# TARGET T0350 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 127 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.030 0.009 0.002 0.004 0.092 0.862 2 N 0.067 0.012 0.004 0.005 0.129 0.783 3 I 0.063 0.013 0.185 0.073 0.253 0.413 4 E 0.105 0.017 0.214 0.083 0.303 0.278 5 R 0.146 0.013 0.269 0.099 0.284 0.188 6 L 0.165 0.017 0.067 0.112 0.177 0.463 7 T 0.183 0.027 0.071 0.109 0.203 0.407 8 T 0.163 0.030 0.075 0.116 0.237 0.379 9 L 0.143 0.026 0.051 0.113 0.221 0.447 10 Q 0.095 0.012 0.051 0.060 0.276 0.506 11 P 0.079 0.013 0.070 0.068 0.317 0.453 12 V 0.064 0.025 0.137 0.100 0.277 0.397 13 W 0.066 0.029 0.069 0.090 0.283 0.464 14 D 0.040 0.011 0.044 0.080 0.285 0.540 15 R 0.024 0.007 0.079 0.224 0.298 0.368 16 Y 0.042 0.011 0.071 0.230 0.338 0.308 17 D 0.050 0.009 0.110 0.200 0.371 0.259 18 T 0.078 0.011 0.118 0.240 0.246 0.307 19 Q 0.130 0.018 0.116 0.216 0.218 0.301 20 I 0.176 0.019 0.080 0.253 0.184 0.288 21 H 0.202 0.019 0.039 0.190 0.185 0.365 22 N 0.185 0.015 0.038 0.166 0.236 0.360 23 Q 0.142 0.014 0.056 0.150 0.296 0.341 24 K 0.121 0.021 0.080 0.142 0.308 0.328 25 D 0.099 0.021 0.117 0.104 0.345 0.313 26 N 0.082 0.012 0.138 0.083 0.357 0.328 27 D 0.081 0.013 0.168 0.080 0.349 0.308 28 N 0.085 0.013 0.103 0.056 0.371 0.372 29 E 0.064 0.013 0.042 0.031 0.317 0.533 30 V 0.051 0.013 0.014 0.010 0.249 0.664 31 P 0.045 0.016 0.019 0.011 0.256 0.653 32 V 0.062 0.019 0.107 0.020 0.300 0.493 33 H 0.124 0.012 0.084 0.015 0.279 0.487 34 Q 0.210 0.020 0.063 0.016 0.211 0.479 35 V 0.149 0.033 0.005 0.010 0.118 0.684 36 S 0.055 0.011 0.002 0.013 0.058 0.862 37 Y 0.002 0.001 0.046 0.921 0.014 0.016 38 T 0.002 0.001 0.040 0.937 0.013 0.007 39 N 0.002 0.001 0.028 0.949 0.013 0.007 40 L 0.001 0.001 0.004 0.991 0.002 0.003 41 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 42 E 0.001 0.001 0.004 0.987 0.005 0.003 43 M 0.001 0.001 0.001 0.985 0.004 0.008 44 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 45 G 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 46 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.002 47 M 0.001 0.001 0.002 0.988 0.005 0.004 48 N 0.002 0.001 0.009 0.969 0.012 0.008 49 K 0.003 0.001 0.012 0.935 0.023 0.027 50 L 0.009 0.002 0.012 0.804 0.043 0.130 51 L 0.035 0.013 0.018 0.498 0.114 0.322 52 E 0.058 0.010 0.021 0.147 0.242 0.522 53 P 0.051 0.005 0.105 0.079 0.474 0.286 54 S 0.084 0.007 0.094 0.039 0.519 0.258 55 Q 0.215 0.006 0.071 0.019 0.440 0.250 56 V 0.614 0.009 0.011 0.013 0.157 0.197 57 H 0.833 0.003 0.002 0.004 0.036 0.122 58 L 0.941 0.002 0.001 0.002 0.012 0.041 59 K 0.958 0.001 0.001 0.002 0.009 0.030 60 F 0.970 0.001 0.001 0.002 0.007 0.021 61 E 0.969 0.001 0.001 0.002 0.009 0.020 62 L 0.936 0.004 0.001 0.003 0.014 0.043 63 H 0.700 0.009 0.003 0.005 0.182 0.101 64 D 0.084 0.003 0.159 0.028 0.695 0.033 65 K 0.030 0.002 0.303 0.019 0.608 0.038 66 L 0.028 0.006 0.298 0.010 0.623 0.035 67 N 0.094 0.009 0.023 0.002 0.506 0.366 68 E 0.308 0.007 0.001 0.001 0.082 0.602 69 Y 0.918 0.002 0.001 0.001 0.015 0.064 70 Y 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 71 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 74 I 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 75 E 0.738 0.005 0.001 0.003 0.171 0.083 76 D 0.031 0.002 0.029 0.038 0.879 0.020 77 S 0.005 0.001 0.060 0.018 0.903 0.014 78 T 0.010 0.003 0.065 0.029 0.882 0.012 79 N 0.079 0.016 0.028 0.091 0.616 0.169 80 E 0.395 0.019 0.033 0.146 0.190 0.216 81 V 0.660 0.011 0.027 0.147 0.083 0.072 82 I 0.851 0.002 0.017 0.054 0.043 0.032 83 R 0.856 0.001 0.011 0.051 0.035 0.046 84 E 0.817 0.006 0.005 0.045 0.029 0.098 85 I 0.226 0.016 0.001 0.020 0.059 0.678 86 P 0.042 0.005 0.001 0.007 0.027 0.919 87 P 0.001 0.001 0.010 0.977 0.003 0.009 88 K 0.001 0.001 0.011 0.987 0.001 0.001 89 R 0.001 0.001 0.029 0.968 0.002 0.001 90 W 0.001 0.001 0.005 0.992 0.001 0.002 91 L 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 92 D 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 93 F 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 94 Y 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 95 A 0.001 0.001 0.005 0.990 0.003 0.001 96 A 0.001 0.001 0.006 0.977 0.008 0.009 97 M 0.001 0.001 0.013 0.941 0.019 0.026 98 T 0.003 0.002 0.031 0.867 0.051 0.046 99 E 0.003 0.001 0.031 0.878 0.056 0.031 100 F 0.005 0.002 0.027 0.885 0.051 0.029 101 L 0.005 0.001 0.018 0.907 0.037 0.032 102 G 0.011 0.001 0.030 0.842 0.051 0.065 103 L 0.028 0.002 0.045 0.802 0.057 0.066 104 F 0.119 0.009 0.049 0.675 0.072 0.076 105 V 0.159 0.010 0.048 0.620 0.090 0.073 106 D 0.148 0.006 0.030 0.571 0.131 0.114 107 E 0.060 0.003 0.053 0.697 0.112 0.075 108 K 0.048 0.008 0.079 0.575 0.168 0.122 109 K 0.025 0.010 0.079 0.620 0.170 0.096 110 L 0.037 0.015 0.075 0.412 0.258 0.203 111 E 0.053 0.021 0.118 0.241 0.229 0.339 112 H 0.018 0.015 0.229 0.322 0.223 0.193 113 H 0.015 0.004 0.296 0.167 0.299 0.218 114 H 0.032 0.022 0.089 0.059 0.348 0.451 115 H 0.029 0.028 0.021 0.045 0.231 0.645 116 H 0.020 0.018 0.003 0.021 0.106 0.831 117 H 0.003 0.001 0.001 0.002 0.025 0.968