# TARGET T0349 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment /projects/compbio/experiments/protein-predict/casp7/T0349/T0349.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.4883 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.021 0.016 0.067 0.099 0.001 0.119 0.003 0.001 0.005 0.002 0.057 0.043 0.544 0.001 0.002 0.018 2 R 0.021 0.142 0.146 0.209 0.001 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.020 0.111 0.318 0.001 0.002 0.005 3 E 0.004 0.010 0.052 0.456 0.001 0.062 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 0.018 0.365 0.002 0.002 0.005 4 L 0.003 0.034 0.139 0.274 0.014 0.037 0.023 0.001 0.001 0.001 0.017 0.011 0.420 0.010 0.002 0.014 5 L 0.003 0.057 0.055 0.579 0.011 0.026 0.012 0.005 0.001 0.001 0.005 0.014 0.210 0.003 0.007 0.012 6 R 0.009 0.028 0.080 0.229 0.138 0.112 0.077 0.012 0.005 0.009 0.011 0.006 0.152 0.065 0.007 0.060 7 T 0.023 0.072 0.055 0.074 0.047 0.212 0.028 0.110 0.005 0.010 0.123 0.015 0.140 0.014 0.055 0.016 8 N 0.010 0.111 0.031 0.036 0.002 0.072 0.004 0.049 0.031 0.052 0.268 0.143 0.139 0.003 0.014 0.035 9 D 0.050 0.038 0.011 0.012 0.001 0.090 0.002 0.002 0.010 0.006 0.085 0.452 0.226 0.001 0.003 0.011 10 A 0.021 0.006 0.049 0.011 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.407 0.124 0.357 0.001 0.001 0.006 11 V 0.002 0.009 0.021 0.011 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.482 0.445 0.001 0.001 0.001 12 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.013 0.952 0.001 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.971 0.001 0.001 0.001 14 S 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.975 0.001 0.001 0.001 15 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.979 0.002 0.001 0.001 16 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.990 0.001 0.001 0.001 17 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 18 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.002 19 L 0.001 0.002 0.021 0.005 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.798 0.064 0.005 0.088 20 L 0.002 0.002 0.019 0.005 0.025 0.003 0.231 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.228 0.452 0.018 0.012 21 D 0.002 0.009 0.017 0.004 0.001 0.014 0.005 0.148 0.001 0.001 0.006 0.002 0.246 0.006 0.503 0.034 22 G 0.017 0.012 0.011 0.003 0.007 0.009 0.046 0.002 0.069 0.043 0.105 0.008 0.150 0.112 0.007 0.400 23 A 0.509 0.036 0.041 0.008 0.001 0.004 0.004 0.024 0.001 0.001 0.025 0.099 0.074 0.002 0.167 0.006 24 D 0.010 0.058 0.225 0.016 0.003 0.022 0.018 0.001 0.033 0.011 0.009 0.026 0.086 0.018 0.006 0.457 25 I 0.229 0.012 0.108 0.076 0.001 0.248 0.012 0.008 0.001 0.001 0.052 0.034 0.201 0.001 0.012 0.005 26 G 0.002 0.704 0.137 0.052 0.001 0.012 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.045 0.028 0.001 0.001 0.008 27 H 0.020 0.006 0.033 0.872 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 0.033 0.001 0.001 0.004 28 L 0.002 0.002 0.833 0.115 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.032 0.001 0.001 0.001 29 V 0.002 0.013 0.018 0.817 0.013 0.047 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 0.003 0.068 0.001 0.001 0.002 30 L 0.001 0.065 0.009 0.681 0.018 0.115 0.005 0.004 0.001 0.001 0.007 0.019 0.069 0.002 0.001 0.002 31 D 0.001 0.028 0.010 0.066 0.083 0.592 0.032 0.008 0.003 0.006 0.028 0.015 0.111 0.007 0.003 0.006 32 Q 0.005 0.127 0.023 0.044 0.006 0.023 0.008 0.080 0.004 0.003 0.543 0.036 0.066 0.007 0.018 0.008 33 N 0.019 0.118 0.054 0.070 0.002 0.055 0.007 0.011 0.052 0.015 0.028 0.306 0.118 0.008 0.063 0.072 34 M 0.122 0.024 0.240 0.052 0.001 0.013 0.007 0.004 0.012 0.004 0.078 0.017 0.270 0.003 0.014 0.137 35 S 0.031 0.041 0.083 0.040 0.003 0.257 0.012 0.001 0.002 0.002 0.026 0.168 0.325 0.001 0.001 0.007 36 I 0.008 0.068 0.039 0.056 0.014 0.144 0.020 0.004 0.001 0.001 0.139 0.047 0.445 0.006 0.002 0.007 37 L 0.002 0.142 0.052 0.100 0.036 0.021 0.071 0.010 0.005 0.001 0.030 0.209 0.269 0.033 0.011 0.008 38 E 0.006 0.015 0.093 0.145 0.007 0.014 0.018 0.062 0.010 0.004 0.014 0.015 0.423 0.008 0.117 0.048 39 G 0.027 0.018 0.138 0.123 0.008 0.036 0.008 0.009 0.036 0.037 0.024 0.016 0.368 0.004 0.009 0.139 40 S 0.072 0.010 0.022 0.032 0.236 0.036 0.160 0.002 0.001 0.002 0.030 0.020 0.104 0.262 0.002 0.008 41 L 0.005 0.019 0.034 0.045 0.005 0.019 0.004 0.480 0.002 0.001 0.023 0.020 0.064 0.004 0.273 0.003 42 G 0.003 0.035 0.017 0.086 0.004 0.018 0.007 0.006 0.333 0.116 0.016 0.021 0.080 0.003 0.004 0.250 43 V 0.597 0.060 0.059 0.188 0.002 0.005 0.007 0.002 0.005 0.001 0.004 0.013 0.030 0.001 0.004 0.021 44 I 0.014 0.010 0.676 0.174 0.005 0.076 0.010 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.014 0.001 0.001 0.006 45 P 0.016 0.181 0.142 0.347 0.006 0.233 0.003 0.011 0.002 0.003 0.023 0.006 0.020 0.001 0.002 0.004 46 R 0.007 0.169 0.025 0.679 0.001 0.030 0.001 0.005 0.006 0.001 0.054 0.013 0.006 0.001 0.001 0.003 47 R 0.021 0.039 0.247 0.631 0.001 0.013 0.002 0.002 0.003 0.001 0.006 0.016 0.011 0.001 0.003 0.004 48 V 0.009 0.009 0.284 0.664 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.009 0.001 0.001 0.006 49 L 0.005 0.011 0.067 0.894 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 50 V 0.002 0.019 0.026 0.935 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 H 0.001 0.002 0.001 0.016 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 E 0.001 0.011 0.001 0.002 0.001 0.027 0.001 0.002 0.001 0.001 0.955 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 53 D 0.001 0.044 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.929 0.002 0.001 0.002 0.001 54 D 0.004 0.003 0.028 0.005 0.001 0.062 0.005 0.002 0.004 0.004 0.027 0.098 0.704 0.002 0.005 0.045 55 L 0.006 0.002 0.014 0.001 0.002 0.021 0.016 0.002 0.001 0.001 0.250 0.028 0.641 0.012 0.002 0.004 56 A 0.001 0.012 0.004 0.002 0.001 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.034 0.334 0.581 0.001 0.019 0.002 57 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.020 0.926 0.001 0.001 0.035 58 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.975 0.001 0.001 0.001 59 R 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.030 0.952 0.001 0.001 0.001 60 R 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 61 L 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.977 0.001 0.001 0.004 62 L 0.001 0.004 0.010 0.019 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.921 0.006 0.005 0.008 63 T 0.001 0.002 0.011 0.007 0.002 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.917 0.007 0.008 0.010 64 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.034 0.904 0.001 0.005 65 A 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.003 0.004 0.022 0.001 0.928 0.001 66 G 0.002 0.002 0.007 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.039 0.027 0.003 0.005 0.069 0.002 0.001 0.836 67 L 0.849 0.003 0.010 0.004 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.019 0.087 0.001 0.002 0.003 68 A 0.006 0.062 0.286 0.021 0.001 0.117 0.012 0.007 0.002 0.002 0.038 0.096 0.320 0.008 0.013 0.011 69 H 0.007 0.024 0.027 0.122 0.001 0.046 0.006 0.004 0.003 0.001 0.156 0.062 0.517 0.003 0.010 0.013 70 E 0.017 0.065 0.142 0.157 0.003 0.016 0.021 0.002 0.008 0.001 0.019 0.105 0.355 0.021 0.005 0.066 71 L 0.015 0.024 0.371 0.204 0.005 0.022 0.051 0.002 0.001 0.001 0.004 0.015 0.224 0.009 0.020 0.032 72 R 0.007 0.044 0.374 0.143 0.021 0.101 0.064 0.008 0.002 0.003 0.010 0.005 0.139 0.015 0.011 0.054 73 S 0.023 0.082 0.062 0.114 0.017 0.354 0.016 0.038 0.006 0.009 0.103 0.020 0.115 0.007 0.014 0.019 74 D 0.014 0.112 0.032 0.031 0.033 0.100 0.036 0.013 0.014 0.011 0.383 0.096 0.071 0.032 0.006 0.016 75 D 0.023 0.147 0.054 0.030 0.008 0.046 0.028 0.039 0.007 0.002 0.111 0.282 0.092 0.017 0.098 0.015