# TARGET T0350 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 127 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.075 0.014 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.009 0.114 0.713 2 N 0.017 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.005 0.099 0.833 3 I 0.023 0.005 0.003 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.004 0.046 0.841 4 E 0.015 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.009 0.307 0.564 5 R 0.135 0.012 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.017 0.177 0.625 6 L 0.210 0.192 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.012 0.044 0.432 7 T 0.067 0.160 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 0.013 0.079 0.544 8 T 0.059 0.107 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.016 0.071 0.629 9 L 0.065 0.105 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.153 0.018 0.129 0.512 10 Q 0.110 0.076 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.020 0.166 0.511 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 12 V 0.042 0.025 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.134 0.010 0.115 0.654 13 W 0.175 0.082 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.153 0.008 0.085 0.483 14 D 0.061 0.083 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.006 0.082 0.676 15 R 0.061 0.066 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.009 0.089 0.689 16 Y 0.051 0.098 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.013 0.238 0.521 17 D 0.146 0.107 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.027 0.180 0.486 18 T 0.062 0.200 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.012 0.058 0.627 19 Q 0.036 0.155 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.018 0.263 0.486 20 I 0.168 0.199 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.047 0.025 0.136 0.403 21 H 0.060 0.419 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.073 0.011 0.051 0.369 22 N 0.100 0.341 0.007 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.066 0.019 0.044 0.400 23 Q 0.080 0.273 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.049 0.022 0.062 0.495 24 K 0.087 0.168 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.036 0.143 0.500 25 D 0.077 0.153 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.057 0.141 0.531 26 N 0.111 0.145 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.038 0.089 0.584 27 D 0.039 0.088 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.027 0.156 0.663 28 N 0.135 0.070 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.049 0.168 0.536 29 E 0.106 0.097 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.033 0.078 0.651 30 V 0.113 0.103 0.022 0.005 0.008 0.004 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.012 0.076 0.549 31 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 32 V 0.013 0.012 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.122 0.007 0.063 0.766 33 H 0.067 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.242 0.008 0.083 0.555 34 Q 0.072 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.009 0.043 0.803 35 V 0.079 0.033 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.369 0.010 0.101 0.394 36 S 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.262 0.708 37 Y 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.008 0.052 0.826 38 T 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.261 0.712 39 N 0.045 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.706 0.237 40 L 0.025 0.872 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.097 41 A 0.002 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.060 42 E 0.004 0.904 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.086 43 M 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 44 V 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 45 G 0.004 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.030 46 E 0.006 0.950 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.037 47 M 0.008 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.022 48 N 0.008 0.948 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.030 49 K 0.040 0.867 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.002 0.065 50 L 0.126 0.731 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.001 0.086 51 L 0.135 0.670 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.037 0.002 0.133 52 E 0.081 0.478 0.060 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.036 0.030 0.023 0.281 53 P 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.987 54 S 0.096 0.100 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.017 0.045 0.635 55 Q 0.415 0.062 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.029 0.048 0.374 56 V 0.085 0.031 0.132 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.213 0.009 0.089 0.420 57 H 0.022 0.005 0.004 0.005 0.008 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.547 0.005 0.075 0.323 58 L 0.012 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.682 0.003 0.039 0.247 59 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.870 0.001 0.023 0.090 60 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.018 0.054 0.689 0.001 0.022 0.194 61 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.872 0.063 0.052 0.001 0.001 0.004 62 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.026 0.168 0.025 0.006 0.411 0.002 0.062 0.258 63 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.963 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.007 64 D 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.030 0.002 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.166 0.013 0.095 0.656 65 K 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.009 0.618 0.319 66 L 0.299 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.062 0.325 0.270 67 N 0.160 0.196 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.121 0.091 0.361 68 E 0.029 0.002 0.555 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 0.198 0.194 69 Y 0.019 0.003 0.002 0.004 0.014 0.127 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.412 0.004 0.055 0.357 70 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.939 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.006 0.011 71 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.840 0.001 0.015 0.095 72 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.024 0.907 0.001 0.009 0.036 73 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.755 0.081 0.119 0.001 0.004 0.033 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.006 0.043 0.003 0.001 0.856 0.002 0.018 0.058 75 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.931 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.008 0.028 76 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.380 0.012 0.068 0.515 77 S 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.015 0.396 0.545 78 T 0.158 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.024 0.527 0.281 79 N 0.093 0.423 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.059 0.062 0.329 80 E 0.055 0.033 0.168 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.017 0.439 0.239 81 V 0.021 0.038 0.002 0.002 0.016 0.075 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.252 0.007 0.137 0.445 82 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.972 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.008 83 R 0.014 0.047 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.202 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.543 0.005 0.020 0.143 84 E 0.057 0.047 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.255 0.025 0.042 0.567 85 I 0.028 0.036 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.641 0.012 0.023 0.250 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.995 87 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.998 88 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.077 0.914 89 R 0.081 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.186 0.720 90 W 0.103 0.482 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.016 0.394 91 L 0.014 0.821 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.155 92 D 0.007 0.870 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.118 93 F 0.004 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 94 Y 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 95 A 0.009 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.016 96 A 0.037 0.906 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.025 97 M 0.066 0.867 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.047 98 T 0.046 0.711 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.005 0.202 99 E 0.126 0.521 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.039 0.005 0.297 100 F 0.247 0.564 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.039 0.005 0.136 101 L 0.070 0.621 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.024 0.017 0.201 102 G 0.037 0.537 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.010 0.014 0.324 103 L 0.114 0.651 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.006 0.018 0.158 104 F 0.028 0.747 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.004 0.010 0.094 105 V 0.016 0.765 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.004 0.010 0.088 106 D 0.020 0.770 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.008 0.008 0.135 107 E 0.027 0.681 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.012 0.034 0.191 108 K 0.029 0.579 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.028 0.148 0.195 109 K 0.076 0.609 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.034 0.068 0.165 110 L 0.034 0.767 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.010 0.019 0.147 111 E 0.069 0.561 0.022 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.026 0.035 0.254 112 H 0.115 0.365 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.021 0.022 0.431 113 H 0.069 0.168 0.013 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.026 0.073 0.580 114 H 0.340 0.091 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.031 0.035 0.453 115 H 0.158 0.159 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.015 0.068 0.532 116 H 0.118 0.109 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.027 0.119 0.525 117 H 0.119 0.075 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.091 0.020 0.069 0.583