# TARGET T0350 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 127 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.055 0.011 0.008 0.039 0.053 0.076 0.047 0.003 0.001 0.004 0.704 2 N 0.029 0.003 0.003 0.026 0.040 0.051 0.072 0.001 0.001 0.003 0.770 3 I 0.036 0.002 0.008 0.037 0.033 0.063 0.060 0.001 0.001 0.006 0.755 4 E 0.026 0.002 0.002 0.063 0.073 0.099 0.179 0.001 0.001 0.004 0.551 5 R 0.030 0.002 0.001 0.023 0.018 0.028 0.062 0.001 0.001 0.004 0.831 6 L 0.051 0.009 0.001 0.126 0.079 0.133 0.156 0.001 0.001 0.007 0.436 7 T 0.064 0.010 0.001 0.057 0.044 0.073 0.168 0.001 0.001 0.009 0.573 8 T 0.051 0.013 0.002 0.048 0.039 0.067 0.075 0.001 0.001 0.006 0.698 9 L 0.086 0.017 0.004 0.050 0.053 0.120 0.117 0.002 0.001 0.010 0.541 10 Q 0.101 0.018 0.004 0.036 0.046 0.097 0.111 0.002 0.001 0.007 0.578 11 P 0.007 0.004 0.001 0.006 0.008 0.011 0.010 0.001 0.001 0.001 0.952 12 V 0.051 0.014 0.001 0.026 0.051 0.100 0.098 0.001 0.001 0.004 0.654 13 W 0.200 0.042 0.003 0.033 0.047 0.108 0.086 0.002 0.001 0.007 0.472 14 D 0.096 0.067 0.002 0.019 0.029 0.047 0.065 0.003 0.001 0.002 0.671 15 R 0.122 0.044 0.005 0.016 0.018 0.033 0.066 0.002 0.001 0.005 0.689 16 Y 0.143 0.048 0.005 0.018 0.022 0.038 0.170 0.003 0.001 0.009 0.544 17 D 0.116 0.065 0.009 0.017 0.022 0.033 0.140 0.003 0.001 0.008 0.587 18 T 0.068 0.094 0.005 0.015 0.022 0.031 0.094 0.002 0.001 0.005 0.665 19 Q 0.109 0.119 0.004 0.018 0.036 0.055 0.168 0.004 0.001 0.011 0.476 20 I 0.195 0.189 0.009 0.020 0.044 0.071 0.112 0.006 0.001 0.010 0.345 21 H 0.103 0.284 0.011 0.028 0.063 0.110 0.070 0.007 0.001 0.005 0.319 22 N 0.070 0.176 0.008 0.021 0.069 0.115 0.046 0.008 0.001 0.004 0.483 23 Q 0.101 0.103 0.007 0.019 0.048 0.070 0.061 0.012 0.001 0.005 0.576 24 K 0.152 0.081 0.014 0.017 0.040 0.054 0.117 0.010 0.001 0.008 0.506 25 D 0.079 0.059 0.008 0.022 0.040 0.046 0.178 0.008 0.001 0.009 0.551 26 N 0.132 0.083 0.007 0.024 0.028 0.028 0.212 0.004 0.001 0.013 0.470 27 D 0.161 0.095 0.006 0.015 0.015 0.022 0.235 0.005 0.001 0.020 0.425 28 N 0.206 0.089 0.009 0.018 0.017 0.022 0.267 0.007 0.001 0.017 0.348 29 E 0.244 0.064 0.015 0.020 0.013 0.024 0.204 0.008 0.001 0.018 0.389 30 V 0.172 0.069 0.038 0.038 0.028 0.064 0.138 0.003 0.001 0.006 0.443 31 P 0.002 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.983 32 V 0.039 0.015 0.001 0.026 0.034 0.114 0.115 0.001 0.001 0.005 0.650 33 H 0.284 0.037 0.001 0.010 0.009 0.015 0.058 0.003 0.001 0.003 0.581 34 Q 0.362 0.161 0.002 0.018 0.007 0.012 0.046 0.009 0.001 0.004 0.380 35 V 0.289 0.115 0.021 0.033 0.011 0.025 0.078 0.005 0.001 0.007 0.417 36 S 0.139 0.056 0.006 0.022 0.010 0.013 0.227 0.008 0.001 0.002 0.517 37 Y 0.029 0.016 0.012 0.009 0.001 0.002 0.024 0.001 0.001 0.001 0.906 38 T 0.009 0.018 0.001 0.005 0.001 0.002 0.274 0.001 0.001 0.002 0.686 39 N 0.059 0.023 0.001 0.002 0.001 0.001 0.674 0.002 0.001 0.013 0.225 40 L 0.065 0.661 0.003 0.004 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 0.001 0.215 41 A 0.007 0.847 0.001 0.002 0.001 0.001 0.031 0.002 0.001 0.001 0.108 42 E 0.018 0.870 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.002 0.001 0.001 0.081 43 M 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 44 V 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 G 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 46 E 0.009 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 47 M 0.010 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 48 N 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.009 49 K 0.019 0.948 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.023 50 L 0.079 0.865 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.024 51 L 0.186 0.704 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.001 0.001 0.043 52 E 0.115 0.512 0.128 0.005 0.005 0.008 0.007 0.038 0.001 0.001 0.182 53 P 0.013 0.043 0.006 0.006 0.003 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 0.914 54 S 0.151 0.079 0.004 0.045 0.028 0.027 0.033 0.024 0.001 0.001 0.608 55 Q 0.334 0.054 0.012 0.035 0.024 0.041 0.068 0.013 0.001 0.011 0.408 56 V 0.130 0.067 0.017 0.156 0.104 0.132 0.119 0.007 0.001 0.005 0.264 57 H 0.087 0.012 0.010 0.150 0.061 0.115 0.112 0.002 0.001 0.008 0.444 58 L 0.030 0.004 0.011 0.336 0.221 0.197 0.050 0.001 0.001 0.004 0.145 59 K 0.005 0.002 0.005 0.226 0.161 0.222 0.072 0.001 0.001 0.002 0.305 60 F 0.004 0.001 0.003 0.205 0.226 0.292 0.029 0.001 0.001 0.002 0.237 61 E 0.002 0.001 0.001 0.127 0.264 0.369 0.036 0.001 0.001 0.002 0.200 62 L 0.004 0.001 0.001 0.055 0.203 0.325 0.040 0.001 0.001 0.003 0.370 63 H 0.005 0.001 0.001 0.069 0.250 0.354 0.067 0.001 0.001 0.003 0.250 64 D 0.005 0.001 0.001 0.027 0.097 0.151 0.106 0.001 0.001 0.005 0.606 65 K 0.030 0.003 0.001 0.016 0.058 0.066 0.285 0.001 0.001 0.023 0.518 66 L 0.366 0.010 0.001 0.012 0.032 0.031 0.203 0.002 0.001 0.077 0.265 67 N 0.272 0.025 0.004 0.012 0.042 0.026 0.286 0.002 0.001 0.035 0.296 68 E 0.114 0.010 0.014 0.015 0.046 0.076 0.206 0.002 0.001 0.025 0.492 69 Y 0.044 0.003 0.015 0.051 0.273 0.355 0.086 0.001 0.001 0.008 0.165 70 Y 0.005 0.001 0.004 0.057 0.292 0.392 0.061 0.001 0.001 0.002 0.186 71 V 0.001 0.001 0.001 0.044 0.333 0.518 0.009 0.001 0.001 0.001 0.094 72 K 0.001 0.001 0.001 0.102 0.309 0.535 0.011 0.001 0.001 0.001 0.044 73 V 0.001 0.001 0.001 0.097 0.270 0.402 0.014 0.001 0.001 0.001 0.216 74 I 0.001 0.001 0.001 0.184 0.293 0.390 0.016 0.001 0.001 0.001 0.115 75 E 0.002 0.001 0.001 0.098 0.149 0.284 0.061 0.001 0.001 0.003 0.403 76 D 0.005 0.001 0.001 0.091 0.115 0.200 0.096 0.001 0.001 0.008 0.485 77 S 0.013 0.001 0.001 0.022 0.050 0.079 0.295 0.001 0.001 0.020 0.519 78 T 0.136 0.005 0.001 0.008 0.011 0.012 0.330 0.001 0.001 0.044 0.453 79 N 0.190 0.020 0.004 0.008 0.010 0.009 0.268 0.001 0.001 0.028 0.464 80 E 0.054 0.024 0.004 0.005 0.017 0.019 0.462 0.001 0.001 0.016 0.398 81 V 0.051 0.061 0.005 0.009 0.063 0.105 0.295 0.001 0.001 0.007 0.402 82 I 0.025 0.133 0.001 0.024 0.167 0.338 0.058 0.001 0.001 0.002 0.252 83 R 0.028 0.150 0.001 0.015 0.116 0.354 0.038 0.003 0.001 0.002 0.295 84 E 0.256 0.150 0.002 0.005 0.014 0.039 0.010 0.008 0.001 0.001 0.514 85 I 0.195 0.172 0.026 0.054 0.018 0.062 0.022 0.018 0.001 0.001 0.431 86 P 0.018 0.006 0.002 0.007 0.003 0.004 0.018 0.003 0.001 0.001 0.940 87 P 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.989 88 K 0.004 0.004 0.001 0.007 0.001 0.002 0.079 0.001 0.001 0.001 0.902 89 R 0.256 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.001 0.001 0.001 0.620 90 W 0.060 0.741 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.184 91 L 0.011 0.875 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.105 92 D 0.007 0.856 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.001 0.001 0.001 0.083 93 F 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 94 Y 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 95 A 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 96 A 0.009 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 97 M 0.013 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 98 T 0.005 0.961 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.026 99 E 0.014 0.943 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.023 100 F 0.028 0.928 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.019 101 L 0.029 0.921 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.013 102 G 0.070 0.710 0.021 0.003 0.002 0.002 0.002 0.098 0.001 0.001 0.092 103 L 0.141 0.602 0.103 0.006 0.002 0.003 0.004 0.017 0.001 0.001 0.123 104 F 0.055 0.526 0.030 0.070 0.031 0.034 0.026 0.046 0.001 0.001 0.179 105 V 0.085 0.378 0.023 0.148 0.042 0.061 0.047 0.020 0.001 0.004 0.193 106 D 0.065 0.383 0.009 0.050 0.020 0.033 0.115 0.015 0.001 0.003 0.308 107 E 0.088 0.269 0.009 0.041 0.015 0.021 0.116 0.011 0.001 0.010 0.420 108 K 0.096 0.121 0.012 0.012 0.007 0.011 0.477 0.007 0.001 0.025 0.231 109 K 0.126 0.220 0.031 0.022 0.014 0.020 0.229 0.010 0.001 0.013 0.316 110 L 0.119 0.374 0.012 0.032 0.021 0.031 0.063 0.011 0.001 0.006 0.331 111 E 0.132 0.229 0.012 0.005 0.008 0.017 0.041 0.004 0.001 0.003 0.548 112 H 0.036 0.122 0.004 0.007 0.010 0.017 0.010 0.004 0.001 0.001 0.790 113 H 0.104 0.149 0.002 0.011 0.019 0.020 0.061 0.015 0.001 0.002 0.619 114 H 0.423 0.190 0.004 0.011 0.016 0.021 0.082 0.028 0.001 0.008 0.217 115 H 0.283 0.319 0.017 0.023 0.013 0.020 0.058 0.025 0.001 0.005 0.236 116 H 0.185 0.096 0.024 0.017 0.010 0.014 0.121 0.011 0.001 0.007 0.515 117 H 0.078 0.022 0.023 0.014 0.006 0.010 0.064 0.003 0.001 0.004 0.776