# TARGET T0350 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 127 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.010 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.025 0.114 0.725 2 N 0.094 0.071 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.064 0.080 0.590 3 I 0.112 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.080 0.102 0.643 4 E 0.018 0.016 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.003 0.127 0.096 0.106 0.617 5 R 0.013 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.050 0.101 0.734 6 L 0.064 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.039 0.106 0.638 7 T 0.102 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 0.061 0.098 0.565 8 T 0.020 0.060 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.054 0.098 0.686 9 L 0.058 0.137 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.058 0.087 0.561 10 Q 0.113 0.132 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.057 0.096 0.496 11 P 0.108 0.145 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.047 0.088 0.514 12 V 0.090 0.178 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.082 0.090 0.481 13 W 0.071 0.115 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.055 0.095 0.576 14 D 0.133 0.068 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.167 0.082 0.488 15 R 0.033 0.102 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.136 0.100 0.588 16 Y 0.084 0.206 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.053 0.084 0.542 17 D 0.148 0.163 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.065 0.066 0.530 18 T 0.041 0.116 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.139 0.095 0.544 19 Q 0.042 0.140 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.135 0.100 0.523 20 I 0.056 0.178 0.004 0.001 0.001 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.098 0.060 0.099 0.483 21 H 0.049 0.112 0.006 0.001 0.001 0.002 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.056 0.086 0.603 22 N 0.066 0.065 0.013 0.002 0.010 0.019 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.113 0.091 0.556 23 Q 0.072 0.071 0.008 0.003 0.023 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.082 0.097 0.593 24 K 0.081 0.043 0.004 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.076 0.082 0.652 25 D 0.119 0.041 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.092 0.070 0.645 26 N 0.124 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.034 0.071 0.700 27 D 0.046 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.022 0.077 0.809 28 N 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.009 0.007 0.003 0.002 0.003 0.002 0.003 0.121 0.028 0.086 0.706 29 E 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.029 0.020 0.073 0.856 30 V 0.025 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.016 0.002 0.016 0.013 0.011 0.007 0.084 0.034 0.088 0.676 31 P 0.116 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.102 0.022 0.063 0.671 32 V 0.061 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.045 0.066 0.772 33 H 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.186 0.021 0.069 0.701 34 Q 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.017 0.090 0.836 35 V 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.070 0.121 0.660 36 S 0.026 0.866 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.006 0.052 37 Y 0.032 0.873 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.004 0.061 38 T 0.005 0.823 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.007 0.143 39 N 0.004 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.002 0.033 40 L 0.003 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.016 41 A 0.004 0.904 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.002 0.034 42 E 0.001 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.035 43 M 0.007 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.026 44 V 0.012 0.489 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.459 0.005 0.030 45 G 0.008 0.872 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.012 0.064 46 E 0.058 0.746 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.016 0.127 47 M 0.072 0.731 0.037 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.018 0.080 48 N 0.122 0.461 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.041 0.286 49 K 0.200 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.035 0.066 0.657 50 L 0.003 0.048 0.009 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.094 0.140 0.681 51 L 0.066 0.027 0.025 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.117 0.134 0.613 52 E 0.555 0.010 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.066 0.039 0.304 53 P 0.102 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.035 0.092 0.753 54 S 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.037 0.155 0.699 55 Q 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.219 0.049 0.136 0.584 56 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.265 0.047 0.104 0.576 57 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.005 0.003 0.002 0.002 0.001 0.002 0.747 0.075 0.023 0.130 58 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.005 0.004 0.701 0.053 0.031 0.193 59 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.002 0.915 0.035 0.004 0.031 60 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.733 0.028 0.019 0.182 61 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.017 0.788 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.032 0.003 0.015 62 L 0.004 0.002 0.001 0.009 0.001 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.424 0.037 0.035 0.472 63 H 0.212 0.013 0.033 0.003 0.040 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.294 0.027 0.328 64 D 0.134 0.003 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.009 0.053 0.740 65 K 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.011 0.046 0.879 66 L 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.061 0.118 0.737 67 N 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.093 0.029 0.101 0.738 68 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.864 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.017 0.004 0.013 0.083 69 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.061 0.001 0.037 0.002 0.006 0.569 0.035 0.045 0.233 70 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.803 0.005 0.079 0.019 0.009 0.061 71 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.020 0.066 0.801 0.018 0.008 0.063 72 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.840 0.034 0.007 0.094 73 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.008 0.941 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.001 0.005 74 I 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.681 0.036 0.016 0.248 75 E 0.311 0.020 0.031 0.002 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.275 0.025 0.286 76 D 0.041 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.007 0.056 0.861 77 S 0.029 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.007 0.048 0.882 78 T 0.021 0.086 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.097 0.102 0.610 79 N 0.016 0.094 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.096 0.063 0.518 80 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.975 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 81 V 0.032 0.075 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.043 0.001 0.096 0.004 0.009 0.221 0.108 0.040 0.357 82 I 0.026 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.772 0.001 0.009 0.016 0.013 0.138 83 R 0.072 0.013 0.001 0.001 0.004 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.045 0.039 0.137 0.146 0.016 0.052 0.460 84 E 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.005 0.079 0.869 85 I 0.020 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.026 0.140 0.704 86 P 0.089 0.639 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.061 0.023 0.185 87 P 0.036 0.871 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.003 0.050 88 K 0.007 0.822 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.005 0.071 89 R 0.004 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.034 90 W 0.002 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.025 91 L 0.002 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 0.029 92 D 0.004 0.944 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.033 93 F 0.019 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 0.036 94 Y 0.068 0.144 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.740 0.009 0.034 95 A 0.003 0.688 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 0.044 0.140 96 A 0.063 0.751 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.021 0.139 97 M 0.055 0.758 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.018 0.048 98 T 0.053 0.468 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.200 0.075 0.186 99 E 0.041 0.555 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.051 0.049 0.288 100 F 0.052 0.694 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.039 0.038 0.161 101 L 0.029 0.644 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.052 0.046 0.209 102 G 0.016 0.738 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.062 0.023 0.139 103 L 0.011 0.758 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.042 0.024 0.130 104 F 0.017 0.886 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.015 0.009 0.060 105 V 0.013 0.849 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.021 0.008 0.088 106 D 0.023 0.813 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.033 0.010 0.105 107 E 0.075 0.723 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.022 0.011 0.132 108 K 0.060 0.460 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.085 0.030 0.343 109 K 0.072 0.241 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.115 0.075 0.439 110 L 0.063 0.164 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.094 0.084 0.553 111 E 0.289 0.074 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.090 0.062 0.454 112 H 0.214 0.027 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.111 0.075 0.551 113 H 0.085 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.045 0.084 0.762 114 H 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.018 0.075 0.852 115 H 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.014 0.085 0.870 116 H 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.024 0.089 0.849 117 H 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.029 0.118 0.799