# TARGET T0349 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0349.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.4883 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.044 0.785 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.047 0.010 0.095 2 R 0.045 0.603 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.087 0.032 0.214 3 E 0.046 0.139 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.441 0.075 0.247 4 L 0.038 0.114 0.105 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.347 0.120 0.246 5 L 0.135 0.163 0.013 0.006 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.061 0.109 0.416 6 R 0.091 0.120 0.025 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.083 0.076 0.553 7 T 0.026 0.212 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.083 0.128 0.499 8 N 0.020 0.619 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.048 0.058 0.238 9 D 0.013 0.900 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.013 0.059 10 A 0.009 0.382 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.532 0.015 0.046 11 V 0.003 0.779 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.151 0.013 0.030 12 L 0.011 0.902 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.020 0.005 0.035 13 L 0.009 0.772 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 0.137 0.009 0.049 14 S 0.014 0.800 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.040 0.022 0.102 15 A 0.042 0.776 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.025 0.015 0.122 16 V 0.069 0.812 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.029 0.012 0.063 17 G 0.079 0.550 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.104 0.047 0.192 18 A 0.156 0.215 0.063 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.121 0.085 0.339 19 L 0.142 0.087 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.091 0.174 0.460 20 L 0.154 0.010 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.134 0.143 0.504 21 D 0.090 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.052 0.104 0.725 22 G 0.143 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.047 0.093 0.692 23 A 0.014 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.028 0.167 0.710 24 D 0.041 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.167 0.057 0.101 0.572 25 I 0.057 0.076 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.050 0.116 0.592 26 G 0.025 0.137 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.002 0.007 0.332 0.059 0.068 0.350 27 H 0.023 0.064 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.383 0.077 0.065 0.368 28 L 0.038 0.065 0.006 0.002 0.003 0.011 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.434 0.075 0.053 0.291 29 V 0.046 0.041 0.023 0.002 0.161 0.112 0.032 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.152 0.127 0.064 0.231 30 L 0.015 0.038 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.302 0.064 0.091 0.476 31 D 0.470 0.033 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.133 0.056 0.236 32 Q 0.022 0.038 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 0.034 0.143 0.658 33 N 0.020 0.052 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.100 0.032 0.106 0.682 34 M 0.034 0.115 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.093 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.197 0.078 0.108 0.350 35 S 0.046 0.138 0.011 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.084 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.304 0.103 0.071 0.224 36 I 0.047 0.070 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 0.001 0.043 0.005 0.002 0.003 0.259 0.101 0.092 0.338 37 L 0.053 0.122 0.008 0.002 0.005 0.005 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.001 0.004 0.281 0.139 0.083 0.265 38 E 0.051 0.069 0.014 0.003 0.002 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.002 0.245 0.064 0.113 0.407 39 G 0.147 0.071 0.013 0.002 0.016 0.006 0.004 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.189 0.070 0.098 0.370 40 S 0.143 0.064 0.005 0.003 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.176 0.079 0.109 0.404 41 L 0.137 0.016 0.003 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.117 0.042 0.130 0.539 42 G 0.005 0.016 0.005 0.001 0.021 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.246 0.035 0.133 0.520 43 V 0.006 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.160 0.034 0.134 0.636 44 I 0.157 0.060 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.005 0.005 0.001 0.006 0.002 0.003 0.001 0.159 0.118 0.103 0.333 45 P 0.056 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.080 0.067 0.108 0.655 46 R 0.030 0.032 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.028 0.010 0.006 0.004 0.310 0.127 0.056 0.381 47 R 0.013 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.003 0.009 0.002 0.006 0.002 0.005 0.391 0.059 0.060 0.424 48 V 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.003 0.807 0.025 0.020 0.127 49 L 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.003 0.004 0.004 0.385 0.026 0.089 0.463 50 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.738 0.014 0.043 0.196 51 H 0.435 0.243 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.066 0.031 0.197 52 E 0.175 0.416 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.050 0.035 0.313 53 D 0.018 0.358 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.053 0.047 0.517 54 D 0.014 0.887 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.006 0.061 55 L 0.020 0.910 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.003 0.025 56 A 0.003 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.003 0.035 57 G 0.012 0.923 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 0.045 58 A 0.013 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.003 0.026 59 R 0.012 0.104 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.824 0.015 0.044 60 R 0.013 0.625 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.197 0.045 0.110 61 L 0.074 0.578 0.025 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.100 0.050 0.163 62 L 0.073 0.126 0.314 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.279 0.049 0.151 63 T 0.415 0.048 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.040 0.069 0.422 64 D 0.056 0.076 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.052 0.080 0.725 65 A 0.024 0.071 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.044 0.156 0.686 66 G 0.066 0.205 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.069 0.098 0.542 67 L 0.094 0.346 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.068 0.074 0.397 68 A 0.170 0.335 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.089 0.062 0.319 69 H 0.199 0.124 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.149 0.085 0.397 70 E 0.058 0.077 0.006 0.002 0.001 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.126 0.114 0.568 71 L 0.103 0.019 0.008 0.004 0.004 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.119 0.100 0.607 72 R 0.077 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.041 0.085 0.755 73 S 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.016 0.074 0.884 74 D 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.021 0.100 0.852 75 D 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.033 0.117 0.811