# TARGET T0350 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 34.5086 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.150 0.061 0.023 0.019 0.020 0.026 0.037 0.008 0.001 0.005 0.650 2 N 0.082 0.013 0.008 0.020 0.032 0.025 0.208 0.007 0.001 0.007 0.597 3 I 0.129 0.012 0.124 0.035 0.019 0.037 0.056 0.001 0.001 0.010 0.577 4 E 0.007 0.014 0.002 0.189 0.142 0.184 0.162 0.001 0.001 0.002 0.297 5 R 0.031 0.013 0.001 0.051 0.047 0.076 0.104 0.001 0.001 0.005 0.671 6 L 0.079 0.071 0.002 0.241 0.119 0.176 0.047 0.002 0.001 0.004 0.259 7 T 0.039 0.045 0.002 0.119 0.101 0.172 0.135 0.003 0.001 0.007 0.377 8 T 0.068 0.030 0.004 0.095 0.084 0.154 0.071 0.005 0.001 0.008 0.482 9 L 0.091 0.036 0.010 0.124 0.086 0.154 0.070 0.009 0.001 0.008 0.413 10 Q 0.074 0.019 0.010 0.067 0.074 0.098 0.122 0.003 0.001 0.005 0.526 11 P 0.002 0.001 0.002 0.006 0.005 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.971 12 V 0.018 0.005 0.001 0.051 0.064 0.175 0.135 0.001 0.001 0.004 0.546 13 W 0.195 0.016 0.002 0.030 0.031 0.081 0.073 0.001 0.001 0.010 0.561 14 D 0.105 0.056 0.001 0.028 0.037 0.050 0.064 0.002 0.001 0.003 0.653 15 R 0.100 0.033 0.004 0.024 0.021 0.038 0.064 0.001 0.001 0.006 0.708 16 Y 0.105 0.055 0.004 0.033 0.041 0.074 0.175 0.003 0.001 0.011 0.500 17 D 0.111 0.082 0.007 0.019 0.040 0.065 0.165 0.004 0.001 0.008 0.499 18 T 0.091 0.142 0.006 0.021 0.048 0.060 0.074 0.003 0.001 0.005 0.549 19 Q 0.093 0.161 0.007 0.023 0.056 0.090 0.146 0.004 0.001 0.011 0.409 20 I 0.105 0.177 0.011 0.023 0.067 0.117 0.114 0.005 0.001 0.008 0.373 21 H 0.073 0.246 0.008 0.038 0.083 0.157 0.060 0.007 0.001 0.005 0.322 22 N 0.069 0.161 0.007 0.018 0.063 0.104 0.060 0.008 0.001 0.004 0.506 23 Q 0.113 0.109 0.009 0.018 0.044 0.064 0.064 0.012 0.001 0.007 0.560 24 K 0.175 0.089 0.016 0.015 0.041 0.058 0.135 0.011 0.001 0.010 0.449 25 D 0.093 0.071 0.009 0.018 0.047 0.049 0.160 0.009 0.001 0.009 0.536 26 N 0.108 0.103 0.006 0.024 0.037 0.036 0.166 0.005 0.001 0.010 0.504 27 D 0.139 0.092 0.006 0.013 0.016 0.021 0.237 0.006 0.001 0.019 0.451 28 N 0.209 0.077 0.009 0.013 0.014 0.019 0.298 0.007 0.001 0.022 0.332 29 E 0.289 0.065 0.017 0.021 0.012 0.022 0.231 0.010 0.001 0.025 0.309 30 V 0.213 0.070 0.043 0.037 0.026 0.050 0.164 0.004 0.001 0.009 0.384 31 P 0.002 0.003 0.001 0.003 0.002 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.978 32 V 0.030 0.014 0.001 0.025 0.035 0.118 0.111 0.001 0.001 0.004 0.661 33 H 0.244 0.042 0.001 0.013 0.014 0.025 0.064 0.003 0.001 0.004 0.590 34 Q 0.271 0.180 0.002 0.020 0.012 0.020 0.055 0.008 0.001 0.004 0.429 35 V 0.237 0.148 0.018 0.031 0.014 0.033 0.083 0.004 0.001 0.006 0.425 36 S 0.106 0.100 0.005 0.027 0.013 0.019 0.196 0.007 0.001 0.003 0.526 37 Y 0.057 0.059 0.011 0.015 0.002 0.005 0.049 0.003 0.001 0.003 0.796 38 T 0.024 0.066 0.003 0.006 0.002 0.003 0.217 0.001 0.001 0.003 0.675 39 N 0.053 0.067 0.001 0.002 0.001 0.002 0.566 0.003 0.001 0.008 0.298 40 L 0.046 0.674 0.003 0.002 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 0.001 0.225 41 A 0.006 0.864 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.101 42 E 0.015 0.888 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.002 0.001 0.001 0.067 43 M 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 44 V 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 G 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 46 E 0.008 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 47 M 0.008 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 48 N 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 49 K 0.018 0.955 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.018 50 L 0.070 0.879 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.019 51 L 0.168 0.711 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.001 0.001 0.040 52 E 0.116 0.524 0.129 0.005 0.004 0.006 0.005 0.041 0.001 0.001 0.170 53 P 0.012 0.044 0.006 0.005 0.003 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 0.914 54 S 0.144 0.084 0.004 0.045 0.024 0.023 0.033 0.023 0.001 0.001 0.618 55 Q 0.352 0.062 0.014 0.036 0.022 0.039 0.067 0.013 0.001 0.011 0.385 56 V 0.125 0.094 0.017 0.167 0.109 0.137 0.106 0.007 0.001 0.004 0.234 57 H 0.083 0.021 0.010 0.154 0.064 0.124 0.100 0.002 0.001 0.007 0.435 58 L 0.029 0.008 0.010 0.324 0.232 0.214 0.045 0.001 0.001 0.004 0.134 59 K 0.006 0.004 0.005 0.206 0.152 0.216 0.068 0.001 0.001 0.002 0.340 60 F 0.006 0.002 0.003 0.191 0.229 0.300 0.033 0.001 0.001 0.002 0.231 61 E 0.004 0.001 0.001 0.128 0.242 0.368 0.042 0.001 0.001 0.002 0.211 62 L 0.006 0.001 0.001 0.056 0.187 0.302 0.050 0.001 0.001 0.003 0.394 63 H 0.008 0.001 0.001 0.070 0.209 0.323 0.080 0.001 0.001 0.004 0.303 64 D 0.008 0.002 0.001 0.025 0.078 0.122 0.113 0.001 0.001 0.006 0.644 65 K 0.043 0.005 0.001 0.015 0.051 0.056 0.247 0.001 0.001 0.021 0.562 66 L 0.356 0.015 0.002 0.013 0.035 0.037 0.194 0.002 0.001 0.060 0.285 67 N 0.208 0.031 0.004 0.015 0.054 0.036 0.274 0.003 0.001 0.027 0.348 68 E 0.106 0.013 0.012 0.016 0.047 0.086 0.173 0.002 0.001 0.022 0.524 69 Y 0.055 0.004 0.013 0.059 0.283 0.346 0.082 0.001 0.001 0.009 0.147 70 Y 0.009 0.001 0.006 0.075 0.287 0.359 0.067 0.001 0.001 0.003 0.194 71 V 0.001 0.001 0.002 0.065 0.338 0.487 0.010 0.001 0.001 0.001 0.096 72 K 0.001 0.001 0.001 0.142 0.300 0.505 0.011 0.001 0.001 0.001 0.041 73 V 0.001 0.001 0.001 0.124 0.254 0.392 0.016 0.001 0.001 0.001 0.212 74 I 0.001 0.001 0.001 0.209 0.291 0.385 0.015 0.001 0.001 0.001 0.098 75 E 0.002 0.001 0.001 0.107 0.125 0.262 0.064 0.001 0.001 0.003 0.436 76 D 0.006 0.001 0.001 0.107 0.108 0.201 0.101 0.001 0.001 0.009 0.467 77 S 0.017 0.002 0.001 0.024 0.048 0.075 0.278 0.001 0.001 0.019 0.536 78 T 0.113 0.006 0.001 0.008 0.012 0.014 0.337 0.001 0.001 0.034 0.474 79 N 0.148 0.024 0.004 0.008 0.011 0.010 0.247 0.001 0.001 0.022 0.526 80 E 0.048 0.031 0.003 0.004 0.016 0.018 0.445 0.001 0.001 0.015 0.419 81 V 0.053 0.082 0.005 0.009 0.058 0.102 0.291 0.001 0.001 0.008 0.391 82 I 0.035 0.208 0.001 0.024 0.144 0.293 0.050 0.001 0.001 0.002 0.241 83 R 0.034 0.223 0.001 0.015 0.096 0.271 0.031 0.004 0.001 0.002 0.324 84 E 0.275 0.188 0.003 0.004 0.011 0.033 0.008 0.010 0.001 0.001 0.466 85 I 0.219 0.187 0.026 0.044 0.018 0.047 0.018 0.026 0.001 0.001 0.413 86 P 0.020 0.008 0.003 0.007 0.004 0.005 0.017 0.003 0.001 0.001 0.933 87 P 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.987 88 K 0.009 0.006 0.001 0.010 0.001 0.004 0.096 0.001 0.001 0.001 0.874 89 R 0.259 0.034 0.001 0.002 0.001 0.001 0.089 0.001 0.001 0.001 0.613 90 W 0.091 0.655 0.001 0.003 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.227 91 L 0.013 0.818 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.153 92 D 0.007 0.758 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.001 0.001 0.001 0.157 93 F 0.005 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.031 94 Y 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 95 A 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 96 A 0.007 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 97 M 0.007 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 98 T 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 99 E 0.011 0.963 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.013 100 F 0.021 0.944 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.013 101 L 0.028 0.920 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.012 102 G 0.087 0.667 0.018 0.003 0.002 0.001 0.001 0.141 0.001 0.001 0.079 103 L 0.162 0.505 0.163 0.007 0.003 0.003 0.003 0.025 0.001 0.001 0.128 104 F 0.069 0.361 0.036 0.092 0.041 0.039 0.026 0.067 0.001 0.001 0.268 105 V 0.096 0.224 0.035 0.218 0.053 0.090 0.044 0.020 0.001 0.004 0.215 106 D 0.069 0.204 0.010 0.084 0.047 0.063 0.168 0.013 0.001 0.003 0.340 107 E 0.054 0.066 0.011 0.049 0.012 0.025 0.076 0.005 0.001 0.010 0.693 108 K 0.074 0.033 0.012 0.035 0.029 0.041 0.436 0.004 0.001 0.030 0.307 109 K 0.154 0.053 0.017 0.049 0.045 0.052 0.293 0.005 0.001 0.027 0.306 110 L 0.068 0.197 0.008 0.086 0.098 0.120 0.060 0.004 0.001 0.005 0.353 111 E 0.058 0.151 0.004 0.062 0.111 0.189 0.075 0.005 0.001 0.007 0.338 112 H 0.134 0.132 0.006 0.032 0.083 0.131 0.050 0.011 0.001 0.005 0.417 113 H 0.157 0.094 0.012 0.053 0.086 0.112 0.051 0.014 0.001 0.005 0.417 114 H 0.052 0.029 0.012 0.032 0.059 0.093 0.108 0.005 0.001 0.005 0.603 115 H 0.048 0.014 0.008 0.035 0.039 0.077 0.118 0.003 0.001 0.007 0.652 116 H 0.089 0.014 0.008 0.028 0.024 0.040 0.131 0.002 0.001 0.007 0.657 117 H 0.067 0.012 0.003 0.016 0.012 0.020 0.099 0.001 0.001 0.006 0.765