# TARGET T0350 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0350.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 127 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.067 0.425 0.169 0.015 0.247 0.007 0.011 0.018 0.011 0.014 0.017 2 N 0.117 0.391 0.113 0.005 0.316 0.002 0.004 0.013 0.005 0.010 0.024 3 I 0.078 0.075 0.018 0.006 0.106 0.009 0.017 0.188 0.377 0.092 0.034 4 E 0.044 0.144 0.098 0.031 0.112 0.032 0.048 0.280 0.134 0.055 0.021 5 R 0.120 0.119 0.029 0.006 0.183 0.005 0.023 0.187 0.108 0.177 0.043 6 L 0.111 0.197 0.063 0.009 0.234 0.011 0.037 0.140 0.090 0.070 0.037 7 T 0.074 0.226 0.086 0.012 0.177 0.020 0.035 0.137 0.109 0.084 0.039 8 T 0.102 0.232 0.087 0.010 0.258 0.009 0.028 0.134 0.056 0.054 0.031 9 L 0.100 0.169 0.077 0.022 0.130 0.012 0.020 0.107 0.114 0.194 0.055 10 Q 0.026 0.281 0.191 0.042 0.117 0.020 0.037 0.193 0.070 0.013 0.008 11 P 0.079 0.154 0.057 0.009 0.157 0.008 0.030 0.293 0.110 0.061 0.041 12 V 0.063 0.100 0.032 0.008 0.101 0.017 0.064 0.282 0.165 0.141 0.027 13 W 0.063 0.266 0.092 0.019 0.164 0.017 0.025 0.195 0.075 0.058 0.027 14 D 0.064 0.208 0.125 0.019 0.150 0.015 0.031 0.203 0.083 0.075 0.028 15 R 0.033 0.094 0.043 0.008 0.070 0.013 0.043 0.413 0.176 0.089 0.019 16 Y 0.050 0.196 0.077 0.020 0.110 0.018 0.041 0.277 0.096 0.083 0.032 17 D 0.104 0.061 0.022 0.009 0.122 0.009 0.027 0.265 0.148 0.174 0.059 18 T 0.031 0.125 0.047 0.007 0.091 0.009 0.025 0.428 0.172 0.053 0.012 19 Q 0.080 0.082 0.030 0.005 0.124 0.007 0.030 0.404 0.105 0.100 0.033 20 I 0.085 0.085 0.022 0.007 0.125 0.012 0.034 0.454 0.094 0.057 0.026 21 H 0.061 0.110 0.041 0.019 0.117 0.029 0.053 0.378 0.083 0.076 0.032 22 N 0.072 0.159 0.096 0.018 0.145 0.011 0.019 0.248 0.079 0.120 0.033 23 Q 0.064 0.101 0.044 0.009 0.105 0.010 0.023 0.437 0.119 0.065 0.024 24 K 0.028 0.072 0.036 0.018 0.050 0.022 0.052 0.490 0.156 0.060 0.017 25 D 0.064 0.095 0.042 0.018 0.100 0.021 0.056 0.348 0.115 0.105 0.036 26 N 0.040 0.066 0.033 0.011 0.069 0.009 0.021 0.379 0.185 0.156 0.030 27 D 0.051 0.063 0.024 0.009 0.070 0.019 0.052 0.362 0.200 0.124 0.027 28 N 0.039 0.162 0.071 0.025 0.121 0.014 0.040 0.256 0.132 0.116 0.022 29 E 0.129 0.083 0.052 0.008 0.131 0.009 0.036 0.139 0.121 0.208 0.082 30 V 0.030 0.472 0.259 0.011 0.130 0.004 0.009 0.054 0.017 0.009 0.007 31 P 0.088 0.341 0.090 0.008 0.233 0.007 0.022 0.109 0.049 0.026 0.028 32 V 0.077 0.102 0.031 0.010 0.107 0.019 0.058 0.219 0.249 0.090 0.038 33 H 0.056 0.190 0.063 0.015 0.167 0.020 0.044 0.190 0.123 0.092 0.040 34 Q 0.184 0.111 0.034 0.004 0.173 0.007 0.023 0.089 0.063 0.226 0.086 35 V 0.090 0.407 0.101 0.009 0.272 0.005 0.009 0.027 0.012 0.034 0.033 36 S 0.014 0.630 0.267 0.002 0.058 0.001 0.001 0.016 0.002 0.005 0.003 37 Y 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.795 0.190 0.006 0.002 38 T 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.950 0.038 0.001 0.001 39 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.029 0.022 0.001 40 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.036 0.003 0.001 41 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.026 0.001 0.001 42 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.011 0.001 0.001 43 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.019 0.003 0.001 44 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.029 0.001 0.001 45 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.016 0.001 0.001 46 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.972 0.020 0.004 0.001 47 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.924 0.060 0.012 0.001 48 N 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.793 0.181 0.012 0.001 49 K 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.004 0.055 0.797 0.114 0.020 0.001 50 L 0.005 0.008 0.004 0.002 0.011 0.009 0.149 0.615 0.113 0.078 0.004 51 L 0.094 0.123 0.025 0.007 0.130 0.007 0.023 0.248 0.111 0.185 0.046 52 E 0.043 0.245 0.188 0.025 0.135 0.014 0.022 0.218 0.071 0.025 0.012 53 P 0.029 0.063 0.033 0.012 0.049 0.021 0.073 0.477 0.184 0.045 0.014 54 S 0.032 0.156 0.038 0.019 0.089 0.022 0.098 0.216 0.166 0.144 0.021 55 Q 0.237 0.080 0.014 0.008 0.239 0.011 0.026 0.047 0.051 0.175 0.113 56 V 0.127 0.223 0.042 0.011 0.487 0.012 0.023 0.019 0.013 0.024 0.021 57 H 0.302 0.087 0.010 0.003 0.530 0.005 0.009 0.004 0.003 0.010 0.038 58 L 0.285 0.086 0.004 0.001 0.597 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 59 K 0.337 0.037 0.004 0.001 0.548 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 0.058 60 F 0.282 0.127 0.009 0.001 0.547 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 61 E 0.146 0.216 0.015 0.001 0.604 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 62 L 0.278 0.172 0.025 0.006 0.364 0.011 0.011 0.009 0.005 0.028 0.090 63 H 0.127 0.166 0.108 0.022 0.509 0.008 0.004 0.006 0.005 0.014 0.031 64 D 0.035 0.053 0.072 0.011 0.034 0.005 0.023 0.442 0.293 0.021 0.012 65 K 0.009 0.017 0.019 0.012 0.007 0.021 0.148 0.456 0.190 0.109 0.011 66 L 0.004 0.787 0.109 0.027 0.053 0.005 0.006 0.004 0.002 0.003 0.002 67 N 0.028 0.005 0.006 0.012 0.007 0.012 0.009 0.017 0.033 0.504 0.368 68 E 0.033 0.466 0.246 0.007 0.199 0.004 0.007 0.013 0.010 0.012 0.005 69 Y 0.298 0.110 0.008 0.001 0.551 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 70 Y 0.369 0.082 0.016 0.006 0.479 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.035 71 V 0.189 0.143 0.016 0.002 0.638 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 72 K 0.237 0.107 0.007 0.001 0.633 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 73 V 0.471 0.055 0.006 0.001 0.405 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.056 74 I 0.155 0.240 0.044 0.006 0.486 0.007 0.010 0.003 0.002 0.011 0.035 75 E 0.097 0.254 0.067 0.007 0.532 0.007 0.002 0.006 0.004 0.009 0.016 76 D 0.047 0.103 0.154 0.012 0.047 0.003 0.022 0.438 0.141 0.018 0.017 77 S 0.003 0.008 0.006 0.017 0.002 0.050 0.174 0.490 0.171 0.076 0.004 78 T 0.001 0.792 0.150 0.005 0.051 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 N 0.011 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.007 0.032 0.035 0.484 0.420 80 E 0.021 0.532 0.239 0.003 0.157 0.002 0.006 0.030 0.005 0.004 0.002 81 V 0.299 0.058 0.007 0.002 0.571 0.001 0.002 0.022 0.007 0.007 0.024 82 I 0.196 0.130 0.014 0.006 0.466 0.010 0.017 0.065 0.029 0.024 0.042 83 R 0.094 0.254 0.037 0.003 0.521 0.003 0.008 0.029 0.007 0.014 0.029 84 E 0.189 0.174 0.108 0.005 0.351 0.003 0.017 0.014 0.008 0.063 0.068 85 I 0.012 0.532 0.383 0.003 0.056 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.002 86 P 0.002 0.749 0.222 0.001 0.020 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 87 P 0.001 0.108 0.030 0.001 0.007 0.001 0.002 0.454 0.377 0.017 0.001 88 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.836 0.158 0.001 0.001 89 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.919 0.066 0.014 0.001 90 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.884 0.093 0.022 0.001 91 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.959 0.040 0.001 0.001 92 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.015 0.001 0.001 93 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.950 0.043 0.004 0.001 94 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.904 0.092 0.002 0.001 95 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.916 0.069 0.001 0.001 96 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.843 0.069 0.066 0.001 97 M 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.730 0.207 0.044 0.003 98 T 0.001 0.007 0.001 0.001 0.002 0.005 0.018 0.772 0.190 0.002 0.001 99 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.076 0.787 0.105 0.023 0.001 100 F 0.009 0.013 0.010 0.006 0.014 0.030 0.143 0.569 0.093 0.107 0.006 101 L 0.025 0.067 0.012 0.014 0.035 0.007 0.022 0.547 0.140 0.107 0.026 102 G 0.012 0.021 0.019 0.056 0.021 0.054 0.032 0.532 0.167 0.076 0.010 103 L 0.035 0.071 0.025 0.006 0.140 0.007 0.041 0.544 0.090 0.030 0.011 104 F 0.093 0.053 0.008 0.001 0.123 0.003 0.017 0.532 0.070 0.066 0.035 105 V 0.040 0.188 0.055 0.016 0.131 0.027 0.061 0.278 0.078 0.102 0.024 106 D 0.184 0.186 0.067 0.005 0.366 0.003 0.009 0.070 0.022 0.041 0.050 107 E 0.005 0.009 0.004 0.001 0.008 0.001 0.004 0.499 0.430 0.035 0.004 108 K 0.007 0.020 0.009 0.003 0.014 0.007 0.060 0.676 0.152 0.047 0.004 109 K 0.023 0.077 0.019 0.007 0.041 0.007 0.055 0.488 0.135 0.132 0.014 110 L 0.030 0.144 0.153 0.025 0.068 0.017 0.028 0.313 0.120 0.070 0.033 111 E 0.015 0.210 0.138 0.018 0.059 0.019 0.036 0.345 0.133 0.017 0.009 112 H 0.027 0.073 0.028 0.008 0.046 0.018 0.063 0.348 0.273 0.092 0.022 113 H 0.046 0.100 0.030 0.008 0.077 0.009 0.052 0.243 0.217 0.181 0.037 114 H 0.088 0.070 0.020 0.007 0.107 0.019 0.105 0.203 0.149 0.182 0.050 115 H 0.106 0.140 0.049 0.023 0.164 0.022 0.045 0.078 0.086 0.197 0.089 116 H 0.102 0.115 0.098 0.053 0.147 0.031 0.036 0.084 0.089 0.166 0.081 117 H 0.061 0.123 0.080 0.024 0.114 0.016 0.039 0.213 0.161 0.133 0.035