# TARGET T0350 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 34.5086 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.184 0.169 0.132 0.157 0.097 0.088 0.074 0.043 0.028 0.018 0.010 2 N 0.105 0.199 0.076 0.176 0.139 0.101 0.088 0.052 0.033 0.022 0.010 3 I 0.128 0.047 0.040 0.064 0.075 0.088 0.143 0.128 0.133 0.094 0.060 4 E 0.105 0.096 0.136 0.168 0.165 0.113 0.118 0.049 0.029 0.013 0.007 5 R 0.028 0.081 0.177 0.291 0.176 0.096 0.075 0.036 0.021 0.013 0.007 6 L 0.041 0.040 0.066 0.094 0.099 0.109 0.131 0.117 0.123 0.113 0.067 7 T 0.076 0.087 0.200 0.154 0.137 0.112 0.117 0.054 0.037 0.018 0.008 8 T 0.092 0.137 0.170 0.160 0.103 0.084 0.118 0.062 0.039 0.025 0.011 9 L 0.081 0.103 0.102 0.135 0.121 0.105 0.123 0.077 0.064 0.055 0.036 10 Q 0.219 0.250 0.144 0.151 0.090 0.050 0.044 0.021 0.016 0.010 0.006 11 P 0.385 0.130 0.100 0.104 0.074 0.053 0.059 0.033 0.029 0.021 0.012 12 V 0.296 0.167 0.093 0.137 0.089 0.062 0.070 0.035 0.027 0.016 0.009 13 W 0.154 0.124 0.086 0.145 0.120 0.106 0.112 0.066 0.049 0.026 0.012 14 D 0.305 0.181 0.134 0.141 0.081 0.057 0.044 0.023 0.017 0.010 0.006 15 R 0.185 0.144 0.122 0.150 0.117 0.091 0.089 0.046 0.031 0.018 0.008 16 Y 0.256 0.115 0.079 0.104 0.091 0.086 0.104 0.066 0.052 0.033 0.014 17 D 0.238 0.170 0.130 0.186 0.110 0.062 0.052 0.023 0.016 0.008 0.004 18 T 0.126 0.086 0.107 0.111 0.095 0.104 0.145 0.088 0.072 0.043 0.021 19 Q 0.173 0.139 0.157 0.191 0.123 0.082 0.068 0.032 0.020 0.011 0.005 20 I 0.080 0.077 0.107 0.099 0.102 0.116 0.165 0.101 0.080 0.050 0.024 21 H 0.140 0.143 0.169 0.169 0.128 0.089 0.080 0.038 0.025 0.013 0.006 22 N 0.186 0.149 0.147 0.155 0.123 0.082 0.080 0.036 0.024 0.013 0.006 23 Q 0.121 0.126 0.146 0.161 0.130 0.099 0.105 0.049 0.033 0.019 0.010 24 K 0.168 0.142 0.170 0.185 0.132 0.081 0.070 0.027 0.015 0.008 0.003 25 D 0.287 0.191 0.160 0.135 0.085 0.056 0.048 0.019 0.011 0.005 0.002 26 N 0.256 0.185 0.150 0.131 0.095 0.066 0.061 0.026 0.016 0.009 0.004 27 D 0.376 0.214 0.107 0.121 0.070 0.043 0.038 0.015 0.009 0.005 0.002 28 N 0.369 0.164 0.106 0.128 0.086 0.057 0.050 0.020 0.012 0.006 0.003 29 E 0.321 0.194 0.116 0.142 0.086 0.055 0.047 0.019 0.011 0.006 0.003 30 V 0.140 0.139 0.099 0.136 0.120 0.112 0.118 0.063 0.041 0.023 0.009 31 P 0.424 0.191 0.107 0.113 0.067 0.041 0.031 0.013 0.008 0.004 0.002 32 V 0.258 0.154 0.113 0.154 0.123 0.077 0.069 0.028 0.016 0.007 0.002 33 H 0.225 0.147 0.144 0.160 0.103 0.081 0.077 0.032 0.018 0.009 0.004 34 Q 0.215 0.116 0.166 0.206 0.116 0.075 0.064 0.023 0.012 0.005 0.002 35 V 0.082 0.072 0.101 0.083 0.110 0.129 0.192 0.114 0.066 0.037 0.015 36 S 0.074 0.415 0.212 0.157 0.061 0.035 0.024 0.010 0.006 0.004 0.002 37 Y 0.068 0.065 0.111 0.160 0.184 0.183 0.151 0.044 0.022 0.009 0.003 38 T 0.679 0.126 0.139 0.039 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 39 N 0.029 0.108 0.243 0.339 0.154 0.079 0.036 0.007 0.002 0.001 0.001 40 L 0.007 0.010 0.058 0.025 0.036 0.084 0.230 0.193 0.182 0.121 0.053 41 A 0.045 0.034 0.520 0.191 0.096 0.069 0.038 0.006 0.002 0.001 0.001 42 E 0.009 0.029 0.786 0.138 0.030 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 43 M 0.002 0.005 0.065 0.022 0.027 0.110 0.334 0.193 0.130 0.078 0.035 44 V 0.001 0.002 0.143 0.037 0.053 0.109 0.337 0.162 0.097 0.045 0.015 45 G 0.008 0.015 0.920 0.039 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 46 E 0.002 0.014 0.330 0.281 0.220 0.113 0.033 0.005 0.001 0.001 0.001 47 M 0.002 0.003 0.101 0.005 0.005 0.013 0.112 0.138 0.256 0.224 0.142 48 N 0.001 0.005 0.215 0.205 0.217 0.174 0.132 0.034 0.011 0.004 0.001 49 K 0.003 0.013 0.911 0.043 0.021 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.008 0.026 0.204 0.104 0.131 0.187 0.223 0.065 0.032 0.015 0.006 51 L 0.015 0.016 0.089 0.020 0.026 0.043 0.210 0.171 0.203 0.141 0.066 52 E 0.116 0.183 0.454 0.161 0.054 0.018 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 53 P 0.170 0.144 0.391 0.118 0.075 0.044 0.033 0.011 0.007 0.004 0.002 54 S 0.263 0.126 0.128 0.113 0.089 0.079 0.097 0.045 0.032 0.017 0.011 55 Q 0.186 0.150 0.181 0.194 0.127 0.076 0.052 0.018 0.010 0.005 0.002 56 V 0.083 0.063 0.113 0.137 0.123 0.135 0.169 0.088 0.052 0.026 0.011 57 H 0.058 0.103 0.156 0.322 0.197 0.098 0.045 0.013 0.005 0.002 0.001 58 L 0.003 0.003 0.005 0.006 0.009 0.019 0.094 0.156 0.251 0.258 0.197 59 K 0.011 0.085 0.137 0.416 0.231 0.080 0.029 0.007 0.003 0.001 0.001 60 F 0.003 0.005 0.008 0.010 0.016 0.031 0.125 0.163 0.264 0.225 0.150 61 E 0.087 0.166 0.165 0.339 0.164 0.050 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 62 L 0.009 0.027 0.015 0.038 0.060 0.077 0.200 0.169 0.181 0.142 0.081 63 H 0.022 0.079 0.066 0.237 0.207 0.152 0.120 0.055 0.035 0.017 0.010 64 D 0.467 0.223 0.108 0.114 0.049 0.022 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 65 K 0.544 0.185 0.097 0.105 0.037 0.017 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 66 L 0.097 0.088 0.054 0.104 0.091 0.117 0.172 0.101 0.087 0.058 0.031 67 N 0.345 0.204 0.116 0.160 0.078 0.051 0.032 0.009 0.004 0.002 0.001 68 E 0.084 0.161 0.285 0.284 0.113 0.043 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 69 Y 0.004 0.011 0.015 0.067 0.124 0.224 0.277 0.146 0.077 0.039 0.015 70 Y 0.004 0.015 0.029 0.110 0.141 0.155 0.205 0.136 0.107 0.065 0.033 71 V 0.001 0.002 0.004 0.011 0.022 0.050 0.176 0.197 0.229 0.192 0.118 72 K 0.010 0.059 0.114 0.318 0.234 0.119 0.083 0.035 0.018 0.007 0.003 73 V 0.001 0.002 0.001 0.004 0.008 0.015 0.076 0.136 0.264 0.267 0.225 74 I 0.006 0.033 0.051 0.177 0.198 0.151 0.190 0.087 0.060 0.030 0.016 75 E 0.030 0.097 0.039 0.154 0.182 0.147 0.222 0.076 0.037 0.012 0.004 76 D 0.364 0.210 0.119 0.190 0.071 0.028 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 77 S 0.367 0.342 0.088 0.099 0.047 0.031 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 78 T 0.036 0.139 0.039 0.160 0.175 0.146 0.161 0.075 0.042 0.019 0.008 79 N 0.795 0.131 0.021 0.030 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 80 E 0.052 0.101 0.114 0.365 0.188 0.111 0.055 0.010 0.003 0.001 0.001 81 V 0.001 0.002 0.006 0.012 0.022 0.054 0.192 0.229 0.213 0.174 0.094 82 I 0.001 0.002 0.013 0.036 0.061 0.101 0.227 0.198 0.178 0.120 0.061 83 R 0.002 0.016 0.186 0.174 0.189 0.165 0.144 0.073 0.033 0.014 0.003 84 E 0.008 0.032 0.083 0.166 0.151 0.188 0.213 0.082 0.046 0.023 0.008 85 I 0.001 0.001 0.002 0.006 0.015 0.026 0.144 0.237 0.277 0.199 0.091 86 P 0.037 0.412 0.095 0.198 0.113 0.067 0.051 0.015 0.007 0.003 0.002 87 P 0.017 0.053 0.051 0.129 0.194 0.169 0.188 0.096 0.065 0.029 0.010 88 K 0.728 0.134 0.039 0.058 0.027 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 89 R 0.022 0.112 0.066 0.293 0.208 0.150 0.103 0.031 0.010 0.003 0.001 90 W 0.001 0.002 0.003 0.006 0.011 0.026 0.099 0.193 0.279 0.238 0.142 91 L 0.004 0.004 0.023 0.050 0.091 0.189 0.292 0.159 0.102 0.058 0.029 92 D 0.008 0.046 0.426 0.328 0.132 0.041 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 93 F 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.023 0.139 0.188 0.248 0.242 0.147 94 Y 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.020 0.109 0.172 0.260 0.238 0.189 95 A 0.009 0.014 0.438 0.241 0.146 0.087 0.046 0.011 0.005 0.002 0.001 96 A 0.001 0.003 0.037 0.053 0.112 0.259 0.350 0.111 0.047 0.021 0.008 97 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.029 0.075 0.207 0.328 0.352 98 T 0.016 0.021 0.071 0.107 0.154 0.192 0.244 0.104 0.058 0.024 0.011 99 E 0.045 0.066 0.543 0.202 0.079 0.041 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 100 F 0.006 0.007 0.025 0.026 0.036 0.077 0.251 0.182 0.180 0.138 0.071 101 L 0.015 0.015 0.024 0.046 0.047 0.083 0.224 0.182 0.168 0.118 0.076 102 G 0.031 0.053 0.216 0.140 0.123 0.125 0.112 0.071 0.058 0.043 0.026 103 L 0.011 0.025 0.054 0.075 0.087 0.140 0.258 0.147 0.106 0.069 0.027 104 F 0.026 0.034 0.080 0.055 0.039 0.043 0.122 0.141 0.170 0.159 0.130 105 V 0.011 0.020 0.056 0.061 0.063 0.071 0.156 0.127 0.164 0.149 0.124 106 D 0.039 0.076 0.195 0.187 0.136 0.104 0.126 0.064 0.043 0.021 0.010 107 E 0.062 0.093 0.143 0.207 0.166 0.114 0.118 0.051 0.029 0.012 0.004 108 K 0.140 0.072 0.088 0.140 0.123 0.121 0.160 0.083 0.047 0.019 0.007 109 K 0.041 0.073 0.075 0.198 0.181 0.155 0.143 0.067 0.039 0.020 0.008 110 L 0.030 0.025 0.044 0.047 0.050 0.062 0.149 0.175 0.197 0.147 0.074 111 E 0.032 0.037 0.039 0.111 0.128 0.139 0.195 0.143 0.097 0.053 0.027 112 H 0.024 0.035 0.038 0.055 0.050 0.062 0.146 0.182 0.188 0.151 0.068 113 H 0.019 0.026 0.020 0.057 0.064 0.082 0.154 0.175 0.177 0.141 0.085 114 H 0.020 0.031 0.032 0.052 0.052 0.067 0.142 0.159 0.180 0.156 0.108 115 H 0.032 0.043 0.029 0.099 0.116 0.113 0.162 0.154 0.128 0.085 0.039 116 H 0.027 0.047 0.030 0.092 0.108 0.115 0.168 0.153 0.134 0.082 0.043 117 H 0.054 0.063 0.034 0.118 0.133 0.122 0.153 0.125 0.105 0.062 0.031