# TARGET T0350 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 127 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.993 2 N 0.034 0.025 0.002 0.007 0.005 0.010 0.916 3 I 0.085 0.020 0.033 0.081 0.128 0.074 0.579 4 E 0.113 0.011 0.072 0.088 0.100 0.104 0.512 5 R 0.154 0.015 0.106 0.141 0.104 0.051 0.429 6 L 0.138 0.013 0.042 0.093 0.077 0.035 0.603 7 T 0.179 0.022 0.059 0.079 0.106 0.066 0.488 8 T 0.158 0.041 0.056 0.084 0.121 0.104 0.435 9 L 0.165 0.019 0.058 0.107 0.153 0.100 0.397 10 Q 0.112 0.012 0.036 0.073 0.225 0.031 0.511 11 P 0.093 0.020 0.067 0.098 0.072 0.085 0.565 12 V 0.093 0.029 0.094 0.148 0.101 0.127 0.409 13 W 0.076 0.028 0.053 0.146 0.156 0.058 0.482 14 D 0.051 0.011 0.052 0.194 0.120 0.080 0.492 15 R 0.027 0.006 0.080 0.441 0.111 0.135 0.201 16 Y 0.032 0.007 0.073 0.358 0.107 0.156 0.267 17 D 0.037 0.009 0.077 0.307 0.111 0.128 0.331 18 T 0.055 0.010 0.076 0.411 0.118 0.087 0.244 19 Q 0.093 0.015 0.068 0.398 0.082 0.085 0.259 20 I 0.102 0.021 0.055 0.373 0.056 0.064 0.329 21 H 0.120 0.020 0.046 0.328 0.077 0.080 0.328 22 N 0.117 0.017 0.053 0.261 0.131 0.112 0.310 23 Q 0.070 0.011 0.054 0.190 0.143 0.100 0.433 24 K 0.053 0.013 0.077 0.145 0.147 0.167 0.398 25 D 0.033 0.010 0.110 0.112 0.141 0.208 0.386 26 N 0.035 0.011 0.119 0.098 0.174 0.267 0.296 27 D 0.043 0.009 0.109 0.090 0.179 0.263 0.307 28 N 0.067 0.013 0.048 0.059 0.281 0.153 0.378 29 E 0.082 0.016 0.037 0.047 0.240 0.084 0.492 30 V 0.085 0.016 0.005 0.015 0.260 0.007 0.611 31 P 0.056 0.022 0.006 0.012 0.026 0.013 0.864 32 V 0.088 0.028 0.037 0.039 0.115 0.044 0.650 33 H 0.134 0.012 0.057 0.051 0.194 0.080 0.472 34 Q 0.123 0.018 0.043 0.037 0.146 0.055 0.578 35 V 0.105 0.050 0.007 0.028 0.147 0.014 0.650 36 S 0.035 0.017 0.003 0.019 0.063 0.007 0.855 37 Y 0.001 0.001 0.040 0.929 0.003 0.020 0.007 38 T 0.001 0.001 0.029 0.952 0.002 0.014 0.002 39 N 0.001 0.001 0.029 0.951 0.002 0.010 0.007 40 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 42 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 43 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 44 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 45 G 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 46 E 0.001 0.001 0.001 0.978 0.001 0.020 0.001 47 M 0.001 0.001 0.002 0.967 0.002 0.025 0.004 48 N 0.001 0.001 0.007 0.956 0.002 0.032 0.003 49 K 0.001 0.001 0.024 0.831 0.009 0.123 0.011 50 L 0.003 0.002 0.046 0.703 0.024 0.182 0.039 51 L 0.038 0.047 0.038 0.290 0.233 0.176 0.177 52 E 0.046 0.015 0.021 0.024 0.172 0.078 0.643 53 P 0.021 0.003 0.179 0.062 0.104 0.485 0.145 54 S 0.030 0.004 0.191 0.019 0.128 0.556 0.071 55 Q 0.135 0.005 0.116 0.005 0.226 0.290 0.223 56 V 0.584 0.015 0.013 0.002 0.096 0.035 0.255 57 H 0.863 0.005 0.002 0.001 0.014 0.011 0.103 58 L 0.928 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.063 59 K 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 60 F 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 61 E 0.974 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.018 62 L 0.922 0.006 0.001 0.003 0.007 0.001 0.061 63 H 0.438 0.005 0.002 0.005 0.056 0.008 0.487 64 D 0.056 0.001 0.154 0.063 0.108 0.578 0.039 65 K 0.033 0.002 0.202 0.028 0.080 0.620 0.035 66 L 0.053 0.009 0.222 0.017 0.114 0.512 0.073 67 N 0.077 0.006 0.021 0.002 0.231 0.517 0.146 68 E 0.457 0.011 0.005 0.001 0.080 0.028 0.419 69 Y 0.803 0.009 0.001 0.001 0.026 0.005 0.156 70 Y 0.943 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.052 71 V 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 72 K 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 73 V 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 74 I 0.916 0.005 0.001 0.001 0.011 0.002 0.065 75 E 0.523 0.012 0.001 0.002 0.030 0.006 0.425 76 D 0.021 0.001 0.029 0.010 0.118 0.770 0.051 77 S 0.019 0.006 0.038 0.018 0.131 0.736 0.052 78 T 0.048 0.015 0.096 0.055 0.240 0.323 0.224 79 N 0.079 0.007 0.019 0.044 0.431 0.231 0.189 80 E 0.620 0.013 0.022 0.082 0.085 0.058 0.121 81 V 0.823 0.027 0.014 0.072 0.010 0.009 0.045 82 I 0.864 0.009 0.021 0.043 0.012 0.011 0.040 83 R 0.839 0.003 0.020 0.025 0.038 0.026 0.050 84 E 0.589 0.018 0.018 0.018 0.075 0.077 0.205 85 I 0.098 0.018 0.003 0.014 0.299 0.007 0.561 86 P 0.012 0.012 0.001 0.004 0.059 0.002 0.909 87 P 0.001 0.001 0.058 0.890 0.003 0.039 0.009 88 K 0.001 0.001 0.045 0.936 0.001 0.018 0.001 89 R 0.001 0.001 0.033 0.955 0.001 0.008 0.002 90 W 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 91 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 92 D 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 93 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 94 Y 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 95 A 0.001 0.001 0.001 0.972 0.001 0.026 0.001 96 A 0.001 0.001 0.002 0.921 0.001 0.073 0.002 97 M 0.001 0.001 0.008 0.935 0.007 0.033 0.018 98 T 0.001 0.001 0.027 0.909 0.007 0.048 0.007 99 E 0.001 0.001 0.026 0.878 0.005 0.085 0.005 100 F 0.005 0.003 0.029 0.819 0.014 0.106 0.023 101 L 0.010 0.003 0.043 0.703 0.030 0.179 0.033 102 G 0.021 0.001 0.056 0.473 0.082 0.321 0.046 103 L 0.049 0.004 0.058 0.585 0.069 0.146 0.089 104 F 0.091 0.018 0.029 0.539 0.063 0.147 0.112 105 V 0.105 0.024 0.026 0.443 0.095 0.080 0.227 106 D 0.105 0.008 0.027 0.282 0.134 0.062 0.382 107 E 0.018 0.002 0.074 0.719 0.028 0.123 0.035 108 K 0.023 0.004 0.096 0.654 0.034 0.134 0.054 109 K 0.045 0.014 0.111 0.528 0.039 0.144 0.120 110 L 0.044 0.015 0.068 0.397 0.090 0.098 0.288 111 E 0.036 0.013 0.071 0.243 0.084 0.086 0.467 112 H 0.012 0.006 0.180 0.312 0.071 0.182 0.237 113 H 0.009 0.006 0.105 0.229 0.112 0.259 0.280 114 H 0.011 0.008 0.079 0.150 0.174 0.224 0.353 115 H 0.011 0.009 0.040 0.118 0.229 0.220 0.374 116 H 0.011 0.008 0.021 0.049 0.122 0.188 0.601 117 H 0.004 0.002 0.005 0.010 0.044 0.012 0.925