# TARGET T0351 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0351.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.068 0.263 0.086 0.013 0.194 0.009 0.026 0.233 0.067 0.025 0.017 2 I 0.063 0.276 0.084 0.006 0.167 0.006 0.025 0.275 0.054 0.030 0.014 3 L 0.083 0.027 0.005 0.003 0.093 0.006 0.026 0.567 0.142 0.023 0.026 4 Y 0.034 0.034 0.005 0.008 0.064 0.019 0.029 0.679 0.100 0.018 0.010 5 D 0.051 0.024 0.005 0.007 0.095 0.009 0.042 0.640 0.074 0.041 0.013 6 A 0.127 0.062 0.009 0.004 0.238 0.006 0.015 0.464 0.046 0.018 0.011 7 I 0.154 0.047 0.003 0.003 0.282 0.007 0.017 0.400 0.040 0.018 0.030 8 M 0.174 0.060 0.006 0.005 0.270 0.009 0.037 0.267 0.057 0.065 0.050 9 Y 0.194 0.098 0.024 0.009 0.272 0.015 0.066 0.219 0.038 0.030 0.034 10 K 0.066 0.131 0.062 0.046 0.155 0.053 0.146 0.166 0.060 0.085 0.031 11 Y 0.106 0.253 0.188 0.023 0.255 0.007 0.007 0.065 0.025 0.030 0.041 12 P 0.015 0.135 0.050 0.011 0.056 0.049 0.107 0.297 0.230 0.044 0.007 13 N 0.111 0.095 0.042 0.010 0.161 0.008 0.038 0.075 0.083 0.268 0.108 14 A 0.123 0.159 0.072 0.008 0.181 0.009 0.025 0.093 0.118 0.139 0.073 15 V 0.042 0.433 0.183 0.013 0.175 0.011 0.033 0.052 0.027 0.019 0.013 16 S 0.102 0.296 0.088 0.008 0.248 0.007 0.025 0.077 0.067 0.050 0.031 17 R 0.101 0.096 0.055 0.015 0.128 0.027 0.044 0.121 0.211 0.147 0.056 18 K 0.083 0.216 0.103 0.030 0.220 0.023 0.044 0.098 0.059 0.080 0.042 19 D 0.305 0.106 0.023 0.007 0.315 0.006 0.024 0.029 0.026 0.080 0.079 20 F 0.209 0.239 0.031 0.002 0.462 0.002 0.002 0.006 0.005 0.011 0.031 21 E 0.152 0.204 0.022 0.001 0.587 0.001 0.002 0.006 0.003 0.006 0.017 22 L 0.429 0.082 0.017 0.003 0.333 0.006 0.009 0.012 0.007 0.023 0.079 23 R 0.073 0.317 0.192 0.041 0.265 0.026 0.030 0.020 0.010 0.012 0.015 24 N 0.118 0.129 0.087 0.048 0.184 0.042 0.057 0.089 0.057 0.122 0.067 25 D 0.052 0.180 0.185 0.153 0.103 0.047 0.048 0.065 0.057 0.076 0.035 26 G 0.019 0.043 0.080 0.163 0.029 0.130 0.085 0.153 0.121 0.149 0.027 27 N 0.056 0.258 0.120 0.035 0.174 0.014 0.069 0.052 0.040 0.138 0.044 28 G 0.119 0.090 0.065 0.037 0.126 0.015 0.009 0.061 0.077 0.221 0.180 29 S 0.106 0.191 0.047 0.010 0.311 0.018 0.053 0.150 0.064 0.032 0.018 30 Y 0.298 0.117 0.016 0.003 0.468 0.004 0.009 0.025 0.012 0.020 0.027 31 I 0.317 0.082 0.009 0.006 0.514 0.008 0.006 0.012 0.004 0.007 0.035 32 E 0.228 0.060 0.009 0.017 0.502 0.035 0.043 0.049 0.009 0.012 0.037 33 K 0.286 0.100 0.015 0.003 0.503 0.003 0.006 0.014 0.006 0.022 0.042 34 W 0.159 0.196 0.016 0.005 0.569 0.006 0.005 0.011 0.003 0.005 0.026 35 N 0.381 0.051 0.006 0.001 0.421 0.001 0.001 0.006 0.004 0.024 0.103 36 L 0.195 0.200 0.063 0.006 0.395 0.006 0.010 0.039 0.020 0.025 0.041 37 R 0.048 0.143 0.115 0.073 0.115 0.069 0.157 0.139 0.054 0.065 0.020 38 A 0.032 0.351 0.369 0.025 0.145 0.005 0.009 0.028 0.011 0.015 0.011 39 P 0.043 0.335 0.177 0.017 0.185 0.017 0.035 0.070 0.054 0.045 0.024 40 L 0.023 0.458 0.387 0.003 0.106 0.001 0.004 0.008 0.002 0.002 0.006 41 P 0.032 0.632 0.104 0.003 0.199 0.002 0.003 0.008 0.002 0.005 0.011 42 T 0.006 0.636 0.270 0.002 0.028 0.001 0.001 0.030 0.008 0.016 0.001 43 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.883 0.108 0.004 0.001 44 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.033 0.001 0.001 45 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.022 0.005 0.001 46 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.028 0.002 0.001 47 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.028 0.001 0.001 48 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.972 0.018 0.005 0.001 49 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.029 0.009 0.001 50 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.907 0.086 0.005 0.001 51 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.920 0.072 0.001 0.001 52 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.892 0.069 0.010 0.001 53 L 0.003 0.003 0.002 0.001 0.005 0.002 0.021 0.724 0.173 0.065 0.002 54 Q 0.010 0.026 0.006 0.002 0.018 0.007 0.045 0.623 0.177 0.079 0.006 55 K 0.016 0.032 0.014 0.005 0.030 0.014 0.115 0.255 0.154 0.342 0.022 56 N 0.045 0.348 0.195 0.014 0.215 0.006 0.023 0.042 0.030 0.047 0.033 57 P 0.032 0.409 0.163 0.013 0.182 0.005 0.012 0.094 0.065 0.017 0.009 58 P 0.032 0.091 0.035 0.006 0.089 0.022 0.162 0.262 0.223 0.064 0.014 59 Y 0.060 0.091 0.074 0.026 0.088 0.026 0.094 0.096 0.100 0.277 0.068 60 E 0.020 0.343 0.379 0.048 0.067 0.017 0.042 0.034 0.012 0.022 0.015 61 P 0.014 0.493 0.309 0.028 0.085 0.007 0.006 0.033 0.011 0.006 0.007 62 P 0.030 0.103 0.027 0.004 0.075 0.019 0.046 0.405 0.243 0.029 0.017 63 D 0.027 0.082 0.030 0.005 0.052 0.005 0.015 0.451 0.141 0.168 0.024 64 Q 0.049 0.023 0.005 0.002 0.041 0.003 0.009 0.717 0.092 0.046 0.014 65 V 0.008 0.047 0.011 0.006 0.025 0.009 0.013 0.788 0.074 0.017 0.003 66 E 0.021 0.017 0.005 0.001 0.031 0.002 0.010 0.839 0.049 0.017 0.009 67 L 0.008 0.010 0.004 0.002 0.013 0.004 0.010 0.876 0.057 0.014 0.003 68 L 0.005 0.017 0.008 0.002 0.009 0.002 0.006 0.810 0.089 0.048 0.003 69 A 0.003 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.839 0.127 0.009 0.001 70 Q 0.002 0.016 0.006 0.001 0.008 0.003 0.015 0.859 0.082 0.007 0.001 71 E 0.008 0.007 0.002 0.001 0.009 0.002 0.022 0.794 0.080 0.070 0.006 72 L 0.025 0.036 0.012 0.003 0.031 0.005 0.010 0.690 0.100 0.075 0.014 73 S 0.012 0.079 0.048 0.010 0.030 0.019 0.028 0.637 0.080 0.050 0.008 74 Q 0.006 0.023 0.014 0.002 0.010 0.002 0.006 0.728 0.111 0.093 0.005 75 E 0.005 0.036 0.016 0.002 0.013 0.001 0.005 0.815 0.069 0.036 0.003 76 K 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.961 0.026 0.002 0.001 77 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.019 0.003 0.001 78 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.960 0.031 0.007 0.001 79 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.023 0.002 0.001 80 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.971 0.022 0.001 0.001 81 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.970 0.017 0.007 0.001 82 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.940 0.049 0.010 0.001 83 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.956 0.040 0.001 0.001 84 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.962 0.023 0.005 0.001 85 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.015 0.935 0.033 0.008 0.001 86 N 0.007 0.007 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 0.867 0.069 0.031 0.006 87 K 0.003 0.006 0.002 0.001 0.003 0.004 0.032 0.779 0.147 0.022 0.002 88 T 0.003 0.008 0.007 0.003 0.005 0.006 0.079 0.802 0.060 0.024 0.003 89 L 0.020 0.232 0.084 0.022 0.060 0.013 0.028 0.363 0.078 0.086 0.014 90 G 0.015 0.026 0.021 0.057 0.016 0.035 0.029 0.477 0.176 0.117 0.032 91 N 0.007 0.023 0.013 0.007 0.016 0.011 0.035 0.718 0.140 0.024 0.004 92 E 0.009 0.014 0.009 0.004 0.010 0.006 0.032 0.673 0.162 0.069 0.011 93 L 0.025 0.025 0.007 0.004 0.028 0.005 0.016 0.623 0.188 0.059 0.020 94 S 0.004 0.060 0.021 0.010 0.020 0.043 0.089 0.609 0.130 0.013 0.002 95 D 0.032 0.014 0.006 0.003 0.027 0.003 0.024 0.429 0.174 0.245 0.045 96 I 0.122 0.196 0.043 0.003 0.219 0.003 0.010 0.272 0.068 0.045 0.019 97 K 0.110 0.106 0.010 0.004 0.204 0.005 0.021 0.358 0.084 0.052 0.045 98 L 0.242 0.086 0.011 0.004 0.310 0.005 0.013 0.194 0.068 0.021 0.048 99 S 0.018 0.024 0.011 0.015 0.049 0.045 0.158 0.573 0.082 0.018 0.007 100 L 0.145 0.089 0.013 0.004 0.260 0.004 0.020 0.267 0.095 0.076 0.028 101 L 0.157 0.206 0.016 0.004 0.386 0.009 0.015 0.102 0.041 0.028 0.036 102 S 0.237 0.088 0.014 0.002 0.326 0.003 0.013 0.058 0.027 0.114 0.118 103 L 0.254 0.124 0.027 0.008 0.298 0.016 0.026 0.064 0.029 0.058 0.095 104 K 0.131 0.114 0.068 0.068 0.147 0.042 0.082 0.060 0.049 0.161 0.078 105 G 0.029 0.195 0.272 0.134 0.085 0.054 0.024 0.073 0.045 0.067 0.023 106 D 0.122 0.264 0.096 0.008 0.273 0.006 0.018 0.095 0.031 0.044 0.043 107 Y 0.062 0.054 0.018 0.005 0.073 0.007 0.010 0.352 0.242 0.131 0.045 108 A 0.015 0.065 0.028 0.013 0.050 0.023 0.036 0.594 0.136 0.034 0.008 109 E 0.083 0.037 0.016 0.005 0.076 0.005 0.019 0.476 0.107 0.143 0.033 110 L 0.032 0.034 0.016 0.006 0.049 0.007 0.015 0.615 0.144 0.068 0.014 111 E 0.028 0.044 0.013 0.008 0.050 0.019 0.045 0.625 0.113 0.041 0.014 112 H 0.058 0.060 0.021 0.011 0.084 0.012 0.041 0.419 0.121 0.139 0.034 113 H 0.056 0.088 0.036 0.016 0.104 0.024 0.052 0.367 0.108 0.117 0.032 114 H 0.098 0.105 0.039 0.020 0.127 0.014 0.030 0.231 0.125 0.157 0.054 115 H 0.073 0.089 0.037 0.018 0.105 0.019 0.047 0.286 0.158 0.131 0.037 116 H 0.079 0.118 0.047 0.018 0.128 0.020 0.051 0.252 0.129 0.118 0.041 117 H 0.108 0.146 0.060 0.021 0.165 0.019 0.039 0.196 0.097 0.098 0.051