# TARGET T0350 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 34.5086 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.131 0.054 0.048 0.046 0.100 0.058 0.546 2 N 0.308 0.478 0.014 0.011 0.019 0.025 0.068 0.076 3 I 0.175 0.097 0.026 0.019 0.024 0.067 0.315 0.278 4 E 0.021 0.039 0.027 0.028 0.045 0.082 0.335 0.423 5 R 0.061 0.048 0.026 0.027 0.055 0.106 0.156 0.521 6 L 0.073 0.021 0.028 0.033 0.063 0.152 0.046 0.583 7 T 0.067 0.014 0.031 0.036 0.068 0.114 0.050 0.620 8 T 0.022 0.014 0.015 0.019 0.043 0.142 0.042 0.703 9 L 0.049 0.020 0.029 0.026 0.039 0.141 0.043 0.653 10 Q 0.111 0.037 0.032 0.060 0.047 0.115 0.076 0.523 11 P 0.060 0.048 0.030 0.019 0.026 0.087 0.048 0.682 12 V 0.104 0.078 0.055 0.038 0.054 0.112 0.068 0.491 13 W 0.074 0.040 0.030 0.025 0.030 0.094 0.054 0.653 14 D 0.099 0.078 0.016 0.020 0.026 0.088 0.106 0.565 15 R 0.051 0.122 0.021 0.019 0.029 0.115 0.093 0.550 16 Y 0.080 0.211 0.018 0.025 0.042 0.094 0.056 0.474 17 D 0.120 0.231 0.022 0.030 0.045 0.071 0.078 0.403 18 T 0.043 0.190 0.026 0.034 0.050 0.093 0.111 0.454 19 Q 0.052 0.252 0.037 0.049 0.066 0.095 0.082 0.366 20 I 0.097 0.236 0.026 0.035 0.046 0.086 0.075 0.399 21 H 0.139 0.234 0.029 0.029 0.037 0.078 0.080 0.374 22 N 0.078 0.141 0.021 0.027 0.038 0.080 0.175 0.441 23 Q 0.082 0.138 0.022 0.019 0.022 0.097 0.122 0.498 24 K 0.106 0.073 0.023 0.026 0.032 0.113 0.104 0.522 25 D 0.143 0.045 0.015 0.015 0.018 0.099 0.078 0.587 26 N 0.253 0.051 0.008 0.009 0.016 0.070 0.047 0.546 27 D 0.089 0.018 0.009 0.010 0.017 0.109 0.027 0.721 28 N 0.022 0.020 0.013 0.018 0.035 0.111 0.031 0.750 29 E 0.027 0.021 0.015 0.018 0.032 0.113 0.024 0.751 30 V 0.067 0.041 0.041 0.061 0.055 0.120 0.068 0.547 31 P 0.112 0.076 0.023 0.032 0.042 0.080 0.043 0.593 32 V 0.092 0.054 0.033 0.035 0.053 0.081 0.095 0.557 33 H 0.043 0.102 0.031 0.043 0.066 0.109 0.063 0.544 34 Q 0.048 0.045 0.020 0.022 0.040 0.093 0.120 0.611 35 V 0.022 0.059 0.022 0.037 0.025 0.115 0.222 0.498 36 S 0.068 0.628 0.005 0.005 0.008 0.030 0.075 0.182 37 Y 0.070 0.774 0.002 0.002 0.002 0.017 0.026 0.106 38 T 0.011 0.800 0.004 0.005 0.004 0.020 0.026 0.130 39 N 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 40 L 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 41 A 0.004 0.917 0.002 0.001 0.001 0.001 0.071 0.004 42 E 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 43 M 0.028 0.944 0.003 0.001 0.001 0.002 0.018 0.006 44 V 0.031 0.441 0.012 0.001 0.001 0.006 0.485 0.024 45 G 0.013 0.820 0.004 0.001 0.001 0.008 0.060 0.094 46 E 0.027 0.796 0.006 0.001 0.001 0.014 0.024 0.132 47 M 0.081 0.589 0.038 0.005 0.003 0.041 0.127 0.116 48 N 0.278 0.365 0.014 0.003 0.003 0.033 0.061 0.244 49 K 0.115 0.082 0.018 0.004 0.003 0.057 0.040 0.680 50 L 0.014 0.026 0.047 0.012 0.014 0.156 0.196 0.534 51 L 0.030 0.014 0.032 0.011 0.012 0.124 0.137 0.641 52 E 0.463 0.019 0.012 0.011 0.012 0.060 0.055 0.369 53 P 0.111 0.009 0.013 0.006 0.008 0.062 0.045 0.745 54 S 0.047 0.007 0.027 0.017 0.073 0.205 0.027 0.596 55 Q 0.021 0.002 0.032 0.021 0.072 0.085 0.037 0.729 56 V 0.012 0.003 0.059 0.166 0.156 0.097 0.022 0.485 57 H 0.005 0.002 0.126 0.092 0.303 0.056 0.040 0.375 58 L 0.005 0.002 0.064 0.351 0.315 0.028 0.022 0.213 59 K 0.002 0.001 0.156 0.322 0.396 0.015 0.015 0.093 60 F 0.005 0.006 0.070 0.241 0.290 0.039 0.021 0.328 61 E 0.005 0.007 0.079 0.479 0.319 0.019 0.014 0.078 62 L 0.023 0.011 0.042 0.178 0.203 0.043 0.047 0.453 63 H 0.193 0.025 0.042 0.143 0.120 0.040 0.290 0.148 64 D 0.361 0.012 0.013 0.051 0.054 0.056 0.051 0.402 65 K 0.134 0.004 0.004 0.011 0.025 0.058 0.029 0.735 66 L 0.016 0.002 0.011 0.014 0.046 0.125 0.020 0.766 67 N 0.021 0.004 0.016 0.076 0.292 0.108 0.041 0.441 68 E 0.003 0.001 0.030 0.148 0.249 0.066 0.032 0.471 69 Y 0.001 0.001 0.145 0.315 0.424 0.025 0.016 0.075 70 Y 0.001 0.001 0.103 0.284 0.451 0.017 0.029 0.114 71 V 0.002 0.001 0.157 0.385 0.284 0.014 0.023 0.134 72 K 0.004 0.002 0.258 0.326 0.340 0.012 0.023 0.036 73 V 0.011 0.003 0.156 0.214 0.304 0.042 0.053 0.218 74 I 0.032 0.007 0.196 0.175 0.164 0.058 0.091 0.278 75 E 0.064 0.023 0.067 0.077 0.120 0.105 0.102 0.441 76 D 0.041 0.036 0.016 0.021 0.038 0.152 0.023 0.672 77 S 0.061 0.189 0.014 0.032 0.039 0.092 0.044 0.530 78 T 0.041 0.788 0.004 0.004 0.010 0.026 0.021 0.106 79 N 0.040 0.686 0.019 0.017 0.026 0.027 0.062 0.122 80 E 0.040 0.364 0.063 0.195 0.116 0.036 0.077 0.108 81 V 0.280 0.158 0.038 0.075 0.153 0.039 0.123 0.134 82 I 0.445 0.020 0.040 0.054 0.098 0.044 0.065 0.234 83 R 0.033 0.008 0.010 0.090 0.109 0.066 0.041 0.643 84 E 0.002 0.004 0.002 0.003 0.009 0.062 0.005 0.913 85 I 0.013 0.032 0.009 0.036 0.032 0.234 0.017 0.627 86 P 0.130 0.430 0.004 0.006 0.003 0.050 0.052 0.325 87 P 0.099 0.845 0.001 0.001 0.001 0.002 0.039 0.014 88 K 0.021 0.922 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 0.020 89 R 0.003 0.967 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.016 90 W 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 91 L 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 92 D 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 93 F 0.012 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 94 Y 0.005 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.974 0.001 95 A 0.005 0.402 0.003 0.001 0.001 0.005 0.538 0.047 96 A 0.010 0.782 0.003 0.001 0.001 0.008 0.016 0.181 97 M 0.036 0.731 0.012 0.004 0.002 0.032 0.070 0.112 98 T 0.140 0.313 0.039 0.005 0.005 0.069 0.144 0.284 99 E 0.435 0.164 0.008 0.001 0.001 0.044 0.024 0.323 100 F 0.145 0.067 0.094 0.004 0.005 0.118 0.137 0.430 101 L 0.048 0.033 0.070 0.006 0.014 0.188 0.048 0.593 102 G 0.029 0.016 0.135 0.014 0.034 0.075 0.067 0.630 103 L 0.012 0.031 0.220 0.037 0.032 0.120 0.028 0.519 104 F 0.011 0.029 0.257 0.075 0.141 0.106 0.046 0.335 105 V 0.025 0.034 0.090 0.050 0.052 0.089 0.049 0.610 106 D 0.139 0.475 0.034 0.047 0.039 0.030 0.096 0.140 107 E 0.090 0.350 0.029 0.015 0.030 0.073 0.037 0.376 108 K 0.025 0.153 0.058 0.083 0.103 0.074 0.146 0.358 109 K 0.051 0.119 0.050 0.059 0.072 0.088 0.220 0.340 110 L 0.115 0.131 0.042 0.050 0.063 0.092 0.201 0.306 111 E 0.063 0.058 0.050 0.074 0.122 0.106 0.088 0.441 112 H 0.057 0.027 0.038 0.040 0.079 0.093 0.110 0.555 113 H 0.056 0.024 0.059 0.074 0.106 0.137 0.087 0.457 114 H 0.076 0.011 0.052 0.056 0.101 0.111 0.060 0.533 115 H 0.051 0.009 0.032 0.050 0.066 0.131 0.055 0.607 116 H 0.024 0.008 0.034 0.031 0.066 0.125 0.047 0.665 117 H 0.052 0.013 0.032 0.053 0.081 0.117 0.062 0.590