# TARGET T0350 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 114 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.072 0.020 0.008 0.014 0.110 0.020 0.755 2 N 0.214 0.026 0.011 0.022 0.043 0.035 0.648 3 I 0.350 0.021 0.074 0.119 0.085 0.086 0.265 4 E 0.392 0.022 0.114 0.159 0.062 0.055 0.196 5 R 0.377 0.034 0.113 0.157 0.069 0.049 0.200 6 L 0.304 0.014 0.063 0.119 0.097 0.074 0.329 7 T 0.251 0.025 0.044 0.084 0.161 0.088 0.346 8 T 0.208 0.029 0.021 0.056 0.251 0.062 0.374 9 L 0.112 0.017 0.019 0.039 0.215 0.055 0.544 10 Q 0.068 0.027 0.029 0.048 0.139 0.051 0.638 11 P 0.061 0.018 0.071 0.093 0.134 0.148 0.475 12 V 0.048 0.013 0.081 0.103 0.143 0.151 0.461 13 W 0.054 0.023 0.055 0.108 0.206 0.082 0.472 14 D 0.040 0.016 0.037 0.101 0.137 0.068 0.600 15 R 0.028 0.010 0.092 0.211 0.121 0.146 0.391 16 Y 0.034 0.012 0.120 0.260 0.136 0.160 0.277 17 D 0.038 0.013 0.109 0.302 0.098 0.122 0.319 18 T 0.045 0.014 0.072 0.338 0.105 0.109 0.317 19 Q 0.044 0.010 0.050 0.356 0.098 0.123 0.318 20 I 0.036 0.012 0.041 0.417 0.096 0.074 0.324 21 H 0.027 0.011 0.033 0.526 0.072 0.071 0.260 22 N 0.020 0.005 0.034 0.590 0.060 0.107 0.184 23 Q 0.015 0.005 0.036 0.608 0.051 0.093 0.192 24 K 0.013 0.005 0.033 0.649 0.068 0.068 0.163 25 D 0.011 0.004 0.035 0.672 0.058 0.079 0.141 26 N 0.008 0.004 0.035 0.672 0.054 0.107 0.119 27 D 0.008 0.004 0.045 0.629 0.047 0.146 0.121 28 N 0.009 0.005 0.047 0.522 0.075 0.172 0.171 29 E 0.009 0.006 0.055 0.508 0.090 0.144 0.187 30 V 0.010 0.005 0.061 0.449 0.130 0.109 0.235 31 P 0.011 0.005 0.090 0.426 0.070 0.166 0.231 32 V 0.010 0.007 0.149 0.325 0.085 0.189 0.236 33 H 0.018 0.005 0.134 0.288 0.109 0.222 0.225 34 Q 0.032 0.012 0.091 0.230 0.125 0.219 0.290 35 V 0.029 0.027 0.031 0.124 0.209 0.060 0.521 36 S 0.013 0.010 0.008 0.097 0.093 0.023 0.757 37 Y 0.001 0.001 0.026 0.904 0.019 0.028 0.022 38 T 0.001 0.001 0.018 0.941 0.009 0.022 0.008 39 N 0.001 0.001 0.011 0.956 0.005 0.018 0.009 40 L 0.001 0.001 0.002 0.986 0.003 0.005 0.004 41 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.004 0.002 42 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 43 M 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 44 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 45 G 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.009 0.001 46 E 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.015 0.001 47 M 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.012 0.002 48 N 0.001 0.001 0.003 0.971 0.003 0.020 0.002 49 K 0.001 0.001 0.008 0.955 0.004 0.029 0.004 50 L 0.001 0.001 0.011 0.923 0.006 0.053 0.006 51 L 0.006 0.003 0.016 0.855 0.017 0.083 0.019 52 E 0.020 0.003 0.039 0.662 0.039 0.173 0.063 53 P 0.042 0.007 0.060 0.427 0.130 0.230 0.104 54 S 0.094 0.011 0.058 0.193 0.133 0.299 0.212 55 Q 0.119 0.008 0.024 0.044 0.246 0.193 0.366 56 V 0.355 0.006 0.012 0.019 0.337 0.067 0.204 57 H 0.761 0.010 0.004 0.005 0.039 0.029 0.152 58 L 0.857 0.004 0.001 0.002 0.014 0.003 0.119 59 K 0.956 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.036 60 F 0.942 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.052 61 E 0.954 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.039 62 L 0.924 0.004 0.001 0.002 0.007 0.001 0.061 63 H 0.783 0.011 0.003 0.003 0.011 0.004 0.185 64 D 0.046 0.001 0.073 0.020 0.042 0.790 0.026 65 K 0.010 0.001 0.092 0.006 0.059 0.817 0.015 66 L 0.033 0.004 0.083 0.011 0.141 0.657 0.072 67 N 0.068 0.004 0.010 0.001 0.156 0.603 0.159 68 E 0.585 0.007 0.001 0.001 0.074 0.010 0.322 69 Y 0.800 0.007 0.001 0.001 0.011 0.001 0.180 70 Y 0.975 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.016 71 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 72 K 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 73 V 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 74 I 0.916 0.003 0.001 0.001 0.010 0.001 0.070 75 E 0.622 0.010 0.001 0.001 0.029 0.005 0.332 76 D 0.029 0.002 0.055 0.011 0.085 0.761 0.057 77 S 0.011 0.002 0.050 0.006 0.106 0.792 0.034 78 T 0.028 0.006 0.055 0.011 0.215 0.546 0.139 79 N 0.061 0.003 0.009 0.003 0.236 0.326 0.362 80 E 0.511 0.010 0.005 0.002 0.106 0.012 0.354 81 V 0.875 0.016 0.002 0.002 0.008 0.002 0.096 82 I 0.945 0.002 0.002 0.002 0.008 0.001 0.038 83 R 0.885 0.002 0.007 0.005 0.017 0.002 0.082 84 E 0.698 0.004 0.007 0.004 0.045 0.004 0.239 85 I 0.286 0.036 0.005 0.004 0.109 0.003 0.557 86 P 0.052 0.003 0.001 0.006 0.063 0.002 0.873 87 P 0.004 0.001 0.035 0.499 0.094 0.064 0.303 88 K 0.001 0.001 0.017 0.922 0.017 0.030 0.014 89 R 0.001 0.001 0.011 0.952 0.006 0.018 0.012 90 W 0.001 0.001 0.001 0.986 0.004 0.005 0.003 91 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.003 0.005 0.002 92 D 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.001 93 F 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 94 Y 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 95 A 0.001 0.001 0.001 0.978 0.001 0.020 0.001 96 A 0.001 0.001 0.001 0.958 0.001 0.038 0.002 97 M 0.001 0.001 0.002 0.959 0.003 0.027 0.008 98 T 0.001 0.001 0.009 0.888 0.013 0.083 0.006 99 E 0.001 0.001 0.024 0.812 0.023 0.123 0.017 100 F 0.004 0.015 0.028 0.769 0.041 0.090 0.054 101 L 0.022 0.005 0.013 0.680 0.031 0.194 0.057 102 G 0.084 0.002 0.027 0.478 0.082 0.260 0.065 103 L 0.239 0.007 0.030 0.471 0.050 0.073 0.129 104 F 0.361 0.011 0.019 0.421 0.033 0.044 0.112 105 V 0.330 0.016 0.011 0.426 0.053 0.033 0.133 106 D 0.216 0.009 0.007 0.205 0.085 0.046 0.433 107 E 0.034 0.003 0.021 0.717 0.055 0.083 0.088 108 K 0.015 0.002 0.021 0.807 0.062 0.056 0.037 109 K 0.028 0.004 0.028 0.815 0.035 0.042 0.048 110 L 0.044 0.004 0.039 0.741 0.052 0.041 0.077 111 E 0.059 0.006 0.051 0.645 0.060 0.084 0.096 112 H 0.044 0.007 0.052 0.635 0.050 0.127 0.085 113 H 0.042 0.015 0.057 0.463 0.093 0.189 0.141 114 H 0.058 0.022 0.036 0.248 0.139 0.258 0.239 115 H 0.039 0.015 0.025 0.130 0.150 0.249 0.392 116 H 0.023 0.034 0.013 0.057 0.057 0.162 0.655 117 H 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.004 0.976