# TARGET T0351 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.238 0.164 0.153 0.134 0.118 0.081 0.050 0.027 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 2 I 0.091 0.075 0.106 0.146 0.186 0.148 0.111 0.081 0.029 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 3 L 0.038 0.026 0.036 0.070 0.118 0.162 0.172 0.155 0.109 0.063 0.028 0.014 0.006 0.002 4 Y 0.070 0.066 0.086 0.141 0.171 0.159 0.126 0.075 0.050 0.027 0.015 0.010 0.003 0.001 5 D 0.181 0.131 0.127 0.140 0.116 0.089 0.069 0.053 0.039 0.023 0.019 0.007 0.004 0.002 6 A 0.054 0.035 0.050 0.096 0.135 0.146 0.166 0.129 0.093 0.052 0.023 0.014 0.005 0.003 7 I 0.033 0.021 0.037 0.053 0.085 0.138 0.164 0.196 0.117 0.079 0.043 0.018 0.012 0.003 8 M 0.111 0.101 0.113 0.160 0.180 0.114 0.083 0.049 0.041 0.024 0.011 0.008 0.002 0.002 9 Y 0.087 0.048 0.060 0.097 0.115 0.155 0.132 0.099 0.079 0.064 0.038 0.017 0.006 0.002 10 K 0.096 0.084 0.095 0.154 0.181 0.131 0.102 0.062 0.052 0.022 0.011 0.006 0.002 0.001 11 Y 0.062 0.061 0.077 0.119 0.137 0.147 0.132 0.119 0.074 0.040 0.019 0.007 0.003 0.001 12 P 0.181 0.103 0.119 0.123 0.139 0.121 0.076 0.055 0.038 0.023 0.012 0.006 0.003 0.001 13 N 0.265 0.161 0.157 0.142 0.116 0.063 0.042 0.022 0.016 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 14 A 0.116 0.064 0.078 0.130 0.168 0.151 0.109 0.065 0.058 0.036 0.014 0.006 0.003 0.001 15 V 0.088 0.103 0.121 0.187 0.165 0.123 0.097 0.059 0.033 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 16 S 0.196 0.141 0.143 0.140 0.122 0.095 0.066 0.038 0.025 0.018 0.011 0.003 0.001 0.001 17 R 0.106 0.112 0.136 0.150 0.175 0.112 0.079 0.048 0.039 0.024 0.012 0.004 0.002 0.001 18 K 0.051 0.039 0.060 0.104 0.136 0.137 0.121 0.101 0.086 0.081 0.050 0.019 0.010 0.006 19 D 0.024 0.032 0.050 0.097 0.154 0.120 0.121 0.135 0.110 0.083 0.037 0.024 0.008 0.007 20 F 0.011 0.005 0.007 0.015 0.022 0.048 0.064 0.150 0.146 0.205 0.145 0.099 0.067 0.016 21 E 0.013 0.023 0.038 0.095 0.124 0.106 0.128 0.160 0.123 0.087 0.045 0.034 0.013 0.010 22 L 0.009 0.006 0.009 0.019 0.031 0.069 0.081 0.151 0.148 0.199 0.153 0.083 0.032 0.009 23 R 0.045 0.064 0.100 0.155 0.178 0.157 0.107 0.077 0.063 0.026 0.015 0.008 0.002 0.002 24 N 0.106 0.093 0.094 0.167 0.170 0.125 0.077 0.056 0.052 0.032 0.018 0.006 0.002 0.001 25 D 0.261 0.221 0.166 0.138 0.098 0.051 0.026 0.015 0.016 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 26 G 0.452 0.273 0.133 0.073 0.029 0.018 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 N 0.456 0.258 0.159 0.052 0.037 0.021 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 G 0.202 0.172 0.173 0.142 0.155 0.074 0.042 0.020 0.009 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 29 S 0.319 0.206 0.143 0.105 0.084 0.057 0.043 0.024 0.010 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 30 Y 0.077 0.070 0.084 0.120 0.169 0.151 0.116 0.097 0.056 0.029 0.019 0.008 0.003 0.002 31 I 0.041 0.035 0.048 0.082 0.127 0.153 0.154 0.136 0.093 0.061 0.038 0.022 0.009 0.002 32 E 0.233 0.172 0.129 0.145 0.102 0.077 0.053 0.033 0.020 0.014 0.015 0.005 0.002 0.001 33 K 0.258 0.153 0.172 0.113 0.101 0.065 0.055 0.025 0.029 0.012 0.011 0.004 0.001 0.001 34 W 0.057 0.037 0.062 0.113 0.159 0.181 0.126 0.128 0.061 0.047 0.018 0.006 0.003 0.001 35 N 0.259 0.177 0.163 0.136 0.111 0.058 0.040 0.024 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 36 L 0.183 0.084 0.096 0.145 0.147 0.122 0.077 0.061 0.037 0.035 0.008 0.003 0.001 0.001 37 R 0.474 0.217 0.114 0.076 0.057 0.028 0.015 0.009 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 38 A 0.210 0.142 0.164 0.161 0.132 0.080 0.050 0.030 0.015 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 39 P 0.189 0.100 0.106 0.122 0.154 0.144 0.087 0.050 0.026 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 40 L 0.270 0.133 0.137 0.139 0.139 0.080 0.045 0.030 0.015 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 41 P 0.280 0.131 0.112 0.146 0.118 0.085 0.057 0.036 0.019 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 42 T 0.158 0.118 0.120 0.168 0.171 0.123 0.063 0.030 0.030 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 43 Q 0.185 0.163 0.190 0.179 0.116 0.075 0.044 0.023 0.014 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 44 A 0.750 0.167 0.054 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 E 0.194 0.246 0.193 0.185 0.110 0.043 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 L 0.011 0.013 0.026 0.100 0.186 0.263 0.182 0.104 0.095 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 47 E 0.344 0.328 0.191 0.087 0.033 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 T 0.672 0.263 0.059 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 W 0.015 0.025 0.051 0.143 0.304 0.278 0.108 0.053 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 50 W 0.014 0.043 0.091 0.256 0.281 0.112 0.118 0.049 0.029 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 51 E 0.771 0.203 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 E 0.265 0.364 0.253 0.067 0.035 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 L 0.014 0.013 0.049 0.124 0.284 0.222 0.173 0.094 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 54 Q 0.223 0.188 0.213 0.147 0.135 0.058 0.023 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 K 0.776 0.128 0.044 0.030 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 N 0.357 0.239 0.153 0.135 0.072 0.026 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 P 0.483 0.180 0.152 0.079 0.054 0.030 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 P 0.445 0.161 0.125 0.101 0.093 0.044 0.017 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 Y 0.367 0.129 0.106 0.140 0.115 0.067 0.038 0.019 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 60 E 0.473 0.203 0.127 0.085 0.057 0.028 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 P 0.374 0.154 0.145 0.121 0.098 0.053 0.027 0.013 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 62 P 0.254 0.111 0.120 0.140 0.150 0.100 0.058 0.031 0.019 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 63 D 0.347 0.163 0.119 0.132 0.098 0.061 0.036 0.022 0.010 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 64 Q 0.288 0.161 0.151 0.128 0.105 0.069 0.046 0.023 0.016 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 65 V 0.113 0.068 0.097 0.141 0.167 0.173 0.105 0.065 0.032 0.023 0.011 0.003 0.001 0.001 66 E 0.378 0.194 0.137 0.109 0.086 0.042 0.025 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 67 L 0.184 0.108 0.125 0.151 0.155 0.102 0.068 0.058 0.027 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 68 L 0.136 0.102 0.110 0.172 0.171 0.136 0.078 0.047 0.027 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 69 A 0.230 0.153 0.174 0.168 0.128 0.065 0.035 0.019 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 70 Q 0.615 0.172 0.083 0.065 0.031 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 E 0.439 0.260 0.150 0.077 0.045 0.017 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 L 0.073 0.050 0.077 0.170 0.232 0.183 0.106 0.069 0.025 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 73 S 0.450 0.244 0.156 0.080 0.041 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 Q 0.591 0.178 0.102 0.060 0.035 0.019 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 E 0.212 0.203 0.155 0.185 0.146 0.058 0.022 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 76 K 0.538 0.206 0.116 0.068 0.037 0.019 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 L 0.270 0.173 0.170 0.139 0.116 0.069 0.035 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 78 A 0.035 0.028 0.051 0.126 0.209 0.234 0.149 0.079 0.057 0.022 0.008 0.002 0.001 0.001 79 R 0.240 0.262 0.192 0.161 0.084 0.032 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 K 0.738 0.185 0.056 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 Q 0.144 0.153 0.180 0.199 0.186 0.082 0.034 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 82 L 0.044 0.039 0.079 0.157 0.224 0.197 0.135 0.074 0.037 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 83 E 0.566 0.235 0.106 0.057 0.022 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 E 0.762 0.165 0.050 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.159 0.154 0.169 0.189 0.182 0.086 0.036 0.014 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 86 N 0.386 0.184 0.176 0.100 0.078 0.043 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 K 0.664 0.172 0.090 0.040 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 T 0.353 0.142 0.111 0.138 0.123 0.070 0.033 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 89 L 0.152 0.146 0.157 0.197 0.168 0.090 0.049 0.024 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 90 G 0.508 0.218 0.125 0.067 0.037 0.024 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 N 0.439 0.223 0.148 0.086 0.057 0.026 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 E 0.270 0.196 0.163 0.146 0.106 0.060 0.032 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 93 L 0.075 0.067 0.077 0.118 0.211 0.169 0.117 0.085 0.051 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 94 S 0.115 0.067 0.091 0.149 0.143 0.151 0.135 0.068 0.032 0.023 0.015 0.006 0.003 0.001 95 D 0.306 0.172 0.172 0.103 0.107 0.059 0.040 0.016 0.012 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 96 I 0.057 0.024 0.045 0.079 0.131 0.172 0.122 0.104 0.084 0.087 0.045 0.027 0.018 0.004 97 K 0.062 0.063 0.078 0.197 0.219 0.137 0.113 0.055 0.044 0.021 0.006 0.004 0.001 0.001 98 L 0.046 0.031 0.035 0.074 0.107 0.157 0.130 0.152 0.111 0.087 0.043 0.018 0.007 0.002 99 S 0.103 0.102 0.118 0.187 0.168 0.125 0.084 0.053 0.032 0.014 0.008 0.004 0.002 0.001 100 L 0.041 0.046 0.067 0.131 0.183 0.155 0.118 0.087 0.091 0.053 0.017 0.007 0.002 0.001 101 L 0.079 0.047 0.063 0.107 0.141 0.184 0.136 0.115 0.063 0.037 0.017 0.007 0.004 0.001 102 S 0.216 0.175 0.174 0.149 0.119 0.061 0.050 0.027 0.017 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 103 L 0.044 0.028 0.051 0.108 0.154 0.202 0.150 0.111 0.068 0.054 0.018 0.007 0.003 0.001 104 K 0.146 0.114 0.152 0.169 0.183 0.108 0.060 0.029 0.024 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 105 G 0.317 0.138 0.103 0.149 0.114 0.070 0.043 0.031 0.017 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 106 D 0.307 0.233 0.140 0.136 0.088 0.049 0.025 0.011 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 107 Y 0.129 0.100 0.140 0.178 0.167 0.119 0.078 0.041 0.029 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 108 A 0.515 0.201 0.134 0.071 0.038 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 E 0.588 0.200 0.116 0.048 0.029 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 L 0.206 0.111 0.106 0.187 0.186 0.102 0.054 0.027 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 111 E 0.541 0.214 0.112 0.066 0.038 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 H 0.595 0.165 0.107 0.066 0.036 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 H 0.514 0.144 0.127 0.087 0.070 0.035 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 H 0.406 0.133 0.137 0.126 0.113 0.044 0.019 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 115 H 0.538 0.141 0.085 0.093 0.069 0.037 0.018 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 116 H 0.438 0.177 0.126 0.110 0.077 0.036 0.017 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 117 H 0.301 0.124 0.129 0.131 0.112 0.088 0.055 0.031 0.014 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001