# TARGET T0349 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0349.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.4883 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.003 0.010 0.008 0.016 0.002 0.022 0.677 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.183 0.020 0.018 0.012 0.001 2 R 0.002 0.003 0.009 0.004 0.005 0.006 0.027 0.868 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.054 0.002 0.004 0.003 0.001 3 E 0.003 0.007 0.006 0.014 0.011 0.022 0.063 0.784 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.004 0.047 0.005 0.005 0.006 0.001 4 L 0.007 0.014 0.008 0.024 0.035 0.012 0.115 0.506 0.014 0.010 0.001 0.001 0.003 0.006 0.034 0.012 0.142 0.027 0.014 0.016 0.001 5 L 0.012 0.013 0.028 0.055 0.023 0.014 0.121 0.333 0.014 0.004 0.003 0.003 0.004 0.009 0.039 0.012 0.153 0.048 0.047 0.063 0.002 6 R 0.008 0.006 0.013 0.024 0.064 0.020 0.126 0.169 0.040 0.007 0.002 0.002 0.004 0.008 0.025 0.034 0.170 0.091 0.071 0.114 0.001 7 T 0.003 0.002 0.017 0.017 0.024 0.005 0.111 0.078 0.018 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.036 0.020 0.313 0.047 0.134 0.166 0.001 8 N 0.002 0.001 0.013 0.010 0.026 0.005 0.110 0.111 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.021 0.239 0.110 0.156 0.163 0.001 9 D 0.002 0.002 0.015 0.010 0.018 0.007 0.060 0.320 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.014 0.032 0.167 0.071 0.159 0.108 0.001 10 A 0.002 0.003 0.009 0.005 0.010 0.005 0.021 0.635 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.011 0.232 0.014 0.015 0.012 0.001 11 V 0.001 0.003 0.003 0.005 0.003 0.006 0.017 0.894 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.005 0.036 0.003 0.004 0.002 0.001 12 L 0.002 0.004 0.002 0.005 0.003 0.003 0.010 0.898 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.004 0.043 0.002 0.002 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.947 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 14 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.947 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 15 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.924 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.046 0.002 0.001 0.001 0.001 16 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.927 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.046 0.002 0.001 0.001 0.001 17 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.932 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.056 0.856 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.038 0.004 0.001 0.002 0.001 19 L 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.011 0.094 0.636 0.026 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.163 0.022 0.011 0.007 0.001 20 L 0.004 0.003 0.008 0.013 0.008 0.019 0.219 0.278 0.053 0.019 0.001 0.001 0.002 0.010 0.012 0.010 0.189 0.057 0.050 0.043 0.001 21 D 0.002 0.001 0.007 0.008 0.018 0.016 0.259 0.101 0.061 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.013 0.273 0.067 0.062 0.083 0.001 22 G 0.001 0.001 0.008 0.006 0.012 0.006 0.213 0.032 0.062 0.020 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.015 0.180 0.207 0.114 0.101 0.001 23 A 0.001 0.001 0.016 0.008 0.018 0.014 0.217 0.044 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.025 0.205 0.094 0.123 0.201 0.001 24 D 0.002 0.003 0.029 0.011 0.038 0.014 0.142 0.043 0.010 0.004 0.002 0.002 0.003 0.008 0.033 0.040 0.104 0.308 0.123 0.078 0.004 25 I 0.005 0.006 0.049 0.019 0.069 0.004 0.043 0.032 0.003 0.001 0.008 0.006 0.009 0.022 0.084 0.129 0.132 0.030 0.197 0.145 0.007 26 G 0.014 0.021 0.135 0.066 0.038 0.013 0.049 0.039 0.003 0.001 0.008 0.011 0.028 0.098 0.261 0.024 0.076 0.030 0.032 0.044 0.009 27 H 0.025 0.038 0.018 0.050 0.099 0.005 0.038 0.021 0.003 0.001 0.018 0.031 0.049 0.236 0.053 0.208 0.020 0.013 0.038 0.021 0.016 28 L 0.049 0.036 0.108 0.062 0.044 0.002 0.012 0.022 0.002 0.001 0.027 0.027 0.076 0.224 0.215 0.025 0.017 0.009 0.018 0.015 0.013 29 V 0.045 0.045 0.043 0.078 0.109 0.004 0.016 0.028 0.003 0.001 0.021 0.031 0.042 0.190 0.081 0.144 0.027 0.023 0.028 0.024 0.017 30 L 0.033 0.038 0.038 0.058 0.136 0.004 0.024 0.023 0.005 0.001 0.014 0.014 0.047 0.149 0.204 0.082 0.045 0.018 0.030 0.027 0.009 31 D 0.026 0.027 0.067 0.107 0.073 0.005 0.040 0.034 0.010 0.005 0.014 0.016 0.021 0.068 0.147 0.057 0.050 0.041 0.100 0.085 0.009 32 Q 0.014 0.008 0.029 0.026 0.148 0.009 0.035 0.031 0.007 0.001 0.003 0.003 0.005 0.010 0.061 0.043 0.436 0.027 0.030 0.071 0.002 33 N 0.010 0.011 0.024 0.024 0.076 0.013 0.402 0.063 0.006 0.003 0.003 0.003 0.007 0.012 0.048 0.028 0.097 0.067 0.037 0.066 0.002 34 M 0.020 0.023 0.074 0.047 0.107 0.006 0.088 0.076 0.004 0.001 0.006 0.005 0.009 0.014 0.058 0.044 0.106 0.107 0.095 0.108 0.005 35 S 0.045 0.041 0.162 0.096 0.103 0.011 0.032 0.121 0.006 0.001 0.007 0.009 0.021 0.026 0.036 0.021 0.113 0.034 0.067 0.041 0.007 36 I 0.056 0.073 0.056 0.065 0.193 0.016 0.057 0.112 0.009 0.004 0.006 0.011 0.019 0.035 0.035 0.041 0.122 0.026 0.037 0.021 0.005 37 L 0.043 0.071 0.075 0.149 0.061 0.012 0.084 0.093 0.010 0.011 0.005 0.011 0.026 0.045 0.101 0.017 0.103 0.018 0.021 0.040 0.004 38 E 0.031 0.065 0.029 0.079 0.220 0.009 0.094 0.058 0.006 0.004 0.006 0.007 0.015 0.023 0.057 0.049 0.111 0.030 0.030 0.073 0.005 39 G 0.047 0.067 0.092 0.078 0.129 0.008 0.091 0.044 0.009 0.003 0.014 0.010 0.024 0.031 0.091 0.034 0.078 0.064 0.034 0.043 0.010 40 S 0.071 0.064 0.113 0.090 0.154 0.003 0.040 0.028 0.011 0.003 0.011 0.011 0.016 0.015 0.044 0.040 0.104 0.031 0.071 0.071 0.009 41 L 0.039 0.058 0.055 0.052 0.287 0.008 0.071 0.024 0.005 0.002 0.005 0.006 0.014 0.010 0.051 0.044 0.093 0.039 0.045 0.087 0.004 42 G 0.037 0.062 0.168 0.213 0.072 0.013 0.058 0.022 0.002 0.002 0.007 0.005 0.013 0.009 0.069 0.014 0.071 0.044 0.039 0.073 0.008 43 V 0.057 0.071 0.032 0.049 0.418 0.002 0.028 0.010 0.002 0.001 0.013 0.008 0.019 0.008 0.022 0.044 0.064 0.042 0.064 0.037 0.010 44 I 0.057 0.090 0.202 0.207 0.049 0.001 0.013 0.007 0.001 0.001 0.008 0.009 0.020 0.009 0.119 0.009 0.030 0.011 0.052 0.099 0.006 45 P 0.033 0.071 0.019 0.036 0.500 0.001 0.013 0.008 0.001 0.001 0.009 0.005 0.007 0.008 0.035 0.062 0.061 0.019 0.034 0.069 0.008 46 R 0.091 0.116 0.107 0.092 0.059 0.004 0.036 0.019 0.002 0.001 0.015 0.014 0.033 0.031 0.244 0.014 0.056 0.009 0.023 0.019 0.016 47 R 0.223 0.176 0.066 0.036 0.126 0.004 0.043 0.023 0.001 0.001 0.023 0.022 0.043 0.048 0.047 0.032 0.024 0.009 0.019 0.010 0.023 48 V 0.245 0.210 0.052 0.087 0.035 0.001 0.010 0.004 0.001 0.001 0.014 0.032 0.100 0.093 0.059 0.011 0.005 0.004 0.008 0.006 0.023 49 L 0.146 0.220 0.019 0.052 0.076 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.049 0.042 0.093 0.115 0.056 0.042 0.006 0.009 0.013 0.005 0.048 50 V 0.138 0.123 0.084 0.099 0.047 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.031 0.030 0.092 0.104 0.117 0.046 0.012 0.012 0.023 0.018 0.014 51 H 0.025 0.041 0.013 0.046 0.185 0.001 0.013 0.007 0.002 0.001 0.008 0.012 0.020 0.048 0.039 0.225 0.018 0.026 0.098 0.169 0.006 52 E 0.002 0.001 0.022 0.004 0.021 0.001 0.008 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.149 0.013 0.697 0.027 0.011 0.026 0.001 53 D 0.001 0.001 0.008 0.005 0.006 0.023 0.476 0.209 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.009 0.145 0.027 0.018 0.039 0.001 54 D 0.001 0.001 0.006 0.006 0.022 0.009 0.375 0.186 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.021 0.114 0.092 0.075 0.082 0.001 55 L 0.001 0.001 0.011 0.004 0.003 0.001 0.017 0.243 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.003 0.588 0.053 0.026 0.027 0.001 56 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.039 0.777 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.164 0.002 0.002 0.006 0.001 57 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.043 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.004 0.001 0.003 0.001 58 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.057 0.004 0.003 0.002 0.001 59 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.947 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 60 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 61 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.919 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.002 0.001 0.001 0.001 62 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.938 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 0.006 0.002 0.002 0.001 63 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.013 0.043 0.813 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.079 0.004 0.003 0.003 0.001 64 D 0.002 0.001 0.002 0.010 0.002 0.013 0.232 0.126 0.319 0.094 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.003 0.148 0.016 0.009 0.008 0.001 65 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.013 0.410 0.144 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.197 0.037 0.048 0.108 0.001 66 G 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.005 0.131 0.110 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.101 0.534 0.058 0.028 0.001 67 L 0.001 0.001 0.018 0.009 0.015 0.005 0.027 0.137 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.037 0.159 0.068 0.321 0.169 0.001 68 A 0.001 0.002 0.020 0.011 0.020 0.010 0.058 0.274 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.043 0.010 0.372 0.028 0.055 0.077 0.001 69 H 0.001 0.004 0.014 0.025 0.028 0.048 0.145 0.375 0.006 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.022 0.032 0.148 0.033 0.047 0.058 0.001 70 E 0.003 0.006 0.025 0.032 0.040 0.023 0.169 0.303 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.060 0.019 0.173 0.050 0.029 0.052 0.001 71 L 0.006 0.008 0.026 0.048 0.072 0.010 0.139 0.172 0.007 0.002 0.002 0.002 0.004 0.007 0.054 0.054 0.158 0.057 0.082 0.088 0.001 72 R 0.005 0.004 0.055 0.052 0.053 0.010 0.080 0.100 0.014 0.003 0.002 0.002 0.004 0.006 0.077 0.028 0.140 0.064 0.112 0.187 0.001 73 S 0.002 0.002 0.018 0.022 0.074 0.006 0.087 0.041 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.030 0.242 0.064 0.138 0.231 0.001 74 D 0.001 0.001 0.023 0.017 0.039 0.007 0.182 0.041 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.016 0.257 0.103 0.110 0.169 0.001 75 D 0.002 0.002 0.033 0.022 0.050 0.010 0.183 0.061 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.021 0.134 0.153 0.143 0.158 0.001