# TARGET T0350 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 34.5086 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.024 0.209 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.123 0.044 0.076 0.498 2 N 0.066 0.261 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.111 0.100 0.058 0.381 3 I 0.046 0.048 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.004 0.001 0.002 0.002 0.127 0.291 0.081 0.383 4 E 0.012 0.038 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.002 0.003 0.221 0.276 0.078 0.352 5 R 0.025 0.046 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.185 0.152 0.097 0.474 6 L 0.047 0.035 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.233 0.054 0.082 0.537 7 T 0.030 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.271 0.053 0.083 0.541 8 T 0.003 0.016 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.223 0.043 0.087 0.619 9 L 0.015 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.040 0.103 0.680 10 Q 0.067 0.048 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.199 0.066 0.102 0.500 11 P 0.049 0.050 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.041 0.095 0.699 12 V 0.068 0.068 0.002 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.054 0.084 0.602 13 W 0.076 0.064 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 0.059 0.092 0.608 14 D 0.103 0.036 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.165 0.095 0.506 15 R 0.030 0.103 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.174 0.109 0.514 16 Y 0.073 0.191 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.045 0.095 0.531 17 D 0.061 0.186 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.072 0.068 0.511 18 T 0.029 0.099 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.174 0.089 0.498 19 Q 0.031 0.172 0.006 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.002 0.002 0.144 0.153 0.079 0.391 20 I 0.070 0.165 0.005 0.002 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.097 0.063 0.077 0.498 21 H 0.057 0.151 0.009 0.003 0.002 0.004 0.015 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.069 0.076 0.495 22 N 0.063 0.096 0.015 0.002 0.005 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.113 0.084 0.550 23 Q 0.069 0.096 0.010 0.006 0.031 0.007 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.093 0.090 0.528 24 K 0.095 0.053 0.010 0.020 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.088 0.076 0.602 25 D 0.162 0.034 0.017 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.101 0.070 0.588 26 N 0.167 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.036 0.073 0.665 27 D 0.072 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.029 0.083 0.773 28 N 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 0.006 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.063 0.021 0.091 0.785 29 E 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 0.017 0.076 0.849 30 V 0.016 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.004 0.017 0.002 0.014 0.007 0.009 0.005 0.059 0.033 0.093 0.708 31 P 0.062 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.148 0.026 0.069 0.659 32 V 0.032 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.046 0.067 0.803 33 H 0.004 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 0.265 0.030 0.062 0.591 34 Q 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.048 0.085 0.798 35 V 0.003 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.184 0.146 0.105 0.534 36 S 0.032 0.789 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.053 0.012 0.112 37 Y 0.031 0.830 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.006 0.099 38 T 0.006 0.793 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.011 0.166 39 N 0.005 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.002 0.036 40 L 0.004 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.015 41 A 0.004 0.885 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.002 0.031 42 E 0.001 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.032 43 M 0.004 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.021 44 V 0.007 0.441 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.517 0.005 0.026 45 G 0.006 0.880 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.009 0.048 46 E 0.050 0.783 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.012 0.106 47 M 0.071 0.725 0.051 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.014 0.073 48 N 0.137 0.419 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.045 0.306 49 K 0.216 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.031 0.068 0.659 50 L 0.002 0.029 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.071 0.145 0.726 51 L 0.060 0.023 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.100 0.138 0.653 52 E 0.559 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.069 0.041 0.299 53 P 0.066 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.033 0.110 0.768 54 S 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.138 0.038 0.155 0.652 55 Q 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.316 0.058 0.119 0.493 56 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.363 0.049 0.088 0.493 57 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.003 0.777 0.065 0.019 0.121 58 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.003 0.004 0.776 0.045 0.022 0.141 59 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.903 0.039 0.006 0.044 60 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.716 0.028 0.021 0.189 61 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.019 0.772 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.030 0.006 0.026 62 L 0.009 0.005 0.001 0.009 0.001 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.319 0.040 0.044 0.553 63 H 0.228 0.017 0.038 0.003 0.028 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.245 0.031 0.373 64 D 0.132 0.005 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.012 0.053 0.741 65 K 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.013 0.046 0.865 66 L 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.055 0.109 0.740 67 N 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.033 0.100 0.727 68 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.781 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.031 0.007 0.021 0.133 69 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.058 0.001 0.044 0.003 0.008 0.571 0.035 0.043 0.224 70 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.003 0.717 0.010 0.133 0.028 0.011 0.075 71 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.020 0.057 0.801 0.017 0.009 0.076 72 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.865 0.027 0.006 0.078 73 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.012 0.903 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.011 0.002 0.013 74 I 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.681 0.042 0.018 0.237 75 E 0.298 0.025 0.023 0.002 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.252 0.032 0.330 76 D 0.045 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.009 0.060 0.849 77 S 0.031 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.008 0.051 0.864 78 T 0.025 0.124 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.098 0.094 0.582 79 N 0.023 0.134 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.099 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.108 0.062 0.487 80 E 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.931 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.004 0.024 81 V 0.041 0.092 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.001 0.032 0.002 0.098 0.007 0.009 0.200 0.109 0.039 0.356 82 I 0.052 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.607 0.002 0.014 0.030 0.022 0.236 83 R 0.080 0.014 0.001 0.001 0.008 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.030 0.035 0.077 0.126 0.017 0.058 0.534 84 E 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.004 0.075 0.877 85 I 0.024 0.063 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.029 0.141 0.696 86 P 0.099 0.595 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.059 0.027 0.214 87 P 0.052 0.839 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.004 0.068 88 K 0.011 0.775 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.008 0.097 89 R 0.005 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 0.044 90 W 0.003 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.029 91 L 0.002 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.029 92 D 0.003 0.948 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.003 0.028 93 F 0.010 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.027 94 Y 0.024 0.149 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.801 0.005 0.018 95 A 0.002 0.772 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.129 0.024 0.070 96 A 0.043 0.805 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.017 0.101 97 M 0.037 0.790 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.014 0.038 98 T 0.037 0.542 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.205 0.060 0.135 99 E 0.046 0.596 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.052 0.046 0.243 100 F 0.061 0.677 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.044 0.040 0.158 101 L 0.028 0.574 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.067 0.059 0.240 102 G 0.026 0.572 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.048 0.041 0.257 103 L 0.024 0.552 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.051 0.047 0.260 104 F 0.044 0.558 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.044 0.045 0.235 105 V 0.031 0.451 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.041 0.047 0.350 106 D 0.044 0.756 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.049 0.015 0.116 107 E 0.052 0.774 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.053 0.013 0.093 108 K 0.041 0.685 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.082 0.026 0.149 109 K 0.049 0.567 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.110 0.042 0.207 110 L 0.128 0.516 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.145 0.043 0.134 111 E 0.152 0.279 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.100 0.077 0.350 112 H 0.159 0.146 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.104 0.091 0.468 113 H 0.204 0.059 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.153 0.120 0.430 114 H 0.201 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.072 0.129 0.566 115 H 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.034 0.137 0.789 116 H 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.028 0.139 0.802 117 H 0.033 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.069 0.167 0.683