# TARGET T0350 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 127 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.003 0.001 0.012 0.041 0.927 2 N 0.062 0.008 0.004 0.015 0.087 0.824 3 I 0.055 0.007 0.102 0.069 0.212 0.555 4 E 0.105 0.010 0.191 0.086 0.247 0.361 5 R 0.121 0.009 0.281 0.122 0.266 0.202 6 L 0.119 0.017 0.085 0.166 0.208 0.404 7 T 0.161 0.030 0.059 0.117 0.244 0.389 8 T 0.106 0.028 0.063 0.125 0.292 0.386 9 L 0.084 0.025 0.047 0.138 0.270 0.436 10 Q 0.055 0.012 0.049 0.059 0.348 0.477 11 P 0.044 0.015 0.057 0.080 0.348 0.456 12 V 0.040 0.029 0.124 0.126 0.318 0.364 13 W 0.055 0.029 0.078 0.136 0.328 0.374 14 D 0.041 0.014 0.052 0.119 0.349 0.425 15 R 0.025 0.008 0.069 0.224 0.310 0.363 16 Y 0.040 0.013 0.053 0.282 0.295 0.317 17 D 0.048 0.012 0.075 0.204 0.359 0.302 18 T 0.044 0.007 0.129 0.327 0.254 0.239 19 Q 0.082 0.019 0.124 0.271 0.244 0.260 20 I 0.112 0.016 0.098 0.295 0.234 0.246 21 H 0.131 0.017 0.057 0.239 0.202 0.355 22 N 0.136 0.026 0.044 0.185 0.255 0.354 23 Q 0.090 0.016 0.053 0.205 0.310 0.326 24 K 0.079 0.021 0.062 0.173 0.337 0.328 25 D 0.055 0.017 0.069 0.116 0.457 0.287 26 N 0.035 0.009 0.112 0.100 0.462 0.281 27 D 0.055 0.015 0.125 0.083 0.418 0.303 28 N 0.075 0.017 0.077 0.052 0.399 0.380 29 E 0.067 0.020 0.029 0.028 0.259 0.596 30 V 0.082 0.020 0.014 0.013 0.217 0.654 31 P 0.089 0.023 0.018 0.018 0.215 0.636 32 V 0.112 0.015 0.090 0.028 0.283 0.473 33 H 0.179 0.011 0.070 0.021 0.251 0.468 34 Q 0.237 0.023 0.041 0.018 0.179 0.501 35 V 0.173 0.028 0.006 0.007 0.132 0.655 36 S 0.061 0.011 0.001 0.005 0.064 0.858 37 Y 0.003 0.001 0.038 0.900 0.025 0.032 38 T 0.002 0.001 0.044 0.904 0.030 0.019 39 N 0.001 0.001 0.053 0.894 0.040 0.011 40 L 0.001 0.001 0.012 0.982 0.004 0.002 41 A 0.001 0.001 0.007 0.990 0.002 0.001 42 E 0.001 0.001 0.015 0.973 0.007 0.004 43 M 0.001 0.001 0.006 0.977 0.007 0.010 44 V 0.001 0.001 0.002 0.982 0.007 0.007 45 G 0.001 0.001 0.001 0.992 0.005 0.002 46 E 0.001 0.001 0.002 0.990 0.006 0.002 47 M 0.001 0.001 0.003 0.984 0.010 0.003 48 N 0.001 0.001 0.005 0.983 0.009 0.002 49 K 0.003 0.001 0.007 0.963 0.018 0.009 50 L 0.004 0.001 0.008 0.820 0.039 0.127 51 L 0.018 0.011 0.017 0.508 0.115 0.330 52 E 0.060 0.014 0.029 0.156 0.272 0.469 53 P 0.058 0.005 0.115 0.078 0.419 0.326 54 S 0.104 0.012 0.156 0.049 0.400 0.280 55 Q 0.164 0.007 0.070 0.021 0.380 0.359 56 V 0.459 0.006 0.015 0.010 0.199 0.312 57 H 0.757 0.005 0.002 0.003 0.049 0.185 58 L 0.928 0.003 0.001 0.001 0.014 0.054 59 K 0.946 0.001 0.001 0.001 0.013 0.038 60 F 0.951 0.001 0.001 0.001 0.008 0.038 61 E 0.949 0.002 0.001 0.001 0.012 0.036 62 L 0.912 0.005 0.001 0.001 0.013 0.069 63 H 0.673 0.016 0.004 0.002 0.202 0.103 64 D 0.071 0.003 0.130 0.008 0.771 0.018 65 K 0.026 0.001 0.110 0.006 0.838 0.019 66 L 0.015 0.002 0.127 0.006 0.835 0.016 67 N 0.082 0.014 0.005 0.001 0.673 0.225 68 E 0.374 0.006 0.001 0.001 0.090 0.529 69 Y 0.894 0.002 0.001 0.001 0.020 0.084 70 Y 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 71 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 72 K 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 73 V 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 74 I 0.960 0.001 0.001 0.001 0.004 0.035 75 E 0.647 0.013 0.001 0.002 0.266 0.071 76 D 0.014 0.001 0.037 0.007 0.911 0.030 77 S 0.004 0.001 0.038 0.006 0.938 0.015 78 T 0.004 0.001 0.034 0.009 0.942 0.010 79 N 0.042 0.010 0.022 0.062 0.665 0.199 80 E 0.445 0.063 0.019 0.127 0.142 0.205 81 V 0.609 0.032 0.031 0.185 0.072 0.071 82 I 0.690 0.007 0.042 0.159 0.054 0.048 83 R 0.589 0.008 0.044 0.186 0.070 0.103 84 E 0.397 0.012 0.026 0.138 0.101 0.326 85 I 0.109 0.013 0.004 0.038 0.138 0.698 86 P 0.028 0.008 0.001 0.008 0.072 0.882 87 P 0.001 0.001 0.013 0.925 0.027 0.033 88 K 0.001 0.001 0.021 0.962 0.012 0.005 89 R 0.001 0.001 0.029 0.958 0.011 0.002 90 W 0.001 0.001 0.008 0.989 0.002 0.001 91 L 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 92 D 0.001 0.001 0.005 0.990 0.003 0.001 93 F 0.001 0.001 0.004 0.991 0.004 0.002 94 Y 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 95 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 96 A 0.001 0.001 0.004 0.979 0.010 0.007 97 M 0.001 0.001 0.014 0.920 0.045 0.020 98 T 0.005 0.001 0.037 0.854 0.079 0.023 99 E 0.005 0.001 0.027 0.883 0.059 0.026 100 F 0.004 0.001 0.016 0.913 0.033 0.032 101 L 0.004 0.001 0.007 0.931 0.024 0.033 102 G 0.014 0.002 0.017 0.843 0.045 0.079 103 L 0.043 0.002 0.030 0.721 0.070 0.133 104 F 0.113 0.006 0.031 0.649 0.075 0.127 105 V 0.126 0.014 0.021 0.651 0.071 0.117 106 D 0.102 0.008 0.011 0.583 0.117 0.180 107 E 0.011 0.001 0.032 0.842 0.073 0.041 108 K 0.014 0.003 0.049 0.823 0.078 0.033 109 K 0.009 0.003 0.053 0.831 0.074 0.030 110 L 0.013 0.008 0.037 0.695 0.122 0.125 111 E 0.017 0.013 0.040 0.518 0.189 0.223 112 H 0.009 0.006 0.046 0.454 0.237 0.247 113 H 0.008 0.004 0.072 0.173 0.356 0.387 114 H 0.024 0.010 0.097 0.069 0.437 0.362 115 H 0.021 0.010 0.068 0.073 0.289 0.538 116 H 0.023 0.022 0.017 0.059 0.167 0.713 117 H 0.003 0.001 0.001 0.002 0.032 0.961