# TARGET T0351 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.739 0.003 0.009 0.015 0.015 0.025 0.002 0.001 0.041 0.131 2 I 0.016 0.765 0.003 0.010 0.015 0.021 0.023 0.003 0.001 0.058 0.085 3 L 0.009 0.906 0.001 0.005 0.007 0.007 0.008 0.002 0.001 0.020 0.034 4 Y 0.018 0.843 0.003 0.010 0.016 0.026 0.011 0.003 0.001 0.035 0.034 5 D 0.018 0.774 0.002 0.027 0.019 0.035 0.015 0.003 0.001 0.048 0.058 6 A 0.033 0.309 0.028 0.055 0.040 0.060 0.055 0.013 0.008 0.235 0.164 7 I 0.082 0.233 0.010 0.086 0.073 0.120 0.075 0.018 0.003 0.155 0.146 8 M 0.060 0.024 0.004 0.095 0.065 0.137 0.083 0.002 0.002 0.160 0.370 9 Y 0.007 0.006 0.004 0.109 0.069 0.095 0.131 0.001 0.001 0.049 0.528 10 K 0.020 0.008 0.006 0.135 0.050 0.088 0.139 0.004 0.005 0.066 0.478 11 Y 0.492 0.018 0.003 0.022 0.016 0.019 0.077 0.026 0.003 0.094 0.231 12 P 0.177 0.011 0.001 0.015 0.004 0.008 0.086 0.003 0.001 0.054 0.640 13 N 0.015 0.004 0.001 0.013 0.005 0.020 0.124 0.002 0.001 0.026 0.789 14 A 0.054 0.006 0.003 0.024 0.024 0.040 0.121 0.003 0.002 0.042 0.682 15 V 0.147 0.005 0.003 0.023 0.050 0.052 0.124 0.008 0.002 0.103 0.483 16 S 0.084 0.005 0.002 0.019 0.020 0.047 0.133 0.003 0.001 0.059 0.628 17 R 0.030 0.005 0.001 0.028 0.022 0.065 0.160 0.002 0.001 0.042 0.644 18 K 0.005 0.005 0.001 0.046 0.128 0.272 0.127 0.002 0.001 0.068 0.346 19 D 0.003 0.005 0.001 0.051 0.120 0.338 0.070 0.001 0.001 0.083 0.328 20 F 0.001 0.001 0.001 0.062 0.335 0.417 0.023 0.001 0.001 0.049 0.111 21 E 0.002 0.001 0.001 0.084 0.239 0.451 0.028 0.001 0.001 0.054 0.139 22 L 0.003 0.001 0.001 0.112 0.272 0.407 0.027 0.001 0.001 0.062 0.115 23 R 0.035 0.002 0.001 0.084 0.191 0.327 0.054 0.001 0.002 0.102 0.202 24 N 0.073 0.001 0.004 0.026 0.041 0.070 0.091 0.003 0.004 0.059 0.628 25 D 0.066 0.001 0.001 0.006 0.011 0.019 0.073 0.005 0.001 0.025 0.793 26 G 0.083 0.001 0.001 0.006 0.007 0.008 0.082 0.002 0.001 0.032 0.777 27 N 0.011 0.006 0.001 0.008 0.020 0.033 0.132 0.005 0.001 0.025 0.760 28 G 0.026 0.006 0.001 0.009 0.074 0.087 0.106 0.006 0.001 0.033 0.653 29 S 0.008 0.033 0.001 0.035 0.263 0.286 0.063 0.001 0.001 0.021 0.289 30 Y 0.011 0.037 0.002 0.034 0.139 0.314 0.058 0.002 0.001 0.041 0.361 31 I 0.049 0.032 0.008 0.044 0.280 0.222 0.052 0.004 0.003 0.061 0.245 32 E 0.088 0.028 0.003 0.053 0.137 0.237 0.064 0.008 0.002 0.080 0.300 33 K 0.068 0.009 0.005 0.047 0.095 0.188 0.068 0.003 0.002 0.060 0.455 34 W 0.014 0.002 0.002 0.062 0.115 0.197 0.068 0.003 0.001 0.030 0.507 35 N 0.035 0.002 0.001 0.032 0.122 0.142 0.091 0.002 0.001 0.051 0.523 36 L 0.009 0.001 0.001 0.032 0.103 0.130 0.090 0.004 0.001 0.033 0.598 37 R 0.023 0.001 0.001 0.027 0.024 0.029 0.106 0.001 0.001 0.026 0.763 38 A 0.011 0.001 0.001 0.024 0.056 0.056 0.144 0.004 0.001 0.038 0.667 39 P 0.016 0.004 0.001 0.015 0.007 0.009 0.119 0.001 0.001 0.016 0.811 40 L 0.066 0.013 0.001 0.016 0.026 0.026 0.142 0.014 0.001 0.039 0.657 41 P 0.044 0.136 0.001 0.013 0.004 0.005 0.105 0.004 0.001 0.045 0.642 42 T 0.036 0.739 0.001 0.003 0.003 0.005 0.028 0.008 0.001 0.024 0.153 43 Q 0.043 0.872 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.022 0.050 44 A 0.011 0.226 0.002 0.004 0.002 0.003 0.019 0.001 0.001 0.680 0.052 45 E 0.004 0.771 0.001 0.002 0.002 0.002 0.011 0.002 0.001 0.164 0.041 46 L 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.013 47 E 0.006 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.027 0.014 48 T 0.002 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.020 0.022 49 W 0.010 0.941 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.002 0.008 0.012 50 W 0.028 0.851 0.023 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.014 0.031 0.030 51 E 0.088 0.239 0.048 0.002 0.001 0.001 0.065 0.005 0.042 0.184 0.327 52 E 0.236 0.139 0.013 0.004 0.001 0.002 0.079 0.027 0.006 0.160 0.334 53 L 0.171 0.009 0.008 0.016 0.001 0.004 0.111 0.013 0.004 0.150 0.513 54 Q 0.038 0.003 0.002 0.024 0.003 0.008 0.081 0.001 0.001 0.028 0.812 55 K 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.063 0.001 0.001 0.005 0.922 56 N 0.064 0.001 0.001 0.004 0.009 0.009 0.157 0.043 0.001 0.056 0.655 57 P 0.365 0.007 0.001 0.016 0.001 0.002 0.080 0.005 0.001 0.082 0.441 58 P 0.021 0.001 0.001 0.008 0.002 0.007 0.102 0.001 0.001 0.019 0.840 59 Y 0.013 0.003 0.001 0.034 0.009 0.021 0.129 0.001 0.001 0.023 0.767 60 E 0.055 0.034 0.001 0.022 0.015 0.015 0.131 0.004 0.001 0.032 0.690 61 P 0.163 0.091 0.001 0.009 0.013 0.013 0.111 0.023 0.001 0.048 0.527 62 P 0.066 0.278 0.002 0.010 0.004 0.007 0.079 0.006 0.001 0.034 0.514 63 D 0.052 0.713 0.003 0.008 0.004 0.008 0.033 0.004 0.001 0.019 0.155 64 Q 0.030 0.822 0.002 0.006 0.008 0.008 0.016 0.005 0.001 0.014 0.089 65 V 0.035 0.823 0.002 0.004 0.012 0.014 0.014 0.006 0.001 0.011 0.078 66 E 0.028 0.823 0.002 0.007 0.008 0.008 0.015 0.004 0.001 0.020 0.083 67 L 0.047 0.606 0.023 0.010 0.010 0.011 0.040 0.012 0.007 0.061 0.173 68 L 0.118 0.659 0.005 0.006 0.004 0.006 0.028 0.018 0.002 0.044 0.110 69 A 0.086 0.343 0.014 0.010 0.005 0.010 0.042 0.009 0.006 0.148 0.326 70 Q 0.031 0.503 0.008 0.007 0.004 0.007 0.052 0.005 0.002 0.066 0.314 71 E 0.049 0.627 0.005 0.004 0.003 0.006 0.026 0.006 0.002 0.042 0.231 72 L 0.026 0.690 0.003 0.004 0.002 0.003 0.024 0.005 0.001 0.050 0.191 73 S 0.014 0.910 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.011 0.050 74 Q 0.005 0.962 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.004 0.021 75 E 0.014 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.011 0.020 76 K 0.016 0.876 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.057 0.039 77 L 0.014 0.792 0.021 0.002 0.001 0.001 0.014 0.007 0.006 0.096 0.049 78 A 0.030 0.909 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.001 0.011 0.029 79 R 0.025 0.802 0.003 0.002 0.001 0.001 0.012 0.003 0.001 0.030 0.121 80 K 0.013 0.791 0.004 0.003 0.001 0.001 0.019 0.002 0.001 0.041 0.126 81 Q 0.024 0.790 0.007 0.002 0.001 0.001 0.016 0.010 0.002 0.063 0.085 82 L 0.112 0.450 0.013 0.003 0.001 0.001 0.022 0.018 0.004 0.263 0.112 83 E 0.093 0.506 0.007 0.005 0.001 0.001 0.032 0.006 0.003 0.132 0.214 84 E 0.078 0.142 0.009 0.006 0.001 0.003 0.055 0.006 0.002 0.340 0.358 85 L 0.036 0.490 0.016 0.011 0.002 0.004 0.059 0.015 0.005 0.103 0.258 86 N 0.273 0.249 0.010 0.006 0.001 0.004 0.051 0.015 0.005 0.041 0.347 87 K 0.186 0.130 0.008 0.014 0.002 0.005 0.075 0.012 0.004 0.129 0.436 88 T 0.046 0.246 0.001 0.006 0.002 0.004 0.106 0.004 0.001 0.051 0.533 89 L 0.052 0.689 0.009 0.005 0.001 0.002 0.030 0.023 0.002 0.008 0.180 90 G 0.094 0.495 0.004 0.008 0.002 0.003 0.045 0.014 0.001 0.101 0.233 91 N 0.042 0.295 0.014 0.007 0.003 0.005 0.074 0.005 0.007 0.273 0.275 92 E 0.062 0.754 0.003 0.004 0.001 0.002 0.026 0.009 0.001 0.046 0.091 93 L 0.056 0.684 0.014 0.007 0.002 0.004 0.029 0.014 0.006 0.056 0.128 94 S 0.029 0.789 0.001 0.006 0.002 0.005 0.029 0.003 0.001 0.020 0.115 95 D 0.010 0.293 0.006 0.016 0.005 0.011 0.035 0.002 0.001 0.430 0.192 96 I 0.017 0.613 0.010 0.011 0.013 0.017 0.042 0.007 0.001 0.168 0.100 97 K 0.047 0.609 0.006 0.021 0.009 0.023 0.024 0.005 0.002 0.135 0.119 98 L 0.035 0.450 0.017 0.034 0.025 0.034 0.045 0.004 0.004 0.130 0.222 99 S 0.048 0.461 0.004 0.047 0.037 0.069 0.052 0.011 0.002 0.090 0.180 100 L 0.064 0.209 0.016 0.047 0.052 0.083 0.074 0.013 0.006 0.130 0.305 101 L 0.059 0.083 0.013 0.099 0.104 0.132 0.108 0.007 0.006 0.090 0.300 102 S 0.067 0.036 0.006 0.047 0.041 0.089 0.118 0.005 0.003 0.082 0.507 103 L 0.082 0.037 0.004 0.072 0.080 0.085 0.114 0.008 0.002 0.071 0.444 104 K 0.095 0.056 0.005 0.051 0.043 0.088 0.122 0.005 0.003 0.049 0.483 105 G 0.036 0.036 0.005 0.033 0.048 0.086 0.106 0.006 0.003 0.029 0.611 106 D 0.113 0.167 0.004 0.021 0.053 0.074 0.084 0.016 0.002 0.043 0.424 107 Y 0.238 0.247 0.006 0.013 0.022 0.033 0.056 0.009 0.002 0.031 0.344 108 A 0.074 0.266 0.005 0.013 0.040 0.073 0.072 0.008 0.002 0.027 0.420 109 E 0.065 0.294 0.011 0.010 0.031 0.062 0.065 0.008 0.005 0.027 0.422 110 L 0.215 0.203 0.010 0.007 0.040 0.045 0.051 0.014 0.004 0.035 0.375 111 E 0.174 0.127 0.004 0.006 0.042 0.058 0.059 0.009 0.002 0.038 0.482 112 H 0.042 0.038 0.006 0.007 0.012 0.029 0.059 0.002 0.002 0.020 0.782 113 H 0.084 0.043 0.006 0.010 0.031 0.044 0.067 0.009 0.002 0.051 0.653 114 H 0.110 0.016 0.002 0.006 0.017 0.019 0.070 0.004 0.001 0.050 0.706 115 H 0.041 0.008 0.001 0.010 0.021 0.026 0.081 0.003 0.001 0.036 0.773 116 H 0.020 0.008 0.001 0.011 0.020 0.024 0.109 0.002 0.001 0.027 0.779 117 H 0.024 0.007 0.001 0.015 0.035 0.034 0.142 0.006 0.001 0.034 0.702