# TARGET T0351 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.007 0.371 0.004 0.015 0.354 0.002 0.001 0.007 0.114 0.047 0.053 0.020 2 I 0.010 0.040 0.237 0.001 0.010 0.485 0.006 0.003 0.024 0.037 0.026 0.026 0.095 3 L 0.024 0.011 0.061 0.008 0.016 0.747 0.008 0.004 0.013 0.015 0.028 0.016 0.050 4 Y 0.053 0.002 0.030 0.024 0.009 0.765 0.009 0.005 0.013 0.012 0.013 0.035 0.028 5 D 0.072 0.001 0.025 0.010 0.008 0.763 0.011 0.006 0.011 0.011 0.009 0.035 0.039 6 A 0.076 0.002 0.018 0.001 0.007 0.745 0.024 0.005 0.016 0.005 0.005 0.029 0.068 7 I 0.053 0.001 0.027 0.004 0.006 0.835 0.010 0.005 0.006 0.006 0.007 0.020 0.018 8 M 0.081 0.003 0.012 0.007 0.009 0.764 0.013 0.011 0.013 0.005 0.024 0.020 0.038 9 Y 0.066 0.003 0.027 0.006 0.015 0.673 0.009 0.009 0.005 0.021 0.121 0.026 0.018 10 K 0.035 0.012 0.120 0.002 0.018 0.466 0.006 0.005 0.010 0.086 0.194 0.012 0.033 11 Y 0.002 0.016 0.528 0.004 0.013 0.086 0.001 0.001 0.010 0.238 0.066 0.022 0.013 12 P 0.001 0.007 0.180 0.004 0.065 0.056 0.001 0.001 0.002 0.082 0.594 0.003 0.007 13 N 0.002 0.006 0.121 0.004 0.064 0.026 0.001 0.001 0.002 0.112 0.650 0.005 0.008 14 A 0.007 0.033 0.442 0.006 0.105 0.032 0.002 0.001 0.009 0.175 0.122 0.014 0.053 15 V 0.005 0.030 0.558 0.008 0.029 0.016 0.003 0.001 0.013 0.176 0.059 0.066 0.038 16 S 0.005 0.025 0.516 0.021 0.043 0.015 0.003 0.001 0.016 0.114 0.098 0.023 0.120 17 R 0.013 0.014 0.369 0.019 0.112 0.023 0.003 0.001 0.012 0.133 0.156 0.054 0.091 18 K 0.020 0.012 0.193 0.044 0.080 0.030 0.004 0.002 0.021 0.250 0.157 0.124 0.063 19 D 0.053 0.010 0.219 0.064 0.037 0.015 0.008 0.002 0.019 0.077 0.061 0.075 0.358 20 F 0.200 0.008 0.167 0.030 0.005 0.002 0.015 0.001 0.008 0.019 0.009 0.225 0.310 21 E 0.331 0.004 0.043 0.002 0.001 0.001 0.017 0.001 0.008 0.003 0.002 0.435 0.151 22 L 0.331 0.007 0.036 0.003 0.001 0.002 0.017 0.001 0.007 0.004 0.001 0.063 0.527 23 R 0.260 0.007 0.125 0.055 0.005 0.003 0.019 0.001 0.008 0.024 0.014 0.322 0.157 24 N 0.070 0.012 0.132 0.010 0.008 0.003 0.008 0.001 0.006 0.155 0.106 0.086 0.404 25 D 0.006 0.004 0.253 0.010 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.248 0.355 0.049 0.059 26 G 0.003 0.005 0.140 0.003 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.297 0.495 0.036 0.012 27 N 0.004 0.009 0.193 0.002 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.253 0.472 0.019 0.033 28 G 0.020 0.012 0.343 0.004 0.020 0.014 0.002 0.001 0.002 0.313 0.137 0.048 0.084 29 S 0.100 0.029 0.332 0.026 0.012 0.015 0.020 0.001 0.006 0.106 0.028 0.154 0.173 30 Y 0.185 0.058 0.064 0.011 0.006 0.010 0.076 0.004 0.017 0.008 0.005 0.081 0.476 31 I 0.317 0.011 0.089 0.098 0.011 0.017 0.058 0.008 0.022 0.007 0.011 0.198 0.154 32 E 0.404 0.004 0.081 0.052 0.011 0.018 0.047 0.010 0.031 0.056 0.015 0.144 0.128 33 K 0.378 0.004 0.051 0.024 0.009 0.011 0.065 0.017 0.030 0.025 0.010 0.147 0.229 34 W 0.248 0.008 0.150 0.016 0.010 0.016 0.073 0.016 0.029 0.025 0.032 0.217 0.158 35 N 0.205 0.021 0.246 0.029 0.008 0.011 0.066 0.011 0.023 0.036 0.045 0.083 0.215 36 L 0.060 0.018 0.497 0.015 0.005 0.006 0.018 0.004 0.018 0.070 0.024 0.163 0.102 37 R 0.005 0.014 0.704 0.013 0.007 0.005 0.003 0.001 0.019 0.116 0.029 0.013 0.072 38 A 0.001 0.003 0.529 0.002 0.006 0.004 0.001 0.001 0.007 0.380 0.049 0.013 0.005 39 P 0.001 0.011 0.581 0.004 0.013 0.008 0.001 0.001 0.008 0.221 0.128 0.001 0.025 40 L 0.001 0.021 0.614 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.006 0.317 0.013 0.022 0.001 41 P 0.001 0.025 0.880 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.006 0.054 0.012 0.001 0.015 42 T 0.001 0.036 0.870 0.001 0.003 0.018 0.001 0.001 0.002 0.060 0.008 0.002 0.003 43 Q 0.001 0.001 0.021 0.001 0.037 0.913 0.001 0.001 0.001 0.006 0.021 0.001 0.001 44 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 45 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.018 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 46 L 0.001 0.001 0.009 0.001 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 47 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 48 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 49 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 50 W 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 51 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 52 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 53 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.961 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.001 0.001 54 Q 0.001 0.003 0.007 0.001 0.008 0.884 0.001 0.001 0.001 0.003 0.094 0.001 0.001 55 K 0.001 0.003 0.021 0.001 0.008 0.616 0.001 0.001 0.001 0.023 0.329 0.001 0.001 56 N 0.001 0.004 0.413 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.524 0.028 0.001 0.001 57 P 0.001 0.004 0.740 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.195 0.050 0.001 0.001 58 P 0.001 0.011 0.200 0.001 0.062 0.006 0.001 0.001 0.001 0.199 0.521 0.001 0.001 59 Y 0.001 0.031 0.267 0.001 0.083 0.007 0.001 0.001 0.002 0.305 0.302 0.001 0.003 60 E 0.001 0.035 0.529 0.001 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.389 0.026 0.003 0.002 61 P 0.001 0.008 0.928 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.055 0.002 0.001 0.002 62 P 0.001 0.003 0.070 0.001 0.092 0.572 0.001 0.001 0.001 0.017 0.246 0.001 0.001 63 D 0.001 0.008 0.037 0.001 0.077 0.705 0.001 0.001 0.001 0.017 0.153 0.001 0.001 64 Q 0.001 0.002 0.032 0.001 0.091 0.832 0.001 0.001 0.001 0.010 0.029 0.001 0.001 65 V 0.001 0.002 0.023 0.001 0.016 0.935 0.001 0.001 0.002 0.009 0.009 0.002 0.001 66 E 0.002 0.003 0.035 0.001 0.026 0.886 0.001 0.001 0.003 0.011 0.022 0.003 0.007 67 L 0.002 0.003 0.026 0.001 0.028 0.860 0.001 0.001 0.003 0.011 0.053 0.003 0.009 68 L 0.002 0.002 0.080 0.001 0.018 0.782 0.001 0.001 0.001 0.025 0.082 0.003 0.004 69 A 0.001 0.002 0.047 0.001 0.038 0.774 0.001 0.001 0.001 0.016 0.118 0.001 0.003 70 Q 0.001 0.001 0.033 0.001 0.039 0.792 0.001 0.001 0.001 0.022 0.107 0.003 0.001 71 E 0.001 0.002 0.049 0.001 0.036 0.827 0.001 0.001 0.001 0.007 0.075 0.001 0.003 72 L 0.001 0.006 0.117 0.001 0.022 0.745 0.001 0.001 0.001 0.055 0.049 0.002 0.002 73 S 0.001 0.002 0.245 0.001 0.029 0.520 0.001 0.001 0.001 0.077 0.123 0.001 0.002 74 Q 0.001 0.001 0.031 0.001 0.036 0.808 0.001 0.001 0.001 0.028 0.096 0.001 0.001 75 E 0.001 0.001 0.024 0.001 0.010 0.935 0.001 0.001 0.001 0.010 0.020 0.001 0.001 76 K 0.001 0.001 0.009 0.001 0.007 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 77 L 0.001 0.001 0.014 0.001 0.005 0.963 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 78 A 0.001 0.001 0.010 0.001 0.004 0.955 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.001 0.001 79 R 0.001 0.001 0.009 0.001 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.001 0.001 80 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 81 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 82 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 83 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 84 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 85 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.950 0.001 0.001 0.001 0.003 0.038 0.001 0.001 86 N 0.001 0.001 0.019 0.001 0.009 0.919 0.001 0.001 0.001 0.011 0.039 0.001 0.001 87 K 0.001 0.001 0.023 0.001 0.022 0.889 0.001 0.001 0.001 0.022 0.039 0.001 0.001 88 T 0.001 0.004 0.022 0.001 0.023 0.868 0.001 0.001 0.004 0.014 0.061 0.001 0.003 89 L 0.001 0.007 0.050 0.001 0.018 0.768 0.001 0.001 0.003 0.034 0.116 0.001 0.002 90 G 0.001 0.004 0.068 0.001 0.044 0.732 0.001 0.001 0.001 0.049 0.095 0.001 0.002 91 N 0.001 0.001 0.034 0.001 0.035 0.844 0.001 0.001 0.001 0.026 0.055 0.001 0.001 92 E 0.001 0.002 0.021 0.001 0.036 0.892 0.001 0.001 0.001 0.011 0.033 0.001 0.002 93 L 0.001 0.002 0.062 0.001 0.020 0.863 0.001 0.001 0.001 0.022 0.026 0.001 0.002 94 S 0.001 0.002 0.033 0.002 0.026 0.845 0.001 0.001 0.001 0.025 0.062 0.002 0.001 95 D 0.001 0.001 0.035 0.001 0.025 0.783 0.001 0.001 0.001 0.035 0.112 0.001 0.004 96 I 0.002 0.002 0.045 0.001 0.010 0.891 0.001 0.001 0.002 0.014 0.024 0.004 0.004 97 K 0.003 0.004 0.043 0.001 0.007 0.896 0.002 0.001 0.005 0.008 0.018 0.004 0.009 98 L 0.004 0.002 0.041 0.001 0.014 0.878 0.002 0.001 0.006 0.011 0.021 0.008 0.012 99 S 0.009 0.002 0.044 0.004 0.019 0.817 0.002 0.001 0.004 0.026 0.052 0.014 0.008 100 L 0.012 0.004 0.039 0.002 0.043 0.748 0.002 0.002 0.007 0.016 0.084 0.007 0.036 101 L 0.017 0.004 0.089 0.011 0.038 0.650 0.004 0.001 0.007 0.033 0.099 0.021 0.025 102 S 0.028 0.007 0.118 0.004 0.061 0.508 0.005 0.003 0.010 0.037 0.131 0.050 0.040 103 L 0.026 0.013 0.143 0.002 0.068 0.472 0.005 0.004 0.014 0.060 0.100 0.020 0.072 104 K 0.013 0.012 0.277 0.007 0.052 0.316 0.003 0.003 0.015 0.074 0.160 0.033 0.036 105 G 0.007 0.011 0.282 0.004 0.049 0.163 0.002 0.001 0.006 0.203 0.203 0.028 0.042 106 D 0.003 0.012 0.499 0.002 0.036 0.144 0.001 0.001 0.005 0.119 0.135 0.012 0.031 107 Y 0.002 0.012 0.238 0.001 0.146 0.399 0.001 0.001 0.003 0.075 0.101 0.007 0.015 108 A 0.001 0.006 0.127 0.002 0.140 0.484 0.001 0.001 0.002 0.063 0.158 0.008 0.009 109 E 0.002 0.008 0.113 0.002 0.194 0.472 0.001 0.001 0.002 0.056 0.131 0.006 0.013 110 L 0.002 0.016 0.190 0.004 0.109 0.503 0.001 0.001 0.005 0.071 0.068 0.011 0.020 111 E 0.003 0.012 0.162 0.005 0.097 0.480 0.001 0.001 0.002 0.074 0.138 0.011 0.015 112 H 0.005 0.015 0.126 0.002 0.108 0.452 0.001 0.001 0.005 0.077 0.169 0.012 0.028 113 H 0.004 0.019 0.181 0.004 0.098 0.331 0.001 0.001 0.003 0.098 0.220 0.016 0.023 114 H 0.003 0.014 0.300 0.004 0.087 0.183 0.001 0.001 0.002 0.121 0.256 0.011 0.018 115 H 0.002 0.014 0.363 0.003 0.062 0.108 0.001 0.001 0.002 0.175 0.238 0.016 0.016 116 H 0.002 0.020 0.491 0.002 0.042 0.066 0.001 0.001 0.002 0.155 0.188 0.009 0.022 117 H 0.001 0.011 0.816 0.001 0.009 0.019 0.001 0.001 0.001 0.106 0.022 0.006 0.008