# TARGET T0351 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.013 0.383 0.020 0.047 0.063 0.056 0.163 0.254 2 I 0.012 0.598 0.015 0.048 0.071 0.044 0.101 0.111 3 L 0.028 0.679 0.017 0.022 0.036 0.029 0.106 0.084 4 Y 0.030 0.649 0.024 0.041 0.054 0.022 0.110 0.071 5 D 0.040 0.465 0.038 0.054 0.105 0.031 0.141 0.125 6 A 0.069 0.132 0.131 0.065 0.129 0.074 0.167 0.232 7 I 0.064 0.053 0.119 0.217 0.217 0.060 0.096 0.173 8 M 0.041 0.016 0.068 0.045 0.079 0.086 0.059 0.606 9 Y 0.006 0.007 0.106 0.105 0.136 0.136 0.060 0.445 10 K 0.033 0.008 0.041 0.046 0.064 0.128 0.039 0.641 11 Y 0.408 0.013 0.024 0.031 0.028 0.086 0.072 0.339 12 P 0.059 0.011 0.019 0.020 0.031 0.101 0.043 0.716 13 N 0.023 0.012 0.035 0.018 0.049 0.113 0.048 0.702 14 A 0.029 0.009 0.031 0.031 0.037 0.129 0.042 0.692 15 V 0.124 0.022 0.066 0.071 0.048 0.116 0.089 0.464 16 S 0.098 0.026 0.028 0.016 0.032 0.103 0.040 0.657 17 R 0.108 0.022 0.039 0.018 0.044 0.111 0.052 0.605 18 K 0.041 0.018 0.040 0.071 0.095 0.113 0.052 0.570 19 D 0.013 0.007 0.059 0.058 0.171 0.112 0.052 0.527 20 F 0.008 0.005 0.086 0.198 0.329 0.060 0.078 0.237 21 E 0.010 0.002 0.105 0.243 0.326 0.059 0.054 0.200 22 L 0.022 0.001 0.086 0.197 0.229 0.070 0.037 0.357 23 R 0.083 0.002 0.053 0.121 0.149 0.111 0.054 0.426 24 N 0.060 0.003 0.021 0.027 0.059 0.132 0.029 0.669 25 D 0.039 0.002 0.007 0.008 0.018 0.118 0.012 0.797 26 G 0.146 0.014 0.014 0.024 0.029 0.128 0.051 0.593 27 N 0.090 0.045 0.012 0.026 0.053 0.121 0.031 0.622 28 G 0.042 0.030 0.024 0.041 0.102 0.086 0.038 0.637 29 S 0.012 0.029 0.042 0.259 0.284 0.069 0.044 0.260 30 Y 0.019 0.031 0.042 0.125 0.239 0.064 0.068 0.412 31 I 0.036 0.030 0.069 0.276 0.233 0.044 0.124 0.188 32 E 0.050 0.030 0.046 0.193 0.301 0.049 0.072 0.259 33 K 0.035 0.012 0.059 0.103 0.232 0.068 0.073 0.418 34 W 0.025 0.006 0.056 0.175 0.282 0.081 0.035 0.340 35 N 0.049 0.004 0.048 0.108 0.174 0.081 0.059 0.478 36 L 0.016 0.002 0.024 0.066 0.094 0.112 0.035 0.650 37 R 0.043 0.002 0.037 0.039 0.058 0.111 0.031 0.680 38 A 0.039 0.003 0.018 0.043 0.050 0.131 0.053 0.664 39 P 0.024 0.011 0.024 0.011 0.021 0.115 0.031 0.764 40 L 0.078 0.060 0.022 0.025 0.034 0.168 0.032 0.581 41 P 0.031 0.147 0.017 0.009 0.007 0.074 0.028 0.686 42 T 0.034 0.905 0.002 0.002 0.002 0.007 0.016 0.032 43 Q 0.047 0.888 0.004 0.001 0.002 0.008 0.014 0.036 44 A 0.017 0.343 0.009 0.011 0.009 0.023 0.500 0.087 45 E 0.005 0.780 0.002 0.001 0.001 0.005 0.190 0.016 46 L 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 47 E 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 48 T 0.007 0.951 0.002 0.001 0.001 0.003 0.029 0.006 49 W 0.011 0.964 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.004 50 W 0.053 0.849 0.013 0.002 0.001 0.005 0.052 0.024 51 E 0.071 0.553 0.017 0.003 0.003 0.027 0.078 0.249 52 E 0.189 0.100 0.050 0.006 0.007 0.057 0.244 0.346 53 L 0.220 0.034 0.035 0.008 0.006 0.094 0.188 0.414 54 Q 0.035 0.006 0.006 0.003 0.004 0.074 0.019 0.852 55 K 0.008 0.002 0.004 0.002 0.004 0.074 0.008 0.899 56 N 0.127 0.008 0.009 0.009 0.008 0.134 0.042 0.663 57 P 0.235 0.009 0.010 0.009 0.009 0.119 0.036 0.574 58 P 0.032 0.005 0.010 0.005 0.010 0.114 0.018 0.807 59 Y 0.020 0.007 0.013 0.008 0.013 0.131 0.022 0.787 60 E 0.044 0.030 0.017 0.014 0.013 0.141 0.035 0.706 61 P 0.203 0.188 0.010 0.008 0.009 0.083 0.048 0.451 62 P 0.152 0.343 0.014 0.009 0.013 0.063 0.053 0.354 63 D 0.043 0.530 0.018 0.015 0.027 0.059 0.035 0.273 64 Q 0.037 0.613 0.021 0.015 0.028 0.037 0.058 0.191 65 V 0.028 0.824 0.013 0.017 0.015 0.016 0.024 0.064 66 E 0.039 0.756 0.017 0.013 0.016 0.019 0.033 0.107 67 L 0.039 0.697 0.030 0.015 0.014 0.026 0.057 0.122 68 L 0.077 0.759 0.007 0.006 0.007 0.013 0.050 0.081 69 A 0.125 0.340 0.018 0.007 0.007 0.030 0.278 0.195 70 Q 0.022 0.487 0.008 0.010 0.009 0.039 0.162 0.262 71 E 0.036 0.703 0.005 0.002 0.004 0.026 0.024 0.200 72 L 0.048 0.643 0.006 0.005 0.005 0.039 0.040 0.214 73 S 0.030 0.815 0.005 0.003 0.002 0.015 0.048 0.083 74 Q 0.016 0.941 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.027 75 E 0.016 0.894 0.007 0.001 0.001 0.008 0.038 0.035 76 K 0.021 0.886 0.004 0.002 0.002 0.009 0.037 0.039 77 L 0.030 0.820 0.009 0.002 0.001 0.011 0.066 0.062 78 A 0.007 0.953 0.002 0.001 0.001 0.003 0.017 0.017 79 R 0.017 0.939 0.002 0.001 0.001 0.003 0.015 0.023 80 K 0.006 0.910 0.007 0.003 0.001 0.007 0.020 0.045 81 Q 0.015 0.950 0.002 0.001 0.001 0.004 0.008 0.021 82 L 0.118 0.539 0.024 0.001 0.001 0.010 0.272 0.034 83 E 0.060 0.719 0.007 0.001 0.001 0.018 0.083 0.110 84 E 0.159 0.216 0.021 0.001 0.001 0.030 0.252 0.321 85 L 0.038 0.267 0.016 0.005 0.003 0.084 0.271 0.315 86 N 0.108 0.267 0.016 0.002 0.003 0.045 0.094 0.465 87 K 0.084 0.163 0.009 0.004 0.003 0.102 0.028 0.606 88 T 0.069 0.252 0.023 0.005 0.006 0.104 0.068 0.474 89 L 0.100 0.424 0.011 0.003 0.004 0.078 0.062 0.319 90 G 0.088 0.282 0.026 0.005 0.008 0.059 0.255 0.277 91 N 0.023 0.396 0.039 0.013 0.009 0.050 0.230 0.238 92 E 0.070 0.548 0.033 0.010 0.015 0.055 0.056 0.213 93 L 0.164 0.381 0.048 0.014 0.017 0.050 0.103 0.223 94 S 0.039 0.412 0.018 0.014 0.025 0.055 0.065 0.373 95 D 0.026 0.251 0.025 0.010 0.024 0.070 0.194 0.401 96 I 0.012 0.567 0.031 0.059 0.039 0.045 0.089 0.158 97 K 0.083 0.560 0.039 0.025 0.057 0.036 0.061 0.139 98 L 0.078 0.209 0.082 0.059 0.054 0.056 0.206 0.257 99 S 0.036 0.274 0.075 0.084 0.112 0.060 0.112 0.246 100 L 0.090 0.153 0.068 0.032 0.074 0.064 0.078 0.441 101 L 0.032 0.095 0.082 0.150 0.140 0.105 0.072 0.325 102 S 0.036 0.074 0.084 0.060 0.104 0.081 0.082 0.479 103 L 0.081 0.157 0.046 0.046 0.052 0.095 0.076 0.448 104 K 0.115 0.210 0.053 0.047 0.051 0.086 0.059 0.379 105 G 0.084 0.162 0.031 0.016 0.021 0.079 0.046 0.562 106 D 0.087 0.365 0.025 0.019 0.022 0.062 0.062 0.359 107 Y 0.160 0.353 0.021 0.012 0.014 0.052 0.057 0.331 108 A 0.064 0.263 0.019 0.028 0.027 0.072 0.076 0.452 109 E 0.073 0.196 0.017 0.015 0.023 0.074 0.091 0.511 110 L 0.136 0.210 0.021 0.027 0.030 0.081 0.136 0.358 111 E 0.095 0.111 0.021 0.035 0.048 0.099 0.078 0.513 112 H 0.090 0.056 0.016 0.023 0.038 0.092 0.078 0.607 113 H 0.088 0.042 0.017 0.035 0.047 0.121 0.067 0.582 114 H 0.116 0.021 0.014 0.023 0.040 0.096 0.061 0.629 115 H 0.071 0.015 0.011 0.027 0.036 0.115 0.049 0.675 116 H 0.033 0.011 0.014 0.024 0.046 0.116 0.041 0.714 117 H 0.041 0.012 0.018 0.035 0.059 0.112 0.046 0.678