# TARGET T0351 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.277 0.149 0.110 0.142 0.092 0.071 0.062 0.038 0.029 0.018 0.012 2 I 0.057 0.170 0.085 0.198 0.158 0.121 0.109 0.050 0.028 0.015 0.008 3 L 0.009 0.011 0.009 0.031 0.047 0.071 0.161 0.183 0.205 0.163 0.108 4 Y 0.021 0.029 0.032 0.095 0.173 0.205 0.228 0.100 0.071 0.033 0.014 5 D 0.014 0.050 0.156 0.365 0.194 0.104 0.072 0.024 0.013 0.006 0.003 6 A 0.004 0.004 0.013 0.021 0.020 0.036 0.119 0.157 0.211 0.236 0.178 7 I 0.003 0.003 0.023 0.023 0.021 0.033 0.119 0.181 0.233 0.220 0.139 8 M 0.001 0.010 0.084 0.152 0.191 0.180 0.188 0.098 0.059 0.026 0.010 9 Y 0.002 0.008 0.054 0.045 0.058 0.098 0.185 0.148 0.169 0.144 0.089 10 K 0.009 0.019 0.023 0.080 0.109 0.112 0.237 0.181 0.142 0.065 0.022 11 Y 0.010 0.015 0.012 0.032 0.041 0.071 0.199 0.206 0.201 0.139 0.075 12 P 0.102 0.158 0.154 0.230 0.142 0.084 0.062 0.033 0.020 0.011 0.004 13 N 0.295 0.175 0.076 0.155 0.105 0.075 0.067 0.027 0.016 0.007 0.003 14 A 0.079 0.043 0.023 0.054 0.052 0.063 0.134 0.148 0.175 0.136 0.093 15 V 0.100 0.141 0.056 0.130 0.119 0.117 0.130 0.082 0.067 0.040 0.018 16 S 0.151 0.171 0.063 0.152 0.106 0.086 0.093 0.066 0.052 0.036 0.024 17 R 0.137 0.084 0.056 0.158 0.160 0.130 0.121 0.073 0.047 0.025 0.010 18 K 0.229 0.128 0.077 0.198 0.142 0.093 0.070 0.030 0.018 0.009 0.006 19 D 0.064 0.125 0.086 0.268 0.177 0.115 0.085 0.040 0.023 0.012 0.006 20 F 0.009 0.006 0.006 0.014 0.026 0.057 0.145 0.176 0.226 0.199 0.138 21 E 0.077 0.244 0.159 0.290 0.141 0.051 0.027 0.006 0.003 0.001 0.001 22 L 0.001 0.002 0.002 0.005 0.008 0.013 0.057 0.099 0.197 0.275 0.341 23 R 0.024 0.081 0.067 0.291 0.251 0.142 0.089 0.030 0.015 0.006 0.004 24 N 0.197 0.171 0.065 0.164 0.131 0.109 0.091 0.036 0.020 0.010 0.006 25 D 0.152 0.161 0.091 0.223 0.136 0.093 0.076 0.033 0.018 0.010 0.006 26 G 0.334 0.118 0.035 0.101 0.099 0.093 0.094 0.049 0.035 0.025 0.017 27 N 0.183 0.395 0.084 0.187 0.077 0.035 0.022 0.007 0.005 0.002 0.002 28 G 0.024 0.023 0.011 0.058 0.078 0.104 0.167 0.143 0.157 0.126 0.108 29 S 0.178 0.235 0.098 0.220 0.123 0.073 0.044 0.014 0.008 0.004 0.002 30 Y 0.006 0.029 0.017 0.113 0.163 0.202 0.243 0.117 0.065 0.031 0.012 31 I 0.003 0.002 0.003 0.009 0.012 0.021 0.055 0.110 0.217 0.267 0.302 32 E 0.021 0.033 0.051 0.230 0.237 0.173 0.144 0.060 0.033 0.012 0.005 33 K 0.064 0.118 0.213 0.324 0.149 0.069 0.037 0.014 0.007 0.003 0.002 34 W 0.003 0.004 0.006 0.023 0.043 0.098 0.243 0.228 0.180 0.118 0.055 35 N 0.049 0.142 0.091 0.256 0.203 0.121 0.089 0.027 0.014 0.006 0.003 36 L 0.002 0.003 0.005 0.006 0.008 0.010 0.047 0.094 0.222 0.270 0.332 37 R 0.181 0.230 0.108 0.238 0.138 0.059 0.034 0.008 0.003 0.001 0.001 38 A 0.092 0.096 0.027 0.093 0.111 0.116 0.186 0.121 0.094 0.047 0.017 39 P 0.327 0.146 0.036 0.117 0.086 0.082 0.077 0.047 0.040 0.026 0.015 40 L 0.433 0.145 0.051 0.109 0.081 0.058 0.061 0.029 0.019 0.009 0.004 41 P 0.146 0.134 0.038 0.105 0.114 0.111 0.141 0.092 0.061 0.038 0.018 42 T 0.089 0.286 0.081 0.138 0.086 0.085 0.085 0.057 0.042 0.032 0.019 43 Q 0.178 0.103 0.100 0.203 0.186 0.122 0.074 0.021 0.009 0.003 0.001 44 A 0.639 0.129 0.149 0.052 0.017 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 45 E 0.033 0.084 0.179 0.307 0.180 0.115 0.071 0.020 0.007 0.003 0.001 46 L 0.008 0.009 0.082 0.026 0.030 0.061 0.215 0.188 0.181 0.138 0.062 47 E 0.013 0.029 0.505 0.256 0.113 0.053 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 48 T 0.015 0.028 0.766 0.128 0.041 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 49 W 0.001 0.004 0.038 0.023 0.039 0.113 0.324 0.173 0.137 0.101 0.045 50 W 0.001 0.002 0.052 0.016 0.028 0.075 0.331 0.201 0.166 0.092 0.037 51 E 0.003 0.014 0.754 0.135 0.064 0.019 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 52 E 0.028 0.063 0.574 0.170 0.103 0.044 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 53 L 0.002 0.004 0.039 0.014 0.017 0.032 0.153 0.173 0.277 0.194 0.095 54 Q 0.006 0.011 0.043 0.076 0.157 0.206 0.312 0.112 0.053 0.017 0.005 55 K 0.035 0.086 0.745 0.092 0.029 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 56 N 0.073 0.153 0.112 0.143 0.169 0.139 0.132 0.045 0.021 0.009 0.002 57 P 0.396 0.170 0.037 0.068 0.054 0.049 0.076 0.060 0.048 0.029 0.013 58 P 0.443 0.117 0.027 0.093 0.092 0.073 0.083 0.036 0.021 0.010 0.005 59 Y 0.399 0.141 0.054 0.095 0.069 0.054 0.072 0.052 0.038 0.019 0.007 60 E 0.259 0.232 0.045 0.115 0.083 0.075 0.072 0.051 0.035 0.023 0.010 61 P 0.180 0.201 0.058 0.133 0.106 0.106 0.089 0.056 0.038 0.023 0.012 62 P 0.426 0.126 0.045 0.087 0.082 0.069 0.076 0.045 0.028 0.012 0.004 63 D 0.293 0.200 0.121 0.198 0.098 0.047 0.028 0.009 0.004 0.002 0.001 64 Q 0.013 0.032 0.046 0.082 0.069 0.085 0.168 0.170 0.159 0.112 0.063 65 V 0.072 0.032 0.121 0.147 0.145 0.156 0.168 0.084 0.047 0.021 0.007 66 E 0.037 0.061 0.559 0.214 0.073 0.032 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 67 L 0.004 0.014 0.104 0.073 0.086 0.160 0.269 0.142 0.083 0.046 0.018 68 L 0.007 0.016 0.083 0.051 0.054 0.086 0.200 0.160 0.151 0.125 0.067 69 A 0.013 0.041 0.414 0.166 0.128 0.100 0.091 0.027 0.012 0.005 0.002 70 Q 0.071 0.077 0.577 0.169 0.068 0.024 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 71 E 0.066 0.076 0.199 0.136 0.117 0.130 0.167 0.056 0.031 0.014 0.007 72 L 0.008 0.011 0.070 0.030 0.038 0.075 0.214 0.168 0.182 0.133 0.072 73 S 0.059 0.080 0.442 0.151 0.114 0.071 0.053 0.018 0.007 0.003 0.001 74 Q 0.054 0.130 0.486 0.186 0.080 0.038 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 75 E 0.074 0.077 0.209 0.110 0.097 0.114 0.162 0.069 0.051 0.025 0.011 76 K 0.231 0.079 0.331 0.178 0.072 0.044 0.039 0.013 0.008 0.003 0.002 77 L 0.043 0.063 0.428 0.117 0.097 0.088 0.090 0.036 0.022 0.011 0.004 78 A 0.003 0.011 0.072 0.028 0.032 0.093 0.255 0.183 0.164 0.108 0.052 79 R 0.003 0.008 0.095 0.099 0.161 0.223 0.250 0.087 0.048 0.020 0.006 80 K 0.058 0.052 0.748 0.083 0.033 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 81 Q 0.003 0.011 0.062 0.126 0.175 0.219 0.218 0.087 0.060 0.029 0.011 82 L 0.001 0.001 0.011 0.003 0.004 0.009 0.062 0.115 0.244 0.301 0.249 83 E 0.006 0.014 0.351 0.287 0.216 0.087 0.031 0.006 0.002 0.001 0.001 84 E 0.035 0.042 0.804 0.072 0.028 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.001 0.003 0.008 0.017 0.032 0.123 0.391 0.182 0.138 0.074 0.030 86 N 0.020 0.013 0.022 0.029 0.039 0.091 0.277 0.216 0.168 0.088 0.037 87 K 0.049 0.097 0.640 0.144 0.048 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 88 T 0.047 0.118 0.207 0.158 0.152 0.142 0.102 0.036 0.022 0.012 0.005 89 L 0.017 0.020 0.010 0.025 0.037 0.056 0.129 0.149 0.203 0.193 0.161 90 G 0.152 0.121 0.065 0.129 0.152 0.150 0.133 0.050 0.029 0.012 0.007 91 N 0.210 0.162 0.213 0.195 0.112 0.057 0.029 0.010 0.007 0.003 0.002 92 E 0.033 0.035 0.027 0.072 0.088 0.119 0.227 0.157 0.115 0.074 0.052 93 L 0.025 0.011 0.026 0.038 0.042 0.062 0.118 0.129 0.181 0.190 0.178 94 S 0.032 0.030 0.111 0.102 0.109 0.146 0.217 0.111 0.077 0.043 0.023 95 D 0.043 0.089 0.204 0.342 0.160 0.095 0.043 0.014 0.006 0.003 0.001 96 I 0.012 0.007 0.014 0.011 0.014 0.027 0.108 0.147 0.196 0.248 0.216 97 K 0.033 0.079 0.156 0.313 0.183 0.104 0.076 0.025 0.016 0.009 0.006 98 L 0.005 0.007 0.037 0.017 0.022 0.032 0.110 0.123 0.226 0.224 0.196 99 S 0.043 0.079 0.215 0.309 0.180 0.095 0.055 0.014 0.006 0.002 0.002 100 L 0.022 0.047 0.083 0.102 0.097 0.111 0.195 0.133 0.112 0.067 0.031 101 L 0.015 0.015 0.049 0.051 0.054 0.076 0.146 0.146 0.178 0.147 0.122 102 S 0.083 0.138 0.212 0.267 0.163 0.073 0.043 0.012 0.006 0.002 0.001 103 L 0.012 0.016 0.048 0.034 0.040 0.055 0.140 0.146 0.190 0.186 0.133 104 K 0.081 0.197 0.152 0.275 0.154 0.069 0.045 0.014 0.007 0.003 0.002 105 G 0.126 0.070 0.045 0.062 0.070 0.081 0.163 0.119 0.119 0.090 0.055 106 D 0.203 0.337 0.156 0.172 0.070 0.032 0.019 0.006 0.003 0.002 0.001 107 Y 0.140 0.102 0.078 0.137 0.131 0.117 0.139 0.066 0.050 0.027 0.012 108 A 0.529 0.168 0.089 0.085 0.046 0.031 0.028 0.011 0.007 0.003 0.002 109 E 0.245 0.231 0.200 0.194 0.076 0.030 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 110 L 0.215 0.079 0.084 0.085 0.080 0.107 0.140 0.083 0.066 0.041 0.019 111 E 0.209 0.156 0.241 0.192 0.096 0.050 0.033 0.012 0.006 0.003 0.001 112 H 0.077 0.099 0.274 0.180 0.124 0.088 0.085 0.037 0.021 0.011 0.004 113 H 0.085 0.123 0.169 0.175 0.137 0.104 0.098 0.052 0.031 0.018 0.007 114 H 0.177 0.135 0.199 0.143 0.107 0.078 0.079 0.038 0.025 0.014 0.005 115 H 0.219 0.142 0.198 0.151 0.101 0.067 0.063 0.029 0.018 0.009 0.004 116 H 0.283 0.198 0.151 0.138 0.084 0.050 0.045 0.023 0.016 0.009 0.004 117 H 0.314 0.154 0.080 0.113 0.089 0.068 0.072 0.044 0.034 0.021 0.011