 0.008 0.001 0.001 58 P 0.595 0.256 0.096 0.040 0.012 0.002 0.001 59 Y 0.466 0.254 0.160 0.087 0.028 0.005 0.001 60 E 0.644 0.218 0.090 0.036 0.010 0.002 0.001 61 P 0.474 0.274 0.152 0.073 0.023 0.004 0.001 62 P 0.381 0.234 0.188 0.130 0.054 0.012 0.001 63 D 0.560 0.263 0.115 0.047 0.012 0.002 0.001 64 Q 0.291 0.274 0.210 0.150 0.059 0.015 0.001 65 V 0.156 0.154 0.194 0.244 0.178 0.068 0.005 66 E 0.346 0.334 0.174 0.094 0.037 0.014 0.002 67 L 0.119 0.184 0.237 0.242 0.145 0.066 0.008 68 L 0.083 0.127 0.165 0.234 0.222 0.154 0.015 69 A 0.085 0.142 0.189 0.247 0.212 0.113 0.014 70 Q 0.282 0.329 0.220 0.114 0.040 0.013 0.002 71 E 0.172 0.330 0.258 0.159 0.063 0.018 0.001 72 L 0.059 0.090 0.184 0.316 0.260 0.086 0.004 73 S 0.437 0.340 0.145 0.058 0.016 0.003 0.001 74 Q 0.459 0.299 0.153 0.069 0.017 0.003 0.001 75 E 0.366 0.281 0.189 0.118 0.038 0.008 0.001 76 K 0.417 0.335 0.159 0.069 0.017 0.003 0.001 77 L 0.180 0.271 0.267 0.189 0.073 0.019 0.001 78 A 0.071 0.090 0.166 0.315 0.278 0.079 0.002 79 R 0.206 0.316 0.264 0.153 0.050 0.010 0.001 80 K 0.517 0.334 0.111 0.032 0.006 0.001 0.001 81 Q 0.164 0.316 0.303 0.171 0.041 0.005 0.001 82 L 0.041 0.064 0.145 0.328 0.329 0.092 0.002 83 E 0.427 0.371 0.148 0.045 0.008 0.001 0.001 84 E 0.516 0.311 0.115 0.046 0.010 0.002 0.001 85 L 0.149 0.204 0.241 0.251 0.125 0.029 0.001 86 N 0.179 0.244 0.251 0.212 0.091 0.021 0.001 87 K 0.423 0.319 0.160 0.072 0.021 0.005 0.001 88 T 0.197 0.187 0.202 0.223 0.140 0.048 0.003 89 L 0.148 0.174 0.200 0.220 0.164 0.087 0.007 90 G 0.325 0.282 0.186 0.124 0.057 0.022 0.003 91 N 0.487 0.281 0.134 0.069 0.022 0.006 0.001 92 E 0.330 0.315 0.189 0.109 0.043 0.012 0.001 93 L 0.077 0.103 0.168 0.264 0.247 0.128 0.012 94 S 0.156 0.193 0.209 0.226 0.150 0.059 0.007 95 D 0.259 0.382 0.211 0.103 0.033 0.011 0.002 96 I 0.027 0.048 0.108 0.267 0.333 0.199 0.017 97 K 0.147 0.302 0.258 0.174 0.081 0.035 0.003 98 L 0.128 0.122 0.165 0.242 0.218 0.115 0.011 99 S 0.264 0.305 0.227 0.141 0.049 0.013 0.001 100 L 0.161 0.186 0.205 0.204 0.151 0.085 0.008 101 L 0.205 0.182 0.183 0.199 0.154 0.071 0.005 102 S 0.310 0.332 0.203 0.108 0.037 0.010 0.001 103 L 0.183 0.126 0.192 0.250 0.173 0.072 0.004 104 K 0.397 0.339 0.170 0.067 0.019 0.006 0.001 105 G 0.568 0.199 0.113 0.074 0.034 0.010 0.001 106 D 0.599 0.257 0.097 0.036 0.008 0.002 0.001 107 Y 0.405 0.222 0.172 0.138 0.053 0.009 0.001 108 A 0.685 0.199 0.078 0.029 0.007 0.001 0.001 109 E 0.759 0.183 0.042 0.013 0.002 0.001 0.001 110 L 0.509 0.194 0.157 0.102 0.032 0.005 0.001 111 E 0.728 0.188 0.058 0.020 0.005 0.001 0.001 112 H 0.709 0.186 0.072 0.026 0.006 0.001 0.001 113 H 0.728 0.164 0.065 0.031 0.009 0.002 0.001 114 H 0.725 0.168 0.068 0.030 0.008 0.002 0.001 115 H 0.778 0.150 0.050 0.018 0.004 0.001 0.001 116 H 0.833 0.123 0.031 0.010 0.002 0.001 0.001 117 H 0.792 0.138 0.048 0.018 0.004 0.001 0.001