# TARGET T0350 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0350/T0350.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 127 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.133 0.047 0.232 0.417 0.007 0.035 0.014 0.011 0.008 0.010 0.013 0.013 0.031 0.002 0.006 0.021 2 N 0.029 0.056 0.136 0.233 0.013 0.410 0.009 0.008 0.008 0.010 0.018 0.026 0.033 0.002 0.003 0.008 3 I 0.026 0.088 0.066 0.332 0.017 0.075 0.007 0.012 0.006 0.004 0.292 0.027 0.036 0.004 0.002 0.007 4 E 0.017 0.148 0.087 0.375 0.011 0.061 0.007 0.012 0.010 0.004 0.017 0.208 0.028 0.003 0.007 0.006 5 R 0.018 0.049 0.153 0.360 0.019 0.126 0.015 0.014 0.013 0.007 0.049 0.017 0.110 0.005 0.008 0.037 6 L 0.028 0.137 0.187 0.362 0.009 0.066 0.012 0.014 0.008 0.004 0.049 0.036 0.064 0.003 0.007 0.014 7 T 0.034 0.076 0.114 0.290 0.012 0.225 0.014 0.011 0.010 0.012 0.034 0.064 0.081 0.004 0.005 0.012 8 T 0.021 0.099 0.120 0.321 0.012 0.110 0.009 0.016 0.007 0.003 0.149 0.031 0.076 0.004 0.005 0.015 9 L 0.014 0.144 0.154 0.473 0.004 0.027 0.005 0.009 0.009 0.002 0.022 0.058 0.052 0.003 0.007 0.015 10 Q 0.024 0.029 0.197 0.520 0.006 0.071 0.011 0.003 0.005 0.004 0.011 0.017 0.080 0.002 0.004 0.014 11 P 0.024 0.049 0.135 0.420 0.014 0.155 0.011 0.008 0.003 0.003 0.056 0.017 0.089 0.003 0.002 0.011 12 V 0.012 0.130 0.055 0.462 0.019 0.107 0.009 0.011 0.006 0.002 0.069 0.042 0.055 0.007 0.003 0.010 13 W 0.013 0.095 0.115 0.506 0.013 0.052 0.015 0.015 0.007 0.004 0.024 0.046 0.068 0.005 0.010 0.011 14 D 0.015 0.042 0.078 0.179 0.011 0.389 0.013 0.014 0.007 0.012 0.040 0.037 0.135 0.003 0.008 0.017 15 R 0.022 0.106 0.057 0.135 0.015 0.064 0.012 0.015 0.007 0.005 0.388 0.038 0.099 0.011 0.004 0.022 16 Y 0.021 0.123 0.084 0.177 0.005 0.083 0.010 0.019 0.007 0.003 0.041 0.280 0.103 0.006 0.028 0.010 17 D 0.013 0.048 0.145 0.091 0.007 0.168 0.025 0.008 0.011 0.008 0.058 0.046 0.298 0.009 0.016 0.048 18 T 0.037 0.118 0.101 0.148 0.003 0.057 0.010 0.013 0.006 0.002 0.169 0.067 0.219 0.005 0.015 0.030 19 Q 0.033 0.086 0.218 0.187 0.005 0.060 0.016 0.005 0.011 0.004 0.028 0.110 0.173 0.011 0.009 0.044 20 I 0.026 0.035 0.275 0.183 0.010 0.084 0.034 0.006 0.003 0.002 0.038 0.025 0.237 0.009 0.011 0.023 21 H 0.012 0.125 0.214 0.270 0.008 0.067 0.018 0.016 0.005 0.002 0.037 0.031 0.146 0.008 0.011 0.031 22 N 0.021 0.059 0.106 0.399 0.007 0.105 0.011 0.014 0.009 0.006 0.041 0.036 0.144 0.004 0.010 0.027 23 Q 0.029 0.063 0.145 0.165 0.029 0.179 0.030 0.009 0.007 0.006 0.091 0.042 0.162 0.012 0.005 0.024 24 K 0.020 0.140 0.105 0.160 0.020 0.105 0.028 0.035 0.004 0.003 0.128 0.079 0.120 0.017 0.019 0.015 25 D 0.013 0.120 0.102 0.142 0.009 0.150 0.015 0.034 0.017 0.009 0.061 0.100 0.143 0.008 0.041 0.035 26 N 0.039 0.070 0.104 0.088 0.009 0.104 0.025 0.013 0.015 0.011 0.166 0.063 0.205 0.014 0.017 0.056 27 D 0.064 0.139 0.152 0.103 0.004 0.063 0.021 0.016 0.009 0.004 0.077 0.136 0.145 0.011 0.027 0.030 28 N 0.030 0.094 0.253 0.177 0.003 0.055 0.016 0.009 0.011 0.004 0.046 0.060 0.162 0.005 0.019 0.056 29 E 0.036 0.098 0.369 0.312 0.002 0.017 0.008 0.003 0.006 0.001 0.010 0.015 0.063 0.002 0.005 0.051 30 V 0.028 0.025 0.367 0.442 0.004 0.059 0.007 0.002 0.001 0.002 0.006 0.007 0.040 0.001 0.002 0.008 31 P 0.010 0.042 0.124 0.261 0.029 0.403 0.011 0.006 0.001 0.002 0.042 0.011 0.047 0.004 0.001 0.004 32 V 0.006 0.227 0.032 0.370 0.008 0.095 0.004 0.024 0.004 0.001 0.146 0.034 0.033 0.004 0.005 0.004 33 H 0.013 0.123 0.101 0.413 0.003 0.041 0.007 0.014 0.022 0.006 0.041 0.127 0.054 0.002 0.011 0.023 34 Q 0.069 0.052 0.302 0.327 0.007 0.048 0.014 0.002 0.008 0.003 0.022 0.015 0.071 0.003 0.004 0.054 35 V 0.021 0.089 0.342 0.485 0.002 0.011 0.003 0.005 0.001 0.001 0.007 0.008 0.016 0.001 0.003 0.007 36 S 0.001 0.002 0.003 0.010 0.001 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 37 Y 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 38 T 0.001 0.033 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.944 0.009 0.001 0.001 0.001 39 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.928 0.001 0.001 0.005 40 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.005 0.923 0.001 0.001 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.154 0.836 0.001 0.001 0.001 42 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 43 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 44 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 45 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 46 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.005 0.001 0.007 47 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.003 0.003 0.001 48 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.002 0.001 49 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.967 0.007 0.003 0.013 50 L 0.003 0.004 0.021 0.002 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.782 0.067 0.014 0.064 51 L 0.004 0.019 0.252 0.019 0.001 0.002 0.030 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.540 0.005 0.070 0.052 52 E 0.015 0.010 0.137 0.039 0.006 0.096 0.040 0.002 0.002 0.005 0.006 0.005 0.532 0.014 0.007 0.083 53 P 0.055 0.058 0.055 0.040 0.028 0.069 0.047 0.016 0.002 0.002 0.309 0.012 0.214 0.065 0.010 0.019 54 S 0.010 0.139 0.058 0.058 0.004 0.057 0.008 0.087 0.009 0.004 0.118 0.184 0.144 0.006 0.099 0.015 55 Q 0.032 0.123 0.124 0.086 0.009 0.041 0.051 0.005 0.076 0.012 0.029 0.055 0.148 0.023 0.010 0.176 56 V 0.172 0.111 0.240 0.252 0.001 0.030 0.010 0.015 0.005 0.001 0.018 0.023 0.074 0.001 0.029 0.018 57 H 0.020 0.071 0.568 0.251 0.001 0.012 0.002 0.001 0.013 0.002 0.002 0.004 0.010 0.001 0.001 0.042 58 L 0.068 0.014 0.150 0.733 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.006 0.001 0.001 0.002 59 K 0.001 0.012 0.193 0.788 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 F 0.001 0.001 0.011 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 E 0.001 0.005 0.020 0.931 0.023 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 L 0.001 0.015 0.001 0.922 0.006 0.048 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 H 0.001 0.017 0.001 0.086 0.007 0.866 0.001 0.005 0.002 0.004 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 64 D 0.002 0.024 0.001 0.010 0.006 0.039 0.001 0.013 0.001 0.001 0.888 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 65 K 0.004 0.097 0.014 0.010 0.028 0.008 0.028 0.005 0.015 0.002 0.074 0.286 0.006 0.415 0.003 0.007 66 L 0.002 0.003 0.020 0.006 0.001 0.005 0.007 0.022 0.001 0.001 0.002 0.005 0.015 0.001 0.910 0.002 67 N 0.002 0.022 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.889 68 E 0.906 0.002 0.023 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 69 Y 0.004 0.003 0.932 0.058 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 Y 0.001 0.004 0.015 0.976 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 V 0.001 0.002 0.008 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.001 0.001 0.008 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.001 0.006 0.006 0.948 0.009 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 I 0.001 0.038 0.001 0.953 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 E 0.001 0.002 0.001 0.033 0.007 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 D 0.001 0.069 0.001 0.007 0.003 0.029 0.001 0.013 0.001 0.001 0.876 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 S 0.001 0.098 0.002 0.010 0.024 0.012 0.015 0.003 0.025 0.004 0.073 0.653 0.001 0.074 0.001 0.002 78 T 0.004 0.013 0.032 0.007 0.001 0.031 0.009 0.053 0.001 0.001 0.015 0.038 0.034 0.001 0.762 0.001 79 N 0.001 0.030 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.003 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.862 80 E 0.875 0.003 0.038 0.069 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.002 81 V 0.004 0.002 0.420 0.013 0.004 0.529 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 82 I 0.001 0.465 0.010 0.212 0.003 0.036 0.002 0.012 0.001 0.001 0.206 0.018 0.030 0.002 0.002 0.001 83 R 0.001 0.026 0.028 0.632 0.004 0.014 0.002 0.022 0.013 0.001 0.058 0.108 0.066 0.004 0.009 0.011 84 E 0.036 0.018 0.486 0.170 0.005 0.005 0.017 0.003 0.007 0.003 0.003 0.004 0.085 0.005 0.007 0.146 85 I 0.026 0.029 0.516 0.362 0.002 0.011 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.019 0.001 0.003 0.018 86 P 0.002 0.002 0.010 0.013 0.002 0.950 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 87 P 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.140 0.001 0.001 0.001 0.001 0.837 0.009 0.008 0.001 0.001 0.001 88 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.913 0.010 0.001 0.001 0.001 89 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.253 0.739 0.001 0.001 0.001 90 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.993 0.001 0.001 0.001 91 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.991 0.001 0.001 0.001 92 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 93 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 94 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 95 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 96 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.003 0.001 0.013 97 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 0.001 98 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 99 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.979 0.003 0.001 0.009 100 F 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.061 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.743 0.149 0.006 0.013 101 L 0.001 0.009 0.022 0.002 0.001 0.002 0.012 0.005 0.001 0.001 0.002 0.006 0.725 0.004 0.202 0.007 102 G 0.003 0.004 0.013 0.011 0.001 0.008 0.007 0.001 0.008 0.003 0.006 0.006 0.692 0.007 0.008 0.222 103 L 0.165 0.013 0.041 0.026 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.031 0.025 0.638 0.004 0.008 0.034 104 F 0.014 0.034 0.285 0.064 0.004 0.038 0.024 0.001 0.001 0.001 0.015 0.036 0.410 0.018 0.005 0.051 105 V 0.009 0.081 0.169 0.242 0.004 0.066 0.012 0.010 0.001 0.001 0.013 0.024 0.334 0.004 0.020 0.011 106 D 0.002 0.007 0.014 0.021 0.004 0.665 0.005 0.004 0.002 0.005 0.031 0.016 0.215 0.002 0.002 0.006 107 E 0.002 0.019 0.004 0.008 0.001 0.010 0.001 0.004 0.001 0.001 0.763 0.027 0.157 0.001 0.001 0.001 108 K 0.002 0.019 0.005 0.008 0.001 0.012 0.005 0.001 0.002 0.001 0.010 0.726 0.190 0.010 0.003 0.007 109 K 0.004 0.005 0.063 0.011 0.001 0.008 0.022 0.002 0.001 0.001 0.014 0.013 0.778 0.011 0.041 0.026 110 L 0.005 0.036 0.160 0.038 0.002 0.011 0.027 0.004 0.003 0.001 0.012 0.022 0.544 0.011 0.024 0.098 111 E 0.042 0.012 0.069 0.051 0.008 0.077 0.039 0.006 0.004 0.004 0.021 0.021 0.550 0.028 0.015 0.053 112 H 0.016 0.033 0.119 0.028 0.024 0.060 0.078 0.013 0.003 0.002 0.122 0.022 0.350 0.079 0.020 0.032 113 H 0.012 0.113 0.070 0.055 0.010 0.035 0.049 0.047 0.009 0.004 0.049 0.124 0.258 0.039 0.092 0.035 114 H 0.027 0.049 0.097 0.071 0.006 0.039 0.034 0.019 0.039 0.012 0.035 0.044 0.291 0.015 0.059 0.163 115 H 0.111 0.061 0.268 0.086 0.008 0.022 0.038 0.009 0.014 0.008 0.046 0.034 0.155 0.014 0.018 0.107 116 H 0.066 0.045 0.245 0.086 0.029 0.161 0.062 0.016 0.006 0.008 0.028 0.068 0.124 0.019 0.016 0.021 117 H 0.017 0.096 0.103 0.087 0.028 0.168 0.036 0.042 0.008 0.008 0.170 0.045 0.135 0.014 0.024 0.021