# TARGET T0350 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 127 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.020 0.008 0.028 0.056 0.056 0.106 0.027 0.699 2 N 0.176 0.056 0.035 0.053 0.085 0.086 0.102 0.406 3 I 0.084 0.019 0.024 0.030 0.040 0.093 0.112 0.597 4 E 0.028 0.014 0.043 0.061 0.070 0.116 0.131 0.537 5 R 0.031 0.019 0.026 0.027 0.052 0.099 0.081 0.665 6 L 0.081 0.023 0.034 0.037 0.059 0.125 0.049 0.592 7 T 0.080 0.020 0.041 0.043 0.059 0.107 0.080 0.570 8 T 0.030 0.033 0.024 0.027 0.047 0.127 0.065 0.648 9 L 0.069 0.044 0.027 0.020 0.033 0.125 0.040 0.642 10 Q 0.101 0.060 0.036 0.052 0.047 0.108 0.096 0.498 11 P 0.091 0.101 0.029 0.020 0.031 0.094 0.055 0.578 12 V 0.121 0.085 0.051 0.033 0.047 0.112 0.078 0.474 13 W 0.074 0.050 0.029 0.021 0.024 0.102 0.051 0.650 14 D 0.131 0.085 0.015 0.012 0.016 0.082 0.115 0.543 15 R 0.049 0.109 0.016 0.011 0.013 0.119 0.071 0.611 16 Y 0.111 0.260 0.014 0.011 0.017 0.076 0.050 0.462 17 D 0.163 0.258 0.016 0.013 0.019 0.067 0.069 0.395 18 T 0.054 0.205 0.021 0.019 0.029 0.090 0.102 0.480 19 Q 0.057 0.201 0.033 0.029 0.039 0.101 0.089 0.451 20 I 0.082 0.186 0.026 0.027 0.035 0.109 0.070 0.464 21 H 0.136 0.183 0.030 0.021 0.031 0.089 0.075 0.435 22 N 0.070 0.113 0.021 0.019 0.027 0.094 0.146 0.510 23 Q 0.084 0.156 0.021 0.015 0.018 0.096 0.120 0.491 24 K 0.110 0.089 0.022 0.019 0.024 0.111 0.108 0.517 25 D 0.132 0.060 0.020 0.017 0.020 0.106 0.097 0.547 26 N 0.259 0.064 0.010 0.010 0.018 0.072 0.052 0.515 27 D 0.099 0.021 0.011 0.012 0.019 0.112 0.032 0.693 28 N 0.021 0.021 0.014 0.018 0.032 0.113 0.030 0.750 29 E 0.031 0.024 0.014 0.015 0.028 0.115 0.025 0.748 30 V 0.079 0.043 0.038 0.052 0.045 0.127 0.068 0.548 31 P 0.131 0.072 0.019 0.023 0.031 0.080 0.043 0.601 32 V 0.111 0.053 0.028 0.026 0.039 0.080 0.098 0.566 33 H 0.050 0.112 0.025 0.029 0.043 0.105 0.059 0.576 34 Q 0.047 0.048 0.018 0.015 0.027 0.097 0.091 0.657 35 V 0.019 0.061 0.021 0.025 0.016 0.120 0.170 0.567 36 S 0.080 0.673 0.004 0.003 0.004 0.023 0.074 0.140 37 Y 0.082 0.779 0.002 0.001 0.002 0.014 0.031 0.088 38 T 0.010 0.795 0.004 0.004 0.003 0.019 0.030 0.134 39 N 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 40 L 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 41 A 0.004 0.930 0.002 0.001 0.001 0.001 0.059 0.003 42 E 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.005 43 M 0.032 0.940 0.003 0.001 0.001 0.001 0.018 0.005 44 V 0.039 0.474 0.013 0.001 0.001 0.006 0.441 0.025 45 G 0.012 0.813 0.004 0.001 0.001 0.008 0.052 0.112 46 E 0.027 0.788 0.006 0.001 0.001 0.014 0.025 0.138 47 M 0.081 0.595 0.036 0.005 0.003 0.040 0.129 0.111 48 N 0.278 0.352 0.014 0.003 0.003 0.033 0.061 0.256 49 K 0.105 0.081 0.018 0.004 0.003 0.057 0.042 0.688 50 L 0.013 0.025 0.053 0.014 0.016 0.159 0.210 0.511 51 L 0.028 0.012 0.034 0.013 0.013 0.118 0.133 0.649 52 E 0.482 0.015 0.011 0.012 0.013 0.055 0.051 0.362 53 P 0.129 0.007 0.011 0.006 0.008 0.060 0.042 0.737 54 S 0.047 0.004 0.021 0.015 0.065 0.194 0.024 0.629 55 Q 0.020 0.001 0.026 0.019 0.067 0.085 0.033 0.748 56 V 0.011 0.002 0.052 0.162 0.168 0.097 0.021 0.487 57 H 0.004 0.001 0.113 0.100 0.360 0.049 0.037 0.336 58 L 0.003 0.001 0.059 0.384 0.351 0.021 0.016 0.166 59 K 0.001 0.001 0.133 0.349 0.438 0.009 0.009 0.060 60 F 0.002 0.002 0.071 0.285 0.335 0.028 0.014 0.262 61 E 0.002 0.003 0.076 0.517 0.333 0.012 0.008 0.049 62 L 0.014 0.006 0.046 0.221 0.232 0.035 0.038 0.408 63 H 0.201 0.020 0.045 0.170 0.122 0.031 0.309 0.103 64 D 0.392 0.010 0.015 0.053 0.056 0.052 0.049 0.375 65 K 0.143 0.003 0.004 0.010 0.024 0.053 0.026 0.737 66 L 0.016 0.001 0.010 0.013 0.044 0.117 0.019 0.781 67 N 0.017 0.002 0.015 0.073 0.307 0.116 0.035 0.434 68 E 0.003 0.001 0.031 0.150 0.253 0.067 0.032 0.464 69 Y 0.001 0.001 0.147 0.326 0.411 0.025 0.017 0.073 70 Y 0.001 0.001 0.115 0.279 0.437 0.017 0.030 0.121 71 V 0.002 0.001 0.162 0.387 0.287 0.013 0.022 0.127 72 K 0.003 0.001 0.289 0.304 0.333 0.011 0.022 0.036 73 V 0.008 0.002 0.171 0.229 0.314 0.037 0.049 0.189 74 I 0.025 0.005 0.212 0.170 0.162 0.057 0.079 0.290 75 E 0.074 0.023 0.075 0.086 0.126 0.105 0.113 0.398 76 D 0.043 0.034 0.016 0.020 0.037 0.160 0.020 0.669 77 S 0.062 0.188 0.013 0.029 0.038 0.090 0.038 0.543 78 T 0.037 0.810 0.003 0.004 0.008 0.023 0.018 0.097 79 N 0.039 0.706 0.019 0.017 0.024 0.025 0.063 0.108 80 E 0.044 0.384 0.060 0.198 0.106 0.034 0.074 0.100 81 V 0.352 0.158 0.035 0.061 0.125 0.037 0.107 0.124 82 I 0.476 0.020 0.036 0.043 0.084 0.043 0.067 0.230 83 R 0.033 0.009 0.009 0.068 0.086 0.065 0.044 0.686 84 E 0.002 0.005 0.002 0.003 0.007 0.062 0.006 0.914 85 I 0.012 0.047 0.009 0.033 0.027 0.229 0.019 0.624 86 P 0.120 0.605 0.002 0.003 0.002 0.031 0.042 0.194 87 P 0.075 0.871 0.001 0.001 0.001 0.002 0.042 0.009 88 K 0.012 0.940 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.012 89 R 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.010 90 W 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 91 L 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 92 D 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 93 F 0.018 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 94 Y 0.010 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.964 0.001 95 A 0.008 0.462 0.004 0.001 0.001 0.007 0.429 0.089 96 A 0.013 0.694 0.004 0.001 0.001 0.010 0.017 0.262 97 M 0.048 0.717 0.015 0.003 0.001 0.033 0.062 0.120 98 T 0.139 0.325 0.045 0.004 0.003 0.064 0.105 0.315 99 E 0.368 0.209 0.010 0.001 0.001 0.042 0.018 0.351 100 F 0.194 0.104 0.120 0.003 0.003 0.104 0.120 0.353 101 L 0.059 0.066 0.061 0.005 0.009 0.163 0.046 0.591 102 G 0.033 0.049 0.125 0.007 0.021 0.068 0.058 0.638 103 L 0.024 0.118 0.198 0.028 0.024 0.141 0.026 0.442 104 F 0.014 0.122 0.321 0.044 0.067 0.088 0.045 0.298 105 V 0.040 0.231 0.083 0.030 0.030 0.067 0.047 0.473 106 D 0.207 0.503 0.066 0.017 0.013 0.020 0.110 0.065 107 E 0.180 0.527 0.020 0.009 0.009 0.038 0.027 0.190 108 K 0.141 0.255 0.025 0.010 0.012 0.051 0.049 0.457 109 K 0.074 0.196 0.018 0.009 0.008 0.072 0.074 0.549 110 L 0.127 0.236 0.015 0.010 0.010 0.065 0.083 0.454 111 E 0.202 0.098 0.016 0.011 0.010 0.073 0.072 0.518 112 H 0.246 0.037 0.015 0.010 0.010 0.085 0.089 0.508 113 H 0.124 0.016 0.013 0.008 0.013 0.098 0.044 0.685 114 H 0.048 0.005 0.009 0.005 0.011 0.105 0.019 0.798 115 H 0.055 0.006 0.012 0.008 0.012 0.121 0.035 0.751 116 H 0.046 0.010 0.017 0.013 0.024 0.141 0.041 0.708 117 H 0.044 0.011 0.023 0.018 0.035 0.112 0.040 0.717