# TARGET T0349 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0349.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 31 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.027 0.003 0.005 0.010 0.107 0.849 2 R 0.130 0.012 0.007 0.033 0.052 0.766 3 E 0.473 0.038 0.010 0.064 0.052 0.364 4 L 0.595 0.015 0.027 0.118 0.084 0.161 5 L 0.506 0.029 0.024 0.161 0.137 0.143 6 R 0.251 0.020 0.033 0.220 0.218 0.257 7 T 0.060 0.020 0.020 0.163 0.270 0.466 8 N 0.016 0.007 0.002 0.084 0.143 0.747 9 D 0.004 0.003 0.001 0.298 0.090 0.604 10 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 11 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 12 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 14 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 15 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 16 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 17 G 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 18 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.002 19 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.004 0.002 20 L 0.001 0.001 0.009 0.964 0.020 0.005 21 D 0.001 0.001 0.015 0.918 0.043 0.024 22 G 0.002 0.001 0.059 0.595 0.240 0.103 23 A 0.004 0.005 0.073 0.445 0.296 0.178 24 D 0.009 0.005 0.009 0.015 0.306 0.655 25 I 0.053 0.012 0.007 0.003 0.324 0.602 26 G 0.162 0.003 0.008 0.002 0.156 0.669 27 H 0.781 0.010 0.006 0.002 0.040 0.163 28 L 0.915 0.007 0.003 0.001 0.014 0.060 29 V 0.881 0.007 0.003 0.002 0.019 0.088 30 L 0.777 0.028 0.005 0.003 0.053 0.135 31 D 0.269 0.029 0.007 0.004 0.595 0.095 32 Q 0.023 0.001 0.011 0.017 0.892 0.057 33 N 0.016 0.004 0.010 0.010 0.924 0.036 34 M 0.041 0.013 0.013 0.025 0.834 0.073 35 S 0.187 0.063 0.023 0.093 0.290 0.344 36 I 0.280 0.130 0.124 0.196 0.203 0.066 37 L 0.175 0.013 0.179 0.229 0.301 0.102 38 E 0.136 0.009 0.224 0.296 0.252 0.083 39 G 0.057 0.014 0.186 0.263 0.312 0.167 40 S 0.072 0.018 0.080 0.149 0.374 0.306 41 L 0.147 0.014 0.066 0.060 0.329 0.384 42 G 0.252 0.016 0.050 0.060 0.309 0.314 43 V 0.306 0.027 0.033 0.078 0.245 0.312 44 I 0.295 0.011 0.006 0.034 0.202 0.452 45 P 0.398 0.006 0.007 0.036 0.140 0.412 46 R 0.710 0.014 0.022 0.037 0.082 0.135 47 R 0.785 0.011 0.034 0.029 0.056 0.085 48 V 0.774 0.003 0.042 0.044 0.059 0.077 49 L 0.810 0.020 0.015 0.026 0.049 0.080 50 V 0.633 0.046 0.004 0.023 0.067 0.228 51 H 0.123 0.007 0.008 0.064 0.156 0.643 52 E 0.004 0.001 0.101 0.646 0.133 0.114 53 D 0.002 0.002 0.093 0.727 0.120 0.057 54 D 0.001 0.002 0.027 0.796 0.078 0.096 55 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 56 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 57 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 58 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 59 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 60 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 61 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 62 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 63 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 64 D 0.001 0.001 0.001 0.991 0.005 0.004 65 A 0.001 0.001 0.001 0.937 0.013 0.048 66 G 0.001 0.001 0.001 0.045 0.046 0.907 67 L 0.001 0.004 0.009 0.061 0.146 0.779 68 A 0.003 0.004 0.083 0.123 0.279 0.508 69 H 0.007 0.007 0.438 0.256 0.207 0.085 70 E 0.015 0.005 0.396 0.267 0.209 0.109 71 L 0.025 0.005 0.280 0.334 0.211 0.145 72 R 0.042 0.038 0.160 0.305 0.231 0.224 73 S 0.032 0.026 0.048 0.222 0.200 0.472 74 D 0.011 0.008 0.017 0.155 0.109 0.701 75 D 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.977