# TARGET T0350 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 114 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.029 0.636 0.002 0.009 0.019 0.001 0.001 0.016 0.207 0.021 0.038 0.022 2 N 0.001 0.025 0.875 0.002 0.004 0.007 0.002 0.001 0.012 0.011 0.012 0.006 0.043 3 I 0.020 0.089 0.505 0.012 0.022 0.026 0.020 0.004 0.071 0.045 0.054 0.033 0.098 4 E 0.019 0.023 0.373 0.012 0.013 0.022 0.016 0.005 0.092 0.189 0.022 0.143 0.071 5 R 0.013 0.011 0.495 0.021 0.011 0.027 0.012 0.004 0.088 0.125 0.025 0.037 0.129 6 L 0.010 0.016 0.545 0.024 0.016 0.032 0.010 0.002 0.050 0.093 0.035 0.051 0.115 7 T 0.019 0.051 0.452 0.017 0.020 0.028 0.008 0.001 0.040 0.124 0.043 0.082 0.115 8 T 0.003 0.022 0.535 0.009 0.012 0.028 0.003 0.001 0.032 0.174 0.031 0.075 0.075 9 L 0.001 0.007 0.744 0.010 0.010 0.026 0.001 0.001 0.011 0.099 0.040 0.009 0.042 10 Q 0.001 0.021 0.650 0.005 0.016 0.038 0.001 0.001 0.012 0.159 0.033 0.049 0.016 11 P 0.002 0.028 0.568 0.003 0.045 0.078 0.001 0.001 0.012 0.091 0.073 0.005 0.094 12 V 0.006 0.039 0.473 0.009 0.056 0.127 0.002 0.001 0.015 0.119 0.084 0.041 0.027 13 W 0.003 0.018 0.447 0.002 0.040 0.090 0.001 0.001 0.009 0.256 0.041 0.046 0.046 14 D 0.001 0.012 0.539 0.003 0.061 0.126 0.001 0.001 0.007 0.114 0.076 0.008 0.051 15 R 0.002 0.009 0.282 0.002 0.134 0.281 0.001 0.001 0.004 0.109 0.149 0.013 0.014 16 Y 0.004 0.013 0.248 0.003 0.126 0.281 0.001 0.001 0.004 0.116 0.171 0.016 0.018 17 D 0.004 0.013 0.269 0.003 0.136 0.306 0.001 0.001 0.004 0.105 0.129 0.009 0.021 18 T 0.005 0.011 0.244 0.003 0.078 0.359 0.001 0.001 0.004 0.147 0.117 0.014 0.016 19 Q 0.005 0.009 0.300 0.002 0.052 0.368 0.001 0.001 0.006 0.107 0.115 0.015 0.020 20 I 0.007 0.017 0.304 0.002 0.045 0.385 0.001 0.001 0.009 0.083 0.101 0.012 0.033 21 H 0.006 0.013 0.273 0.002 0.031 0.457 0.001 0.001 0.007 0.086 0.089 0.018 0.015 22 N 0.005 0.008 0.206 0.001 0.032 0.508 0.001 0.001 0.006 0.114 0.090 0.012 0.017 23 Q 0.003 0.006 0.175 0.001 0.034 0.606 0.001 0.001 0.004 0.062 0.088 0.008 0.011 24 K 0.003 0.007 0.136 0.001 0.041 0.668 0.001 0.001 0.003 0.051 0.073 0.006 0.009 25 D 0.005 0.007 0.166 0.001 0.050 0.617 0.001 0.001 0.003 0.052 0.080 0.009 0.011 26 N 0.004 0.005 0.119 0.001 0.059 0.626 0.001 0.001 0.002 0.052 0.116 0.005 0.010 27 D 0.005 0.005 0.161 0.001 0.051 0.537 0.001 0.001 0.001 0.071 0.153 0.008 0.007 28 N 0.003 0.007 0.217 0.001 0.037 0.454 0.001 0.001 0.002 0.113 0.143 0.008 0.014 29 E 0.003 0.013 0.328 0.001 0.033 0.332 0.001 0.001 0.002 0.108 0.150 0.009 0.019 30 V 0.002 0.010 0.379 0.004 0.031 0.322 0.001 0.001 0.002 0.135 0.081 0.019 0.014 31 P 0.001 0.008 0.503 0.002 0.042 0.267 0.001 0.001 0.003 0.076 0.070 0.007 0.021 32 V 0.003 0.015 0.433 0.003 0.066 0.287 0.001 0.001 0.006 0.071 0.084 0.007 0.025 33 H 0.003 0.016 0.370 0.001 0.046 0.281 0.002 0.001 0.025 0.128 0.079 0.030 0.017 34 Q 0.003 0.019 0.452 0.004 0.025 0.210 0.002 0.001 0.040 0.086 0.071 0.006 0.082 35 V 0.002 0.032 0.543 0.002 0.006 0.125 0.001 0.001 0.040 0.145 0.023 0.069 0.011 36 S 0.001 0.022 0.676 0.001 0.002 0.099 0.001 0.001 0.016 0.114 0.007 0.002 0.062 37 Y 0.001 0.001 0.026 0.001 0.017 0.916 0.001 0.001 0.001 0.015 0.024 0.001 0.001 38 T 0.001 0.001 0.008 0.001 0.016 0.944 0.001 0.001 0.001 0.009 0.023 0.001 0.001 39 N 0.001 0.001 0.011 0.001 0.015 0.952 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 40 L 0.001 0.001 0.014 0.001 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 41 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 42 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 43 M 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 44 V 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 45 G 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 46 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 47 M 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 48 N 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 49 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.001 0.001 50 L 0.001 0.001 0.009 0.001 0.006 0.911 0.001 0.001 0.001 0.011 0.062 0.001 0.001 51 L 0.001 0.002 0.061 0.001 0.018 0.816 0.001 0.001 0.001 0.028 0.071 0.001 0.001 52 E 0.001 0.003 0.075 0.001 0.063 0.685 0.001 0.001 0.001 0.066 0.098 0.003 0.002 53 P 0.001 0.003 0.081 0.001 0.150 0.490 0.001 0.001 0.002 0.073 0.190 0.001 0.007 54 S 0.001 0.019 0.080 0.005 0.168 0.211 0.001 0.003 0.005 0.193 0.303 0.008 0.005 55 Q 0.001 0.003 0.193 0.010 0.146 0.033 0.001 0.001 0.011 0.153 0.437 0.004 0.009 56 V 0.002 0.010 0.297 0.013 0.055 0.021 0.002 0.006 0.056 0.286 0.206 0.011 0.034 57 H 0.010 0.008 0.265 0.041 0.022 0.006 0.009 0.003 0.194 0.128 0.138 0.113 0.063 58 L 0.038 0.014 0.222 0.008 0.010 0.003 0.045 0.023 0.265 0.033 0.007 0.077 0.254 59 K 0.130 0.010 0.097 0.024 0.004 0.002 0.076 0.017 0.155 0.011 0.005 0.341 0.130 60 F 0.287 0.008 0.037 0.021 0.002 0.001 0.149 0.015 0.113 0.004 0.002 0.038 0.324 61 E 0.131 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.035 0.003 0.109 0.003 0.001 0.617 0.055 62 L 0.107 0.024 0.086 0.015 0.002 0.001 0.028 0.001 0.025 0.007 0.003 0.009 0.692 63 H 0.017 0.024 0.535 0.006 0.006 0.002 0.004 0.001 0.012 0.060 0.006 0.142 0.186 64 D 0.001 0.002 0.067 0.004 0.094 0.026 0.001 0.001 0.001 0.136 0.650 0.001 0.020 65 K 0.001 0.001 0.017 0.001 0.027 0.016 0.001 0.001 0.001 0.091 0.840 0.005 0.002 66 L 0.001 0.001 0.048 0.003 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.119 0.805 0.001 0.005 67 N 0.001 0.006 0.266 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.145 0.556 0.003 0.011 68 E 0.061 0.062 0.238 0.003 0.001 0.001 0.032 0.001 0.005 0.026 0.006 0.134 0.430 69 Y 0.352 0.005 0.014 0.069 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.005 0.001 0.061 0.454 70 Y 0.431 0.001 0.006 0.029 0.001 0.001 0.075 0.001 0.002 0.001 0.001 0.370 0.085 71 V 0.632 0.001 0.005 0.013 0.001 0.001 0.088 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.233 72 K 0.836 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.062 0.001 0.001 0.001 0.001 0.068 0.032 73 V 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.050 74 I 0.863 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.078 75 E 0.144 0.002 0.105 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.016 0.002 0.100 0.623 76 D 0.001 0.001 0.021 0.002 0.019 0.020 0.001 0.001 0.001 0.089 0.837 0.002 0.009 77 S 0.001 0.001 0.014 0.001 0.012 0.026 0.001 0.001 0.001 0.080 0.854 0.008 0.004 78 T 0.001 0.003 0.081 0.002 0.018 0.014 0.001 0.001 0.001 0.186 0.664 0.012 0.020 79 N 0.006 0.004 0.358 0.040 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.158 0.322 0.010 0.089 80 E 0.071 0.020 0.145 0.044 0.004 0.006 0.007 0.001 0.001 0.056 0.006 0.326 0.315 81 V 0.104 0.024 0.034 0.018 0.003 0.005 0.012 0.001 0.001 0.004 0.002 0.052 0.741 82 I 0.315 0.004 0.043 0.104 0.012 0.014 0.044 0.001 0.001 0.009 0.007 0.162 0.286 83 R 0.406 0.002 0.032 0.013 0.009 0.015 0.032 0.001 0.001 0.011 0.006 0.264 0.210 84 E 0.065 0.004 0.059 0.018 0.007 0.024 0.009 0.001 0.001 0.033 0.011 0.032 0.736 85 I 0.008 0.023 0.235 0.005 0.002 0.042 0.001 0.001 0.003 0.161 0.011 0.443 0.066 86 P 0.001 0.003 0.929 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 0.018 0.001 0.005 0.036 87 P 0.001 0.004 0.335 0.001 0.027 0.522 0.001 0.001 0.003 0.053 0.045 0.002 0.009 88 K 0.001 0.001 0.015 0.001 0.037 0.888 0.001 0.001 0.001 0.016 0.043 0.001 0.001 89 R 0.001 0.001 0.009 0.001 0.020 0.946 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.001 0.001 90 W 0.001 0.001 0.010 0.001 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 91 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 92 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 93 F 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 94 Y 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 95 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 96 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 97 M 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 98 T 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 99 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 0.882 0.001 0.001 0.001 0.007 0.096 0.001 0.001 100 F 0.001 0.001 0.022 0.001 0.018 0.804 0.001 0.001 0.001 0.022 0.132 0.001 0.001 101 L 0.001 0.003 0.035 0.001 0.018 0.748 0.001 0.001 0.002 0.021 0.168 0.001 0.003 102 G 0.004 0.002 0.122 0.001 0.038 0.542 0.002 0.001 0.009 0.049 0.213 0.011 0.006 103 L 0.018 0.013 0.113 0.004 0.045 0.528 0.008 0.004 0.024 0.072 0.108 0.011 0.053 104 F 0.062 0.018 0.096 0.004 0.013 0.492 0.015 0.010 0.038 0.032 0.073 0.082 0.067 105 V 0.066 0.030 0.173 0.010 0.007 0.388 0.017 0.011 0.035 0.047 0.068 0.043 0.104 106 D 0.019 0.017 0.239 0.013 0.007 0.383 0.003 0.003 0.015 0.137 0.042 0.041 0.081 107 E 0.007 0.007 0.106 0.006 0.041 0.593 0.002 0.001 0.004 0.102 0.085 0.009 0.038 108 K 0.005 0.005 0.086 0.003 0.053 0.636 0.002 0.001 0.011 0.066 0.091 0.018 0.022 109 K 0.005 0.011 0.072 0.006 0.052 0.645 0.003 0.001 0.006 0.032 0.111 0.013 0.045 110 L 0.004 0.015 0.101 0.005 0.026 0.612 0.002 0.001 0.006 0.080 0.095 0.026 0.026 111 E 0.007 0.014 0.179 0.005 0.023 0.505 0.002 0.001 0.003 0.086 0.118 0.017 0.041 112 H 0.010 0.011 0.218 0.002 0.027 0.438 0.002 0.001 0.003 0.099 0.152 0.012 0.024 113 H 0.004 0.019 0.302 0.003 0.045 0.199 0.001 0.001 0.004 0.178 0.208 0.011 0.025 114 H 0.005 0.019 0.261 0.003 0.073 0.140 0.002 0.001 0.005 0.248 0.207 0.019 0.018 115 H 0.003 0.014 0.352 0.001 0.048 0.084 0.001 0.001 0.005 0.276 0.170 0.020 0.027 116 H 0.001 0.031 0.626 0.001 0.027 0.050 0.001 0.001 0.008 0.105 0.126 0.005 0.022 117 H 0.001 0.005 0.924 0.001 0.005 0.013 0.001 0.001 0.002 0.035 0.012 0.001 0.004