# TARGET T0350 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 127 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.032 0.813 0.002 0.001 0.006 0.002 0.001 0.013 0.051 0.006 0.033 0.037 2 N 0.001 0.030 0.879 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.009 0.010 0.003 0.007 0.054 3 I 0.004 0.011 0.188 0.012 0.222 0.353 0.002 0.001 0.012 0.064 0.091 0.014 0.026 4 E 0.006 0.005 0.145 0.015 0.253 0.254 0.003 0.001 0.021 0.123 0.107 0.042 0.024 5 R 0.004 0.015 0.143 0.006 0.261 0.279 0.005 0.003 0.052 0.047 0.068 0.020 0.097 6 L 0.006 0.040 0.301 0.015 0.072 0.234 0.004 0.003 0.065 0.064 0.055 0.056 0.084 7 T 0.008 0.024 0.364 0.033 0.087 0.156 0.003 0.001 0.026 0.077 0.121 0.048 0.053 8 T 0.007 0.018 0.277 0.007 0.092 0.181 0.003 0.001 0.016 0.105 0.208 0.016 0.068 9 L 0.006 0.022 0.428 0.013 0.063 0.118 0.002 0.001 0.008 0.162 0.098 0.025 0.053 10 Q 0.002 0.009 0.555 0.003 0.025 0.076 0.001 0.001 0.007 0.209 0.061 0.037 0.016 11 P 0.001 0.014 0.634 0.001 0.027 0.126 0.001 0.001 0.009 0.066 0.072 0.005 0.044 12 V 0.004 0.035 0.495 0.002 0.053 0.192 0.002 0.001 0.011 0.067 0.081 0.024 0.034 13 W 0.004 0.016 0.406 0.006 0.050 0.220 0.002 0.001 0.008 0.163 0.069 0.023 0.032 14 D 0.002 0.007 0.468 0.004 0.038 0.236 0.001 0.001 0.004 0.156 0.043 0.018 0.023 15 R 0.002 0.010 0.186 0.001 0.062 0.512 0.001 0.001 0.005 0.084 0.100 0.013 0.023 16 Y 0.002 0.010 0.180 0.003 0.034 0.528 0.001 0.001 0.003 0.071 0.148 0.007 0.014 17 D 0.001 0.005 0.272 0.002 0.029 0.554 0.001 0.001 0.001 0.064 0.059 0.006 0.006 18 T 0.002 0.004 0.106 0.001 0.026 0.753 0.001 0.001 0.002 0.043 0.046 0.006 0.010 19 Q 0.004 0.008 0.110 0.001 0.028 0.736 0.001 0.001 0.002 0.036 0.049 0.009 0.016 20 I 0.005 0.011 0.166 0.002 0.035 0.670 0.001 0.001 0.004 0.031 0.047 0.011 0.016 21 H 0.006 0.011 0.222 0.004 0.032 0.528 0.001 0.001 0.003 0.063 0.077 0.019 0.033 22 N 0.003 0.007 0.313 0.002 0.024 0.416 0.001 0.001 0.002 0.084 0.106 0.021 0.020 23 Q 0.002 0.007 0.391 0.001 0.029 0.381 0.001 0.001 0.002 0.073 0.084 0.011 0.019 24 K 0.002 0.014 0.329 0.002 0.048 0.365 0.001 0.001 0.001 0.107 0.098 0.012 0.021 25 D 0.002 0.011 0.303 0.003 0.078 0.327 0.001 0.001 0.001 0.092 0.152 0.013 0.018 26 N 0.002 0.011 0.284 0.002 0.080 0.256 0.001 0.001 0.002 0.112 0.220 0.013 0.017 27 D 0.002 0.009 0.354 0.003 0.072 0.173 0.001 0.001 0.001 0.116 0.245 0.006 0.018 28 N 0.001 0.012 0.456 0.002 0.041 0.093 0.001 0.001 0.002 0.207 0.149 0.026 0.010 29 E 0.001 0.018 0.587 0.002 0.022 0.038 0.001 0.001 0.004 0.194 0.081 0.007 0.044 30 V 0.001 0.022 0.703 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 0.003 0.203 0.011 0.030 0.010 31 P 0.001 0.017 0.883 0.001 0.005 0.011 0.001 0.001 0.004 0.028 0.018 0.004 0.028 32 V 0.001 0.026 0.537 0.007 0.123 0.050 0.001 0.001 0.005 0.097 0.117 0.008 0.028 33 H 0.002 0.008 0.350 0.008 0.148 0.037 0.001 0.001 0.005 0.271 0.121 0.032 0.017 34 Q 0.001 0.015 0.558 0.002 0.108 0.050 0.001 0.001 0.009 0.104 0.092 0.007 0.055 35 V 0.001 0.041 0.668 0.001 0.008 0.025 0.001 0.001 0.007 0.187 0.024 0.029 0.008 36 S 0.001 0.009 0.927 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.002 0.033 0.004 0.001 0.010 37 Y 0.001 0.001 0.017 0.001 0.026 0.929 0.001 0.001 0.001 0.006 0.021 0.001 0.001 38 T 0.001 0.001 0.005 0.001 0.021 0.953 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 0.001 0.001 39 N 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 40 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 44 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 45 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 46 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 47 M 0.001 0.001 0.017 0.001 0.012 0.954 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 48 N 0.001 0.001 0.018 0.001 0.044 0.864 0.001 0.001 0.001 0.015 0.056 0.001 0.002 49 K 0.001 0.001 0.011 0.001 0.049 0.758 0.001 0.001 0.001 0.021 0.151 0.006 0.001 50 L 0.001 0.003 0.042 0.001 0.052 0.668 0.001 0.001 0.004 0.033 0.183 0.002 0.011 51 L 0.001 0.025 0.458 0.005 0.012 0.182 0.001 0.001 0.010 0.201 0.071 0.007 0.025 52 E 0.001 0.013 0.734 0.003 0.007 0.016 0.001 0.001 0.004 0.116 0.042 0.053 0.011 53 P 0.001 0.009 0.337 0.011 0.056 0.030 0.001 0.001 0.005 0.135 0.314 0.004 0.097 54 S 0.006 0.009 0.246 0.048 0.081 0.016 0.001 0.001 0.004 0.212 0.266 0.083 0.028 55 Q 0.032 0.009 0.248 0.020 0.054 0.007 0.004 0.001 0.008 0.161 0.182 0.042 0.233 56 V 0.090 0.022 0.118 0.010 0.008 0.003 0.014 0.001 0.018 0.099 0.021 0.425 0.172 57 H 0.178 0.009 0.099 0.049 0.003 0.002 0.021 0.001 0.013 0.027 0.012 0.095 0.491 58 L 0.437 0.002 0.051 0.027 0.001 0.001 0.021 0.001 0.007 0.013 0.006 0.299 0.135 59 K 0.637 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.025 0.001 0.004 0.003 0.001 0.106 0.209 60 F 0.593 0.001 0.012 0.004 0.001 0.001 0.019 0.001 0.003 0.004 0.001 0.120 0.243 61 E 0.550 0.001 0.016 0.003 0.001 0.001 0.014 0.001 0.002 0.003 0.001 0.315 0.094 62 L 0.471 0.008 0.010 0.002 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.003 0.001 0.034 0.453 63 H 0.159 0.014 0.114 0.012 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.013 0.006 0.402 0.274 64 D 0.011 0.001 0.026 0.002 0.059 0.089 0.001 0.001 0.001 0.023 0.748 0.004 0.037 65 K 0.026 0.006 0.015 0.002 0.067 0.053 0.002 0.001 0.001 0.040 0.706 0.062 0.020 66 L 0.004 0.002 0.017 0.008 0.045 0.018 0.001 0.001 0.001 0.028 0.853 0.011 0.013 67 N 0.007 0.005 0.220 0.030 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.221 0.451 0.013 0.033 68 E 0.102 0.015 0.351 0.049 0.010 0.002 0.014 0.001 0.002 0.063 0.034 0.135 0.223 69 Y 0.230 0.005 0.039 0.009 0.001 0.001 0.045 0.001 0.005 0.013 0.001 0.047 0.604 70 Y 0.608 0.001 0.010 0.044 0.001 0.001 0.041 0.001 0.002 0.001 0.001 0.254 0.038 71 V 0.802 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.050 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.111 72 K 0.829 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.052 0.002 0.003 0.001 0.001 0.075 0.025 73 V 0.836 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.045 0.001 0.002 0.001 0.001 0.026 0.089 74 I 0.801 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.052 0.001 0.005 0.001 0.001 0.075 0.055 75 E 0.201 0.007 0.105 0.004 0.001 0.001 0.012 0.001 0.015 0.008 0.001 0.083 0.564 76 D 0.010 0.003 0.296 0.013 0.009 0.012 0.001 0.001 0.004 0.086 0.505 0.018 0.044 77 S 0.002 0.003 0.044 0.001 0.010 0.008 0.001 0.001 0.001 0.147 0.760 0.015 0.009 78 T 0.002 0.005 0.048 0.003 0.017 0.015 0.001 0.001 0.001 0.118 0.761 0.013 0.017 79 N 0.002 0.004 0.299 0.003 0.014 0.025 0.001 0.001 0.001 0.398 0.233 0.012 0.011 80 E 0.050 0.051 0.316 0.020 0.013 0.031 0.008 0.001 0.002 0.104 0.040 0.069 0.297 81 V 0.151 0.052 0.034 0.003 0.012 0.020 0.033 0.001 0.003 0.018 0.010 0.109 0.554 82 I 0.357 0.009 0.075 0.205 0.024 0.062 0.028 0.002 0.003 0.009 0.023 0.093 0.108 83 R 0.526 0.005 0.036 0.007 0.023 0.036 0.028 0.002 0.004 0.018 0.034 0.166 0.116 84 E 0.208 0.012 0.054 0.006 0.015 0.029 0.014 0.001 0.004 0.057 0.038 0.044 0.518 85 I 0.013 0.032 0.363 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 0.003 0.259 0.008 0.280 0.028 86 P 0.001 0.017 0.874 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.085 0.001 0.001 0.020 87 P 0.001 0.001 0.045 0.001 0.004 0.908 0.001 0.001 0.001 0.025 0.018 0.001 0.001 88 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 96 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 97 M 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 98 T 0.001 0.001 0.006 0.001 0.014 0.961 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.001 0.001 99 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.018 0.945 0.001 0.001 0.001 0.005 0.026 0.001 0.001 100 F 0.001 0.001 0.007 0.001 0.023 0.936 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.001 0.001 101 L 0.001 0.001 0.011 0.001 0.009 0.918 0.001 0.001 0.002 0.012 0.046 0.001 0.001 102 G 0.001 0.001 0.014 0.001 0.009 0.892 0.001 0.001 0.006 0.020 0.053 0.002 0.001 103 L 0.001 0.001 0.021 0.001 0.006 0.874 0.001 0.003 0.011 0.019 0.061 0.001 0.002 104 F 0.002 0.004 0.022 0.001 0.006 0.911 0.002 0.004 0.012 0.006 0.027 0.002 0.003 105 V 0.003 0.007 0.042 0.001 0.006 0.860 0.003 0.006 0.017 0.012 0.027 0.007 0.008 106 D 0.004 0.002 0.043 0.002 0.006 0.859 0.001 0.002 0.009 0.023 0.034 0.006 0.009 107 E 0.003 0.001 0.031 0.001 0.012 0.857 0.001 0.001 0.001 0.023 0.064 0.003 0.004 108 K 0.003 0.004 0.046 0.001 0.020 0.842 0.001 0.001 0.002 0.015 0.055 0.003 0.008 109 K 0.003 0.011 0.057 0.002 0.030 0.751 0.001 0.001 0.001 0.022 0.105 0.005 0.011 110 L 0.002 0.009 0.138 0.002 0.046 0.597 0.001 0.001 0.001 0.075 0.112 0.009 0.008 111 E 0.001 0.006 0.321 0.002 0.058 0.410 0.001 0.001 0.001 0.088 0.105 0.002 0.007 112 H 0.001 0.007 0.111 0.001 0.215 0.346 0.001 0.001 0.001 0.058 0.255 0.002 0.004 113 H 0.001 0.005 0.070 0.001 0.173 0.237 0.001 0.001 0.001 0.057 0.453 0.001 0.002 114 H 0.001 0.017 0.135 0.001 0.195 0.175 0.001 0.001 0.001 0.075 0.393 0.003 0.004 115 H 0.001 0.030 0.402 0.001 0.047 0.088 0.001 0.001 0.003 0.203 0.208 0.006 0.011 116 H 0.001 0.024 0.556 0.002 0.027 0.039 0.001 0.001 0.001 0.189 0.148 0.005 0.007 117 H 0.001 0.011 0.610 0.001 0.023 0.030 0.001 0.001 0.001 0.252 0.064 0.003 0.004