# TARGET T0350 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 127 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.044 0.007 0.085 0.045 0.061 0.075 0.006 0.677 2 N 0.016 0.005 0.033 0.031 0.048 0.083 0.004 0.780 3 I 0.019 0.006 0.035 0.018 0.048 0.033 0.002 0.839 4 E 0.023 0.011 0.029 0.024 0.046 0.345 0.005 0.516 5 R 0.098 0.012 0.016 0.009 0.019 0.266 0.010 0.568 6 L 0.198 0.124 0.048 0.030 0.040 0.089 0.008 0.464 7 T 0.053 0.082 0.059 0.048 0.051 0.134 0.016 0.557 8 T 0.080 0.042 0.032 0.021 0.044 0.076 0.015 0.691 9 L 0.176 0.085 0.054 0.032 0.103 0.104 0.021 0.425 10 Q 0.098 0.050 0.035 0.044 0.065 0.227 0.012 0.469 11 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 12 V 0.088 0.074 0.038 0.033 0.066 0.131 0.012 0.558 13 W 0.217 0.107 0.054 0.025 0.029 0.071 0.016 0.482 14 D 0.110 0.128 0.033 0.025 0.059 0.075 0.015 0.554 15 R 0.135 0.087 0.038 0.013 0.033 0.075 0.010 0.610 16 Y 0.069 0.104 0.017 0.008 0.013 0.238 0.014 0.538 17 D 0.107 0.108 0.016 0.007 0.013 0.184 0.019 0.546 18 T 0.095 0.226 0.019 0.007 0.012 0.091 0.011 0.539 19 Q 0.097 0.216 0.018 0.009 0.016 0.226 0.016 0.401 20 I 0.161 0.335 0.024 0.011 0.019 0.079 0.014 0.357 21 H 0.075 0.502 0.022 0.019 0.032 0.059 0.010 0.280 22 N 0.078 0.319 0.026 0.023 0.038 0.064 0.016 0.435 23 Q 0.124 0.270 0.026 0.019 0.036 0.076 0.020 0.428 24 K 0.124 0.194 0.021 0.016 0.028 0.096 0.019 0.503 25 D 0.083 0.190 0.018 0.016 0.025 0.092 0.016 0.559 26 N 0.085 0.145 0.013 0.011 0.019 0.077 0.014 0.637 27 D 0.076 0.094 0.010 0.007 0.014 0.093 0.012 0.695 28 N 0.145 0.113 0.012 0.012 0.018 0.108 0.026 0.566 29 E 0.169 0.119 0.014 0.011 0.015 0.069 0.040 0.564 30 V 0.193 0.079 0.030 0.032 0.046 0.062 0.010 0.548 31 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 32 V 0.006 0.006 0.005 0.011 0.036 0.043 0.001 0.892 33 H 0.301 0.022 0.012 0.013 0.018 0.101 0.015 0.517 34 Q 0.330 0.031 0.010 0.010 0.013 0.050 0.009 0.548 35 V 0.286 0.066 0.061 0.022 0.028 0.082 0.005 0.450 36 S 0.033 0.042 0.015 0.011 0.018 0.183 0.004 0.694 37 Y 0.029 0.030 0.009 0.004 0.019 0.020 0.003 0.886 38 T 0.024 0.047 0.006 0.004 0.008 0.290 0.004 0.617 39 N 0.052 0.043 0.001 0.001 0.002 0.614 0.005 0.282 40 L 0.052 0.805 0.002 0.001 0.003 0.010 0.002 0.125 41 A 0.005 0.793 0.003 0.001 0.003 0.027 0.002 0.165 42 E 0.020 0.743 0.002 0.001 0.002 0.036 0.004 0.192 43 M 0.025 0.920 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.048 44 V 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 45 G 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 46 E 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 47 M 0.016 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 48 N 0.017 0.938 0.005 0.002 0.002 0.004 0.007 0.025 49 K 0.051 0.845 0.011 0.004 0.002 0.006 0.019 0.062 50 L 0.127 0.697 0.026 0.005 0.006 0.014 0.031 0.094 51 L 0.079 0.692 0.040 0.015 0.016 0.013 0.042 0.102 52 E 0.088 0.263 0.073 0.051 0.048 0.076 0.032 0.371 53 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 54 S 0.044 0.046 0.029 0.069 0.098 0.130 0.024 0.560 55 Q 0.396 0.020 0.027 0.034 0.028 0.091 0.064 0.341 56 V 0.215 0.020 0.086 0.125 0.097 0.078 0.021 0.358 57 H 0.080 0.006 0.077 0.171 0.186 0.105 0.006 0.369 58 L 0.060 0.003 0.080 0.275 0.429 0.058 0.003 0.091 59 K 0.011 0.001 0.058 0.323 0.519 0.020 0.001 0.068 60 F 0.002 0.001 0.045 0.476 0.422 0.007 0.001 0.045 61 E 0.003 0.001 0.067 0.334 0.424 0.015 0.001 0.155 62 L 0.002 0.002 0.046 0.293 0.486 0.025 0.001 0.145 63 H 0.004 0.003 0.023 0.153 0.505 0.054 0.001 0.255 64 D 0.011 0.005 0.010 0.040 0.185 0.093 0.004 0.652 65 K 0.055 0.015 0.005 0.015 0.028 0.423 0.015 0.444 66 L 0.407 0.052 0.005 0.018 0.020 0.218 0.066 0.214 67 N 0.267 0.125 0.028 0.117 0.038 0.038 0.148 0.239 68 E 0.168 0.016 0.071 0.058 0.105 0.139 0.037 0.405 69 Y 0.080 0.004 0.057 0.232 0.315 0.085 0.006 0.221 70 Y 0.014 0.001 0.034 0.301 0.553 0.026 0.002 0.069 71 V 0.002 0.001 0.044 0.340 0.467 0.009 0.001 0.136 72 K 0.001 0.001 0.125 0.557 0.298 0.002 0.001 0.017 73 V 0.001 0.001 0.034 0.240 0.393 0.012 0.001 0.319 74 I 0.001 0.001 0.209 0.270 0.489 0.007 0.001 0.024 75 E 0.002 0.001 0.037 0.199 0.286 0.066 0.001 0.408 76 D 0.009 0.002 0.043 0.077 0.382 0.073 0.005 0.408 77 S 0.035 0.002 0.007 0.010 0.022 0.421 0.009 0.493 78 T 0.092 0.004 0.006 0.014 0.010 0.396 0.049 0.430 79 N 0.155 0.045 0.062 0.110 0.037 0.096 0.082 0.413 80 E 0.191 0.006 0.030 0.029 0.103 0.465 0.007 0.169 81 V 0.036 0.008 0.034 0.127 0.209 0.133 0.003 0.450 82 I 0.018 0.029 0.041 0.300 0.511 0.038 0.002 0.062 83 R 0.013 0.034 0.060 0.333 0.420 0.023 0.005 0.112 84 E 0.028 0.041 0.041 0.155 0.371 0.024 0.015 0.325 85 I 0.059 0.032 0.052 0.244 0.330 0.046 0.014 0.223 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 87 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 88 K 0.008 0.004 0.002 0.003 0.010 0.050 0.001 0.923 89 R 0.096 0.023 0.001 0.001 0.001 0.099 0.003 0.775 90 W 0.113 0.518 0.003 0.002 0.003 0.067 0.002 0.290 91 L 0.008 0.948 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.037 92 D 0.003 0.964 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 93 F 0.007 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 94 Y 0.008 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 95 A 0.010 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.019 96 A 0.025 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.015 97 M 0.058 0.884 0.006 0.001 0.001 0.001 0.018 0.033 98 T 0.049 0.835 0.008 0.001 0.002 0.007 0.015 0.082 99 E 0.066 0.712 0.021 0.003 0.003 0.020 0.024 0.151 100 F 0.080 0.766 0.018 0.002 0.003 0.015 0.016 0.100 101 L 0.018 0.819 0.030 0.004 0.004 0.012 0.011 0.103 102 G 0.067 0.569 0.043 0.008 0.006 0.023 0.032 0.252 103 L 0.080 0.483 0.205 0.014 0.011 0.037 0.018 0.152 104 F 0.038 0.619 0.056 0.029 0.032 0.040 0.011 0.175 105 V 0.055 0.423 0.126 0.037 0.072 0.072 0.011 0.205 106 D 0.026 0.613 0.041 0.056 0.042 0.035 0.008 0.177 107 E 0.090 0.382 0.072 0.026 0.053 0.092 0.022 0.264 108 K 0.115 0.237 0.011 0.016 0.024 0.321 0.028 0.248 109 K 0.169 0.464 0.026 0.017 0.026 0.069 0.019 0.210 110 L 0.053 0.552 0.020 0.025 0.029 0.061 0.018 0.242 111 E 0.081 0.268 0.029 0.015 0.036 0.053 0.021 0.497 112 H 0.037 0.162 0.012 0.008 0.024 0.031 0.010 0.717 113 H 0.135 0.183 0.012 0.013 0.023 0.062 0.029 0.544 114 H 0.358 0.120 0.024 0.012 0.016 0.105 0.048 0.315 115 H 0.542 0.069 0.021 0.014 0.017 0.085 0.040 0.212 116 H 0.239 0.083 0.073 0.031 0.034 0.065 0.022 0.453 117 H 0.043 0.027 0.037 0.020 0.032 0.068 0.010 0.762