# TARGET T0350 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 127 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.008 0.033 0.057 0.060 0.111 0.029 0.685 2 N 0.186 0.050 0.037 0.054 0.082 0.087 0.105 0.399 3 I 0.099 0.018 0.026 0.030 0.038 0.094 0.117 0.577 4 E 0.028 0.013 0.044 0.053 0.065 0.119 0.113 0.565 5 R 0.031 0.016 0.026 0.024 0.049 0.103 0.072 0.680 6 L 0.071 0.017 0.035 0.036 0.054 0.128 0.048 0.612 7 T 0.098 0.020 0.041 0.040 0.058 0.110 0.080 0.553 8 T 0.032 0.024 0.024 0.025 0.044 0.130 0.062 0.659 9 L 0.059 0.030 0.028 0.020 0.033 0.130 0.035 0.664 10 Q 0.110 0.047 0.033 0.045 0.046 0.108 0.088 0.524 11 P 0.083 0.071 0.028 0.022 0.032 0.100 0.051 0.614 12 V 0.109 0.070 0.046 0.035 0.052 0.117 0.067 0.505 13 W 0.065 0.036 0.025 0.020 0.024 0.100 0.050 0.680 14 D 0.134 0.080 0.017 0.016 0.021 0.089 0.113 0.530 15 R 0.046 0.095 0.016 0.012 0.016 0.119 0.060 0.637 16 Y 0.098 0.208 0.014 0.012 0.020 0.083 0.048 0.516 17 D 0.183 0.262 0.017 0.016 0.021 0.065 0.072 0.365 18 T 0.057 0.199 0.020 0.020 0.030 0.087 0.092 0.495 19 Q 0.058 0.185 0.033 0.030 0.042 0.099 0.086 0.467 20 I 0.090 0.157 0.027 0.031 0.040 0.113 0.075 0.467 21 H 0.125 0.127 0.029 0.024 0.036 0.096 0.076 0.486 22 N 0.076 0.089 0.020 0.021 0.031 0.099 0.135 0.529 23 Q 0.081 0.120 0.019 0.016 0.020 0.107 0.095 0.542 24 K 0.086 0.066 0.020 0.019 0.025 0.117 0.085 0.581 25 D 0.126 0.061 0.018 0.017 0.019 0.108 0.087 0.563 26 N 0.280 0.080 0.010 0.010 0.018 0.070 0.052 0.480 27 D 0.114 0.027 0.011 0.012 0.019 0.105 0.033 0.680 28 N 0.023 0.026 0.015 0.021 0.037 0.111 0.035 0.732 29 E 0.030 0.025 0.014 0.016 0.030 0.111 0.026 0.747 30 V 0.085 0.045 0.038 0.058 0.050 0.127 0.073 0.524 31 P 0.127 0.066 0.018 0.025 0.033 0.080 0.041 0.611 32 V 0.112 0.051 0.024 0.026 0.041 0.079 0.092 0.575 33 H 0.047 0.099 0.024 0.031 0.047 0.110 0.056 0.586 34 Q 0.043 0.041 0.016 0.016 0.028 0.100 0.086 0.669 35 V 0.020 0.055 0.019 0.025 0.016 0.120 0.163 0.582 36 S 0.082 0.658 0.004 0.003 0.004 0.024 0.077 0.147 37 Y 0.081 0.784 0.002 0.001 0.001 0.014 0.029 0.087 38 T 0.010 0.799 0.004 0.004 0.003 0.019 0.028 0.133 39 N 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 40 L 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 41 A 0.004 0.934 0.002 0.001 0.001 0.001 0.056 0.003 42 E 0.003 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.005 43 M 0.033 0.939 0.003 0.001 0.001 0.001 0.018 0.005 44 V 0.042 0.449 0.014 0.001 0.001 0.006 0.464 0.025 45 G 0.013 0.807 0.004 0.001 0.001 0.008 0.052 0.116 46 E 0.027 0.775 0.006 0.001 0.001 0.014 0.025 0.152 47 M 0.081 0.591 0.036 0.005 0.003 0.042 0.127 0.116 48 N 0.289 0.343 0.014 0.003 0.003 0.033 0.061 0.254 49 K 0.110 0.077 0.017 0.004 0.003 0.057 0.043 0.689 50 L 0.013 0.025 0.054 0.013 0.015 0.158 0.213 0.510 51 L 0.027 0.012 0.034 0.012 0.012 0.118 0.130 0.654 52 E 0.482 0.015 0.012 0.011 0.013 0.055 0.050 0.363 53 P 0.132 0.007 0.012 0.006 0.008 0.059 0.041 0.734 54 S 0.046 0.004 0.022 0.015 0.065 0.196 0.023 0.629 55 Q 0.020 0.001 0.027 0.019 0.068 0.085 0.033 0.747 56 V 0.011 0.002 0.051 0.166 0.166 0.096 0.021 0.486 57 H 0.004 0.001 0.112 0.100 0.359 0.049 0.037 0.337 58 L 0.003 0.001 0.058 0.382 0.356 0.021 0.016 0.164 59 K 0.001 0.001 0.129 0.349 0.444 0.009 0.009 0.059 60 F 0.002 0.002 0.069 0.287 0.337 0.028 0.014 0.261 61 E 0.002 0.002 0.072 0.521 0.336 0.012 0.007 0.047 62 L 0.014 0.005 0.045 0.224 0.237 0.034 0.038 0.403 63 H 0.198 0.019 0.045 0.173 0.125 0.031 0.304 0.104 64 D 0.406 0.009 0.014 0.051 0.054 0.051 0.047 0.369 65 K 0.142 0.003 0.004 0.010 0.024 0.053 0.024 0.740 66 L 0.014 0.001 0.010 0.012 0.044 0.117 0.018 0.784 67 N 0.016 0.002 0.015 0.074 0.311 0.116 0.035 0.430 68 E 0.003 0.001 0.032 0.159 0.257 0.066 0.032 0.451 69 Y 0.001 0.001 0.148 0.330 0.407 0.024 0.017 0.074 70 Y 0.001 0.001 0.116 0.281 0.435 0.017 0.029 0.120 71 V 0.002 0.001 0.164 0.383 0.289 0.013 0.022 0.126 72 K 0.003 0.001 0.287 0.305 0.334 0.011 0.022 0.036 73 V 0.008 0.003 0.171 0.230 0.318 0.037 0.048 0.185 74 I 0.024 0.005 0.212 0.171 0.165 0.057 0.078 0.286 75 E 0.074 0.024 0.075 0.087 0.129 0.105 0.113 0.394 76 D 0.044 0.034 0.016 0.020 0.038 0.161 0.020 0.666 77 S 0.064 0.188 0.013 0.029 0.038 0.090 0.039 0.539 78 T 0.036 0.809 0.003 0.004 0.009 0.023 0.018 0.098 79 N 0.039 0.703 0.019 0.017 0.025 0.025 0.063 0.110 80 E 0.044 0.380 0.059 0.204 0.108 0.034 0.072 0.099 81 V 0.350 0.158 0.036 0.062 0.127 0.037 0.106 0.124 82 I 0.479 0.020 0.036 0.044 0.086 0.042 0.066 0.228 83 R 0.033 0.008 0.009 0.071 0.089 0.065 0.044 0.681 84 E 0.002 0.004 0.002 0.003 0.007 0.062 0.006 0.915 85 I 0.012 0.045 0.009 0.034 0.028 0.232 0.019 0.621 86 P 0.120 0.589 0.002 0.004 0.002 0.033 0.044 0.206 87 P 0.076 0.872 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 0.009 88 K 0.012 0.941 0.001 0.001 0.001 0.003 0.031 0.012 89 R 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.010 90 W 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 91 L 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 92 D 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 93 F 0.020 0.960 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 94 Y 0.011 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 0.960 0.001 95 A 0.009 0.470 0.005 0.001 0.001 0.007 0.408 0.102 96 A 0.014 0.644 0.005 0.001 0.001 0.012 0.019 0.306 97 M 0.055 0.672 0.016 0.004 0.002 0.040 0.071 0.141 98 T 0.140 0.292 0.041 0.004 0.003 0.069 0.103 0.348 99 E 0.355 0.179 0.011 0.001 0.001 0.047 0.019 0.387 100 F 0.180 0.098 0.108 0.003 0.003 0.109 0.123 0.375 101 L 0.057 0.060 0.061 0.005 0.010 0.166 0.047 0.594 102 G 0.032 0.045 0.134 0.009 0.024 0.071 0.067 0.619 103 L 0.022 0.100 0.195 0.032 0.027 0.144 0.027 0.452 104 F 0.013 0.116 0.290 0.050 0.078 0.094 0.040 0.319 105 V 0.032 0.277 0.067 0.030 0.034 0.064 0.037 0.459 106 D 0.126 0.698 0.034 0.011 0.010 0.014 0.064 0.044 107 E 0.079 0.751 0.015 0.008 0.007 0.020 0.018 0.102 108 K 0.142 0.428 0.029 0.013 0.014 0.034 0.054 0.285 109 K 0.143 0.180 0.035 0.017 0.014 0.066 0.176 0.370 110 L 0.144 0.121 0.020 0.014 0.015 0.079 0.125 0.482 111 E 0.171 0.045 0.009 0.008 0.010 0.068 0.040 0.649 112 H 0.077 0.016 0.008 0.007 0.009 0.091 0.047 0.745 113 H 0.071 0.021 0.010 0.009 0.016 0.113 0.045 0.714 114 H 0.044 0.012 0.015 0.012 0.021 0.122 0.036 0.737 115 H 0.038 0.011 0.025 0.020 0.024 0.139 0.042 0.701 116 H 0.087 0.024 0.034 0.025 0.035 0.118 0.088 0.588 117 H 0.062 0.025 0.031 0.029 0.042 0.112 0.060 0.640