# TARGET T0350 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 34.5086 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.075 0.030 0.087 0.075 0.083 0.109 0.018 0.523 2 N 0.159 0.013 0.081 0.062 0.085 0.122 0.026 0.451 3 I 0.057 0.020 0.229 0.082 0.133 0.065 0.007 0.407 4 E 0.025 0.020 0.107 0.134 0.194 0.156 0.007 0.358 5 R 0.034 0.012 0.055 0.048 0.084 0.107 0.007 0.655 6 L 0.058 0.050 0.183 0.125 0.182 0.082 0.007 0.313 7 T 0.044 0.051 0.142 0.194 0.167 0.094 0.013 0.294 8 T 0.046 0.031 0.087 0.069 0.161 0.079 0.016 0.511 9 L 0.072 0.051 0.091 0.079 0.199 0.094 0.019 0.394 10 Q 0.077 0.023 0.055 0.113 0.122 0.176 0.012 0.423 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 12 V 0.036 0.030 0.072 0.079 0.187 0.143 0.009 0.443 13 W 0.116 0.061 0.039 0.041 0.041 0.076 0.011 0.616 14 D 0.079 0.099 0.032 0.043 0.086 0.068 0.013 0.580 15 R 0.135 0.048 0.029 0.016 0.038 0.085 0.009 0.640 16 Y 0.103 0.073 0.025 0.018 0.025 0.268 0.016 0.471 17 D 0.096 0.086 0.022 0.017 0.027 0.228 0.020 0.505 18 T 0.108 0.214 0.026 0.021 0.031 0.078 0.010 0.510 19 Q 0.090 0.210 0.039 0.033 0.053 0.219 0.016 0.340 20 I 0.100 0.217 0.032 0.027 0.049 0.095 0.012 0.466 21 H 0.064 0.418 0.036 0.044 0.078 0.070 0.010 0.280 22 N 0.078 0.294 0.023 0.034 0.057 0.088 0.018 0.408 23 Q 0.180 0.228 0.028 0.023 0.053 0.093 0.023 0.372 24 K 0.121 0.215 0.019 0.020 0.032 0.124 0.020 0.448 25 D 0.118 0.203 0.020 0.019 0.030 0.093 0.022 0.495 26 N 0.101 0.179 0.015 0.014 0.022 0.080 0.017 0.571 27 D 0.086 0.087 0.010 0.008 0.016 0.090 0.015 0.688 28 N 0.150 0.092 0.013 0.013 0.018 0.139 0.031 0.543 29 E 0.236 0.090 0.014 0.010 0.017 0.142 0.047 0.445 30 V 0.193 0.077 0.028 0.035 0.044 0.076 0.010 0.536 31 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 32 V 0.005 0.004 0.005 0.011 0.032 0.032 0.001 0.912 33 H 0.255 0.025 0.020 0.032 0.041 0.092 0.013 0.523 34 Q 0.219 0.033 0.015 0.021 0.031 0.051 0.007 0.623 35 V 0.218 0.070 0.074 0.045 0.061 0.085 0.004 0.443 36 S 0.035 0.061 0.020 0.022 0.032 0.159 0.004 0.667 37 Y 0.042 0.052 0.015 0.008 0.038 0.031 0.005 0.808 38 T 0.030 0.067 0.007 0.006 0.012 0.270 0.005 0.603 39 N 0.061 0.079 0.002 0.002 0.003 0.487 0.007 0.359 40 L 0.051 0.766 0.003 0.002 0.005 0.014 0.003 0.157 41 A 0.007 0.771 0.003 0.001 0.003 0.032 0.002 0.180 42 E 0.020 0.778 0.001 0.001 0.001 0.034 0.004 0.160 43 M 0.024 0.927 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.043 44 V 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 45 G 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 46 E 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 47 M 0.014 0.964 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 48 N 0.018 0.936 0.005 0.002 0.002 0.004 0.008 0.026 49 K 0.049 0.852 0.012 0.004 0.002 0.007 0.018 0.057 50 L 0.117 0.730 0.024 0.005 0.006 0.014 0.028 0.077 51 L 0.082 0.706 0.036 0.015 0.016 0.013 0.046 0.087 52 E 0.108 0.281 0.075 0.056 0.047 0.066 0.035 0.332 53 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 54 S 0.042 0.046 0.036 0.082 0.120 0.133 0.023 0.519 55 Q 0.356 0.024 0.033 0.040 0.035 0.096 0.055 0.359 56 V 0.170 0.022 0.095 0.133 0.106 0.075 0.019 0.380 57 H 0.069 0.007 0.083 0.161 0.178 0.100 0.005 0.396 58 L 0.048 0.005 0.087 0.293 0.417 0.052 0.003 0.095 59 K 0.012 0.002 0.059 0.306 0.521 0.022 0.001 0.077 60 F 0.004 0.002 0.051 0.440 0.430 0.011 0.001 0.061 61 E 0.006 0.002 0.062 0.337 0.425 0.022 0.002 0.143 62 L 0.005 0.004 0.039 0.256 0.475 0.034 0.001 0.186 63 H 0.008 0.007 0.024 0.145 0.470 0.067 0.002 0.278 64 D 0.018 0.008 0.011 0.041 0.148 0.108 0.006 0.660 65 K 0.080 0.024 0.005 0.018 0.030 0.359 0.021 0.464 66 L 0.411 0.063 0.008 0.022 0.025 0.178 0.061 0.233 67 N 0.205 0.119 0.035 0.127 0.048 0.054 0.129 0.282 68 E 0.173 0.019 0.071 0.062 0.106 0.141 0.036 0.392 69 Y 0.083 0.006 0.068 0.216 0.299 0.095 0.006 0.227 70 Y 0.014 0.002 0.042 0.313 0.530 0.029 0.002 0.069 71 V 0.003 0.001 0.050 0.335 0.469 0.010 0.001 0.132 72 K 0.001 0.001 0.131 0.535 0.306 0.003 0.001 0.024 73 V 0.001 0.001 0.038 0.248 0.399 0.015 0.001 0.298 74 I 0.001 0.001 0.182 0.261 0.516 0.009 0.001 0.030 75 E 0.003 0.002 0.037 0.178 0.279 0.074 0.001 0.427 76 D 0.013 0.003 0.039 0.076 0.334 0.077 0.006 0.451 77 S 0.054 0.003 0.008 0.012 0.024 0.355 0.012 0.533 78 T 0.087 0.005 0.007 0.015 0.011 0.399 0.052 0.425 79 N 0.166 0.039 0.056 0.096 0.037 0.094 0.088 0.423 80 E 0.184 0.007 0.032 0.029 0.091 0.473 0.007 0.176 81 V 0.035 0.008 0.033 0.111 0.188 0.137 0.003 0.485 82 I 0.021 0.031 0.044 0.288 0.493 0.047 0.002 0.075 83 R 0.014 0.033 0.058 0.349 0.404 0.023 0.005 0.112 84 E 0.028 0.040 0.038 0.146 0.365 0.023 0.014 0.346 85 I 0.059 0.031 0.053 0.237 0.350 0.038 0.014 0.217 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 87 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 88 K 0.009 0.004 0.002 0.003 0.012 0.061 0.001 0.908 89 R 0.161 0.020 0.002 0.001 0.002 0.113 0.004 0.698 90 W 0.151 0.510 0.005 0.003 0.004 0.059 0.002 0.266 91 L 0.011 0.934 0.004 0.001 0.002 0.003 0.001 0.044 92 D 0.005 0.942 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.044 93 F 0.011 0.965 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.018 94 Y 0.009 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 95 A 0.009 0.963 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.020 96 A 0.019 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 97 M 0.051 0.897 0.004 0.001 0.001 0.001 0.016 0.030 98 T 0.041 0.878 0.006 0.001 0.001 0.004 0.012 0.056 99 E 0.042 0.805 0.018 0.003 0.002 0.012 0.019 0.100 100 F 0.064 0.809 0.016 0.002 0.003 0.013 0.017 0.075 101 L 0.019 0.832 0.032 0.005 0.005 0.010 0.013 0.084 102 G 0.069 0.568 0.048 0.014 0.010 0.026 0.034 0.231 103 L 0.085 0.423 0.211 0.028 0.020 0.044 0.023 0.166 104 F 0.057 0.467 0.080 0.069 0.079 0.043 0.015 0.191 105 V 0.050 0.196 0.127 0.077 0.129 0.072 0.009 0.340 106 D 0.024 0.329 0.065 0.177 0.119 0.047 0.011 0.228 107 E 0.111 0.128 0.111 0.047 0.112 0.084 0.025 0.381 108 K 0.087 0.106 0.033 0.059 0.059 0.392 0.028 0.236 109 K 0.178 0.079 0.041 0.027 0.042 0.158 0.032 0.443 110 L 0.075 0.292 0.124 0.071 0.085 0.107 0.015 0.231 111 E 0.061 0.141 0.128 0.069 0.124 0.162 0.029 0.285 112 H 0.096 0.117 0.065 0.042 0.084 0.073 0.021 0.502 113 H 0.087 0.109 0.117 0.052 0.094 0.086 0.021 0.434 114 H 0.059 0.080 0.076 0.057 0.072 0.110 0.022 0.524 115 H 0.068 0.057 0.077 0.050 0.085 0.100 0.023 0.540 116 H 0.063 0.040 0.056 0.047 0.070 0.111 0.012 0.601 117 H 0.071 0.044 0.049 0.054 0.078 0.104 0.013 0.587