# TARGET T0350 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 127 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.066 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.008 0.104 0.747 2 N 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.005 0.079 0.868 3 I 0.030 0.005 0.004 0.002 0.004 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.005 0.048 0.816 4 E 0.015 0.010 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.009 0.280 0.587 5 R 0.098 0.012 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.013 0.190 0.651 6 L 0.176 0.208 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.011 0.045 0.443 7 T 0.056 0.163 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.011 0.069 0.586 8 T 0.060 0.131 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.017 0.077 0.600 9 L 0.073 0.136 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.152 0.021 0.111 0.492 10 Q 0.106 0.103 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.019 0.176 0.465 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 12 V 0.066 0.043 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.005 0.151 0.012 0.100 0.599 13 W 0.134 0.129 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.180 0.007 0.075 0.458 14 D 0.054 0.117 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.007 0.074 0.648 15 R 0.064 0.098 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.011 0.106 0.612 16 Y 0.048 0.118 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.016 0.272 0.491 17 D 0.157 0.138 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.037 0.183 0.435 18 T 0.082 0.300 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.015 0.061 0.504 19 Q 0.046 0.225 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.018 0.177 0.478 20 I 0.149 0.253 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.057 0.020 0.096 0.401 21 H 0.061 0.393 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.104 0.010 0.051 0.361 22 N 0.096 0.328 0.006 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.081 0.016 0.047 0.404 23 Q 0.077 0.255 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.003 0.056 0.021 0.060 0.505 24 K 0.081 0.149 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.026 0.101 0.567 25 D 0.058 0.141 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.024 0.042 0.119 0.593 26 N 0.121 0.118 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.043 0.099 0.584 27 D 0.067 0.123 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.028 0.183 0.567 28 N 0.139 0.094 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.048 0.154 0.522 29 E 0.089 0.105 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.030 0.085 0.654 30 V 0.129 0.085 0.032 0.004 0.005 0.003 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 0.013 0.089 0.538 31 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 32 V 0.014 0.012 0.002 0.001 0.003 0.002 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.007 0.068 0.741 33 H 0.070 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.235 0.008 0.083 0.558 34 Q 0.068 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.009 0.039 0.812 35 V 0.094 0.033 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.364 0.011 0.104 0.380 36 S 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.289 0.678 37 Y 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.009 0.054 0.809 38 T 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 0.240 0.731 39 N 0.054 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.678 0.256 40 L 0.030 0.869 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.095 41 A 0.002 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.059 42 E 0.004 0.898 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.092 43 M 0.007 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.017 44 V 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 45 G 0.004 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.033 46 E 0.005 0.948 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.039 47 M 0.007 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.022 48 N 0.007 0.951 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.029 49 K 0.038 0.873 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.063 50 L 0.127 0.736 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.001 0.080 51 L 0.129 0.678 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 0.001 0.128 52 E 0.087 0.475 0.059 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.033 0.022 0.280 53 P 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.987 54 S 0.095 0.096 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.017 0.044 0.645 55 Q 0.411 0.060 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.028 0.049 0.381 56 V 0.087 0.032 0.121 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.224 0.010 0.087 0.420 57 H 0.023 0.005 0.004 0.005 0.008 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.548 0.005 0.076 0.321 58 L 0.012 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.686 0.003 0.038 0.245 59 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.869 0.001 0.023 0.091 60 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.019 0.056 0.682 0.001 0.023 0.196 61 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.877 0.060 0.050 0.001 0.001 0.004 62 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.026 0.162 0.024 0.006 0.413 0.002 0.063 0.262 63 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.963 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.007 64 D 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.028 0.002 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.163 0.013 0.094 0.662 65 K 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.009 0.626 0.312 66 L 0.306 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.063 0.325 0.263 67 N 0.154 0.203 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.118 0.093 0.358 68 E 0.029 0.002 0.561 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 0.192 0.194 69 Y 0.021 0.003 0.002 0.004 0.013 0.131 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.418 0.005 0.053 0.346 70 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.939 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.006 0.011 71 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.842 0.001 0.015 0.096 72 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.024 0.907 0.001 0.009 0.035 73 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.752 0.079 0.123 0.001 0.004 0.034 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 0.040 0.003 0.001 0.861 0.002 0.018 0.057 75 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.927 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.008 0.029 76 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.388 0.012 0.067 0.510 77 S 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.015 0.395 0.546 78 T 0.154 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.024 0.533 0.279 79 N 0.090 0.436 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.056 0.062 0.324 80 E 0.057 0.036 0.162 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.017 0.435 0.242 81 V 0.022 0.042 0.002 0.002 0.015 0.074 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.249 0.007 0.138 0.443 82 I 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.005 0.971 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.008 83 R 0.015 0.052 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.198 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.537 0.005 0.020 0.146 84 E 0.059 0.050 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.252 0.026 0.042 0.564 85 I 0.030 0.038 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.631 0.013 0.023 0.255 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.995 87 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.998 88 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.076 0.914 89 R 0.081 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.190 0.718 90 W 0.101 0.489 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.015 0.390 91 L 0.014 0.822 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.155 92 D 0.007 0.872 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.116 93 F 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 94 Y 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 95 A 0.008 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.016 96 A 0.033 0.913 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.025 97 M 0.056 0.879 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.046 98 T 0.040 0.733 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.004 0.190 99 E 0.114 0.566 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.037 0.004 0.269 100 F 0.219 0.601 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 0.004 0.128 101 L 0.068 0.632 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.026 0.014 0.198 102 G 0.040 0.533 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.012 0.013 0.328 103 L 0.118 0.632 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.007 0.017 0.170 104 F 0.029 0.732 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.109 0.005 0.009 0.101 105 V 0.016 0.748 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.097 0.005 0.011 0.094 106 D 0.020 0.778 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.009 0.007 0.125 107 E 0.030 0.685 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.013 0.034 0.178 108 K 0.037 0.570 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.030 0.156 0.185 109 K 0.110 0.536 0.042 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.046 0.062 0.179 110 L 0.037 0.667 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.010 0.038 0.215 111 E 0.051 0.352 0.029 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.017 0.071 0.443 112 H 0.092 0.278 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.013 0.032 0.523 113 H 0.096 0.181 0.007 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.019 0.063 0.559 114 H 0.391 0.132 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.029 0.038 0.380 115 H 0.302 0.215 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.030 0.042 0.375 116 H 0.227 0.157 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.045 0.080 0.420 117 H 0.066 0.055 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.018 0.080 0.740