# TARGET T0350 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 114 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.013 0.003 0.002 0.018 0.071 0.893 2 N 0.038 0.021 0.015 0.064 0.145 0.719 3 I 0.053 0.010 0.025 0.096 0.231 0.585 4 E 0.058 0.010 0.036 0.098 0.288 0.509 5 R 0.056 0.017 0.032 0.104 0.306 0.485 6 L 0.079 0.031 0.077 0.087 0.438 0.287 7 T 0.098 0.019 0.069 0.100 0.411 0.303 8 T 0.151 0.017 0.036 0.065 0.379 0.352 9 L 0.140 0.037 0.033 0.079 0.267 0.444 10 Q 0.118 0.017 0.028 0.091 0.271 0.475 11 P 0.070 0.009 0.044 0.156 0.257 0.464 12 V 0.092 0.023 0.042 0.192 0.244 0.407 13 W 0.068 0.013 0.025 0.218 0.233 0.444 14 D 0.051 0.009 0.021 0.203 0.205 0.512 15 R 0.036 0.009 0.069 0.353 0.217 0.315 16 Y 0.036 0.009 0.088 0.407 0.211 0.248 17 D 0.041 0.006 0.090 0.495 0.186 0.182 18 T 0.039 0.008 0.051 0.503 0.187 0.212 19 Q 0.036 0.008 0.033 0.494 0.169 0.259 20 I 0.034 0.008 0.034 0.606 0.131 0.188 21 H 0.029 0.006 0.028 0.643 0.127 0.167 22 N 0.029 0.005 0.027 0.680 0.122 0.137 23 Q 0.028 0.004 0.025 0.694 0.117 0.132 24 K 0.027 0.004 0.023 0.694 0.117 0.135 25 D 0.022 0.004 0.025 0.705 0.115 0.129 26 N 0.016 0.004 0.020 0.727 0.112 0.121 27 D 0.012 0.003 0.019 0.743 0.106 0.117 28 N 0.014 0.004 0.018 0.673 0.121 0.170 29 E 0.013 0.004 0.021 0.607 0.160 0.196 30 V 0.015 0.005 0.026 0.578 0.160 0.215 31 P 0.020 0.005 0.035 0.432 0.205 0.303 32 V 0.022 0.007 0.054 0.409 0.215 0.293 33 H 0.033 0.007 0.051 0.343 0.207 0.358 34 Q 0.042 0.012 0.037 0.256 0.184 0.468 35 V 0.026 0.018 0.015 0.189 0.162 0.590 36 S 0.010 0.004 0.006 0.157 0.100 0.722 37 Y 0.001 0.001 0.015 0.910 0.031 0.043 38 T 0.001 0.001 0.011 0.918 0.036 0.034 39 N 0.001 0.001 0.014 0.937 0.023 0.025 40 L 0.001 0.001 0.002 0.982 0.004 0.011 41 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 42 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.003 0.003 43 M 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 44 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 45 G 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 46 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 47 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 48 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 49 K 0.001 0.001 0.001 0.987 0.008 0.004 50 L 0.001 0.001 0.001 0.967 0.019 0.012 51 L 0.001 0.001 0.003 0.954 0.025 0.016 52 E 0.006 0.003 0.012 0.773 0.109 0.098 53 P 0.010 0.004 0.051 0.617 0.169 0.150 54 S 0.033 0.009 0.040 0.317 0.245 0.355 55 Q 0.048 0.002 0.018 0.062 0.260 0.610 56 V 0.235 0.013 0.011 0.041 0.208 0.492 57 H 0.388 0.010 0.004 0.010 0.138 0.449 58 L 0.725 0.005 0.001 0.003 0.041 0.224 59 K 0.894 0.002 0.001 0.001 0.014 0.088 60 F 0.949 0.003 0.001 0.001 0.006 0.041 61 E 0.956 0.003 0.001 0.001 0.016 0.025 62 L 0.920 0.009 0.001 0.001 0.030 0.040 63 H 0.540 0.018 0.006 0.001 0.364 0.071 64 D 0.027 0.002 0.087 0.004 0.866 0.015 65 K 0.016 0.003 0.246 0.013 0.707 0.014 66 L 0.020 0.013 0.210 0.013 0.730 0.015 67 N 0.090 0.010 0.022 0.006 0.564 0.308 68 E 0.564 0.014 0.002 0.001 0.091 0.329 69 Y 0.958 0.006 0.001 0.001 0.012 0.023 70 Y 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 71 V 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 72 K 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 73 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 74 I 0.981 0.002 0.001 0.001 0.004 0.012 75 E 0.876 0.006 0.001 0.001 0.082 0.036 76 D 0.049 0.003 0.019 0.002 0.909 0.019 77 S 0.016 0.004 0.021 0.004 0.933 0.022 78 T 0.013 0.003 0.015 0.013 0.942 0.014 79 N 0.020 0.003 0.020 0.336 0.513 0.108 80 E 0.300 0.051 0.006 0.348 0.164 0.131 81 V 0.391 0.023 0.014 0.303 0.174 0.095 82 I 0.317 0.010 0.042 0.290 0.205 0.135 83 R 0.289 0.015 0.094 0.292 0.236 0.073 84 E 0.120 0.004 0.092 0.292 0.328 0.162 85 I 0.051 0.009 0.012 0.105 0.326 0.497 86 P 0.006 0.009 0.005 0.052 0.121 0.807 87 P 0.001 0.001 0.019 0.792 0.070 0.117 88 K 0.001 0.001 0.010 0.910 0.050 0.030 89 R 0.001 0.001 0.007 0.931 0.038 0.022 90 W 0.001 0.001 0.002 0.961 0.019 0.017 91 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.003 92 D 0.001 0.001 0.001 0.986 0.007 0.006 93 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.003 94 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 95 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 96 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 97 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 98 T 0.001 0.001 0.004 0.987 0.007 0.002 99 E 0.001 0.001 0.005 0.948 0.029 0.017 100 F 0.001 0.001 0.011 0.860 0.068 0.059 101 L 0.004 0.003 0.013 0.813 0.064 0.103 102 G 0.015 0.006 0.028 0.589 0.119 0.243 103 L 0.061 0.008 0.039 0.604 0.117 0.171 104 F 0.096 0.018 0.049 0.597 0.097 0.144 105 V 0.086 0.010 0.040 0.580 0.117 0.167 106 D 0.040 0.009 0.042 0.526 0.167 0.216 107 E 0.007 0.002 0.029 0.850 0.056 0.057 108 K 0.019 0.006 0.042 0.737 0.134 0.063 109 K 0.021 0.014 0.044 0.680 0.142 0.099 110 L 0.048 0.028 0.065 0.622 0.154 0.084 111 E 0.095 0.041 0.063 0.388 0.327 0.086 112 H 0.046 0.008 0.065 0.256 0.502 0.124 113 H 0.024 0.009 0.039 0.117 0.636 0.176 114 H 0.022 0.027 0.031 0.116 0.513 0.292 115 H 0.010 0.023 0.019 0.069 0.347 0.531 116 H 0.005 0.013 0.009 0.045 0.264 0.664 117 H 0.001 0.003 0.001 0.004 0.048 0.944