# TARGET T0350 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 127 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.052 0.427 0.339 0.046 0.074 0.026 0.008 0.003 0.021 0.004 0.001 2 N 0.023 0.197 0.483 0.021 0.028 0.165 0.027 0.002 0.049 0.004 0.001 3 I 0.444 0.216 0.158 0.082 0.026 0.030 0.011 0.003 0.028 0.002 0.001 4 E 0.535 0.084 0.227 0.063 0.018 0.031 0.015 0.005 0.016 0.006 0.001 5 R 0.342 0.143 0.232 0.172 0.015 0.047 0.013 0.002 0.030 0.001 0.003 6 L 0.332 0.189 0.260 0.111 0.036 0.033 0.011 0.004 0.019 0.003 0.002 7 T 0.239 0.211 0.249 0.096 0.095 0.049 0.017 0.005 0.029 0.009 0.001 8 T 0.398 0.186 0.199 0.145 0.027 0.022 0.007 0.002 0.011 0.001 0.002 9 L 0.325 0.145 0.244 0.177 0.024 0.039 0.013 0.005 0.024 0.003 0.002 10 Q 0.098 0.252 0.359 0.005 0.055 0.025 0.035 0.002 0.164 0.006 0.001 11 P 0.317 0.007 0.510 0.019 0.001 0.045 0.001 0.001 0.002 0.001 0.099 12 V 0.325 0.186 0.262 0.132 0.014 0.047 0.006 0.003 0.021 0.001 0.002 13 W 0.340 0.210 0.259 0.076 0.039 0.033 0.011 0.003 0.019 0.008 0.001 14 D 0.209 0.134 0.317 0.089 0.039 0.120 0.043 0.005 0.040 0.003 0.002 15 R 0.638 0.100 0.095 0.108 0.014 0.018 0.008 0.003 0.014 0.001 0.001 16 Y 0.539 0.080 0.169 0.127 0.017 0.031 0.011 0.005 0.016 0.005 0.001 17 D 0.460 0.073 0.133 0.172 0.027 0.054 0.036 0.008 0.030 0.004 0.002 18 T 0.495 0.139 0.152 0.131 0.036 0.015 0.013 0.003 0.012 0.002 0.001 19 Q 0.376 0.107 0.289 0.122 0.022 0.031 0.025 0.004 0.021 0.002 0.002 20 I 0.360 0.186 0.291 0.083 0.018 0.038 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 21 H 0.362 0.207 0.185 0.114 0.031 0.051 0.015 0.003 0.027 0.004 0.001 22 N 0.200 0.321 0.204 0.113 0.073 0.035 0.012 0.003 0.036 0.003 0.001 23 Q 0.290 0.214 0.309 0.076 0.031 0.039 0.011 0.005 0.020 0.003 0.001 24 K 0.335 0.290 0.171 0.097 0.042 0.025 0.007 0.003 0.024 0.005 0.001 25 D 0.293 0.116 0.171 0.180 0.035 0.068 0.072 0.009 0.045 0.008 0.002 26 N 0.283 0.099 0.173 0.240 0.049 0.038 0.055 0.021 0.029 0.012 0.001 27 D 0.422 0.093 0.137 0.221 0.025 0.036 0.033 0.009 0.019 0.003 0.001 28 N 0.258 0.252 0.187 0.171 0.042 0.035 0.023 0.002 0.027 0.002 0.001 29 E 0.196 0.158 0.395 0.127 0.012 0.065 0.016 0.002 0.026 0.001 0.002 30 V 0.033 0.468 0.306 0.003 0.018 0.022 0.006 0.001 0.144 0.001 0.001 31 P 0.060 0.009 0.846 0.004 0.001 0.065 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 32 V 0.195 0.313 0.270 0.097 0.045 0.041 0.007 0.004 0.027 0.002 0.001 33 H 0.142 0.309 0.217 0.050 0.141 0.043 0.047 0.010 0.031 0.009 0.001 34 Q 0.118 0.266 0.409 0.083 0.021 0.062 0.011 0.002 0.024 0.001 0.003 35 V 0.054 0.427 0.354 0.044 0.041 0.053 0.005 0.001 0.020 0.001 0.001 36 S 0.007 0.176 0.630 0.004 0.057 0.084 0.002 0.001 0.034 0.004 0.001 37 Y 0.969 0.002 0.004 0.017 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 38 T 0.961 0.001 0.003 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 N 0.799 0.005 0.019 0.100 0.003 0.027 0.004 0.001 0.041 0.001 0.001 40 L 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 M 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 V 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 G 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 E 0.976 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 M 0.955 0.001 0.002 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 N 0.967 0.002 0.003 0.017 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 49 K 0.919 0.014 0.011 0.048 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 L 0.845 0.005 0.013 0.129 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 L 0.483 0.103 0.099 0.242 0.009 0.023 0.004 0.002 0.033 0.001 0.001 52 E 0.177 0.171 0.358 0.006 0.051 0.031 0.063 0.002 0.130 0.011 0.001 53 P 0.516 0.003 0.385 0.029 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 54 S 0.412 0.073 0.095 0.344 0.032 0.014 0.010 0.012 0.005 0.003 0.001 55 Q 0.117 0.107 0.133 0.232 0.062 0.102 0.167 0.016 0.059 0.005 0.001 56 V 0.034 0.654 0.161 0.047 0.069 0.011 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 57 H 0.026 0.483 0.219 0.035 0.077 0.075 0.028 0.001 0.054 0.001 0.001 58 L 0.004 0.697 0.215 0.003 0.044 0.017 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 59 K 0.007 0.765 0.132 0.006 0.024 0.036 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 60 F 0.007 0.694 0.217 0.002 0.046 0.022 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 61 E 0.007 0.838 0.056 0.004 0.055 0.011 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 62 L 0.023 0.594 0.312 0.006 0.019 0.035 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 63 H 0.052 0.155 0.386 0.008 0.040 0.220 0.006 0.001 0.130 0.002 0.001 64 D 0.961 0.004 0.007 0.020 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 65 K 0.792 0.012 0.017 0.164 0.001 0.005 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 66 L 0.279 0.029 0.092 0.561 0.008 0.004 0.015 0.003 0.007 0.002 0.001 67 N 0.008 0.001 0.007 0.012 0.002 0.004 0.831 0.130 0.002 0.002 0.001 68 E 0.031 0.450 0.424 0.016 0.034 0.019 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 69 Y 0.019 0.373 0.549 0.011 0.008 0.028 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 70 Y 0.007 0.729 0.192 0.006 0.019 0.028 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 71 V 0.002 0.673 0.258 0.001 0.012 0.026 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 72 K 0.003 0.601 0.314 0.001 0.003 0.047 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 73 V 0.003 0.402 0.493 0.001 0.002 0.082 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 74 I 0.169 0.486 0.184 0.066 0.011 0.058 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 75 E 0.033 0.252 0.509 0.004 0.108 0.069 0.002 0.001 0.020 0.002 0.001 76 D 0.892 0.013 0.013 0.069 0.004 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 77 S 0.430 0.074 0.038 0.346 0.026 0.017 0.028 0.002 0.037 0.001 0.001 78 T 0.232 0.120 0.262 0.299 0.046 0.010 0.006 0.006 0.011 0.009 0.001 79 N 0.094 0.017 0.092 0.032 0.018 0.012 0.525 0.192 0.009 0.009 0.001 80 E 0.186 0.341 0.362 0.041 0.022 0.027 0.007 0.001 0.012 0.001 0.001 81 V 0.072 0.229 0.618 0.003 0.002 0.064 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 82 I 0.679 0.114 0.038 0.148 0.003 0.011 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 83 R 0.121 0.597 0.119 0.020 0.113 0.014 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 84 E 0.044 0.603 0.206 0.035 0.023 0.027 0.004 0.001 0.057 0.001 0.001 85 I 0.005 0.489 0.263 0.001 0.012 0.018 0.002 0.001 0.211 0.001 0.001 86 P 0.008 0.001 0.971 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 87 P 0.843 0.001 0.117 0.007 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 88 K 0.991 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 R 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 W 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 D 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 F 0.985 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 Y 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 A 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 A 0.889 0.001 0.001 0.109 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 M 0.899 0.006 0.031 0.044 0.001 0.010 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 98 T 0.973 0.004 0.006 0.013 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 99 E 0.930 0.010 0.004 0.048 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 100 F 0.829 0.033 0.033 0.081 0.003 0.010 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 101 L 0.587 0.072 0.045 0.250 0.008 0.009 0.010 0.002 0.016 0.001 0.001 102 G 0.471 0.013 0.028 0.022 0.084 0.002 0.043 0.186 0.002 0.150 0.001 103 L 0.684 0.130 0.087 0.052 0.020 0.017 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 104 F 0.394 0.188 0.205 0.084 0.011 0.081 0.008 0.002 0.023 0.002 0.002 105 V 0.293 0.398 0.126 0.066 0.036 0.044 0.004 0.001 0.031 0.001 0.001 106 D 0.293 0.108 0.279 0.059 0.045 0.133 0.026 0.003 0.047 0.007 0.001 107 E 0.895 0.015 0.011 0.052 0.005 0.006 0.008 0.002 0.004 0.001 0.001 108 K 0.868 0.018 0.024 0.078 0.002 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 109 K 0.746 0.052 0.038 0.110 0.016 0.011 0.011 0.002 0.012 0.002 0.001 110 L 0.680 0.054 0.089 0.103 0.013 0.018 0.027 0.005 0.008 0.002 0.001 111 E 0.531 0.139 0.169 0.074 0.031 0.016 0.014 0.004 0.017 0.004 0.001 112 H 0.586 0.058 0.201 0.082 0.011 0.020 0.017 0.006 0.008 0.009 0.001 113 H 0.365 0.107 0.109 0.246 0.038 0.040 0.047 0.008 0.035 0.005 0.001 114 H 0.403 0.079 0.088 0.306 0.028 0.030 0.038 0.005 0.020 0.003 0.001 115 H 0.216 0.091 0.155 0.353 0.025 0.052 0.070 0.010 0.025 0.003 0.001 116 H 0.169 0.239 0.224 0.191 0.076 0.033 0.023 0.013 0.025 0.006 0.001 117 H 0.195 0.250 0.252 0.084 0.090 0.029 0.033 0.013 0.035 0.019 0.001