# TARGET T0350 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 127 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.073 0.016 0.009 0.042 0.058 0.083 0.052 0.005 0.001 0.004 0.658 2 N 0.037 0.004 0.004 0.026 0.040 0.048 0.072 0.002 0.001 0.003 0.763 3 I 0.037 0.002 0.011 0.040 0.035 0.063 0.058 0.001 0.001 0.005 0.748 4 E 0.022 0.002 0.002 0.069 0.078 0.103 0.175 0.001 0.001 0.004 0.545 5 R 0.026 0.001 0.001 0.025 0.019 0.029 0.056 0.001 0.001 0.004 0.838 6 L 0.045 0.007 0.001 0.144 0.083 0.146 0.147 0.001 0.001 0.007 0.418 7 T 0.062 0.008 0.001 0.066 0.048 0.076 0.172 0.001 0.001 0.008 0.557 8 T 0.042 0.009 0.002 0.050 0.034 0.060 0.061 0.001 0.001 0.005 0.736 9 L 0.064 0.011 0.003 0.057 0.056 0.129 0.123 0.001 0.001 0.009 0.546 10 Q 0.101 0.013 0.003 0.036 0.041 0.090 0.110 0.001 0.001 0.008 0.597 11 P 0.008 0.003 0.001 0.007 0.008 0.012 0.012 0.001 0.001 0.001 0.947 12 V 0.043 0.011 0.001 0.023 0.043 0.079 0.090 0.001 0.001 0.004 0.706 13 W 0.210 0.037 0.002 0.030 0.041 0.101 0.084 0.002 0.001 0.009 0.482 14 D 0.097 0.064 0.002 0.018 0.028 0.049 0.071 0.003 0.001 0.002 0.665 15 R 0.125 0.040 0.005 0.014 0.017 0.030 0.056 0.002 0.001 0.004 0.707 16 Y 0.168 0.054 0.006 0.020 0.025 0.046 0.156 0.003 0.001 0.009 0.514 17 D 0.095 0.062 0.008 0.018 0.026 0.037 0.138 0.003 0.001 0.006 0.606 18 T 0.049 0.075 0.004 0.013 0.019 0.028 0.081 0.002 0.001 0.004 0.724 19 Q 0.102 0.102 0.003 0.016 0.032 0.056 0.193 0.004 0.001 0.014 0.478 20 I 0.225 0.173 0.008 0.018 0.041 0.064 0.132 0.007 0.001 0.013 0.319 21 H 0.119 0.297 0.011 0.026 0.054 0.086 0.069 0.008 0.001 0.006 0.323 22 N 0.085 0.199 0.009 0.021 0.071 0.107 0.047 0.009 0.001 0.004 0.448 23 Q 0.100 0.111 0.008 0.018 0.043 0.063 0.059 0.012 0.001 0.005 0.580 24 K 0.154 0.087 0.015 0.020 0.045 0.067 0.122 0.012 0.001 0.009 0.467 25 D 0.088 0.053 0.009 0.020 0.037 0.042 0.185 0.008 0.001 0.010 0.546 26 N 0.117 0.068 0.007 0.020 0.022 0.021 0.223 0.003 0.001 0.011 0.508 27 D 0.132 0.081 0.006 0.014 0.013 0.018 0.238 0.004 0.001 0.020 0.473 28 N 0.172 0.086 0.007 0.017 0.016 0.021 0.336 0.006 0.001 0.019 0.321 29 E 0.270 0.082 0.012 0.019 0.013 0.025 0.197 0.008 0.001 0.019 0.355 30 V 0.204 0.112 0.035 0.039 0.030 0.074 0.109 0.003 0.001 0.006 0.387 31 P 0.002 0.004 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.981 32 V 0.047 0.022 0.001 0.026 0.037 0.122 0.090 0.002 0.001 0.005 0.648 33 H 0.276 0.045 0.002 0.010 0.010 0.016 0.055 0.005 0.001 0.003 0.580 34 Q 0.368 0.156 0.002 0.019 0.007 0.012 0.049 0.011 0.001 0.004 0.372 35 V 0.293 0.100 0.026 0.035 0.011 0.027 0.080 0.006 0.001 0.007 0.416 36 S 0.124 0.045 0.006 0.023 0.010 0.013 0.241 0.007 0.001 0.002 0.529 37 Y 0.023 0.010 0.010 0.008 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.924 38 T 0.007 0.013 0.001 0.005 0.001 0.002 0.289 0.001 0.001 0.002 0.679 39 N 0.053 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.710 0.001 0.001 0.013 0.201 40 L 0.070 0.640 0.003 0.004 0.001 0.001 0.057 0.001 0.001 0.001 0.222 41 A 0.007 0.848 0.001 0.002 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.106 42 E 0.018 0.871 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.002 0.001 0.001 0.081 43 M 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 44 V 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 G 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 46 E 0.010 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 47 M 0.011 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 48 N 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.009 49 K 0.020 0.943 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.025 50 L 0.086 0.854 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.025 51 L 0.191 0.691 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.050 0.001 0.001 0.045 52 E 0.117 0.486 0.136 0.006 0.006 0.009 0.007 0.038 0.001 0.001 0.194 53 P 0.012 0.038 0.005 0.006 0.003 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 0.922 54 S 0.139 0.069 0.004 0.047 0.030 0.030 0.037 0.021 0.001 0.001 0.622 55 Q 0.335 0.048 0.012 0.036 0.024 0.041 0.071 0.012 0.001 0.012 0.410 56 V 0.134 0.063 0.016 0.153 0.102 0.129 0.122 0.006 0.001 0.005 0.269 57 H 0.087 0.011 0.010 0.148 0.061 0.114 0.114 0.002 0.001 0.008 0.445 58 L 0.031 0.004 0.011 0.331 0.221 0.197 0.051 0.001 0.001 0.004 0.149 59 K 0.005 0.002 0.005 0.218 0.161 0.224 0.073 0.001 0.001 0.002 0.311 60 F 0.004 0.001 0.003 0.200 0.229 0.298 0.029 0.001 0.001 0.002 0.234 61 E 0.002 0.001 0.001 0.123 0.266 0.371 0.035 0.001 0.001 0.002 0.199 62 L 0.004 0.001 0.001 0.053 0.207 0.328 0.039 0.001 0.001 0.002 0.366 63 H 0.004 0.001 0.001 0.067 0.253 0.358 0.065 0.001 0.001 0.003 0.248 64 D 0.005 0.001 0.001 0.028 0.101 0.158 0.106 0.001 0.001 0.005 0.596 65 K 0.029 0.003 0.001 0.016 0.060 0.069 0.282 0.001 0.001 0.023 0.516 66 L 0.360 0.010 0.001 0.012 0.032 0.031 0.206 0.002 0.001 0.076 0.270 67 N 0.278 0.024 0.004 0.012 0.040 0.025 0.284 0.002 0.001 0.036 0.295 68 E 0.117 0.009 0.015 0.014 0.046 0.073 0.210 0.001 0.001 0.026 0.488 69 Y 0.043 0.003 0.015 0.050 0.270 0.350 0.089 0.001 0.001 0.008 0.172 70 Y 0.005 0.001 0.004 0.056 0.291 0.398 0.060 0.001 0.001 0.002 0.183 71 V 0.001 0.001 0.001 0.044 0.334 0.523 0.009 0.001 0.001 0.001 0.089 72 K 0.001 0.001 0.001 0.099 0.311 0.536 0.010 0.001 0.001 0.001 0.043 73 V 0.001 0.001 0.001 0.096 0.275 0.408 0.013 0.001 0.001 0.001 0.205 74 I 0.001 0.001 0.001 0.183 0.295 0.392 0.016 0.001 0.001 0.001 0.113 75 E 0.002 0.001 0.001 0.098 0.154 0.289 0.060 0.001 0.001 0.003 0.395 76 D 0.005 0.001 0.001 0.089 0.118 0.204 0.096 0.001 0.001 0.008 0.480 77 S 0.013 0.001 0.001 0.022 0.051 0.080 0.297 0.001 0.001 0.020 0.516 78 T 0.137 0.005 0.001 0.008 0.011 0.012 0.329 0.001 0.001 0.045 0.451 79 N 0.194 0.020 0.004 0.008 0.010 0.009 0.268 0.001 0.001 0.029 0.458 80 E 0.055 0.023 0.004 0.005 0.018 0.020 0.464 0.001 0.001 0.017 0.394 81 V 0.050 0.058 0.005 0.010 0.065 0.109 0.292 0.001 0.001 0.007 0.403 82 I 0.023 0.120 0.001 0.024 0.172 0.348 0.058 0.001 0.001 0.002 0.250 83 R 0.026 0.137 0.001 0.015 0.121 0.363 0.039 0.002 0.001 0.002 0.294 84 E 0.249 0.142 0.002 0.005 0.015 0.040 0.011 0.008 0.001 0.001 0.526 85 I 0.191 0.162 0.026 0.057 0.019 0.067 0.023 0.017 0.001 0.002 0.436 86 P 0.017 0.006 0.002 0.007 0.003 0.004 0.018 0.002 0.001 0.001 0.941 87 P 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.989 88 K 0.004 0.004 0.001 0.007 0.001 0.002 0.079 0.001 0.001 0.001 0.903 89 R 0.251 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.001 0.001 0.001 0.626 90 W 0.061 0.735 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.188 91 L 0.011 0.875 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.105 92 D 0.007 0.857 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.001 0.001 0.001 0.083 93 F 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 94 Y 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 95 A 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 96 A 0.010 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 97 M 0.014 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 98 T 0.006 0.957 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.028 99 E 0.016 0.935 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.027 100 F 0.032 0.918 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.021 101 L 0.032 0.912 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.016 102 G 0.071 0.688 0.023 0.004 0.002 0.002 0.003 0.099 0.001 0.001 0.107 103 L 0.148 0.585 0.099 0.007 0.002 0.003 0.004 0.017 0.001 0.001 0.134 104 F 0.057 0.515 0.031 0.072 0.029 0.032 0.030 0.042 0.001 0.001 0.190 105 V 0.081 0.389 0.023 0.138 0.039 0.058 0.055 0.017 0.001 0.004 0.196 106 D 0.054 0.409 0.008 0.047 0.016 0.029 0.116 0.014 0.001 0.003 0.304 107 E 0.071 0.307 0.007 0.033 0.013 0.018 0.120 0.010 0.001 0.010 0.412 108 K 0.071 0.145 0.011 0.008 0.007 0.010 0.495 0.006 0.001 0.025 0.222 109 K 0.101 0.343 0.022 0.017 0.018 0.025 0.216 0.013 0.001 0.012 0.232 110 L 0.090 0.569 0.007 0.024 0.023 0.027 0.034 0.014 0.001 0.005 0.206 111 E 0.148 0.386 0.012 0.003 0.007 0.012 0.037 0.007 0.001 0.004 0.384 112 H 0.088 0.241 0.010 0.008 0.014 0.020 0.011 0.013 0.001 0.001 0.595 113 H 0.131 0.192 0.004 0.015 0.018 0.019 0.062 0.028 0.001 0.004 0.527 114 H 0.362 0.109 0.012 0.009 0.011 0.015 0.104 0.023 0.001 0.013 0.341 115 H 0.222 0.154 0.027 0.028 0.012 0.020 0.096 0.020 0.001 0.006 0.414 116 H 0.197 0.049 0.017 0.027 0.013 0.016 0.184 0.010 0.001 0.010 0.476 117 H 0.078 0.022 0.029 0.017 0.007 0.012 0.059 0.001 0.001 0.005 0.770